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EMD-4318 'other EM volume' EMDB 'Structure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome' EMD-4336 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6G0L _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-03-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sundaramoorthy, R.' 1 0000-0003-4895-0980 'Owen-hughes, T.' 2 ? 'Norman, D.G.' 3 ? 'Hughes, A.' 4 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Elife _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2050-084X _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 7 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structure of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a ubiquitinylated nucleosome.' _citation.year 2018 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.7554/eLife.35720 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30079888 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sundaramoorthy, R.' 1 ? primary 'Hughes, A.L.' 2 ? primary 'El-Mkami, H.' 3 ? primary 'Norman, D.G.' 4 0000-0002-7658-7720 primary 'Ferreira, H.' 5 ? primary 'Owen-Hughes, T.' 6 0000-0002-0618-8185 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3' 15407.075 2 ? ? ? 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The N-terminal region from 1-19 is not resolved.' 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 14193.578 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H4' 13939.228 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H2A type 1' 14093.436 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (176-MER)' 54088.469 1 ? ? ? ? 7 polymer syn 'DNA (177-MER)' 54885.938 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'Chromo domain-containing protein 1' 168496.609 2 3.6.4.- ? ? ? 9 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 2 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' 66.007 2 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 8 _entity_name_com.name 'ATP-dependent helicase CHD1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCGIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCGIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGRVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGRVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPDPAKSAPAAKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPDPAKSAPAAKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR 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(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA) ; ;ATACGCGGCCGCCCATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACG TACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGATT AACGATGCTGGGCATA ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC) (DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG) 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;MAAKDISTEVLQNPELYGLRRSHRAAAHQQNYFNDSDDEDDEDNIKQSRRKRMTTIEDDEDEFEDEEGEEDSGEDEDEED FEEDDDYYGSPIKQNRSKPKSRTKSKSKSKPKSQSEKQSTVKIPTRFSNRQNKTVNYNIDYSDDDLLESEDDYGSEEALS EENVHEASANPQPEDFHGIDIVINHRLKTSLEEGKVLEKTVPDLNNCKENYEFLIKWTDESHLHNTWETYESIGQVRGLK RLDNYCKQFIIEDQQVRLDPYVTAEDIEIMDMERERRLDEFEEFHVPERIIDSQRASLEDGTSQLQYLVKWRRLNYDEAT WENATDIVKLAPEQVKHFQNRENSKILPQYSSNYTSQRPRFEKLSVQPPFIKGGELRDFQLTGINWMAFLWSKGDNGILA DEMGLGKTVQTVAFISWLIFARRQNGPHIIVVPLSTMPAWLDTFEKWAPDLNCICYMGNQKSRDTIREYEFYTNPRAKGK