data_6I7T # _entry.id 6I7T # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.392 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 6I7T pdb_00006i7t 10.2210/pdb6i7t/pdb WWPDB D_1200012895 ? ? EMDB EMD-4428 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-05-22 2 'Structure model' 1 1 2019-06-19 3 'Structure model' 1 2 2019-11-06 4 'Structure model' 1 3 2024-05-15 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Refinement description' 5 4 'Structure model' 'Data collection' 6 4 'Structure model' 'Database references' 7 4 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 2 'Structure model' em_admin 4 2 'Structure model' pdbx_database_proc 5 3 'Structure model' em_3d_fitting 6 4 'Structure model' chem_comp_atom 7 4 'Structure model' chem_comp_bond 8 4 'Structure model' database_2 9 4 'Structure model' em_3d_fitting_list 10 4 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 5 2 'Structure model' '_citation.title' 6 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 7 2 'Structure model' '_citation_author.name' 8 2 'Structure model' '_em_admin.last_update' 9 3 'Structure model' '_em_3d_fitting.target_criteria' 10 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 11 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 12 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 13 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 14 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 15 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6I7T _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2018-11-17 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Same complex with phosphorylated serine' EMD-4404 'other EM volume' PDB 'Same complex with phosphorylated serine' 6I3M unspecified EMDB 'eIF2B:eIF2 complex' EMD-4428 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Adomavicius, T.' 1 0000-0002-7946-0047 'Guaita, M.' 2 0000-0001-8295-936X 'Roseman, A.M.' 3 0000-0002-4783-2619 'Pavitt, G.D.' 4 0000-0002-8593-2418 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 10 ? 2136 2136 'The structural basis of translational control by eIF2 phosphorylation.' 2019 ? 10.1038/s41467-019-10167-3 31086188 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Elife ? ? 2050-084X ? ? 6 ? ? ? 'Fail-safe control of translation initiation by dissociation of eIF2 alpha phosphorylated ternary complexes.' 2017 ? 10.7554/eLife.24542 28315520 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Adomavicius, T.' 1 ? primary 'Guaita, M.' 2 ? primary 'Zhou, Y.' 3 ? primary 'Jennings, M.D.' 4 0000-0001-6173-0988 primary 'Latif, Z.' 5 ? primary 'Roseman, A.M.' 6 ? primary 'Pavitt, G.D.' 7 ? 1 'Jennings, M.D.' 8 ? 1 'Kershaw, C.J.' 9 ? 1 'Adomavicius, T.' 10 ? 1 'Pavitt, G.D.' 11 0000-0002-8593-2418 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha' 34062.027 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit delta' 70945.195 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Translation initiation 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nucleotide exchange factor subunit GCD6,eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon' 5 'GCD complex subunit GCD1,Guanine nucleotide exchange factor subunit GCD1,eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma' 6 eIF-2-alpha 7 eIF-2-beta 8 eIF-2-gamma # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSEFNITETYLRFLEEDTEMTMPIAAIEALVTLLRIKTPETAAEMINTIKSSTEELIKSIPNSVSLRAGCDIFMRFVLRN