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EMDB EMD-0282 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with alprazolam (Xanax), GABA and megabody Mb38. ; _pdbx_database_related.db_id EMD-0282 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6HUO _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-10-09 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Masiulis, S.' 1 0000-0001-8986-913X 'Desai, R.' 2 0000-0003-1270-7188 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'GABAAreceptor signalling mechanisms revealed by structural pharmacology.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-018-0832-5 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30602790 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Masiulis, S.' 1 ? primary 'Desai, R.' 2 ? primary 'Uchanski, T.' 3 ? primary 'Serna Martin, I.' 4 ? primary 'Laverty, D.' 5 ? primary 'Karia, D.' 6 ? primary 'Malinauskas, T.' 7 ? primary 'Zivanov, J.' 8 ? primary 'Pardon, E.' 9 ? primary 'Kotecha, A.' 10 ? primary 'Steyaert, J.' 11 ? primary 'Miller, K.W.' 12 ? primary 'Aricescu, A.R.' 13 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6HUO _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.0 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.0 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_entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MKKSPGLSDYLWAWTLFLSTLTGRSYGDYKDDDDKQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDG TLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQS STGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKS ATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ ; ;MKKSPGLSDYLWAWTLFLSTLTGRSYGDYKDDDDKQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDG TLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQS 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;QVQLQESGGGLVQTKTTTSVIDTTNDAQNLLTQAQTIVNTLKDYCPILIAKSSSSNGGTNNANTPSWQTAGGGKNSCATF GAEFSAASDMINNAQKIVQETQQLSANQPKNITQPHNLNLNSPSSLTALAQKMLKNAQSQAEILKLANQVESDFNKLSSG HLKDYIGKCDASAISSANMTMQNQKNNWGNGCAGVEETQSLLKTSAADFNNQTPQINQAQNLANTLIQELGNNPFRASGG GSGGGGSGKLSDTYEQLSRLLTNDNGTNSKTSAQAINQAVNNLNERAKTLAGGTTNSPAYQATLLALRSVLGLWNSMGYA VICGGYTKSPGENNQKDFHYTDENGNGTTINCGGSTNSNGTHSYNGTNTLKADKNVSLSIEQYEKIHEAYQILSKALKQA GLAPLNSKGEKLEAHVTTSKYGSLRVSCAASGRTFTTYIMAWFRQAPGKEREFLAAMDQGRIQYYGDSVRGRFTISRDYA KNSVDLQLDGLRPEDTAVYYCAAGAGFWGLRTASSYHYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA ; G ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LYS n 1 3 LYS n 1 4 SER n 1 5 PRO n 1 6 GLY n 1 7 LEU n 1 8 SER n 1 9 ASP n 1 10 TYR n 1 11 LEU n 1 12 TRP n 1 13 ALA n 1 14 TRP n 1 15 THR n 1 16 LEU n 1 17 PHE n 1 18 LEU n 1 19 SER n 1 20 THR n 1 21 LEU n 1 22 THR n 1 23 GLY n 1 24 ARG n 1 25 SER n 1 26 TYR n 1 27 GLY n 1 28 ASP n 1 29 TYR n 1 30 LYS n 1 31 ASP n 1 32 ASP n 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GLY n 4 467 ASP n 4 468 SER n 4 469 VAL n 4 470 ARG n 4 471 GLY n 4 472 ARG n 4 473 PHE n 4 474 THR n 4 475 ILE n 4 476 SER n 4 477 ARG n 4 478 ASP n 4 479 TYR n 4 480 ALA n 4 481 LYS n 4 482 ASN n 4 483 SER n 4 484 VAL n 4 485 ASP n 4 486 LEU n 4 487 GLN n 4 488 LEU n 4 489 ASP n 4 490 GLY n 4 491 LEU n 4 492 ARG n 4 493 PRO n 4 494 GLU n 4 495 ASP n 4 496 THR n 4 497 ALA n 4 498 VAL n 4 499 TYR n 4 500 TYR n 4 501 CYS n 4 502 ALA n 4 503 ALA n 4 504 GLY n 4 505 ALA n 4 506 GLY n 4 507 PHE n 4 508 TRP n 4 509 GLY n 4 510 LEU n 4 511 ARG n 4 512 THR n 4 513 ALA n 4 514 SER n 4 515 SER n 4 516 TYR n 4 517 HIS n 4 518 TYR n 4 519 TRP n 4 520 GLY n 4 521 GLN n 4 522 GLY n 4 523 THR n 4 524 GLN n 4 525 VAL n 4 526 THR n 4 527 VAL n 4 528 SER n 4 529 SER n 4 530 HIS n 4 531 HIS n 4 532 HIS n 4 533 HIS n 4 534 HIS n 4 535 HIS n 4 536 GLU n 4 537 PRO n 4 538 GLU n 4 539 ALA n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 27 Bovine ? 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UNP P08219 ? ? linker -3 5 1 6HUO ASP A 33 ? UNP P08219 ? ? linker -2 6 1 6HUO ASP A 34 ? UNP P08219 ? ? linker -1 7 1 6HUO LYS A 35 ? UNP P08219 ? ? linker 0 8 4 6HUO GLY C 476 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 437 9 4 6HUO GLY C 477 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 438 10 4 6HUO SER C 478 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 439 11 4 6HUO GLY C 479 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 440 12 4 6HUO GLY C 480 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 441 13 4 6HUO SER C 481 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 442 14 4 6HUO GLY C 482 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 443 15 4 6HUO GLY C 483 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 444 16 4 6HUO SER C 484 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 445 17 4 6HUO GLY C 485 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 446 18 4 6HUO LYS C 486 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 447 19 4 6HUO THR C 487 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 448 20 4 6HUO GLU C 488 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 449 21 4 6HUO THR C 489 ? UNP P18507 ? ? 