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US ? ? 1 Science SCIEAS 0038 1095-9203 ? ? 359 ? 545 550 'Structure of the yeast oligosaccharyltransferase complex gives insight into eukaryotic N-glycosylation.' 2018 ? 10.1126/science.aar5140 29301962 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ramirez, A.S.' 1 0000-0002-1619-0721 primary 'de Capitani, M.' 2 0000-0003-0187-6277 primary 'Pesciullesi, G.' 3 0000-0002-4234-0906 primary 'Kowal, J.' 4 0000-0003-4694-1896 primary 'Bloch, J.S.' 5 ? primary 'Irobalieva, R.N.' 6 0000-0003-3540-4294 primary 'Reymond, J.L.' 7 ? primary 'Aebi, M.' 8 ? primary 'Locher, K.P.' 9 0000-0002-8207-2889 1 'Wild, R.' 10 ? 1 'Kowal, J.' 11 ? 1 'Eyring, J.' 12 ? 1 'Ngwa, E.M.' 13 ? 1 'Aebi, M.' 14 ? 1 'Locher, K.P.' 15 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6EZN _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? 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YVFFAALTTVFTIKSPAYPFPLLRLSAPFK ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no MISDEQLNSLAITFGIVMMTLIVIYHAVDSTMSPKN MISDEQLNSLAITFGIVMMTLIVIYHAVDSTMSPKN D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MTYEQLYKEFHSSKSFQPFIHLDTQPKFAICGLIVTLAVLSSALFAVGSKSSYIKKLFFYTILSVIGSLFAGLTTVFASN SFGVYV ; ;MTYEQLYKEFHSSKSFQPFIHLDTQPKFAICGLIVTLAVLSSALFAVGSKSSYIKKLFFYTILSVIGSLFAGLTTVFASN SFGVYV ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MGSDRSCVLSVFQTILKLVIFVAIFGAAISSRLFAVIKFESIIHEFDPWFNYRATKYLVNNSFYKFLNWFDDRTWYPLGR VTGGTLYPGLMTTSAFIWHALRNWLGLPIDIRNVCVLFAPLFSGVTAWATYEFTKEIKDASAGLLAAGFIAIVPGYISRS VAGSYDNEAIAITLLMVTFMFWIKAQKTGSIMHATCAALFYFYMVSAWGGYVFITNLIPLHVFLLILMGRYSSKLYSAYT TWYAIGTVASMQIPFVGFLPIRSNDHMAALGVFGLIQIVAFGDFVKGQISTAKFKVIMMVSLFLILVLGVVGLSALTYMG LIAPWTGRFYSLWDTNYAKIHIPIIASVSEHQPVSWPAFFFDTHFLIWLFPAGVFLLFLDLKDEHVFVIAYSVLCSYFAG VMVRLMLTLTPVICVSAAVALSKIFDIYLDFKTSDRKYAIKPAALLAKLIVSGSFIFYLYLFVFHSTWVTRTAYSSPSVV LPSQTPDGKLALIDDFREAYYWLRMNSDEDSKVAAWWDYGYQIGGMADRTTLVDNNTWNNTHIAIVGKAMASPEEKSYEI 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;MRTDWNFFFCILLQAIFVVGTQTSRTLVLYDQSTEPLEEYSVYLKDLEQRNYKLEYLDINSTSTTVDLYDKEQRLFDNII VFPTKGGKNLARQIPVKQLIKFFENEGNILCMSSPGAVPNTIRLFLNELGIYPSPKGHVIRDYFSPSSEELVVSSNHLLN KYVYNARKSEDFVFGESSAALLENREQIVPILNAPRTSFTESKGKCNSWTSGSQGFLVVGFQNLNNARLVWIGSSDFLKN KNQDSNQEFAKELLKWTFNEKSVIKSVHAVHSHADGTSYDEEPYKIKDKVIYSVGFSEWNGEEWLPHIADDIQFELRQVD PYYRLTLSPSGNDSETQYYTTGEFILPDRHGVFTFLTDYRKIGLSFTTDKDVKAIRHLANDEYPRSWEISNSWVYISAIC GVIVAWIFFVVSFVTTSSVGKKLETFKKTN ; ;MRTDWNFFFCILLQAIFVVGTQTSRTLVLYDQSTEPLEEYSVYLKDLEQRNYKLEYLDINSTSTTVDLYDKEQRLFDNII VFPTKGGKNLARQIPVKQLIKFFENEGNILCMSSPGAVPNTIRLFLNELGIYPSPKGHVIRDYFSPSSEELVVSSNHLLN KYVYNARKSEDFVFGESSAALLENREQIVPILNAPRTSFTESKGKCNSWTSGSQGFLVVGFQNLNNARLVWIGSSDFLKN KNQDSNQEFAKELLKWTFNEKSVIKSVHAVHSHADGTSYDEEPYKIKDKVIYSVGFSEWNGEEWLPHIADDIQFELRQVD PYYRLTLSPSGNDSETQYYTTGEFILPDRHGVFTFLTDYRKIGLSFTTDKDVKAIRHLANDEYPRSWEISNSWVYISAIC GVIVAWIFFVVSFVTTSSVGKKLETFKKTN ; G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MQFFKTLAALVSCISFVLAYVAQDVHVSFPSTAGKSRVMIGKVEPRIGIDETVPTTITVEDPNEVIQVNFAIESTNKPFQ 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'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP OST1_YEAST P41543 ? 