LHLYGDWENCKQHLIENGQLFVSRAKKSRNKIAEIGVDFIADDDIILVHGYSRAVFSLLNHAANKFIRFRCVVTESRPSK QGNQLYTLLEQKGIPVTLIVDSAVGAVIDKVDKVFVGAEGVAESGGIINLVGTYSVGVLAHNARKPFYVVTESHKFVRMF PLSSDDLPMAGPPLDFTRRTDDLEDALRGPTIDYTAQEYITALITDLGVLTPSAVSEELIKMWYD ; ;MSEFNITETYLRFLEEDTEMTMPIAAIEALVTLLRIKTPETAAEMINTIKSSTEELIKSIPNSVSLRAGCDIFMRFVLRN LHLYGDWENCKQHLIENGQLFVSRAKKSRNKIAEIGVDFIADDDIILVHGYSRAVFSLLNHAANKFIRFRCVVTESRPSK QGNQLYTLLEQKGIPVTLIVDSAVGAVIDKVDKVFVGAEGVAESGGIINLVGTYSVGVLAHNARKPFYVVTESHKFVRMF PLSSDDLPMAGPPLDFTRRTDDLEDALRGPTIDYTAQEYITALITDLGVLTPSAVSEELIKMWYD ; A,B ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSESEAKSRSATPPSKAKQATPTTTAAANGEKKLTNKELKELKKQEKAAKRAAMKQANGISIEQQQQQAQMKKEKKQLQR EQQQKREQKQKNANKKKQNERNVKKSTLFGHLETTEERRATILALTSAVSSPKTSRITAAGLMVPVVASALSGSNVLTAS SLMPVGPNASSTVSASAPASTTTTLPASSAALSAGTSSASTNTPTAIQQEIASSNASDVAKTLASISLEAGEFNVIPGIS SVIPTVLEQSFDNSSLISSVKELLLNKDLIHPSILLLTSHLAHYKIVGSIPRCIAMLEVFQIVIKDYQTPKGTTLSRNLT SYLSHQIDLLKKARPLSVTMGNAIRWLKQEISLIDPSTPDKAAKKDLCEKIGQFAKEKIELADQLIIDNASTQIEESTTI VTYGSSKVLTELLLHNAISLKKNIKVIVVDSRPLFEGRKMAETLRNAGVNVMYALITSLDTIFNMDVDYVFLGAHSILSN GFLYSRAGTAMLAMSAKRRNIPVLVCCESLKFSQRVQLDSVTFNELADPNDLVNIDYENPVERRGNKGALLNQFIKERKF EKKKLAMENKPKGNKIGGKKGSEGESKDASNEEDSNSKNILDGWQELPSLNIVNILYDLTPPEYIKKVITEFGALPPSSV PVILREYKGSA ; ;MSESEAKSRSATPPSKAKQATPTTTAAANGEKKLTNKELKELKKQEKAAKRAAMKQANGISIEQQQQQAQMKKEKKQLQR EQQQKREQKQKNANKKKQNERNVKKSTLFGHLETTEERRATILALTSAVSSPKTSRITAAGLMVPVVASALSGSNVLTAS SLMPVGPNASSTVSASAPASTTTTLPASSAALSAGTSSASTNTPTAIQQEIASSNASDVAKTLASISLEAGEFNVIPGIS SVIPTVLEQSFDNSSLISSVKELLLNKDLIHPSILLLTSHLAHYKIVGSIPRCIAMLEVFQIVIKDYQTPKGTTLSRNLT SYLSHQIDLLKKARPLSVTMGNAIRWLKQEISLIDPSTPDKAAKKDLCEKIGQFAKEKIELADQLIIDNASTQIEESTTI VTYGSSKVLTELLLHNAISLKKNIKVIVVDSRPLFEGRKMAETLRNAGVNVMYALITSLDTIFNMDVDYVFLGAHSILSN GFLYSRAGTAMLAMSAKRRNIPVLVCCESLKFSQRVQLDSVTFNELADPNDLVNIDYENPVERRGNKGALLNQFIKERKF EKKKLAMENKPKGNKIGGKKGSEGESKDASNEEDSNSKNILDGWQELPSLNIVNILYDLTPPEYIKKVITEFGALPPSSV PVILREYKGSA ; C,D ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSSQAFTSVHPNAATSDVNVTIDTFVAKLKRRQVQGSYAIALETLQLLMRFISAARWNHVNDLIEQIRDLGNSLEKAHPT AFSCGNVIRRILAVLRDEVEEDTMSTTVTSTSVAEPLISSMFNLLQKPEQPHQNRKNSSGSSSMKTKTDYRQVAIQGIKD LIDEIKNIDEGIQQIAIDLIHDHEILLTPTPDSKTVLKFLITARERSNRTFTVLVTEGFPNNTKNAHEFAKKLAQHNIET LVVPDSAVFALMSRVGKVIIGTKAVFVNGGTISSNSGVSSVCECAREFRTPVFAVAGLYKLSPLYPFDVEKFVEFGGSQR ILPRMDPRKRLDTVNQITDYVPPENIDIYITNVGGFNPSFIYRIAWDNYKQIDVHLDKNKA ; ;MSSQAFTSVHPNAATSDVNVTIDTFVAKLKRRQVQGSYAIALETLQLLMRFISAARWNHVNDLIEQIRDLGNSLEKAHPT AFSCGNVIRRILAVLRDEVEEDTMSTTVTSTSVAEPLISSMFNLLQKPEQPHQNRKNSSGSSSMKTKTDYRQVAIQGIKD LIDEIKNIDEGIQQIAIDLIHDHEILLTPTPDSKTVLKFLITARERSNRTFTVLVTEGFPNNTKNAHEFAKKLAQHNIET LVVPDSAVFALMSRVGKVIIGTKAVFVNGGTISSNSGVSSVCECAREFRTPVFAVAGLYKLSPLYPFDVEKFVEFGGSQR ILPRMDPRKRLDTVNQITDYVPPENIDIYITNVGGFNPSFIYRIAWDNYKQIDVHLDKNKA ; E,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAGKKGQKKSGLGNHGKNSDMDVEDRLQAVVLTDSYETRFMPLTAVKPRCLLPLANVPLIEYTLEFLAKAGVHEVFLICS SHANQINDYIENSKWNLPWSPFKITTIMSPEARCTGDVMRDLDNRGIITGDFILVSGDVLTNIDFSKMLEFHKKMHLQDK DHISTMCLSKASTYPKTRTIEPAAFVLDKSTSRCIYYQDLPLPSSREKTSIQIDPELLDNVDEFVIRNDLIDCRIDICTS HVPLIFQENFDYQSLRTDFVKGVISSDILGKHIYAYLTDEYAVRVESWQTYDTISQDFLGRWCYPLVLDSNIQDDQTYSY ESRHIYKEKDVVLAQSCKIGKCTAIGSGTKIGEGTKIENSVIGRNCQIGENIRIKNSFIWDDCIIGNNSIIDHSLIASNA TLGSNVRLNDGCIIGFNVKIDDNMDLDRNTKISASPLKNAGSRMYDNESNEQFDQDLDDQTLAVSIVGDKGVGYIYESEV SDDEDSSTEACKEINTLSNQLDELYLSDDSISSATKKTKKRRTMSVNSIYTDREEIDSEFEDEDFEKEGIATVERAMENN HDLDTALLELNTLRMSMNVTYHEVRIATITALLRRVYHFIATQTLGPKDAVVKVFNQWGLLFKRQAFDEEEYIDLMNIIM