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EMD-11228 'other EM volume' EMDB 'bovine ATP synthase Stator domain, state 2' EMD-11229 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6ZIT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-06-26 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Spikes, T.E.' 1 ? 'Montgomery, M.G.' 2 ? 'Walker, J.E.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Proc.Natl.Acad.Sci.USA _citation.journal_id_ASTM PNASA6 _citation.journal_id_CSD 0040 _citation.journal_id_ISSN 1091-6490 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 117 _citation.language ? _citation.page_first 23519 _citation.page_last 23526 _citation.title 'Structure of the dimeric ATP synthase from bovine mitochondria.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1073/pnas.2013998117 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32900941 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Spikes, T.E.' 1 0000-0002-2432-8006 primary 'Montgomery, M.G.' 2 ? primary 'Walker, J.E.' 3 0000-0001-7929-2162 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6ZIT _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZIT _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATP synthase protein 8' 7944.523 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'ATP synthase subunit a' 24801.785 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'ATP synthase subunit d, mitochondrial' 18588.256 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'ATP synthase subunit e, mitochondrial' 8205.492 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'ATP synthase subunit f, mitochondrial' 10184.011 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'ATP synthase subunit g, mitochondrial' 11298.196 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial' 6846.093 1 ? ? ? ? 8 polymer nat 'ATP synthase membrane subunit DAPIT, mitochondrial' 6312.383 1 ? ? ? ? 9 polymer nat 'ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial' 7653.034 3 ? ? ? 'Residue 43 is trimethyl-lysine. A post translational modification.' 10 polymer nat 'ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial' 24702.709 1 ? ? ? ? 11 polymer nat 'ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial' 8971.079 1 ? ? ? ? 12 polymer nat 'ATP synthase subunit O, mitochondrial' 20959.777 1 ? ? ? ? 13 polymer nat 'ATP synthase subunit alpha, mitochondrial' 55332.219 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'A6L,F-ATPase subunit 8' 2 'F-ATPase protein 6' 3 'ATPase subunit d,ATP synthase peripheral stalk subunit d' 4 'ATPase subunit e,ATP synthase membrane subunit e' 5 'ATP synthase membrane subunit f' 6 'ATPase subunit g,ATP synthase membrane subunit g' 7 '6.8 kDa mitochondrial proteolipid,6.8 kDa mitochondrial proteolipid protein,MLQ' 8 'Diabetes-associated protein in insulin-sensitive tissues,Up-regulated during skeletal muscle growth protein 5' 9 ;ATP synthase lipid-binding protein,ATP synthase membrane subunit c locus 2,ATP synthase proteolipid P2,ATPase protein 9,ATPase 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;MNENLFTSFITPVILGLPLVTLIVLFPSLLFPTSNRLVSNRFVTLQQWMLQLVSKQMMSIHNSKGQTWTLMLMSLILFIG STNLLGLLPHSFTPTTQLSMNLGMAIPLWAGAVITGFRNKTKASLAHFLPQGTPTPLIPMLVIIETISLFIQPMALAVRL TANITAGHLLIHLIGGATLALMSISTTTALITFTILILLTILEFAVAMIQAYVFTLLVSLYLHDNT ; a ? 3 'polypeptide(L)' no no ;AGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPI PEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIETL ; ;AGRKLALKTIDWVAFGEIIPRNQKAVANSLKSWNETLTSRLATLPEKPPAIDWAYYKANVAKAGLVDDFEKKFNALKVPI PEDKYTAQVDAEEKEDVKSCAEFLTQSKTRIQEYEKELEKMRNIIPFDQMTIEDLNEVFPETKLDKKKYPYWPHRPIETL ; d ? 4 'polypeptide(L)' no no VPPVQVSPLIKLGRYSALFLGMAYGAKRYNYLKPRAEEERRLAAEEKKKRDEQKRIERELAEAQEDTILK VPPVQVSPLIKLGRYSALFLGMAYGAKRYNYLKPRAEEERRLAAEEKKKRDEQKRIERELAEAQEDTILK e ? 5 'polypeptide(L)' no no ;ASVVPLKEKKLLEVKLGELPSWILMRDFTPSGIAGAFQRGYYRYYNKYVNVKKGSIAGLSMVLAAYVFLNYCRSYKELKH ERLRKYH ; ;ASVVPLKEKKLLEVKLGELPSWILMRDFTPSGIAGAFQRGYYRYYNKYVNVKKGSIAGLSMVLAAYVFLNYCRSYKELKH ERLRKYH ; f ? 