KTMKFNVLLTTYEYILKDRAELGSIKWQFMAVDEAHRLKNAESSLYESLNSFKVANRMLITGTPLQNNIKELAALVNFLM PGRFTIDQEIDFENQDEEQEEYIHDLHRRIQPFILRRLKKDVEKSLPSKTERILRVELSDVQTEYYKNILTKNYSALTAG AKGGHFSLLNIMNELKKASNHPYLFDNAEERVLQKFGDGKMTRENVLRGLIMSSGKMVLLDQLLTRLKKDGHRVLIFSQM VRMLDILGDYLSIKGINFQRLDGTVPSAQRRISIDHFNSPDSNDFVFLLSTRAGGLGINLMTADTVVIFDSDWNPQADLQ AMARAHRIGQKNHVMVYRLVSKDTVEEEVLERARKKMILEYAIISLGVTDGNKYTKKNEPNAGELSAILKFGAGNMFTAT DNQKKLEDLNLDDVLNHAEDHVTTPDLGESHLGGEEFLKQFEVTDYKADIDWDDIIPEEELKKLQDEEQKRKDEEYVKEQ LEMMNRRDNALKKIKNSVNGDGTAANSDSDDDSTSRSSRRRARANDMDSIGESEVRALYKAILKFGNLKEILDELIADGT LPVKSFEKYGETYDEMMEAAKDCVHEEEKNRKEILEKLEKHATAYRAKLKSGEIKAENQPKDNPLTRLSLKKREKKAVLF NFKGVKSLNAESLLSRVEDLKYLKNLINSNYKDDPLKFSLGNNTPKPVQNWSSNWTKEEDEKLLIGVFKYGYGSWTQIRD DPFLGITDKIFLNEVHNPVAKKSASSSDTTPTPSKKGKGITGSSKKVPGAIHLGRRVDYLLSFLRGGLNTKSPSADIGSK KLPTGPSKKRQRKPANHSKSMTPEITSSEPANGPPSKRMKALPKGPAALINNTRLSPNSPTPPLKSKVSRDNGTRQSSNP SSGSAHEKEYDSMDEEDCRHTMSAIRTSLKRLRRGGKSLDRKEWAKILKTELTTIGNHIESQKGSSRKASPEKYRKHLWS YSANFWPADVKSTKLMAMYDKITESQKK ; M,W ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY 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'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q92133_XENLA Q92133 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCGIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 3 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 1 4 UNP A0A1L8G0X3_XENLA A0A1L8G0X3 ? 4 ;MPDPAKSAPAAKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 5 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 1 6 PDB 6G0L 6G0L ? 6 ? 1 7 PDB 6G0L 6G0L ? 7 ? 1 8 UNP CHD1_YEAST P32657 ? 8 ;MAAKDISTEVLQNPELYGLRRSHRAAAHQQNYFNDSDDEDDEDNIKQSRRKRMTTIEDDEDEFEDEEGEEDSGEDEDEED FEEDDDYYGSPIKQNRSKPKSRTKSKSKSKPKSQSEKQSTVKIPTRFSNRQNKTVNYNIDYSDDDLLESEDDYGSEEALS EENVHEASANPQPEDFHGIDIVINHRLKTSLEEGKVLEKTVPDLNNCKENYEFLIKWTDESHLHNTWETYESIGQVRGLK RLDNYCKQFIIEDQQVRLDPYVTAEDIEIMDMERERRLDEFEEFHVPERIIDSQRASLEDGTSQLQYLVKWRRLNYDEAT WENATDIVKLAPEQVKHFQNRENSKILPQYSSNYTSQRPRFEKLSVQPPFIKGGELRDFQLTGINWMAFLWSKGDNGILA DEMGLGKTVQTVAFISWLIFARRQNGPHIIVVPLSTMPAWLDTFEKWAPDLNCICYMGNQKSRDTIREYEFYTNPRAKGK KTMKFNVLLTTYEYILKDRAELGSIKWQFMAVDEAHRLKNAESSLYESLNSFKVANRMLITGTPLQNNIKELAALVNFLM PGRFTIDQEIDFENQDEEQEEYIHDLHRRIQPFILRRLKKDVEKSLPSKTERILRVELSDVQTEYYKNILTKNYSALTAG AKGGHFSLLNIMNELKKASNHPYLFDNAEERVLQKFGDGKMTRENVLRGLIMSSGKMVLLDQLLTRLKKDGHRVLIFSQM VRMLDILGDYLSIKGINFQRLDGTVPSAQRRISIDHFNSPDSNDFVFLLSTRAGGLGINLMTADTVVIFDSDWNPQADLQ AMARAHRIGQKNHVMVYRLVSKDTVEEEVLERARKKMILEYAIISLGVTDGNKYTKKNEPNAGELSAILKFGAGNMFTAT DNQKKLEDLNLDDVLNHAEDHVTTPDLGESHLGGEEFLKQFEVTDYKADIDWDDIIPEEELKKLQDEEQKRKDEEYVKEQ LEMMNRRDNALKKIKNSVNGDGTAANSDSDDDSTSRSSRRRARANDMDSIGESEVRALYKAILKFGNLKEILDELIADGT LPVKSFEKYGETYDEMMEAAKDCVHEEEKNRKEILEKLEKHATAYRAKLKSGEIKAENQPKDNPLTRLSLKKREKKAVLF NFKGVKSLNAESLLSRVEDLKYLKNLINSNYKDDPLKFSLGNNTPKPVQNWSSNWTKEEDEKLLIGVFKYGYGSWTQIRD DPFLGITDKIFLNEVHNPVAKKSASSSDTTPTPSKKGKGITGSSKKVPGAIHLGRRVDYLLSFLRGGLNTKSPSADIGSK KLPTGPSKKRQRKPANHSKSMTPEITSSEPANGPPSKRMKALPKGPAALINNTRLSPNSPTPPLKSKVSRDNGTRQSSNP SSGSAHEKEYDSMDEEDCRHTMSAIRTSLKRLRRGGKSLDRKEWAKILKTELTTIGNHIESQKGSSRKASPEKYRKHLWS YSANFWPADVKSTKLMAMYDKITESQKK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6G0L A 1 ? 136 ? 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P32657 1 ? 1468 ? 