1 ;MRQVWFSWIVGLFLCFFNVSSAAQYEPPATWENVDYKRTIDVSNAYISETIEITIKNIASEPATEYFTAFESGIFSKVSF FSAYFTNEATFLNSQLLANSTTAPGDDGESEIRYGIIQFPNAISPQEEVSLVIKSFYNTVGIPYPEHVGMSEEQHLLWET NRLPLSAYDTKKASFTLIGSSSFEEYHPPNDESLLGKANGNSFEFGPWEDIPRFSSNETLAIVYSHNAPLNQVVNLRRDI WLSHWASTIQFEEYYELTNKAAKLSKGFSRLELMKQIQTQNMRQTHFVTVLDMLLPEGATDHYFTDLVGLVSTSHAERDH FFIRPRFPIFGGWNYNFTVGWTNKLSDFLHVSSGSDEKFVASIPILNGPPDTVYDNVELSVFLPEGAEIFDIDSPVPFTN VSIETQKSYFDLNKGHVKLTFSYRNLISQVANGQVLIKYDYPKSSFFKKPLSIACYIFTALMGVFVLKTLNMNVTN ; 1 2 UNP OST2_YEAST P46964 ? 2 ;MAKAPKANTPKVTSTSSAVLTDFQETFKTSKRAYFAQIEKYPKLKLIDTFCFFLVLLGVIQCTFIILIRDNFPFNAFLAG FIICVGQFVLLMSLRLQLCNSFPGISKNRAFAEFIVASLILHFVCLHFIN ; 1 3 UNP OST3_YEAST P48439 ? 3 ;MNWLFLVSLVFFCGVSTHPALAMSSNRLLKLANKSPKKIIPLKDSSFENILAPPHENAYIVALFTATAPEIGCSLCLELE SEYDTIVASWFDDHPDAKSSNSDTSIFFTKVNLEDPSKTIPKAFQFFQLNNVPRLFIFKPNSPSILDHSVISISTDTGSE RMKQIIQAIKQFSQVNDFSLHLPMDWTPIITSTIITFITVLLFKKQSKLMFSIISSRIIWATLSTFFIICMISAYMFNQI RNTQLAGVGPKGEVMYFLPNEFQHQFAIETQVMVLIYGTLAALVVVLVKGIQFLRSHLYPETKKAYFIDAILASFCALFI YVFFAALTTVFTIKSPAYPFPLLRLSAPFK ; 1 4 UNP OST4_YEAST Q99380 ? 4 MISDEQLNSLAITFGIVMMTLIVIYHAVDSTMSPKN 1 5 UNP OST5_YEAST Q92316 ? 5 ;MTYEQLYKEFHSSKSFQPFIHLDTQPKFAICGLIVTLAVLSSALFAVGSKSSYIKKLFFYTILSVIGSLFAGLTTVFASN SFGVYV ; 1 6 UNP STT3_YEAST P39007 ? 6 ;MGSDRSCVLSVFQTILKLVIFVAIFGAAISSRLFAVIKFESIIHEFDPWFNYRATKYLVNNSFYKFLNWFDDRTWYPLGR VTGGTLYPGLMTTSAFIWHALRNWLGLPIDIRNVCVLFAPLFSGVTAWATYEFTKEIKDASAGLLAAGFIAIVPGYISRS VAGSYDNEAIAITLLMVTFMFWIKAQKTGSIMHATCAALFYFYMVSAWGGYVFITNLIPLHVFLLILMGRYSSKLYSAYT TWYAIGTVASMQIPFVGFLPIRSNDHMAALGVFGLIQIVAFGDFVKGQISTAKFKVIMMVSLFLILVLGVVGLSALTYMG LIAPWTGRFYSLWDTNYAKIHIPIIASVSEHQPVSWPAFFFDTHFLIWLFPAGVFLLFLDLKDEHVFVIAYSVLCSYFAG VMVRLMLTLTPVICVSAAVALSKIFDIYLDFKTSDRKYAIKPAALLAKLIVSGSFIFYLYLFVFHSTWVTRTAYSSPSVV LPSQTPDGKLALIDDFREAYYWLRMNSDEDSKVAAWWDYGYQIGGMADRTTLVDNNTWNNTHIAIVGKAMASPEEKSYEI LKEHDVDYVLVIFGGLIGFGGDDINKFLWMIRISEGIWPEEIKERDFYTAEGEYRVDARASETMRNSLLYKMSYKDFPQL FNGGQATDRVRQQMITPLDVPPLDYFDEVFTSENWMVRIYQLKKDDAQGRTLRDVGELTRSSTKTRRSIKRPELGLRV ; 1 7 UNP OSTB_YEAST P33767 ? 7 ;MRTDWNFFFCILLQAIFVVGTQTSRTLVLYDQSTEPLEEYSVYLKDLEQRNYKLEYLDINSTSTTVDLYDKEQRLFDNII VFPTKGGKNLARQIPVKQLIKFFENEGNILCMSSPGAVPNTIRLFLNELGIYPSPKGHVIRDYFSPSSEELVVSSNHLLN KYVYNARKSEDFVFGESSAALLENREQIVPILNAPRTSFTESKGKCNSWTSGSQGFLVVGFQNLNNARLVWIGSSDFLKN KNQDSNQEFAKELLKWTFNEKSVIKSVHAVHSHADGTSYDEEPYKIKDKVIYSVGFSEWNGEEWLPHIADDIQFELRQVD PYYRLTLSPSGNDSETQYYTTGEFILPDRHGVFTFLTDYRKIGLSFTTDKDVKAIRHLANDEYPRSWEISNSWVYISAIC GVIVAWIFFVVSFVTTSSVGKKLETFKKTN ; 1 8 UNP OSTD_YEAST Q02795 ? 8 ;MQFFKTLAALVSCISFVLAYVAQDVHVSFPSTAGKSRVMIGKVEPRIGIDETVPTTITVEDPNEVIQVNFAIESTNKPFQ NTLLIGLPNKNLEMAFEPEIKDNGKLSMYKYRIDLAKLDAALLQEASRSPEPIKATLILASSTAKPKENLFREILQLNLN FDVDHSDSSLVDKFGIKPEIHHIFHAEPKRVAKPIAVIFVLIIFITILSLIVTWLNSCAAAFNNIPTGVTAVYFLGFIAT IVGFEVIFARYYLGTSIFETLFSSLYLGAPGLLTSTKFLRSFGQTI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6EZN A 1 ? 