'expression tag' 450 22 4 6HUO SER C 490 ? 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'GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID' 'GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID' 'C4 H9 N O2' 103.120 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PIO non-polymer . ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; 'dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate' 'C25 H49 O19 P3' 746.566 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6HUO _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6HUO _struct.title ;CryoEM structure of human full-length heteromeric alpha1beta3gamma2L GABA(A)R in complex with alprazolam (Xanax), GABA and megabody Mb38. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6HUO _struct_keywords.text 'GABAAR, Membrane protein, pLGIC, Cys-loop receptor' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? 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F BMA 3 F MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.355 ? ? covale12 covale both ? G MAN . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F MAN 4 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale13 covale both ? G MAN . O6 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F MAN 4 F MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale14 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.382 ? ? covale15 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? ? covale16 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? ? covale17 covale both ? I BMA . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.382 ? ? covale18 covale both ? I BMA . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale19 covale both ? I MAN . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 4 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale20 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale21 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale22 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.382 ? ? covale23 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale24 covale both ? K BMA . O6 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale25 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.365 ? ? covale26 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.385 ? ? covale27 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.382 ? ? covale28 covale both ? M BMA . O6 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.380 ? ? covale29 covale both ? M BMA . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? ? covale30 covale both ? M MAN . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M MAN 4 M MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.382 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 MET 147 A . ? MET 112 A THR 148 A ? THR 113 A 1 1.08 2 PHE 181 A . ? PHE 146 A PRO 182 A ? PRO 147 A 1 1.24 3 VAL 134 B . ? VAL 109 B THR 135 B ? THR 110 B 1 3.22 4 TYR 168 B . ? TYR 143 B PRO 169 B ? PRO 144 B 1 -6.98 5 ILE 163 C . ? ILE 124 C THR 164 C ? THR 125 C 1 6.99 6 PHE 197 C . ? PHE 158 C PRO 198 C ? PRO 159 C 1 -3.31 7 MET 147 D . ? MET 112 D THR 148 D ? THR 113 D 1 -1.31 8 PHE 181 D . ? PHE 146 D PRO 182 D ? PRO 147 D 1 -2.41 9 VAL 134 E . ? VAL 109 E THR 135 E ? THR 110 E 1 8.10 10 TYR 168 E . ? TYR 143 E PRO 169 E ? PRO 144 E 1 1.40 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 6 ? B ? 2 ? C ? 4 ? D ? 5 ? E ? 4 ? F ? 2 ? G ? 6 ? H ? 2 ? I ? 4 ? J ? 2 ? K ? 6 ? L ? 3 ? M ? 2 ? N ? 6 ? O ? 4 ? P ? 4 ? Q ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel A 5 6 ? anti-parallel B 1 2 ? parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel D 1 2 ? parallel D 2 3 ? anti-parallel D 3 4 ? anti-parallel D 4 5 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel G 1 2 ? parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel G 4 5 ? anti-parallel G 5 6 ? anti-parallel H 1 2 ? parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel K 1 2 ? parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel K 4 5 ? anti-parallel K 5 6 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel L 2 3 ? anti-parallel M 1 2 ? anti-parallel N 1 2 ? parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel N 4 5 ? anti-parallel N 5 6 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel P 2 3 ? anti-parallel P 3 4 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 VAL A 202 ? 