1 1467 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 6G0L ARG C 100 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 1 3 6G0L ARG C 107 ? UNP P06897 GLY 107 conflict 106 2 4 6G0L THR D 33 ? UNP A0A1L8G0X3 SER 33 conflict 29 3 7 6G0L ARG G 100 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 4 8 6G0L THR H 33 ? UNP A0A1L8G0X3 SER 33 conflict 29 5 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BEF non-polymer . 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' ? 'Be F3 -1' 66.007 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 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I DT 159 N3 ? ? ? 1_555 J DA 18 N1 ? ? I DT 72 J DA -72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog288 hydrog ? ? I DT 159 O4 ? ? ? 1_555 J DA 18 N6 ? ? I DT 72 J DA -72 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog289 hydrog ? ? I DT 160 N3 ? ? ? 1_555 J DA 17 N1 ? ? I DT 73 J DA -73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog290 hydrog ? ? I DT 160 O4 ? ? ? 1_555 J DA 17 N6 ? ? I DT 73 J DA -73 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog291 hydrog ? ? I DA 161 N1 ? ? ? 1_555 J DT 16 N3 ? ? I DA 74 J DT -74 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog292 hydrog ? ? I DA 161 N6 ? ? ? 1_555 J DT 16 O4 ? ? I DA 74 J DT -74 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog293 hydrog ? ? I DA 162 N1 ? ? ? 1_555 J DT 15 N3 ? ? I DA 75 J DT -75 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog294 hydrog ? ? I DA 162 N6 ? ? ? 1_555 J DT 15 O4 ? ? I DA 75 J DT -75 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog295 hydrog ? ? I DC 163 N3 ? ? ? 1_555 J DG 14 N1 ? ? I DC 76 J DG -76 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog296 hydrog ? ? I DC 163 N4 ? ? ? 1_555 J DG 14 O6 ? ? I DC 76 J DG -76 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog297 hydrog ? ? I DC 163 O2 ? ? ? 1_555 J DG 14 N2 ? ? I DC 76 J DG -76 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog298 hydrog ? ? I DG 164 N1 ? ? ? 1_555 J DC 13 N3 ? ? I DG 77 J DC -77 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog299 hydrog ? ? I DG 164 N2 ? ? ? 1_555 J DC 13 O2 ? ? I DG 77 J DC -77 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog300 hydrog ? ? I DG 164 O6 ? ? ? 1_555 J DC 13 N4 ? ? I DG 77 J DC -77 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog301 hydrog ? ? I DA 165 N1 ? ? ? 1_555 J DT 12 N3 ? ? I DA 78 J DT -78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog302 hydrog ? ? I DA 165 N6 ? ? ? 1_555 J DT 12 O4 ? ? I DA 78 J DT -78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog303 hydrog ? ? I DT 166 N3 ? ? ? 1_555 J DA 11 N1 ? ? I DT 79 J DA -79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog304 hydrog ? ? I DT 166 O4 ? ? ? 1_555 J DA 11 N6 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id VAL _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 1247 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id L _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id VAL _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 1246 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id W _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 1248 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 L _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 1247 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 W _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 7.96 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? 