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IIHYYLKYHVTTKPYTIVEKKPRIFPGDTILETGEVIPPMKEFPDQHH ; 1 18 UNP W5P5V3_SHEEP W5P5V3 ? 18 ;MGAHLARRYLGDASVEPEPLRMPTFPPDYGFPERKEREMVATQQEMNDAQLVLQQRDYCAHYLIRFLKCKRDSFPNFLAC KHEQHDWDYCEHLDYVKRMKEFERERRLLQRKKRREQREADMAKGLGPGEVAPEVAL ; 1 19 UNP W5PGA3_SHEEP W5PGA3 ? 19 ;MAFLPSAAYLTHQQKVLQLYKRALRHLESRCVHRDKYRYFACLLRARFDEHKNEKDMVKATQLLREAEKEFWHGQHPQPY IFPESPGGTSYERYECYKVPEWCLDDWHPSEKAMYPDYFAKREQWKKLRRESWEREVKQLQEETPVGGPRTEALPPARKQ GDLPPLWWHIVTRPRERPM ; 1 20 UNP W5PVD7_SHEEP W5PVD7 ? 20 ;MAGMSALKRLAPFAHVGGHLFRGRCARAVGAGGVRRAGGGAHIEPRYRQFPQLTRSQVIQAEFFSATMWFWILWRFWHDS DAVLGHFPYPDPSQWTDEELGIPPDDED ; 1 21 UNP W5Q1B0_SHEEP W5Q1B0 ? 21 ;MAAARAGVLGIRWLQKAARNVVPLGARTASHITKDMLPGPYPKTPEERAAAAKKYNMRVEDYEPYPDDGMGYGDYPKLPD RSQQERDPWYDWDHPDLRLNWGEPMHWDLDMYIRNRVDTSPTPVNWNLMCKHLFGFVAFMLFMFWVGETYPTYQPVGPKQ YPYNNLYLERGGDPNKEPEPVVHYEI ; 1 22 UNP W5PWF1_SHEEP W5PWF1 ? 22 ;MAAGMLGLCGRRLLAVAATRGLPAASVRWESSSSRAVIAPSTLAGKRPSEPTLRWQEDPEPEDENLYEKNPDSHGYDKDP AVDVWNMRVVFFFGFSIVLVLGSTFVAYLPDYRMQEWARREAERLVKYREAHGLPLMESNCFDPSKIQLPEDED ; 1 23 PDB 6ZKB 6ZKB ? 23 ? 1 24 PDB 6ZKB 6ZKB ? 24 ? 1 25 PDB 6ZKB 6ZKB ? 25 ? 1 26 UNP NU3M_SHEEP O78753 ? 26 ;MNLMITLLTNFTLATLLVTIAFWLPQLNVYSEKTSPYECGFDPMGSARLPFSMKFFLVAITFLLFDLEIALLLPLPWASQ TTNLNTMLTMALLLIFLLAVSLAYEWTQKGLEWTE ; 1 27 UNP NU1M_SHEEP O78747 ? 27 ;MFMINVLTLIIPILLAVAFLTLVERKVLGYMQFRKGPNVVGPYGLLQPIADAIKLFIKEPLRPATSSISMFILAPILALT LALTMWIPLPMPYPLINMNLGVLFMLAMSSLAVYSILWSGWASNSKYALIGALRAVAQTISYEVTLAIILLSVLLMNGSF TLSTLIITQEQVWLIFPAWPLAMMWFISTLAETNRAPFDLTEGESELVSGFNVEYAAGPFALFFMAEYANIIMMNIFTTT LFLGAFHNPYMPELYTINFTIKSLLLSITFLWIRASYPRFRYDQLMHLLWKNFLPLTLALCMWHVSLPILLSSIPPQT ; 1 28 UNP NU6M_SHEEP O78757 ? 28 ;MMTYIVFILSIIFVMGFVGFSSKPSPIYGGLGLIVSGGVGCGIVLNFGGSFLGLMVFLIYLGGMMVVFGYTTAMATEQYP EVWVSNKVVLGTFITGLLMEFLMVYYVLKDKEVEIVFKFNGMGDWVIYDTGDSGFFSEEAMGIAALYSYGTWLVIVTGWS LLIGVVVIMEITRGN ; 1 29 UNP NU4LM_SHEEP O78754 ? 29 ;MSLVYMNIMMAFTVSLTGLLMYRSHLMSSLLCLEGMMLSLFILATLMILNSHFTLASMMPIILLVFAACEAALGLSLLVM VSNTYGTDYVQNLNLLQC ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6ZKB 4 1 ? 457 ? 6ZKB -32 ? 424 ? -32 424 2 2 6ZKB L 1 ? 606 ? O78756 1 ? 606 ? 1 606 3 3 6ZKB M 1 ? 459 ? O78755 1 ? 459 ? 1 459 4 4 6ZKB N 1 ? 347 ? O78748 1 ? 347 ? 1 347 5 5 6ZKB V 1 ? 141 ? W5PAR2 1 ? 141 ? 0 140 6 6 6ZKB W 1 ? 189 ? W5QHN8 1 ? 189 ? -45 143 7 7 6ZKB X 1 ? 157 ? W5NQT7 1 ? 157 ? -68 88 8 8 6ZKB Y 1 ? 172 ? W5PYA5 1 ? 172 ? 0 171 9 9 6ZKB Z 1 ? 175 ? 6ZKB 1 ? 175 ? 1 175 10 10 6ZKB k 1 ? 355 ? W5QBF5 1 ? 355 ? -34 320 11 11 6ZKB l 1 ? 106 ? W5QFF9 1 ? 106 ? 0 105 12 12 6ZKB m 1 ? 84 ? W5NYM7 1 ? 84 ? 0 83 13 13 6ZKB n 1 ? 98 ? W5Q5T4 1 ? 98 ? 0 97 14 14 6ZKB o 1 ? 122 ? W5P9Q8 1 ? 122 ? -1 120 15 15 6ZKB p 1 ? 130 ? W5QF73 1 ? 130 ? -1 128 16 16 6ZKB q 1 ? 144 ? 6ZKB 0 ? 143 ? 0 143 17 17 6ZKB r 1 ? 128 ? W5PZE3 1 ? 128 ? 0 127 18 18 6ZKB s 1 ? 137 ? W5P5V3 1 ? 137 ? 0 136 19 19 6ZKB t 1 ? 179 ? W5PGA3 1 ? 179 ? 0 178 20 20 6ZKB u 1 ? 108 ? W5PVD7 1 ? 108 ? -35 72 21 21 6ZKB v 1 ? 186 ? W5Q1B0 1 ? 186 ? -27 158 22 22 6ZKB w 1 ? 154 ? W5PWF1 1 ? 154 ? -28 125 23 23 6ZKB x 1 ? 76 ? 6ZKB -26 ? 49 ? -26 49 24 24 6ZKB y 1 ? 58 ? 6ZKB 0 ? 57 ? 0 57 25 25 6ZKB z 1 ? 70 ? 6ZKB 1 ? 70 ? 1 70 26 26 6ZKB A 1 ? 115 ? O78753 1 ? 115 ? 1 115 27 27 6ZKB H 1 ? 318 ? O78747 1 ? 318 ? 1 318 28 28 6ZKB J 1 ? 175 ? O78757 1 ? 175 ? 1 175 29 29 6ZKB K 1 ? 98 ? O78754 1 ? 98 ? 