EKIVEQSFDKPDLILFSALVSLYDNDIIEEDVIYKWWDNVSTDPRYDEVKKLTVKWVEWLQNADEESSSEEE ; ;MAGKKGQKKSGLGNHGKNSDMDVEDRLQAVVLTDSYETRFMPLTAVKPRCLLPLANVPLIEYTLEFLAKAGVHEVFLICS SHANQINDYIENSKWNLPWSPFKITTIMSPEARCTGDVMRDLDNRGIITGDFILVSGDVLTNIDFSKMLEFHKKMHLQDK DHISTMCLSKASTYPKTRTIEPAAFVLDKSTSRCIYYQDLPLPSSREKTSIQIDPELLDNVDEFVIRNDLIDCRIDICTS HVPLIFQENFDYQSLRTDFVKGVISSDILGKHIYAYLTDEYAVRVESWQTYDTISQDFLGRWCYPLVLDSNIQDDQTYSY ESRHIYKEKDVVLAQSCKIGKCTAIGSGTKIGEGTKIENSVIGRNCQIGENIRIKNSFIWDDCIIGNNSIIDHSLIASNA TLGSNVRLNDGCIIGFNVKIDDNMDLDRNTKISASPLKNAGSRMYDNESNEQFDQDLDDQTLAVSIVGDKGVGYIYESEV SDDEDSSTEACKEINTLSNQLDELYLSDDSISSATKKTKKRRTMSVNSIYTDREEIDSEFEDEDFEKEGIATVERAMENN HDLDTALLELNTLRMSMNVTYHEVRIATITALLRRVYHFIATQTLGPKDAVVKVFNQWGLLFKRQAFDEEEYIDLMNIIM EKIVEQSFDKPDLILFSALVSLYDNDIIEEDVIYKWWDNVSTDPRYDEVKKLTVKWVEWLQNADEESSSEEE ; G,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSIQAFVFCGKGSNLAPFTQPDFPFQTQNKDSTAATSGDKLNELVNSALDSTVINEFMQHSTRLPKALLPIGNRPMIEYV LDWCDQADFKEISVVAPVDEIELIESGLTSFLSLRKQQFELIYKALSNSNHSHHLQDPKKINFIPSKANSTGESLQKELL PRINGDFVILPCDFVTDIPPQVLVDQFRNRDDNNLAMTIYYKNSLDSSIDKKQQQKQKQQQFFTVYSENEDSERQPILLD VYSQRDVTKTKYLQIRSHLLWNYPNLTVSTKLLNSFIYFCSFELCQLLKLGPQSMSRQASFKDPFTGNQQQQNPPTTDDD EDRNHDDDDDYKPSATSIQPTYFKKKNDLILDPINCNKSLSKVFRDLSRRSWQHSKPREPIGIFILPNETLFIRANNLNA YMDANRFVLKIKSQTMFTKNIQIQSAAIGADAIVDPKCQISAHSNVKMSVLGTQANIGSRCRVAGSLLFPGVHLGDEVIL ENCIIGPMAKIGSKCKLSNCYIEGHYVVEPKNNFKGETLANVYLDEDEEDELIYDDSVIAGESEIAEETDSDDRSDEDSD DSEYTDEYEYEDDGLFER ; ;MSIQAFVFCGKGSNLAPFTQPDFPFQTQNKDSTAATSGDKLNELVNSALDSTVINEFMQHSTRLPKALLPIGNRPMIEYV LDWCDQADFKEISVVAPVDEIELIESGLTSFLSLRKQQFELIYKALSNSNHSHHLQDPKKINFIPSKANSTGESLQKELL PRINGDFVILPCDFVTDIPPQVLVDQFRNRDDNNLAMTIYYKNSLDSSIDKKQQQKQKQQQFFTVYSENEDSERQPILLD VYSQRDVTKTKYLQIRSHLLWNYPNLTVSTKLLNSFIYFCSFELCQLLKLGPQSMSRQASFKDPFTGNQQQQNPPTTDDD EDRNHDDDDDYKPSATSIQPTYFKKKNDLILDPINCNKSLSKVFRDLSRRSWQHSKPREPIGIFILPNETLFIRANNLNA YMDANRFVLKIKSQTMFTKNIQIQSAAIGADAIVDPKCQISAHSNVKMSVLGTQANIGSRCRVAGSLLFPGVHLGDEVIL ENCIIGPMAKIGSKCKLSNCYIEGHYVVEPKNNFKGETLANVYLDEDEEDELIYDDSVIAGESEIAEETDSDDRSDEDSD DSEYTDEYEYEDDGLFER ; I,J ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSTSHCRFYENKYPEIDDIVMVNVQQIAEMGAYVKLLEYDNIEGMILLSELSRRRIRSIQKLIRVGKNDVAVVLRVDKEK GYIDLSKRRVSSEDIIKCEEKYQKSKTVHSILRYCAEKFQIPLEELYKTIAWPLSRKFGHAYEAFKLSIIDETVWEGIEP PSKDVLDELKNYISKRLTPQAVKIRADVEVSCFSYEGIDAIKDALKSAEDMSTEQMQVKVKLVAAPLYVLTTQALDKQKG IEQLESAIEKITEVITKYGGVCNITMPPKAVTATEDAELQALLESKELDNRSDSEDDEDESDDE ; ;MSTSHCRFYENKYPEIDDIVMVNVQQIAEMGAYVKLLEYDNIEGMILLSELSRRRIRSIQKLIRVGKNDVAVVLRVDKEK GYIDLSKRRVSSEDIIKCEEKYQKSKTVHSILRYCAEKFQIPLEELYKTIAWPLSRKFGHAYEAFKLSIIDETVWEGIEP PSKDVLDELKNYISKRLTPQAVKIRADVEVSCFSYEGIDAIKDALKSAEDMSTEQMQVKVKLVAAPLYVLTTQALDKQKG IEQLESAIEKITEVITKYGGVCNITMPPKAVTATEDAELQALLESKELDNRSDSEDDEDESDDE ; K,L ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MSSDLAAELGFDPALKKKKKTKKVIPDDFDAAVNGKENGSGDDLFAGLKKKKKKSKSVSADAEAEKEPTDDIAEALGELS LKKKKKKTKDSSVDAFEKELAKAGLDNVDAESKEGTPSANSSIQQEVGLPYSELLSRFFNILRTNNPELAGDRSGPKFRI PPPVCLRDGKKTIFSNIQDIAEKLHRSPEHLIQYLFAELGTSGSVDGQKRLVIKGKFQSKQMENVLRRYILEYVTCKTCK SINTELKREQSNRLFFMVCKSCGSTRSVSSIKTGFQATVGKRRRM ; ;MSSDLAAELGFDPALKKKKKTKKVIPDDFDAAVNGKENGSGDDLFAGLKKKKKKSKSVSADAEAEKEPTDDIAEALGELS LKKKKKKTKDSSVDAFEKELAKAGLDNVDAESKEGTPSANSSIQQEVGLPYSELLSRFFNILRTNNPELAGDRSGPKFRI PPPVCLRDGKKTIFSNIQDIAEKLHRSPEHLIQYLFAELGTSGSVDGQKRLVIKGKFQSKQMENVLRRYILEYVTCKTCK SINTELKREQSNRLFFMVCKSCGSTRSVSSIKTGFQATVGKRRRM ; M,N ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSDLQDQEPSIIINGNLEPVGEPDIVEETEVVAQETQETQDADKPKKKVAFTGLEEDGETEEEKRKREFEEGGGLPEQPL