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L TYR 1434 1395 1 Y 1 W ARG 1434 ? L ARG 1435 1396 1 Y 1 W LYS 1435 ? L LYS 1436 1397 1 Y 1 W HIS 1436 ? L HIS 1437 1398 1 Y 1 W LEU 1437 ? L LEU 1438 1399 1 Y 1 W TRP 1438 ? L TRP 1439 1400 1 Y 1 W SER 1439 ? L SER 1440 1401 1 Y 1 W TYR 1440 ? L TYR 1441 1402 1 Y 1 W SER 1441 ? L SER 1442 1403 1 Y 1 W ALA 1442 ? L ALA 1443 1404 1 Y 1 W ASN 1443 ? L ASN 1444 1405 1 Y 1 W PHE 1444 ? L PHE 1445 1406 1 Y 1 W TRP 1445 ? L TRP 1446 1407 1 Y 1 W PRO 1446 ? L PRO 1447 1408 1 Y 1 W ALA 1447 ? L ALA 1448 1409 1 Y 1 W ASP 1448 ? L ASP 1449 1410 1 Y 1 W VAL 1449 ? L VAL 1450 1411 1 Y 1 W LYS 1450 ? L LYS 1451 1412 1 Y 1 W SER 1451 ? L SER 1452 1413 1 Y 1 W THR 1452 ? L THR 1453 1414 1 Y 1 W LYS 1453 ? L LYS 1454 1415 1 Y 1 W LEU 1454 ? L LEU 1455 1416 1 Y 1 W MET 1455 ? L MET 1456 1417 1 Y 1 W ALA 1456 ? L ALA 1457 1418 1 Y 1 W MET 1457 ? L MET 1458 1419 1 Y 1 W TYR 1458 ? L TYR 1459 1420 1 Y 1 W ASP 1459 ? L ASP 1460 1421 1 Y 1 W LYS 1460 ? L LYS 1461 1422 1 Y 1 W ILE 1461 ? 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'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 4 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 1.56 _em_image_recording.average_exposure_time 2 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1800 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 250000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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J 19 ? 1 I DT 71 1_555 J DA 106 1_555 I DA 73 1_555 J DT 104 1_555 0.231 1.065 6.955 -3.931 -17.680 67.359 2.279 -0.502 6.518 -15.653 3.480 69.473 42 II_DT-16DA-14:DT14DA16_JJ I -16 ? J 16 ? I -14 ? J 14 ? 1 I DA 73 1_555 J DT 104 1_555 I DA 74 1_555 J DT 103 1_555 -0.789 -0.506 3.661 7.252 -7.888 39.167 0.252 2.040 3.500 -11.507 -10.579 40.551 43 II_DA-14DA-13:DT13DT14_JJ I -14 ? J 14 ? I -13 ? J 13 ? 1 I DA 74 1_555 J DT 103 1_555 I DC 75 1_555 J DG 102 1_555 0.282 -0.576 3.387 -3.652 -3.070 38.895 -0.478 -0.875 3.382 -4.589 5.459 39.175 44 II_DA-13DC-12:DG12DT13_JJ I -13 ? J 13 ? I -12 ? J 12 ? 1 I DC 75 1_555 J DG 102 1_555 I DG 76 1_555 J DC 101 1_555 -0.219 0.345 3.198 7.461 19.091 35.179 -1.647 1.155 2.907 28.773 -11.245 40.551 45 II_DC-12DG-11:DC11DG12_JJ I -12 ? J 12 ? I -11 ? J 11 ? 1 I DG 76 1_555 J DC 101 1_555 I DC 77 1_555 J DG 100 1_555 0.284 0.253 2.925 -18.852 -0.792 31.896 0.494 -2.681 2.391 -1.308 31.135 36.934 46 II_DG-11DC-10:DG10DC11_JJ I -11 ? J 11 ? I -10 ? J 10 ? 1 I DC 77 1_555 J DG 100 1_555 I DC 79 1_555 J DG 98 1_555 -0.808 -0.306 7.056 -5.133 8.282 67.956 -0.938 0.304 7.022 7.370 4.568 68.568 47 II_DC-10DC-8:DG8DG10_JJ I -10 ? J 10 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DC 79 1_555 J DG 98 1_555 I DG 80 1_555 J DC 97 1_555 0.738 0.702 2.388 4.537 -8.271 35.392 1.939 -0.725 2.247 -13.314 -7.304 36.588 48 II_DC-8DG-7:DC7DG8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? J 7 ? 1 I DG 80 1_555 J DC 97 1_555 I DT 81 1_555 J DA 96 1_555 -0.320 1.916 3.222 5.319 -15.384 41.581 3.782 0.856 2.350 -20.741 -7.171 44.522 49 II_DG-7DT-6:DA6DC7_JJ I -7 ? J 7 ? I -6 ? J 6 ? 