1 98 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 2MR 'L-peptide linking' n 'N3, N4-DIMETHYLARGININE' ? 'C8 H18 N4 O2' 202.254 3PE non-polymer . 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 'C41 H82 N O8 P' 748.065 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 AMP non-polymer . 'ADENOSINE MONOPHOSPHATE' ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 AYA 'L-peptide linking' n N-ACETYLALANINE ? 'C5 H9 N O3' 131.130 CDL non-polymer . CARDIOLIPIN ;DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL; BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL ; 'C81 H156 O17 P2 -2' 1464.043 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FME 'L-peptide linking' n N-FORMYLMETHIONINE ? 'C6 H11 N O3 S' 177.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MYR non-polymer . 'MYRISTIC ACID' ? 'C14 H28 O2' 228.371 PC1 non-polymer . 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE 'C44 H88 N O8 P' 790.145 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SEP 'L-peptide linking' n PHOSPHOSERINE PHOSPHONOSERINE 'C3 H8 N O6 P' 185.072 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZMP non-polymer . 'S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate' ? 'C25 H49 N2 O8 P S' 568.704 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6ZKB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 6ZKB _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 40519 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.958 ? 54704 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.140 ? 24547 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.057 ? 5931 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 6680 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6ZKB _struct.title 'Membrane domain of closed complex I during turnover' _struct.pdbx_descriptor ;Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 (E.C.7.1.1.2), NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 (E.C.7.1.1.2), NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 (E.C.7.1.1.2), Uncharacterized protein, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5, Acyl carrier protein, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8, Mitochondrial complex I, PDSW subunit, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S5, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A3, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B3, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B4, Mitochondrial complex I, B16.6 subunit, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B7, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B9, NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2, NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial, Mitochondrial complex I, KFYI subunit, Mitochondrial complex I, MNLL subunit, Mitochondrial complex I, MWFE subunit, NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 (E.C.7.1.1.2), NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 (E.C.7.1.1.2), NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 (E.C.7.1.1.2), NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L (E.C.7.1.1.2) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6ZKB _struct_keywords.text 'complex, respiration, NADH, proton pump, mitochondria, iron-sulphur cluster, oxidoreductase, membrane protein, ELECTRON TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'ELECTRON TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 21 ? V N N 22 ? W N N 23 ? X N N 24 ? Y N N 25 ? Z N N 26 ? AA N N 27 ? BA N N 28 ? CA N N 29 ? DA N N 30 ? EA N N 31 ? FA N N 32 ? GA N N 30 ? HA N N 30 ? IA N N 31 ? JA N N 32 ? KA N N 32 ? LA N N 30 ? MA N N 30 ? NA N N 32 ? OA N N 30 ? PA N N 32 ? QA N N 32 ? RA N N 32 ? SA N N 33 ? TA N N 34 ? UA N N 30 ? VA N N 30 ? WA N N 35 ? XA N N 31 ? YA N N 30 ? ZA N N 31 ? AB N N 30 ? BB N N 30 ? CB N N 36 ? DB N N 36 ? EB N N 36 ? FB N N 36 ? GB N N 36 ? HB N N 36 ? IB N N 36 ? JB N N 36 ? KB N N 36 ? LB N N 36 ? MB N N 36 ? NB N N 36 ? OB N N 36 ? PB N N 36 ? QB N N 36 ? RB N N 36 ? SB N N 36 ? TB N N 36 ? UB N N 36 ? VB N N 36 ? WB N N 36 ? XB N N 36 ? YB N N 36 ? ZB N N 36 ? AC N N 36 ? BC N N 36 ? CC N N 36 ? DC N N 36 ? 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ASP w 50 PHE w 66 1 ? 17 HELX_P HELX_P176 AT5 VAL V 98 ? TYR V 108 ? VAL w 69 TYR w 79 1 ? 11 HELX_P HELX_P177 AT6 ASP V 111 ? ARG V 113 ? ASP w 82 ARG w 84 5 ? 3 HELX_P HELX_P178 AT7 MET V 114 ? HIS V 132 ? MET w 85 HIS w 103 1 ? 19 HELX_P HELX_P179 AT8 ASP V 143 ? ILE V 147 ? ASP w 114 ILE w 118 5 ? 5 HELX_P HELX_P180 AT9 ASN W 40 ? ASN W 73 ? ASN x 13 ASN x 46 1 ? 34 HELX_P HELX_P181 AU1 LEU X 16 ? GLU X 33 ? LEU y 15 GLU y 32 1 ? 18 HELX_P HELX_P182 AU2 MET Y 1 ? GLU Y 4 ? MET z 1 GLU z 4 5 ? 4 HELX_P HELX_P183 AU3 VAL Y 5 ? SER Y 30 ? VAL z 5 SER z 30 1 ? 26 HELX_P HELX_P184 AU4 TYR Y 41 ? GLY Y 56 ? TYR z 41 GLY z 56 1 ? 16 HELX_P HELX_P185 AU5 ASN Z 2 ? LEU Z 16 ? ASN A 2 LEU A 16 1 ? 15 HELX_P HELX_P186 AU6 VAL Z 18 ? TRP Z 23 ? VAL A 18 TRP A 23 1 ? 6 HELX_P HELX_P187 AU7 PHE Z 55 ? LEU Z 72 ? PHE A 55 LEU A 72 1 ? 18 HELX_P HELX_P188 AU8 PRO Z 74 ? SER Z 79 ? PRO A 74 SER A 79 1 ? 6 HELX_P HELX_P189 AU9 ASN Z 83 ? GLN Z 108 ? ASN A 83 GLN A 108 1 ? 26 HELX_P HELX_P190 AV1 PHE AA 2 ? ILE AA 11 ? PHE H 2 ILE H 11 1 ? 10 HELX_P HELX_P191 AV2 ILE AA 11 ? GLN AA 32 ? ILE H 11 GLN H 32 1 ? 22 HELX_P HELX_P192 AV3 LEU AA 46 ? LEU AA 55 ? LEU H 46 LEU H 55 1 ? 10 HELX_P HELX_P193 AV4 SER AA 67 ? THR AA 84 ? SER H 67 THR H 84 1 ? 18 HELX_P HELX_P194 AV5 LEU AA 100 ? ALA AA 112 ? LEU H 100 ALA H 112 1 ? 13 HELX_P HELX_P195 AV6 ALA AA 112 ? SER AA 123 ? ALA H 112 SER H 123 1 ? 12 HELX_P HELX_P196 AV7 SER AA 125 ? LEU AA 155 ? SER H 125 LEU H 155 1 ? 31 HELX_P HELX_P197 AV8 SER AA 163 ? THR AA 168 ? SER H 163 THR H 168 1 ? 6 HELX_P HELX_P198 AV9 ALA AA 178 ? THR AA 193 ? ALA H 178 THR H 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P199 AW1 SER AA 209 ? VAL AA 213 ? SER H 209 VAL H 213 5 ? 5 HELX_P HELX_P200 AW2 PHE AA 220 ? LEU AA 243 ? PHE H 220 LEU H 243 1 ? 24 HELX_P HELX_P201 AW3 PRO AA 252 ? ALA AA 275 ? PRO H 252 ALA H 275 1 ? 24 HELX_P HELX_P202 AW4 LEU AA 285 ? TRP AA 290 ? 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P1 ? ? X SER 44 X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.501 ? ? covale5 covale both ? J LYS 70 C ? ? ? 1_555 J SEP 71 N ? ? k LYS 35 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale6 covale both ? J SEP 71 C ? ? ? 1_555 J LYS 72 N ? ? k SEP 36 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale7 covale one ? R GLY 2 CA ? ? ? 1_555 WA MYR . C1 ? ? s GLY 1 s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? ? covale8 covale both ? CA FME 1 C ? ? ? 1_555 CA SER 2 N ? ? 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