NPDFSKLNPLSAEIINRQATINIGTIGHVAHGKSTVVRAISGVQTVRFKDELERNITIKLGYANAKIYKCQEPTCPEPDC YRSFKSDKEISPKCQRPGCPGRYKLVRHVSFVDCPGHDILMSTMLSGAAVMDAALLLIAGNESCPQPQTSEHLAAIEIMK LKHVIILQNKVDLMREESALEHQKSILKFIRGTIADGAPIVPISAQLKYNIDAVNEFIVKTIPVPPRDFMISPRLIVIRS FDVNKPGAEIEDLKGGVAGGSILNGVFKLGDEIEIRPGIVTKDDKGKIQCKPIFSNIVSLFAEQNDLKFAVPGGLIGVGT KVDPTLCRADRLVGQVVGAKGHLPNIYTDIEINYFLLRRLLGVKTDGQKQAKVRKLEPNEVLMVNIGSTATGARVVAVKA DMARLQLTSPACTEINEKIALSRRIEKHWRLIGWATIKKGTTLEPIA ; 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P N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP EI2BA_YEAST P14741 ? 1 ;MSEFNITETYLRFLEEDTEMTMPIAAIEALVTLLRIKTPETAAEMINTIKSSTEELIKSIPNSVSLRAGCDIFMRFVLRN LHLYGDWENCKQHLIENGQLFVSRAKKSRNKIAEIGVDFIADDDIILVHGYSRAVFSLLNHAANKFIRFRCVVTESRPSK QGNQLYTLLEQKGIPVTLIVDSAVGAVIDKVDKVFVGAEGVAESGGIINLVGTYSVGVLAHNARKPFYVVTESHKFVRMF PLSSDDLPMAGPPLDFTRRTDDLEDALRGPTIDYTAQEYITALITDLGVLTPSAVSEELIKMWYD ; 1 2 UNP EI2BD_YEAST P12754 ? 2 ;MSESEAKSRSATPPSKAKQATPTTTAAANGEKKLTNKELKELKKQEKAAKRAAMKQANGISIEQQQQQAQMKKEKKQLQR EQQQKREQKQKNANKKKQNERNVKKSTLFGHLETTEERRATILALTSAVSSPKTSRITAAGLMVPVVASALSGSNVLTAS SLMPVGPNASSTVSASAPASTTTTLPASSAALSAGTSSASTNTPTAIQQEIASSNASDVAKTLASISLEAGEFNVIPGIS SVIPTVLEQSFDNSSLISSVKELLLNKDLIHPSILLLTSHLAHYKIVGSIPRCIAMLEVFQIVIKDYQTPKGTTLSRNLT SYLSHQIDLLKKARPLSVTMGNAIRWLKQEISLIDPSTPDKAAKKDLCEKIGQFAKEKIELADQLIIDNASTQIEESTTI VTYGSSKVLTELLLHNAISLKKNIKVIVVDSRPLFEGRKMAETLRNAGVNVMYALITSLDTIFNMDVDYVFLGAHSILSN GFLYSRAGTAMLAMSAKRRNIPVLVCCESLKFSQRVQLDSVTFNELADPNDLVNIDYENPVERRGNKGALLNQFIKERKF EKKKLAMENKPKGNKIGGKKGSEGESKDASNEEDSNSKNILDGWQELPSLNIVNILYDLTPPEYIKKVITEFGALPPSSV PVILREYKGSA ; 1 3 UNP EI2BB_YEAST P32502 ? 3 ;MSSQAFTSVHPNAATSDVNVTIDTFVAKLKRRQVQGSYAIALETLQLLMRFISAARWNHVNDLIEQIRDLGNSLEKAHPT AFSCGNVIRRILAVLRDEVEEDTMSTTVTSTSVAEPLISSMFNLLQKPEQPHQNRKNSSGSSSMKTKTDYRQVAIQGIKD LIDEIKNIDEGIQQIAIDLIHDHEILLTPTPDSKTVLKFLITARERSNRTFTVLVTEGFPNNTKNAHEFAKKLAQHNIET LVVPDSAVFALMSRVGKVIIGTKAVFVNGGTISSNSGVSSVCECAREFRTPVFAVAGLYKLSPLYPFDVEKFVEFGGSQR ILPRMDPRKRLDTVNQITDYVPPENIDIYITNVGGFNPSFIYRIAWDNYKQIDVHLDKNKA ; 1 4 UNP EI2BE_YEAST P32501 ? 4 ;MAGKKGQKKSGLGNHGKNSDMDVEDRLQAVVLTDSYETRFMPLTAVKPRCLLPLANVPLIEYTLEFLAKAGVHEVFLICS SHANQINDYIENSKWNLPWSPFKITTIMSPEARCTGDVMRDLDNRGIITGDFILVSGDVLTNIDFSKMLEFHKKMHLQDK DHISTMCLSKASTYPKTRTIEPAAFVLDKSTSRCIYYQDLPLPSSREKTSIQIDPELLDNVDEFVIRNDLIDCRIDICTS HVPLIFQENFDYQSLRTDFVKGVISSDILGKHIYAYLTDEYAVRVESWQTYDTISQDFLGRWCYPLVLDSNIQDDQTYSY ESRHIYKEKDVVLAQSCKIGKCTAIGSGTKIGEGTKIENSVIGRNCQIGENIRIKNSFIWDDCIIGNNSIIDHSLIASNA TLGSNVRLNDGCIIGFNVKIDDNMDLDRNTKISASPLKNAGSRMYDNESNEQFDQDLDDQTLAVSIVGDKGVGYIYESEV SDDEDSSTEACKEINTLSNQLDELYLSDDSISSATKKTKKRRTMSVNSIYTDREEIDSEFEDEDFEKEGIATVERAMENN HDLDTALLELNTLRMSMNVTYHEVRIATITALLRRVYHFIATQTLGPKDAVVKVFNQWGLLFKRQAFDEEEYIDLMNIIM EKIVEQSFDKPDLILFSALVSLYDNDIIEEDVIYKWWDNVSTDPRYDEVKKLTVKWVEWLQNADEESSSEEE ; 1 5 UNP EI2BG_YEAST P09032 ? 5 ;MSIQAFVFCGKGSNLAPFTQPDFPFQTQNKDSTAATSGDKLNELVNSALDSTVINEFMQHSTRLPKALLPIGNRPMIEYV LDWCDQADFKEISVVAPVDEIELIESGLTSFLSLRKQQFELIYKALSNSNHSHHLQDPKKINFIPSKANSTGESLQKELL PRINGDFVILPCDFVTDIPPQVLVDQFRNRDDNNLAMTIYYKNSLDSSIDKKQQQKQKQQQFFTVYSENEDSERQPILLD VYSQRDVTKTKYLQIRSHLLWNYPNLTVSTKLLNSFIYFCSFELCQLLKLGPQSMSRQASFKDPFTGNQQQQNPPTTDDD EDRNHDDDDDYKPSATSIQPTYFKKKNDLILDPINCNKSLSKVFRDLSRRSWQHSKPREPIGIFILPNETLFIRANNLNA YMDANRFVLKIKSQTMFTKNIQIQSAAIGADAIVDPKCQISAHSNVKMSVLGTQANIGSRCRVAGSLLFPGVHLGDEVIL ENCIIGPMAKIGSKCKLSNCYIEGHYVVEPKNNFKGETLANVYLDEDEEDELIYDDSVIAGESEIAEETDSDDRSDEDSD DSEYTDEYEYEDDGLFER ; 1 6 UNP IF2A_YEAST P20459 ? 