6 'polypeptide(L)' no no ;AEFVRNLAEKAPALVNAAVTYSKPRLATFWYYAKVELVPPTPAEIPTAIQSLKKIINSAKTGSFKQLTVKEALLNGLVAT EVWMWFYVGEIIGKRGIIGYDV ; ;AEFVRNLAEKAPALVNAAVTYSKPRLATFWYYAKVELVPPTPAEIPTAIQSLKKIINSAKTGSFKQLTVKEALLNGLVAT EVWMWFYVGEIIGKRGIIGYDV ; g ? 7 'polypeptide(L)' no no MLQSLIKKVWIPMKPYYTQAYQEIWVGTGLMAYIVYKIRSADKRSKALKASSAAPAHGHH MLQSLIKKVWIPMKPYYTQAYQEIWVGTGLMAYIVYKIRSADKRSKALKASSAAPAHGHH j ? 8 'polypeptide(L)' no no AGPEADAQFHFTGIKKYFNSYTLTGRMNCVLATYGSIALIVLYFKLRSKKTPAVKAT AGPEADAQFHFTGIKKYFNSYTLTGRMNCVLATYGSIALIVLYFKLRSKKTPAVKAT k ? 9 'polypeptide(L)' no yes 'DIDTAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGTVFGSLIIGYARNPSL(M3L)QQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMVAFLILFAM' DIDTAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGTVFGSLIIGYARNPSLKQQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMVAFLILFAM R,K,L ? 10 'polypeptide(L)' no no ;PVPPLPEHGGKVRFGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGE FADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHIS VQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKETIAKCIADLKLLSKKAQAQPVM ; ;PVPPLPEHGGKVRFGLIPEEFFQFLYPKTGVTGPYVLGTGLILYLLSKEIYVITPETFSAISTIGFLVYIVKKYGASVGE FADKLNEQKIAQLEEVKQASIKQIQDAIDMEKSQQALVQKRHYLFDVQRNNIAMALEVTYRERLHRVYREVKNRLDYHIS VQNMMRQKEQEHMINWVEKRVVQSISAQQEKETIAKCIADLKLLSKKAQAQPVM ; b ? 11 'polypeptide(L)' no no NKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQMYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS NKELDPVQKLFVDKIREYRTKRQTSGGPVDAGPEYQQDLDRELFKLKQMYGKADMNTFPNFTFEDPKFEVVEKPQS h ? 12 'polypeptide(L)' no no ;FAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLNPYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSP LTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDEATLTELKTVLKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMG GMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; ;FAKLVRPPVQIYGIEGRYATALYSAASKQNKLEQVEKELLRVGQILKEPKMAASLLNPYVKRSVKVKSLSDMTAKEKFSP LTSNLINLLAENGRLTNTPAVISAFSTMMSVHRGEVPCTVTTASALDEATLTELKTVLKSFLSKGQVLKLEVKIDPSIMG GMIVRIGEKYVDMSAKTKIQKLSRAMREIL ; S ? 13 'polypeptide(L)' no no ;EKTGTAEVSSILEERILGADTSVDLEETGRVLSIGDGIARVHGLRNVQAEEMVEFSSGLKGMSLNLEPDNVGVVVFGNDK 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_entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PRO n 1 3 GLN n 1 4 LEU n 1 5 ASP n 1 6 THR n 1 7 SER n 1 8 THR n 1 9 TRP n 1 10 LEU n 1 11 THR n 1 12 MET n 1 13 ILE n 1 14 LEU n 1 15 SER n 1 16 MET n 1 17 PHE n 1 18 LEU n 1 19 THR n 1 20 LEU n 1 21 PHE n 1 22 ILE n 1 23 ILE n 1 24 PHE n 1 25 GLN n 1 26 LEU n 1 27 LYS n 1 28 VAL n 1 29 SER n 1 30 LYS n 1 31 HIS n 1 32 ASN n 1 33 PHE n 1 34 TYR n 1 35 HIS n 1 36 ASN n 1 37 PRO n 1 38 GLU n 1 39 LEU n 1 40 THR n 1 41 PRO n 1 42 THR n 1 43 LYS n 1 44 MET n 1 45 LEU n 1 46 LYS n 1 47 GLN n 1 48 ASN n 1 49 THR n 1 50 PRO n 1 51 TRP n 1 52 GLU n 1 53 THR n 1 54 LYS n 1 55 TRP n 1 56 THR n 1 57 LYS n 1 58 ILE n 1 59 TYR n 1 60 LEU n 1 61 PRO n 1 62 LEU n 1 63 LEU n 1 64 LEU n 1 65 PRO n 1 66 LEU n 2 1 MET n 2 2 ASN n 2 3 GLU n 2 4 ASN n 2 5 LEU n 2 6 PHE n 2 7 THR n 2 8 SER n 2 9 PHE n 2 10 ILE n 2 11 THR n 2 12 PRO n 2 13 VAL n 2 14 ILE n 2 15 LEU n 2 16 GLY n 2 17 LEU n 2 18 PRO n 2 19 LEU n 2 20 VAL n 2 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.5836 ? 1392 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6ZIT _struct.title 'bovine ATP synthase Stator domain, state 2' _struct.pdbx_descriptor ;ATP synthase subunit alpha, mitochondrial, ATP synthase subunit beta, mitochondrial (E.C.7.1.2.2), ATP synthase subunit gamma, mitochondrial, ATP synthase subunit delta, mitochondrial, ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial, ATPase inhibitor, mitochondrial, ATP synthase F(0) complex subunit C2, mitochondrial, ATP synthase subunit O, mitochondrial, ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial, ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6ZIT _struct_keywords.text 'ATP synthase, mitochondria, mammalian, complex, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6ZIT _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6ZIT _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6ZIT _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O d ALA 27 ? ? 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