1 I DT 81 1_555 J DA 96 1_555 I DA 82 1_555 J DT 95 1_555 1.109 1.553 3.457 -6.231 -2.039 34.850 2.854 -2.750 3.125 -3.368 10.291 35.443 50 II_DT-6DA-5:DT5DA6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? J 5 ? 1 I DA 82 1_555 J DT 95 1_555 I DC 83 1_555 J DG 94 1_555 -1.546 -0.031 4.942 0.661 -6.329 29.162 1.927 3.211 4.806 -12.383 -1.292 29.834 51 II_DA-5DC-4:DG4DT5_JJ I -5 ? J 5 ? I -4 ? J 4 ? 1 I DC 83 1_555 J DG 94 1_555 I DG 84 1_555 J DC 93 1_555 -0.964 0.260 3.016 3.402 -6.512 40.615 1.004 1.700 2.856 -9.289 -4.853 41.246 52 II_DC-4DG-3:DC3DG4_JJ I -4 ? J 4 ? I -3 ? J 3 ? 1 I DG 84 1_555 J DC 93 1_555 I DC 85 1_555 J DG 92 1_555 0.991 0.717 1.978 1.775 13.470 42.513 0.146 -1.202 2.137 18.034 -2.376 44.536 53 II_DG-3DC-2:DG2DC3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 I DC 85 1_555 J DG 92 1_555 I DG 86 1_555 J DC 91 1_555 -0.856 0.108 4.334 -6.717 -10.378 27.916 3.006 -0.184 4.126 -20.299 13.138 30.481 54 II_DC-2DG-1:DC1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? J 1 ? 1 I DG 86 1_555 J DC 91 1_555 I DC 87 1_555 J DG 90 1_555 -0.047 -0.492 3.610 -7.302 5.024 35.261 -1.558 -1.043 3.451 8.136 11.824 36.323 55 II_DG-1DC0:DG0DC1_JJ I -1 ? J 1 ? I 0 ? J 0 ? 1 I DC 87 1_555 J DG 90 1_555 I DT 88 1_555 J DA 89 1_555 0.785 -0.591 3.638 1.207 5.172 39.566 -1.524 -0.997 3.558 7.599 -1.774 39.907 56 II_DC0DT1:DA-1DG0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? J -1 ? 1 I DT 88 1_555 J DA 89 1_555 I DG 89 1_555 J DC 88 1_555 0.246 -0.248 3.335 8.568 -2.666 25.989 0.158 1.668 3.257 -5.715 -18.369 27.469 57 II_DT1DG2:DC-2DA-1_JJ I 1 ? J -1 ? I 2 ? J -2 ? 1 I DG 89 1_555 J DC 88 1_555 I DT 90 1_555 J DA 87 1_555 -0.475 0.709 3.245 -1.693 7.462 42.655 0.223 0.476 3.332 10.161 2.305 43.304 58 II_DG2DT3:DA-3DC-2_JJ I 2 ? J -2 ? I 3 ? J -3 ? 1 I DT 90 1_555 J DA 87 1_555 I DC 91 1_555 J DG 85 1_555 0.131 0.628 6.489 -2.178 -7.858 51.147 1.765 -0.440 6.324 -9.036 2.504 51.750 59 II_DT3DC4:DG-5DA-3_JJ I 3 ? J -3 ? I 4 ? J -5 ? 1 I DC 91 1_555 J DG 85 1_555 I DC 92 1_555 J DG 84 1_555 0.008 0.881 3.327 -3.395 -7.581 37.130 2.310 -0.441 3.082 -11.726 5.251 38.016 60 II_DC4DC5:DG-6DG-5_JJ I 4 ? J -5 ? I 5 ? J -6 ? 1 I DC 92 1_555 J DG 84 1_555 I DC 94 1_555 J DG 83 1_555 -0.854 2.148 4.297 7.703 -23.369 50.447 3.886 1.437 2.964 -25.739 -8.485 55.773 61 II_DC5DC7:DG-7DG-6_JJ I 5 ? J -6 ? I 7 ? J -7 ? 1 I DC 94 1_555 J DG 83 1_555 I DC 95 1_555 J DG 82 1_555 -0.130 0.663 3.603 -6.659 5.162 38.541 0.301 -0.688 3.631 7.708 9.943 39.417 62 II_DC7DC8:DG-8DG-7_JJ I 7 ? J -7 ? I 8 ? J -8 ? 1 I DC 95 1_555 J DG 82 1_555 I DG 96 1_555 J DC 81 1_555 -0.032 0.482 3.255 14.460 7.626 35.282 -0.219 1.840 3.052 11.831 -22.431 38.776 63 II_DC8DG9:DC-9DG-8_JJ I 8 ? J -8 ? I 9 ? J -9 ? 1 I DG 96 1_555 J DC 81 1_555 I DC 97 1_555 J DG 80 1_555 0.067 0.817 2.339 2.793 16.912 35.671 -0.337 0.157 2.465 25.850 -4.269 39.455 64 II_DG9DC10:DG-10DC-9_JJ I 9 ? J -9 ? I 10 ? J -10 ? 1 I DC 97 1_555 J DG 80 1_555 I DG 98 1_555 J DC 79 1_555 -1.360 0.219 3.497 -14.696 24.191 20.532 -4.161 -0.479 2.799 46.791 28.426 34.844 65 II_DC10DG11:DC-11DG-10_JJ I 10 ? J -10 ? I 11 ? J -11 ? 1 I DG 98 1_555 J DC 79 1_555 I DT 99 1_555 J DA 78 1_555 -0.442 -0.349 4.341 -7.588 -15.653 38.958 1.686 -0.441 4.191 -22.176 10.750 42.527 66 II_DG11DT12:DA-12DC-11_JJ I 11 ? J -11 ? I 12 ? 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