6 ;MSTSHCRFYENKYPEIDDIVMVNVQQIAEMGAYVKLLEYDNIEGMILLSELSRRRIRSIQKLIRVGKNDVAVVLRVDKEK GYIDLSKRRVSSEDIIKCEEKYQKSKTVHSILRYCAEKFQIPLEELYKTIAWPLSRKFGHAYEAFKLSIIDETVWEGIEP PSKDVLDELKNYISKRLTPQAVKIRADVEVSCFSYEGIDAIKDALKSAEDMSTEQMQVKVKLVAAPLYVLTTQALDKQKG IEQLESAIEKITEVITKYGGVCNITMPPKAVTATEDAELQALLESKELDNRSDSEDDEDESDDE ; 1 7 UNP IF2B_YEAST P09064 ? 7 ;MSSDLAAELGFDPALKKKKKTKKVIPDDFDAAVNGKENGSGDDLFAGLKKKKKKSKSVSADAEAEKEPTDDIAEALGELS LKKKKKKTKDSSVDAFEKELAKAGLDNVDAESKEGTPSANSSIQQEVGLPYSELLSRFFNILRTNNPELAGDRSGPKFRI PPPVCLRDGKKTIFSNIQDIAEKLHRSPEHLIQYLFAELGTSGSVDGQKRLVIKGKFQSKQMENVLRRYILEYVTCKTCK SINTELKREQSNRLFFMVCKSCGSTRSVSSIKTGFQATVGKRRRM ; 1 8 UNP IF2G_YEAST P32481 ? 8 ;MSDLQDQEPSIIINGNLEPVGEPDIVEETEVVAQETQETQDADKPKKKVAFTGLEEDGETEEEKRKREFEEGGGLPEQPL NPDFSKLNPLSAEIINRQATINIGTIGHVAHGKSTVVRAISGVQTVRFKDELERNITIKLGYANAKIYKCQEPTCPEPDC YRSFKSDKEISPKCQRPGCPGRYKLVRHVSFVDCPGHDILMSTMLSGAAVMDAALLLIAGNESCPQPQTSEHLAAIEIMK LKHVIILQNKVDLMREESALEHQKSILKFIRGTIADGAPIVPISAQLKYNIDAVNEFIVKTIPVPPRDFMISPRLIVIRS FDVNKPGAEIEDLKGGVAGGSILNGVFKLGDEIEIRPGIVTKDDKGKIQCKPIFSNIVSLFAEQNDLKFAVPGGLIGVGT KVDPTLCRADRLVGQVVGAKGHLPNIYTDIEINYFLLRRLLGVKTDGQKQAKVRKLEPNEVLMVNIGSTATGARVVAVKA DMARLQLTSPACTEINEKIALSRRIEKHWRLIGWATIKKGTTLEPIA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6I7T A 1 ? 305 ? P14741 1 ? 305 ? 1 305 2 2 6I7T C 1 ? 651 ? P12754 1 ? 651 ? 1 651 3 2 6I7T D 1 ? 651 ? P12754 1 ? 651 ? 1 651 4 3 6I7T E 1 ? 381 ? P32502 1 ? 381 ? 1 381 5 4 6I7T G 1 ? 712 ? P32501 1 ? 712 ? 1 712 6 5 6I7T I 1 ? 578 ? P09032 1 ? 578 ? 1 578 7 5 6I7T J 1 ? 578 ? P09032 1 ? 578 ? 1 578 8 1 6I7T B 1 ? 305 ? P14741 1 ? 305 ? 1 305 9 3 6I7T F 1 ? 381 ? P32502 1 ? 381 ? 1 381 10 4 6I7T H 1 ? 712 ? P32501 1 ? 712 ? 1 712 11 6 6I7T K 1 ? 304 ? P20459 1 ? 304 ? 1 304 12 7 6I7T M 1 ? 285 ? P09064 1 ? 285 ? 1 285 13 8 6I7T O 1 ? 527 ? P32481 1 ? 527 ? 1 527 14 6 6I7T L 1 ? 304 ? P20459 1 ? 304 ? 1 304 15 7 6I7T N 1 ? 285 ? P09064 1 ? 285 ? 1 285 16 8 6I7T P 1 ? 527 ? P32481 1 ? 527 ? 1 527 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 16 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 48790 ? 1 MORE -235 ? 1 'SSA (A^2)' 209550 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;eIF2 and eIF2B were purified separately as complexes from yeast saccharomyces cerevisiae. Assembly was generated by mixing complexes, and isolated on a gel filtration column. ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 9 ? PHE A 13 ? THR A 9 PHE A 13 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 21 ? LYS A 37 ? THR A 21 LYS A 37 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 41 ? ILE A 60 ? THR A 41 ILE A 60 1 ? 20 HELX_P HELX_P4 AA4 VAL A 64 ? HIS A 82 ? VAL A 64 HIS A 82 1 ? 19 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 89 ? GLY A 98 ? ASN A 89 GLY A 98 1 ? 10 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS A 107 ? GLY A 116 ? LYS A 107 GLY A 116 1 ? 10 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 132 ? PHE A 146 ? SER A 132 PHE A 146 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 AA8 LYS A 160 ? GLN A 171 ? LYS A 160 GLN A 171 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 VAL A 180 ? GLY A 185 ? VAL A 180 GLY A 185 5 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 212 ? ARG A 224 ? GLY A 212 ARG A 224 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 293 ? MET A 302 ? SER A 293 MET A 302 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 HIS B 271 ? HIS B 283 ? HIS C 271 HIS C 283 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 SER B 289 ? ASP B 306 ? SER C 289 ASP C 306 1 ? 