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ASP F 1045 VAL F 1050 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 245 SG ? ? ? 1_555 A CYS 261 SG ? ? A CYS 245 A CYS 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 957 SG ? ? ? 1_555 A CYS 968 SG ? ? A CYS 957 A CYS 968 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 1338 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1352 SG ? ? A CYS 1338 A CYS 1352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.916 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 57 SG ? ? ? 1_555 B CYS 80 SG ? ? E CYS 57 E CYS 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 277 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1018 SG ? ? F CYS 305 F CYS 1047 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf6 disulf ? ? E CYS 328 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1033 SG ? ? F CYS 356 F CYS 1062 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.770 ? ? disulf7 disulf ? ? E CYS 378 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1045 SG ? ? F CYS 406 F CYS 1074 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? ? disulf8 disulf ? ? E CYS 641 SG ? ? ? 1_555 E CYS 671 SG ? ? F CYS 670 F CYS 700 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf9 disulf ? ? E CYS 878 SG ? ? ? 1_555 E CYS 948 SG ? ? F CYS 907 F CYS 977 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf10 disulf ? ? E CYS 970 SG ? ? ? 1_555 E CYS 1000 SG ? ? F CYS 999 F CYS 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf11 disulf ? ? E CYS 973 SG ? ? ? 1_555 E CYS 998 SG ? ? F CYS 1002 F CYS 1027 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? covale1 covale one ? E ASN 66 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? F ASN 92 F NAG 1115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? E ASN 158 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? F ASN 186 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? E ASN 442 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? F ASN 470 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.555 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? E ASN 578 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? F ASN 606 F NAG 1116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? E ASN 587 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? F ASN 615 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.529 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? E ASN 798 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? F ASN 827 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 862 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? F ASN 891 F NAG 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.381 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? E ASN 869 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? F ASN 898 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? F NAG . O3 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale10 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale11 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale12 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale13 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale14 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale15 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale16 covale both ? K NAG . O3 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale17 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? ? covale18 covale both ? L NAG . O3 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 2 L NAG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? metalc1 metalc ? ? A GLU 292 OE1 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? A GLU 292 A CA 1902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.490 ? ? metalc2 metalc ? ? A GLU 292 OE2 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? A GLU 292 A CA 1902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? ? metalc3 metalc ? ? A GLU 292 OE1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A GLU 292 A CA 1903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.500 ? ? metalc4 metalc ? ? A GLU 614 OE1 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? A GLU 614 A CA 1902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? ? metalc5 metalc ? ? A GLU 1014 OE1 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? A GLU 1014 A CA 1902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? ? metalc6 metalc ? ? A GLU 1014 OE2 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? A GLU 1014 A CA 1902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? ? metalc7 metalc ? ? A GLU 1014 OE2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? A GLU 1014 A CA 1903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? ? metalc8 metalc ? ? E SER 235 OG ? ? ? 1_555 V CA . CA ? ? F SER 263 F CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? ? metalc9 metalc ? ? E SER 237 OG ? ? ? 1_555 V CA . CA ? ? F SER 265 F CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? ? metalc10 metalc ? ? E THR 305 OG1 ? ? ? 1_555 V CA . CA ? ? F THR 333 F CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TYR 192 E . ? TYR 220 F PRO 193 E ? PRO 221 F 1 -1.43 2 GLY 1014 E . ? GLY 1043 F PRO 1015 E ? 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_pdbx_entry_details.entry_id 6JPB _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ;As for the unusual connection between Y619-S621 of Chain F, the original amino acid for S620 is Y620 and the density for this large side chain is missing from reconstruction. Authors suspect this to be a result of alternative splicing. The density in this beta strand, Y619 and S621, is very clear and allows accurate side chain assignment for this area and surrounding areas. ; _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? # _em_3d_fitting.entry_id 6JPB _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6JPB _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 267633 _em_3d_reconstruction.resolution 2.9 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 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_pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 6 DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 6 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 7 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 7 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 8 DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 8 'WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b3-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O3 HO3 sing ? 2 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 8 3 NAG C1 O1 2 NAG O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 NAG 3 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 10 'CALCIUM ION' CA 11 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine 3PE 12 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE PC1 13 Diltiazem C9F 14 ETHANOLAMINE ETA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'SDS-PAGE was suplemented' #