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ASP B 101 VAL B 106 F 2 ILE B 155 ? ALA B 159 ? ILE B 130 ALA B 134 G 1 ILE C 218 ? TRP C 222 ? ILE C 179 TRP C 183 G 2 THR C 90 ? ILE C 101 ? THR C 51 ILE C 62 G 3 GLU C 110 ? TYR C 122 ? GLU C 71 TYR C 83 G 4 ARG C 177 ? GLU C 189 ? ARG C 138 GLU C 150 G 5 ARG C 168 ? TRP C 173 ? ARG C 129 TRP C 134 G 6 VAL C 134 ? LEU C 137 ? VAL C 95 LEU C 98 H 1 MET C 96 ? VAL C 98 ? MET C 57 VAL C 59 H 2 VAL C 227 ? VAL C 229 ? VAL C 188 VAL C 190 I 1 THR C 150 ? PHE C 152 ? THR C 111 PHE C 113 I 2 HIS C 202 ? SER C 210 ? HIS C 163 SER C 171 I 3 ASP C 258 ? ARG C 270 ? ASP C 219 ARG C 231 I 4 PHE C 240 ? LYS C 253 ? PHE C 201 LYS C 214 J 1 SER C 155 ? ALA C 160 ? SER C 116 ALA C 121 J 2 LEU C 184 ? ALA C 188 ? LEU C 145 ALA C 149 K 1 VAL D 202 ? TRP D 206 ? VAL D 167 TRP D 171 K 2 THR D 74 ? SER D 84 ? THR D 39 SER D 49 K 3 GLU D 94 ? LYS D 106 ? GLU D 59 LYS D 71 K 4 THR D 161 ? GLU D 173 ? THR D 126 GLU D 138 K 5 LYS D 152 ? ILE D 156 ? LYS D 117 ILE D 121 K 6 LEU D 119 ? LEU D 121 ? 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PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.1 _em_specimen.details 'Monodisperse sample' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/L009609/1 1 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/15 2 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_A025_1013 3 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/M024709/1 4 'Cancer Research UK' 'United Kingdom' C20724/A14414 5 'Human Frontier Science Program' 'United Kingdom' RGP0065/2014 6 'Swiss National Science Foundation' Switzerland 168735 7 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' 'GM 58448' 8 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 5 NAG 1 F NAG 1 R NAG 3000 n G 5 NAG 2 F NAG 2 R NAG 3001 n G 5 BMA 3 F BMA 3 R BMA 3002 n G 5 MAN 4 F MAN 4 R MAN 3003 n G 5 MAN 5 F MAN 5 R MAN 3006 n G 5 MAN 6 F MAN 6 R MAN 3004 n G 5 MAN 7 F MAN 7 R MAN 3008 n H 6 NAG 1 H NAG 1 O NAG 2000 n H 6 NAG 2 H NAG 2 O NAG 2001 n I 7 NAG 1 I NAG 1 S NAG 3000 n I 7 NAG 2 I NAG 2 S NAG 3001 n I 7 BMA 3 I BMA 3 S BMA 3002 n I 7 MAN 4 I MAN 4 S MAN 3003 n I 7 MAN 5 I MAN 5 S MAN 3005 n I 7 MAN 6 I MAN 6 S MAN 3004 n J 6 NAG 1 J NAG 1 T NAG 3000 n J 6 NAG 2 J NAG 2 T NAG 3001 n K 8 NAG 1 K NAG 1 U NAG 3000 n K 8 NAG 2 K NAG 2 U NAG 3001 n K 8 BMA 3 K BMA 3 U BMA 3002 n K 8 MAN 4 K MAN 4 U MAN 3008 n K 8 MAN 5 K MAN 5 U MAN 3003 n L 6 NAG 1 L NAG 1 P NAG 2000 n L 6 NAG 2 L NAG 2 P NAG 2001 n M 7 NAG 1 M NAG 1 V NAG 3000 n M 7 NAG 2 M NAG 2 V NAG 3001 n M 7 BMA 3 M BMA 3 V BMA 3002 n M 7 MAN 4 M MAN 4 V MAN 3003 n M 7 MAN 5 M MAN 5 V MAN 3005 n M 7 MAN 6 M MAN 6 V MAN 3004 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 'DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 8 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 8 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 5 5 6 MAN C1 O1 4 MAN O6 HO6 sing ? 6 5 7 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 7 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 8 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 9 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 10 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 11 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 12 7 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 13 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 14 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 15 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 16 8 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 5 MAN 6 n 5 MAN 7 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n 7 MAN 6 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 08H ? ? 08H ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 ABU ? ? ABU ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 'GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID' ABU 10 ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; PIO 11 '8-chloro-1-methyl-6-phenyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine' 08H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #