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EMDB EMD-4411 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-01-02 2 'Structure model' 1 1 2019-01-16 3 'Structure model' 1 2 2019-01-23 4 'Structure model' 1 3 2019-08-21 5 'Structure model' 1 4 2019-09-11 6 'Structure model' 2 0 2020-07-29 7 'Structure model' 2 1 2022-03-30 8 'Structure model' 2 2 2024-10-23 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 6 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Data collection' 6 4 'Structure model' 'Experimental preparation' 7 5 'Structure model' 'Data collection' 8 5 'Structure model' 'Source and taxonomy' 9 6 'Structure model' Advisory 10 6 'Structure model' 'Atomic model' 11 6 'Structure model' 'Data collection' 12 6 'Structure model' 'Derived calculations' 13 6 'Structure model' 'Structure summary' 14 7 'Structure model' 'Author supporting evidence' 15 7 'Structure model' 'Database references' 16 8 'Structure model' 'Data collection' 17 8 'Structure model' 'Structure summary' # 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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6I53 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-11-12 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the human synaptic alpha1-beta3-gamma2 GABAA receptor in complex with Megabody38 in a lipid nanodisc' _pdbx_database_related.db_id EMD-4411 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Laverty, D.' 1 ? 'Desai, R.' 2 ? 'Uchanski, T.' 3 ? 'Masiulis, S.' 4 ? 'Wojciech, J.S.' 5 ? 'Malinauskas, T.' 6 ? 'Zivanov, J.' 7 ? 'Pardon, E.' 8 ? 'Steyaert, J.' 9 ? 'Miller, K.W.' 10 ? 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DYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAA CMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVFATGAYPRLSLSFRLK RNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLA LLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKNDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGI QYRKQSMPREGHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQLKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYWLYYVN ; E,B ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MKKSPGLSDYLWAWTLFLSTLTGRSYGDYKDDDDKQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDG TLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQS STGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKS ATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ ; ;MKKSPGLSDYLWAWTLFLSTLTGRSYGDYKDDDDKQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDI FVTSFGPVSDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDG TLLYTMRLTVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQS STGEYVVMTTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATA MDWFIAVCYAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKS ATIEPKEVKPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ ; A,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNK LRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADA HWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQF SFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLST IARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTIDIRPRSATIQMN NATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYLGGSGG SGGSGKTETSQVAPA ; ;MSSPNIWSTGSSVYSTPVFSQKMTVWILLLLSLYPGFTSQKSDDDYEDYASNKTWVLTPKVPEGDVTVILNNLLEGYDNK LRPDIGVKPTLIHTDMYVNSIGPVNAINMEYTIDIFFAQTWYDRRLKFNSTIKVLRLNSNMVGKIWIPDTFFRNSKKADA HWITTPNRMLRIWNDGRVLYTLRLTIDAECQLQLHNFPMDEHSCPLEFSSYGYPREEIVYQWKRSSVEVGDTRSWRLYQF SFVGLRNTTEVVKTTSGDYVVMSVYFDLSRRMGYFTIQTYIPCTLIVVLSWVSFWINKDAVPARTSLGITTVLTMTTLST IARKSLPKVSYVTAMDLFVSVCFIFVFSALVEYGTLHYFVSNRKPSKDKDKKKKNPLLRMFSFKAPTIDIRPRSATIQMN NATHLQERDEEYGYECLDGKDCASFFCCFEDCRTGAWRHGRIHIRIAKMDSYARIFFPTAFCLFNLVYWVSYLYLGGSGG SGGSGKTETSQVAPA ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;QVQLQESGGGLVQAGGSLRVSCAASGRTFTAYIMAWFRQAPGKEREFLAAMDQGRIQYYGDSVRGRFTISRDYAKNSVDL QLDGLRPEDTAVYYCAAGAGFWGLRTASSYHYWGQGTQVTVSS ; ;QVQLQESGGGLVQAGGSLRVSCAASGRTFTAYIMAWFRQAPGKEREFLAAMDQGRIQYYGDSVRGRFTISRDYAKNSVDL QLDGLRPEDTAVYYCAAGAGFWGLRTASSYHYWGQGTQVTVSS ; G ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 '(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate' POV 10 ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; PIO # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 CYS n 1 3 SER n 1 4 GLY n 1 5 LEU n 1 6 LEU n 1 7 GLU n 1 8 LEU n 1 9 LEU n 1 10 LEU n 1 11 PRO n 1 12 ILE n 1 13 TRP n 1 14 LEU n 1 15 SER n 1 16 TRP n 1 17 THR n 1 18 LEU n 1 19 GLY n 1 20 THR n 1 21 ARG n 1 22 GLY n 1 23 SER n 1 24 GLU n 1 25 PRO n 1 26 ARG n 1 27 SER n 1 28 VAL n 1 29 ASN n 1 30 ASP n 1 31 PRO n 1 32 GLY n 1 33 ASN n 1 34 MET n 1 35 SER n 1 36 PHE n 1 37 VAL n 1 38 LYS n 1 39 GLU n 1 40 THR n 1 41 VAL n 1 42 ASP n 1 43 LYS n 1 44 LEU n 1 45 LEU n 1 46 LYS n 1 47 GLY n 1 48 TYR n 1 49 ASP n 1 50 ILE n 1 51 ARG n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 PRO n 1 55 ASP n 1 56 PHE n 1 57 GLY n 1 58 GLY n 1 59 PRO n 1 60 PRO n 1 61 VAL n 1 62 CYS n 1 63 VAL n 1 64 GLY n 1 65 MET n 1 66 ASN n 1 67 ILE n 1 68 ASP n 1 69 ILE 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 10 8 'DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 8 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 5 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 6 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 8 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 9 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 10 7 6 MAN C1 O1 4 MAN O6 HO6 sing ? 11 7 7 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 12 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 13 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 14 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 15 8 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 16 8 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 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THR G 106 TYR G 110 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 161 SG ? ? ? 1_555 A CYS 175 SG ? ? E CYS 136 E CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 174 SG ? ? ? 1_555 B CYS 188 SG ? ? A CYS 139 A CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 161 SG ? ? ? 1_555 C CYS 175 SG ? ? B CYS 136 B CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 190 SG ? ? ? 1_555 D CYS 204 SG ? ? C CYS 151 C CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 174 SG ? ? ? 1_555 E CYS 188 SG ? ? D CYS 139 D CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 95 SG ? ? G CYS 22 G CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? covale1 covale one ? A ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? E ASN 80 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? E ASN 149 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 146 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 111 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 80 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 149 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? D ASN 247 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 208 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 146 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? D ASN 111 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale8 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale9 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale10 covale both ? G BMA . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale11 covale both ? G BMA . O6 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale12 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale13 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale14 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale15 covale both ? I BMA . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale16 covale both ? I BMA . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale17 covale both ? I MAN . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 4 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale18 covale both ? I MAN . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I MAN 4 I MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale19 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale20 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale21 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale22 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale23 covale both ? J MAN . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J MAN 4 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale24 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale25 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale26 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale27 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale28 covale both ? M BMA . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale29 covale both ? M BMA . O6 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG G . ? 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None 'Disulfide bridge' 11 CYS D 190 ? CYS D 204 ? CYS C 151 ? 1_555 CYS C 165 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS E 174 ? CYS E 188 ? CYS D 139 ? 1_555 CYS D 153 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS F 22 ? CYS F 95 ? CYS G 22 ? 1_555 CYS G 95 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 VAL 134 A . ? VAL 109 E THR 135 A ? THR 110 E 1 6.39 2 TYR 168 A . ? TYR 143 E PRO 169 A ? PRO 144 E 1 2.73 3 MET 147 B . ? MET 112 A THR 148 B ? THR 113 A 1 0.23 4 PHE 181 B . ? PHE 146 A PRO 182 B ? PRO 147 A 1 -0.28 5 VAL 134 C . ? VAL 109 B THR 135 C ? THR 110 B 1 3.67 6 TYR 168 C . ? TYR 143 B PRO 169 C ? PRO 144 B 1 0.98 7 ILE 163 D . ? ILE 124 C THR 164 D ? THR 125 C 1 3.54 8 PHE 197 D . ? PHE 158 C PRO 198 D ? PRO 159 C 1 -2.19 9 MET 147 E . ? MET 112 D THR 148 E ? THR 113 D 1 0.44 10 PHE 181 E . ? PHE 146 D PRO 182 E ? PRO 147 D 1 -2.33 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 5 ? B ? 4 ? C ? 4 ? D ? 2 ? E ? 6 ? F ? 2 ? G ? 4 ? H ? 6 ? I ? 2 ? J ? 4 ? K ? 2 ? L ? 2 ? M ? 6 ? N ? 2 ? O ? 4 ? P ? 2 ? Q ? 4 ? R ? 2 ? S ? 3 ? T ? 2 ? U ? 2 ? V ? 4 ? W ? 2 ? X ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel A 4 5 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel B 2 3 ? anti-parallel B 3 4 ? anti-parallel C 1 2 ? anti-parallel C 2 3 ? anti-parallel C 3 4 ? anti-parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel E 4 5 ? anti-parallel E 5 6 ? anti-parallel F 1 2 ? parallel G 1 2 ? anti-parallel G 2 3 ? anti-parallel G 3 4 ? anti-parallel H 1 2 ? parallel H 2 3 ? anti-parallel H 3 4 ? anti-parallel H 4 5 ? anti-parallel H 5 6 ? anti-parallel I 1 2 ? anti-parallel J 1 2 ? anti-parallel J 2 3 ? anti-parallel J 3 4 ? anti-parallel K 1 2 ? anti-parallel L 1 2 ? anti-parallel M 1 2 ? parallel M 2 3 ? anti-parallel M 3 4 ? anti-parallel M 4 5 ? anti-parallel M 5 6 ? anti-parallel N 1 2 ? parallel O 1 2 ? anti-parallel O 2 3 ? anti-parallel O 3 4 ? anti-parallel P 1 2 ? anti-parallel Q 1 2 ? parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel V 3 4 ? anti-parallel W 1 2 ? parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel X 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 ILE A 189 ? 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GLN G 57 TYR G 59 # _pdbx_entry_details.entry_id 6I53 _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASP E 95 ? ? -94.00 58.77 2 1 PRO E 144 ? ? -102.77 43.16 3 1 LYS E 274 ? ? -94.38 52.91 4 1 GLU A 174 ? ? 60.54 82.66 5 1 ARG A 187 ? ? 58.78 17.07 6 1 SER A 251 ? ? -102.27 42.13 7 1 LYS A 320 ? ? -92.86 48.42 8 1 LEU B 72 ? ? -93.44 51.68 9 1 ASP B 95 ? ? -90.78 53.27 10 1 LYS C 94 ? ? 73.45 -8.73 11 1 ASP C 110 ? ? -91.44 58.65 12 1 PRO C 159 ? ? -103.11 42.12 13 1 PRO C 175 ? ? -73.98 -169.28 14 1 THR C 193 ? ? 72.34 -7.16 15 1 ARG C 197 ? ? -92.85 50.39 16 1 ASN D 103 ? ? -97.52 34.22 17 1 LYS D 105 ? ? -139.36 -158.44 18 1 LYS D 106 ? ? -68.86 87.30 19 1 LEU D 143 ? ? -94.59 31.58 20 1 MET D 148 ? ? -90.41 53.04 21 1 ARG D 173 ? ? 61.92 61.79 22 1 GLU D 174 ? ? 55.88 84.31 23 1 PRO D 175 ? ? -38.14 -28.80 24 1 ASP D 184 ? ? -99.69 30.18 25 1 LEU D 194 ? ? -94.90 51.73 26 1 ALA D 281 ? ? -98.94 35.50 27 1 SER D 390 ? ? 60.44 78.50 28 1 LEU G 104 ? ? 74.20 -10.75 # _em_3d_fitting.entry_id 6I53 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6I53 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 55449 _em_3d_reconstruction.resolution 3.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.2 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 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_em_admin.title 'Cryo-EM structure of the human synaptic alpha1-beta3-gamma2 GABAA receptor in complex with Megabody38 in a lipid nanodisc' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM NaCl 'Sodium chloride' 1 2 10 mM C8H18N2O4S HEPES # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF parameters were estimated using GCTF and CTF correction performed in RELION (full phase and amplitude correction).' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.4 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 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