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_pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 PRO _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 H _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 166 _pdbx_validate_peptide_omega.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_peptide_omega.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_peptide_omega.omega 37.35 # loop_ _pdbx_validate_polymer_linkage.id _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_model_num _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.dist 1 1 C A THR 517 ? ? N A LYS 518 ? ? 1.18 2 1 C B THR 517 ? ? N B LYS 518 ? ? 1.16 3 1 C C THR 517 ? ? N C LYS 518 ? ? 1.15 # _em_3d_fitting.entry_id 6ZXJ _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;The protective antigen (PA) monomer from 3HVD was placed seven times into the density corresponding to the heptameric PA ring using the rigid-body fit in Chimera. Two copies of the monomeric lethal factor (LF) from 1J7N were fitted similarly into the corresponding LF density located atop of the PA7 ring. The resulting model was then flexibly fitted using iMODFIT. The model was further refined in iterative rounds of phenix and coot. Unresolved regions were deleted and side chain information was removed for less well-defined regions. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? A ? 3HVD 1 ? ? PDB 'experimental model' 3HVD 1 2 ? A ? 1J7N 2 ? ? PDB 'experimental model' 1J7N # _em_3d_reconstruction.entry_id 6ZXJ _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 210000 _em_3d_reconstruction.resolution 3.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;Heptameric pre-pores of proteolytically-acitivated protective antigen were loaded with excess of LFs to create the PA7LF3 complexes. The flexible third LF is masked out in the final reconstruction to boost the resolution of the rest of the complex. ; 'Fully-loaded anthrax lethal toxin in its heptameric pre-pore state' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2' ? ? 2 1 'The trypsin-activated 63 kDa fragments assemble into a hepatameric pre-pore' 'Protective antigen' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 'Three LF molecules crown the heptameric PA ring. The density corresponding to the third LF is masked out in the reconstruction.' 'Lethal factor' RECOMBINANT COMPLEX 2 ? ? # _em_image_scans.entry_id 6ZXJ _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6ZXJ _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max 2600 _em_imaging.calibrated_defocus_min 1200 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 286 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '4 uL sample was applied to grid (with 2 nm additional carbon layer) and incubated for 45 s prior blotting.' _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.instrument 'GATAN CRYOPLUNGE 3' _em_vitrification.entry_id 6ZXJ _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6ZXJ _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6ZXJ _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -23 ? A MET 1 2 1 Y 1 A GLY -22 ? A GLY 2 3 1 Y 1 A HIS -21 ? A HIS 3 4 1 Y 1 A HIS -20 ? A HIS 4 5 1 Y 1 A HIS -19 ? A HIS 5 6 1 Y 1 A HIS -18 ? A HIS 6 7 1 Y 1 A HIS -17 ? A HIS 7 8 1 Y 1 A HIS -16 ? A HIS 8 9 1 Y 1 A HIS -15 ? A HIS 9 10 1 Y 1 A HIS -14 ? A HIS 10 11 1 Y 1 A HIS -13 ? A HIS 11 12 1 Y 1 A HIS -12 ? A HIS 12 13 1 Y 1 A SER -11 ? A SER 13 14 1 Y 1 A SER -10 ? A SER 14 15 1 Y 1 A GLY -9 ? A GLY 15 16 1 Y 1 A HIS -8 ? A HIS 16 17 1 Y 1 A ILE -7 ? A ILE 17 18 1 Y 1 A ASP -6 ? A ASP 18 19 1 Y 1 A ASP -5 ? A ASP 19 20 1 Y 1 A ASP -4 ? A ASP 20 21 1 Y 1 A ASP -3 ? A ASP 21 22 1 Y 1 A LYS -2 ? A LYS 22 23 1 Y 1 A HIS -1 ? A HIS 23 24 1 Y 1 A MET 0 ? A MET 24 25 1 Y 1 A GLU 1 ? A GLU 25 26 1 Y 1 A VAL 2 ? A VAL 26 27 1 Y 1 A LYS 3 ? A LYS 27 28 1 Y 1 A GLN 4 ? A GLN 28 29 1 Y 1 A GLU 5 ? A GLU 29 30 1 Y 1 A ASN 6 ? A ASN 30 31 1 Y 1 A ARG 7 ? A ARG 31 32 1 Y 1 A LEU 8 ? A LEU 32 33 1 Y 1 A LEU 9 ? A LEU 33 34 1 Y 1 A ASN 10 ? A ASN 34 35 1 Y 1 A GLU 11 ? A GLU 35 36 1 Y 1 A SER 12 ? A SER 36 37 1 Y 1 A GLU 13 ? A GLU 37 38 1 Y 1 A SER 14 ? A SER 38 39 1 Y 1 A SER 15 ? A SER 39 40 1 Y 1 A SER 16 ? A SER 40 41 1 Y 1 A GLN 17 ? A GLN 41 42 1 Y 1 A GLY 18 ? A GLY 42 43 1 Y 1 A LEU 19 ? A LEU 43 44 1 Y 1 A LEU 20 ? A LEU 44 45 1 Y 1 A GLY 21 ? A GLY 45 46 1 Y 1 A TYR 22 ? A TYR 46 47 1 Y 1 A TYR 23 ? A TYR 47 48 1 Y 1 A PHE 24 ? A PHE 48 49 1 Y 1 A SER 25 ? A SER 49 50 1 Y 1 A ASP 26 ? A ASP 50 51 1 Y 1 A LEU 27 ? A LEU 51 52 1 Y 1 A ASN 28 ? A ASN 52 53 1 Y 1 A PHE 29 ? A PHE 53 54 1 Y 1 A GLN 30 ? A GLN 54 55 1 Y 1 A ALA 31 ? A ALA 55 56 1 Y 1 A PRO 32 ? A PRO 56 57 1 Y 1 A MET 33 ? A MET 57 58 1 Y 1 A VAL 34 ? A VAL 58 59 1 Y 1 A VAL 35 ? A VAL 59 60 1 Y 1 A THR 36 ? A THR 60 61 1 Y 1 A SER 37 ? A SER 61 62 1 Y 1 A SER 38 ? A SER 62 63 1 Y 1 A THR 39 ? A THR 63 64 1 Y 1 A THR 40 ? A THR 64 65 1 Y 1 A GLY 41 ? A GLY 65 66 1 Y 1 A ASP 42 ? A ASP 66 67 1 Y 1 A LEU 43 ? A LEU 67 68 1 Y 1 A SER 44 ? A SER 68 69 1 Y 1 A ILE 45 ? A ILE 69 70 1 Y 1 A PRO 46 ? A PRO 70 71 1 Y 1 A SER 47 ? A SER 71 72 1 Y 1 A SER 48 ? A SER 72 73 1 Y 1 A GLU 49 ? A GLU 73 74 1 Y 1 A LEU 50 ? A LEU 74 75 1 Y 1 A GLU 51 ? A GLU 75 76 1 Y 1 A ASN 52 ? A ASN 76 77 1 Y 1 A ILE 53 ? A ILE 77 78 1 Y 1 A PRO 54 ? A PRO 78 79 1 Y 1 A SER 55 ? A SER 79 80 1 Y 1 A GLU 56 ? A GLU 80 81 1 Y 1 A ASN 57 ? A ASN 81 82 1 Y 1 A GLN 58 ? A GLN 82 83 1 Y 1 A TYR 59 ? A TYR 83 84 1 Y 1 A PHE 60 ? A PHE 84 85 1 Y 1 A GLN 61 ? A GLN 85 86 1 Y 1 A SER 62 ? A SER 86 87 1 Y 1 A ALA 63 ? A ALA 87 88 1 Y 1 A ILE 64 ? A ILE 88 89 1 Y 1 A TRP 65 ? A TRP 89 90 1 Y 1 A SER 66 ? A SER 90 91 1 Y 1 A GLY 67 ? A GLY 91 92 1 Y 1 A PHE 68 ? A PHE 92 93 1 Y 1 A ILE 69 ? A ILE 93 94 1 Y 1 A LYS 70 ? A LYS 94 95 1 Y 1 A VAL 71 ? A VAL 95 96 1 Y 1 A LYS 72 ? A LYS 96 97 1 Y 1 A LYS 73 ? A LYS 97 98 1 Y 1 A SER 74 ? A SER 98 99 1 Y 1 A ASP 75 ? A ASP 99 100 1 Y 1 A GLU 76 ? A GLU 100 101 1 Y 1 A TYR 77 ? A TYR 101 102 1 Y 1 A THR 78 ? A THR 102 103 1 Y 1 A PHE 79 ? A PHE 103 104 1 Y 1 A ALA 80 ? A ALA 104 105 1 Y 1 A THR 81 ? A THR 105 106 1 Y 1 A SER 82 ? A SER 106 107 1 Y 1 A ALA 83 ? A ALA 107 108 1 Y 1 A ASP 84 ? A ASP 108 109 1 Y 1 A ASN 85 ? A ASN 109 110 1 Y 1 A HIS 86 ? A HIS 110 111 1 Y 1 A VAL 87 ? A VAL 111 112 1 Y 1 A THR 88 ? A THR 112 113 1 Y 1 A MET 89 ? A MET 113 114 1 Y 1 A TRP 90 ? A TRP 114 115 1 Y 1 A VAL 91 ? A VAL 115 116 1 Y 1 A ASP 92 ? A ASP 116 117 1 Y 1 A ASP 93 ? A ASP 117 118 1 Y 1 A GLN 94 ? A GLN 118 119 1 Y 1 A GLU 95 ? A GLU 119 120 1 Y 1 A VAL 96 ? A VAL 120 121 1 Y 1 A ILE 97 ? A ILE 121 122 1 Y 1 A ASN 98 ? A ASN 122 123 1 Y 1 A LYS 99 ? A LYS 123 124 1 Y 1 A ALA 100 ? A ALA 124 125 1 Y 1 A SER 101 ? A SER 125 126 1 Y 1 A ASN 102 ? A ASN 126 127 1 Y 1 A SER 103 ? A SER 127 128 1 Y 1 A ASN 104 ? A ASN 128 129 1 Y 1 A LYS 105 ? A LYS 129 130 1 Y 1 A ILE 106 ? A ILE 130 131 1 Y 1 A ARG 107 ? A ARG 131 132 1 Y 1 A LEU 108 ? A LEU 132 133 1 Y 1 A GLU 109 ? A GLU 133 134 1 Y 1 A LYS 110 ? A LYS 134 135 1 Y 1 A GLY 111 ? A GLY 135 136 1 Y 1 A ARG 112 ? A ARG 136 137 1 Y 1 A LEU 113 ? A LEU 137 138 1 Y 1 A TYR 114 ? A TYR 138 139 1 Y 1 A GLN 115 ? A GLN 139 140 1 Y 1 A ILE 116 ? A ILE 140 141 1 Y 1 A LYS 117 ? A LYS 141 142 1 Y 1 A ILE 118 ? A ILE 142 143 1 Y 1 A GLN 119 ? A GLN 143 144 1 Y 1 A TYR 120 ? A TYR 144 145 1 Y 1 A GLN 121 ? A GLN 145 146 1 Y 1 A ARG 122 ? A ARG 146 147 1 Y 1 A GLU 123 ? A GLU 147 148 1 Y 1 A ASN 124 ? A ASN 148 149 1 Y 1 A PRO 125 ? A PRO 149 150 1 Y 1 A THR 126 ? A THR 150 151 1 Y 1 A GLU 127 ? A GLU 151 152 1 Y 1 A LYS 128 ? A LYS 152 153 1 Y 1 A GLY 129 ? A GLY 153 154 1 Y 1 A LEU 130 ? A LEU 154 155 1 Y 1 A ASP 131 ? A ASP 155 156 1 Y 1 A PHE 132 ? A PHE 156 157 1 Y 1 A LYS 133 ? A LYS 157 158 1 Y 1 A LEU 134 ? A LEU 158 159 1 Y 1 A TYR 135 ? A TYR 159 160 1 Y 1 A TRP 136 ? A TRP 160 161 1 Y 1 A THR 137 ? A THR 161 162 1 Y 1 A ASP 138 ? A ASP 162 163 1 Y 1 A SER 139 ? A SER 163 164 1 Y 1 A GLN 140 ? A GLN 164 165 1 Y 1 A ASN 141 ? A ASN 165 166 1 Y 1 A LYS 142 ? A LYS 166 167 1 Y 1 A LYS 143 ? A LYS 167 168 1 Y 1 A GLU 144 ? A GLU 168 169 1 Y 1 A VAL 145 ? A VAL 169 170 1 Y 1 A ILE 146 ? A ILE 170 171 1 Y 1 A SER 147 ? A SER 171 172 1 Y 1 A SER 148 ? A SER 172 173 1 Y 1 A ASP 149 ? A ASP 173 174 1 Y 1 A ASN 150 ? A ASN 174 175 1 Y 1 A LEU 151 ? A LEU 175 176 1 Y 1 A GLN 152 ? A GLN 176 177 1 Y 1 A LEU 153 ? A LEU 177 178 1 Y 1 A PRO 154 ? A PRO 178 179 1 Y 1 A GLU 155 ? A GLU 179 180 1 Y 1 A LEU 156 ? A LEU 180 181 1 Y 1 A LYS 157 ? A LYS 181 182 1 Y 1 A GLN 158 ? A GLN 182 183 1 Y 1 A LYS 159 ? A LYS 183 184 1 Y 1 A SER 160 ? A SER 184 185 1 Y 1 A SER 161 ? A SER 185 186 1 Y 1 A ASN 162 ? A ASN 186 187 1 Y 1 A SER 163 ? A SER 187 188 1 Y 1 A ARG 164 ? A ARG 188 189 1 Y 1 A LYS 165 ? A LYS 189 190 1 Y 1 A LYS 166 ? A LYS 190 191 1 Y 1 A ARG 167 ? A ARG 191 192 1 Y 1 A SER 168 ? A SER 192 193 1 Y 1 A THR 169 ? A THR 193 194 1 Y 1 A SER 170 ? A SER 194 195 1 Y 1 A ALA 171 ? A ALA 195 196 1 Y 1 A GLY 172 ? 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