476 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CPL non-polymer . 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 'PALMITOYL-LINOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE' 'C42 H80 N O8 P' 758.060 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PTY non-polymer . PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE ? 'C40 H80 N O8 P' 734.039 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6EZN _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 6EZN _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? 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LEU A 345 ASP A 347 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 4 LYS A 443 ? PHE A 446 ? LYS A 443 PHE A 446 1 ? 4 HELX_P HELX_P5 5 LYS A 448 ? VAL A 466 ? LYS A 448 VAL A 466 1 ? 19 HELX_P HELX_P6 6 GLN B 24 ? LYS B 40 ? GLN B 24 LYS B 40 1 ? 17 HELX_P HELX_P7 7 PRO B 42 ? LEU B 67 ? PRO B 42 LEU B 67 1 ? 26 HELX_P HELX_P8 8 ASN B 75 ? CYS B 99 ? ASN B 75 CYS B 99 1 ? 25 HELX_P HELX_P9 9 ARG B 109 ? PHE B 128 ? ARG B 109 PHE B 128 1 ? 20 HELX_P HELX_P10 10 ILE C 218 ? ILE C 232 ? ILE C 218 ILE C 232 1 ? 15 HELX_P HELX_P11 11 TYR C 235 ? ILE C 240 ? TYR C 235 ILE C 240 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 12 GLU C 269 ? LYS C 289 ? GLU C 269 LYS C 289 1 ? 21 HELX_P HELX_P13 13 ILE C 291 ? HIS C 297 ? ILE C 291 HIS C 297 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 14 ALA C 305 ? LYS C 334 ? ALA C 305 LYS C 334 1 ? 30 HELX_P HELX_P15 15 ASP D 4 ? THR D 31 ? ASP D 4 THR D 31 1 ? 28 HELX_P HELX_P16 16 TYR E 3 ? HIS E 11 ? TYR E 3 HIS E 11 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 17 GLN E 25 ? SER E 41 ? GLN E 25 SER E 41 1 ? 17 HELX_P HELX_P18 18 ILE E 54 ? 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PHE F 258 ARG F 262 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 33 MET F 267 ? LYS F 286 ? MET F 267 LYS F 286 1 ? 20 HELX_P HELX_P34 34 THR F 291 ? PHE F 294 ? THR F 291 PHE F 294 1 ? 4 HELX_P HELX_P35 35 TRP F 356 ? ASP F 362 ? TRP F 356 ASP F 362 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 36 LEU F 366 ? PHE F 378 ? LEU F 366 PHE F 378 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 37 HIS F 385 ? VAL F 401 ? HIS F 385 VAL F 401 1 ? 17 HELX_P HELX_P38 38 ARG F 404 ? TYR F 428 ? ARG F 404 TYR F 428 5 ? 25 HELX_P HELX_P39 39 PRO F 442 ? ALA F 473 ? PRO F 442 ALA F 473 1 ? 32 HELX_P HELX_P40 40 ASP F 495 ? MET F 505 ? ASP F 495 MET F 505 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 41 TRP F 517 ? MET F 526 ? TRP F 517 MET F 526 5 ? 10 HELX_P HELX_P42 42 ASN F 540 ? MET F 550 ? ASN F 540 MET F 550 1 ? 11 HELX_P HELX_P43 43 GLU F 554 ? GLU F 563 ? GLU F 554 GLU F 563 1 ? 10 HELX_P HELX_P44 44 LEU F 588 ? GLU F 595 ? LEU F 588 GLU F 595 1 ? 8 HELX_P HELX_P45 45 GLU F 622 ? ARG F 625 ? GLU F 622 ARG F 625 1 ? 4 HELX_P HELX_P46 46 LEU F 628 ? SER F 633 ? LEU F 628 SER F 633 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 47 LEU F 692 ? LEU F 698 ? LEU F 692 LEU F 698 1 ? 7 HELX_P HELX_P48 48 GLU G 38 ? GLN G 49 ? GLU G 38 GLN G 49 5 ? 12 HELX_P HELX_P49 49 ASN G 89 ? GLN G 93 ? ASN G 89 GLN G 93 1 ? 5 HELX_P HELX_P50 50 VAL G 96 ? ASN G 105 ? VAL G 96 ASN G 105 1 ? 10 HELX_P HELX_P51 51 ASN G 120 ? LEU G 129 ? ASN G 120 LEU G 129 1 ? 10 HELX_P HELX_P52 52 SER G 155 ? HIS G 157 ? SER G 155 HIS G 157 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 53 GLU G 248 ? THR G 257 ? GLU G 248 THR G 257 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 54 TRP G 393 ? THR G 415 ? TRP G 393 THR G 415 1 ? 23 HELX_P HELX_P55 55 LEU H 122 ? ARG H 128 ? LEU H 122 ARG H 128 1 ? 7 HELX_P HELX_P56 56 LYS H 193 ? LEU H 215 ? LYS H 193 LEU H 215 1 ? 23 HELX_P HELX_P57 57 ALA H 231 ? TYR H 252 ? ALA H 231 TYR H 252 1 ? 22 HELX_P HELX_P58 58 ILE H 257 ? THR H 274 ? ILE H 257 THR H 274 1 ? 18 HELX_P HELX_P59 59 LYS H 277 ? SER H 281 ? LYS H 277 SER H 281 1 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? 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K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale10 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale11 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale12 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale13 covale both ? K MAN . O2 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K MAN 4 K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale14 covale both ? K MAN . O2 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K MAN 5 K MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale15 covale both ? K MAN . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K MAN 7 K MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale16 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id SER _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 702 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id F _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id SER _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 702 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id F _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 THR _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 703 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 F _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 THR _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 703 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 F _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -13.80 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 7 ? B ? 3 ? C ? 3 ? D ? 5 ? 