18 HELX_P HELX_P14 AB5 THR B 314 ? ARG B 334 ? THR C 314 ARG C 334 1 ? 21 HELX_P HELX_P15 AB6 SER B 337 ? LEU B 353 ? 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LYS D 364 LYS D 378 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE C 379 ? THR C 392 ? ILE D 379 THR D 392 1 ? 14 HELX_P HELX_P31 AD4 VAL C 408 ? ILE C 418 ? VAL D 408 ILE D 418 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU C 436 ? ALA C 447 ? GLU D 436 ALA D 447 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU C 459 ? ASN C 464 ? LEU D 459 ASN D 464 1 ? 6 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY C 488 ? ARG C 499 ? GLY D 488 ARG D 499 1 ? 12 HELX_P HELX_P35 AD8 GLU C 508 ? PHE C 512 ? GLU D 508 PHE D 512 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP C 528 ? VAL C 533 ? ASP D 528 VAL D 533 5 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO C 636 ? ILE C 643 ? PRO D 636 ILE D 643 5 ? 8 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP D 17 ? LEU D 29 ? ASP E 17 LEU E 29 1 ? 13 HELX_P HELX_P39 AE3 TYR D 38 ? ALA D 54 ? TYR E 38 ALA E 54 1 ? 17 HELX_P HELX_P40 AE4 HIS D 59 ? SER D 73 ? HIS E 59 SER E 73 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN D 86 ? THR D 107 ? ASN E 86 THR E 107 1 ? 22 HELX_P HELX_P42 AE6 SER D 119 ? LEU D 124 ? SER E 119 LEU E 124 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 THR D 148 ? LYS D 166 ? 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? -99.45 33.76 117 1 TYR F 38 ? ? -96.54 -60.17 118 1 ASN F 58 ? ? 68.23 -5.33 119 1 GLN F 126 ? ? -141.70 20.02 120 1 HIS F 183 ? ? -101.60 70.13 121 1 ASP F 192 ? ? -85.23 49.79 122 1 ASN F 208 ? ? -91.88 32.90 123 1 PHE F 211 ? ? -166.75 -169.65 124 1 PRO F 220 ? ? -104.53 40.21 125 1 GLU F 239 ? ? 36.45 38.48 126 1 GLN F 336 ? ? -161.06 118.57 127 1 THR H 44 ? ? 68.00 -0.26 128 1 ASN H 56 ? ? 59.79 12.51 129 1 ILE H 163 ? ? -122.24 -65.52 130 1 THR H 209 ? ? -101.70 74.56 131 1 LEU H 218 ? ? -95.37 33.73 132 1 ASP H 222 ? ? 65.13 -6.59 133 1 ARG H 234 ? ? 58.91 16.71 134 1 SER H 265 ? ? -88.04 49.56 135 1 CYS H 303 ? ? -109.61 40.98 136 1 ASN H 311 ? ? 63.36 63.25 137 1 ASP H 315 ? ? 34.44 60.53 138 1 LYS H 431 ? ? -95.64 57.75 139 1 PHE K 8 ? ? -96.34 -63.50 140 1 ASP K 17 ? ? 60.17 64.39 141 1 GLN K 25 ? ? -97.74 -61.05 142 1 LEU K 51 ? ? -79.11 -162.58 143 1 ARG K 89 ? ? -96.21 53.29 144 1 ALA K 116 ? ? -101.75 -61.13 145 1 ASP K 187 ? ? -108.92 63.61 146 1 LYS K 206 ? ? -66.53 7.30 147 1 SER K 207 ? 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'RIGID BODY FIT' REAL 'Cross-correlation coefficient' ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? A ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 2 ? B ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 3 ? C ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 4 ? D ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 5 ? E ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 6 ? F ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 7 ? G ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 8 ? H ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 9 ? I ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 10 ? J ? 6I3M 1 ? ? PDB 'experimental model' 6I3M 1 11 ? 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HIS CA HA sing N N 134 HIS C O doub N N 135 HIS C OXT sing N N 136 HIS CB CG sing N N 137 HIS CB HB2 sing N N 138 HIS CB HB3 sing N N 139 HIS CG ND1 sing Y N 140 HIS CG CD2 doub Y N 141 HIS ND1 CE1 doub Y N 142 HIS ND1 HD1 sing N N 143 HIS CD2 NE2 sing Y N 144 HIS CD2 HD2 sing N N 145 HIS CE1 NE2 sing Y N 146 HIS CE1 HE1 sing N N 147 HIS NE2 HE2 sing N N 148 HIS OXT HXT sing N N 149 ILE N CA sing N N 150 ILE N H sing N N 151 ILE N H2 sing N N 152 ILE CA C sing N N 153 ILE CA CB sing N N 154 ILE CA HA sing N N 155 ILE C O doub N N 156 ILE C OXT sing N N 157 ILE CB CG1 sing N N 158 ILE CB CG2 sing N N 159 ILE CB HB sing N N 160 ILE CG1 CD1 sing N N 161 ILE CG1 HG12 sing N N 162 ILE CG1 HG13 sing N N 163 ILE CG2 HG21 sing N N 164 ILE CG2 HG22 sing N N 165 ILE CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 175 LEU CA HA sing N N 176 LEU C O doub N N 177 LEU C OXT sing N N 178 LEU CB CG sing N N 179 LEU CB HB2 sing N N 180 LEU CB HB3 sing N N 181 LEU CG CD1 sing N N 182 LEU CG CD2 sing N N 183 LEU CG HG sing N N 184 LEU CD1 HD11 sing N N 185 LEU CD1 HD12 sing N N 186 LEU CD1 HD13 sing N N 187 LEU CD2 HD21 sing N N 188 LEU CD2 HD22 sing N N 189 LEU CD2 HD23 sing N N 190 LEU OXT HXT sing N N 191 LYS N CA sing N N 192 LYS N H sing N N 193 LYS N H2 sing N N 194 LYS CA C sing N N 195 LYS CA CB sing N N 196 LYS CA HA sing N N 197 LYS C O doub N N 198 LYS C OXT sing N N 199 LYS CB CG sing N N 200 LYS CB HB2 sing N N 201 LYS CB HB3 sing N N 202 LYS CG CD sing N N 203 LYS CG HG2 sing N N 204 LYS CG HG3 sing N N 205 LYS CD CE sing N N 206 LYS CD HD2 sing N N 207 LYS CD HD3 sing N N 208 LYS CE NZ sing N N 209 LYS CE HE2 sing N N 210 LYS CE HE3 sing N N 211 LYS NZ HZ1 sing N N 212 LYS NZ HZ2 sing N N 213 LYS NZ HZ3 sing N N 214 LYS OXT HXT sing N N 215 MET N CA sing N N 216 MET N H sing N N 217 MET N H2 sing N N 218 MET CA C sing N N 219 MET CA CB sing N N 220 MET CA HA sing N N 221 MET C O doub N N 222 MET C OXT sing N N 223 MET CB CG sing N N 224 MET CB HB2 sing N N 225 MET CB HB3 sing N N 226 MET CG SD sing N N 227 MET CG HG2 sing N N 228 MET CG HG3 sing N N 229 MET SD CE sing N N 230 MET CE HE1 sing N N 231 MET CE HE2 sing N N 232 MET CE HE3 sing N N 233 MET OXT HXT sing N N 234 PHE N CA sing N N 235 PHE N H sing N N 236 PHE N H2 sing N N 237 PHE CA C sing N N 238 PHE CA CB sing N N 239 PHE CA HA sing N N 240 PHE C O doub N N 241 PHE C OXT sing N N 242 PHE CB CG sing N N 243 PHE CB HB2 sing N N 244 PHE CB HB3 sing N N 245 PHE CG CD1 doub Y N 246 PHE CG CD2 sing Y N 247 PHE CD1 CE1 sing Y N 248 PHE CD1 HD1 sing N N 249 PHE CD2 CE2 doub Y N 250 PHE CD2 HD2 sing N N 251 PHE CE1 CZ doub Y N 252 PHE CE1 HE1 sing N N 253 PHE CE2 CZ sing Y N 254 PHE CE2 HE2 sing N N 255 PHE CZ HZ sing N N 256 PHE OXT HXT sing N N 257 PRO N CA sing N N 258 PRO N CD sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TRP N CA sing N N 304 TRP N H sing N N 305 TRP N H2 sing N N 306 TRP CA C sing N N 307 TRP CA CB sing N N 308 TRP CA HA sing N N 309 TRP C O doub N N 310 TRP C OXT sing N N 311 TRP CB CG sing N N 312 TRP CB HB2 sing N N 313 TRP CB HB3 sing N N 314 TRP CG CD1 doub Y N 315 TRP CG CD2 sing Y N 316 TRP CD1 NE1 sing Y N 317 TRP CD1 HD1 sing N N 318 TRP CD2 CE2 doub Y N 319 TRP CD2 CE3 sing Y N 320 TRP NE1 CE2 sing Y N 321 TRP NE1 HE1 sing N N 322 TRP CE2 CZ2 sing Y N 323 TRP CE3 CZ3 doub Y N 324 TRP CE3 HE3 sing N N 325 TRP CZ2 CH2 doub Y N 326 TRP CZ2 HZ2 sing N N 327 TRP CZ3 CH2 sing Y N 328 TRP CZ3 HZ3 sing N N 329 TRP CH2 HH2 sing N N 330 TRP OXT HXT sing N N 331 TYR N CA sing N N 332 TYR N H sing N N 333 TYR N H2 sing N N 334 TYR CA C sing N N 335 TYR CA CB sing N N 336 TYR CA HA sing N N 337 TYR C O doub N N 338 TYR C OXT sing N N 339 TYR CB CG sing N N 340 TYR CB HB2 sing N N 341 TYR CB HB3 sing N N 342 TYR CG CD1 doub Y N 343 TYR CG CD2 sing Y N 344 TYR CD1 CE1 sing Y N 345 TYR CD1 HD1 sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM KCl 'potassium chloride' 1 2 20 mM ? Tris 1 3 1 mM ? TCEP # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ;CTF determination was performed per micrograph initially. After particle picking and initial reconstruction, per particle CTF determination was performed. ; # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.838 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 4932 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Saccharomyces cerevisiae' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 4932 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Saccharomyces cerevisiae' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 1.0 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details ;Images were taken with 40, 60 or 100 frames in total. The first 2 frames were discarded in motioncorr2. The stage was tilted by 35 degrees. ; _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2154 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;2024 images were selected for particle picking. Initially, 3090 particles were picked manually and used for 2D classification into 20 classes. The best 8 classes (containing 2162 particles) were selected and used as references for automated particle picking in RELION. Particles on the lacey carbon, not in holes, were manually deleted in RELION, before extraction and further iterative cleaning by classification. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 114390 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 2.1 1 ? ? 2 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 3 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 12 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 13 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 14 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 15 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 16 CLASSIFICATION ? RELION 2.1 1 ? ? 17 RECONSTRUCTION ? RELION 2.1 1 ? ? 18 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? 19 'MODEL REFINEMENT' 'Core region and C-term of eIF2 alpha were modelled directly into the map, using Coot and refined in Phenix' PHENIX ? ? 1 ? 20 'MODEL FITTING' 'cross-correlation at 15 A' 'UCSF Chimera' ? ? 2 ? 21 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 2 ? 22 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 23 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 24 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 25 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 26 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 27 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.28 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/L020157/1 1 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/N014049/1 2 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/M006565/1 3 'Biotechnology and Biological Sciences Research Council' 'United Kingdom' BB/M011208/1 4 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 6I3M 2 'experimental model' PDB 3JAP # _atom_sites.entry_id 6I7T _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_