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T ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel A 6 7 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel D 1 2 ? parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? anti-parallel E 1 2 ? parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel F 2 3 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? anti-parallel H 2 3 ? anti-parallel I 1 2 ? parallel J 1 2 ? parallel J 2 3 ? parallel J 3 4 ? anti-parallel J 4 5 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel R 2 3 ? parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 LYS A 197 ? 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PHENIX 1.11 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.5 _em_specimen.details 'OST complex reconstituted into nanodisc' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Swiss National Science Foundation' Switzerland 'SNF Synergia Transglyco: CRSII3_147632' 1 'Swiss National Science Foundation' Switzerland 'SNF Sinergia GlycoSTART: CRSII5_173709/1' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero I 9 NAG 1 I NAG 1 A NAG 1000 n I 9 NAG 2 I NAG 2 A NAG 1001 n I 9 BMA 3 I BMA 3 A BMA 1002 n J 10 NAG 1 J NAG 1 A NAG 2000 n J 10 NAG 2 J NAG 2 A NAG 2001 n K 11 NAG 1 K NAG 1 F NAG 1000 n K 11 NAG 2 K NAG 2 F NAG 1001 n K 11 BMA 3 K BMA 3 F BMA 1002 n K 11 MAN 4 K MAN 4 F MAN 1003 n K 11 MAN 5 K MAN 5 F MAN 1004 n K 11 MAN 6 K MAN 6 F MAN 1005 n K 11 MAN 7 K MAN 7 F MAN 1006 n K 11 MAN 8 K MAN 8 F MAN 1007 n L 10 NAG 1 L NAG 1 G NAG 1000 n L 10 NAG 2 L NAG 2 G NAG 1001 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide 11 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 9 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 9 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 9 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 10 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 10 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 10 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 11 'DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 11 'WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 11 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 10 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 4 11 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 11 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 6 11 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 7 11 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 8 11 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 9 11 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 10 11 8 MAN C1 O1 7 MAN O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 BMA 3 n 10 NAG 1 n 10 NAG 2 n 11 NAG 1 n 11 NAG 2 n 11 BMA 3 n 11 MAN 4 n 11 MAN 5 n 11 MAN 6 n 11 MAN 7 n 11 MAN 8 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 12 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE CPL 13 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE PTY 14 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'mass spectrometry' ? 2 1 'gel filtration' ? #