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'Davey, C.A.' 3 0000-0003-2632-775X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 5751 _citation.page_last 5751 _citation.title 'PARP1 exhibits enhanced association and catalytic efficiency with gamma H2A.X-nucleosome.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-019-13641-0 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31848352 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sharma, D.' 1 0000-0003-1760-2705 primary 'De Falco, L.' 2 0000-0003-1874-1838 primary 'Padavattan, S.' 3 ? primary 'Rao, C.' 4 ? primary 'Geifman-Shochat, S.' 5 ? primary 'Liu, C.F.' 6 0000-0001-7433-2081 primary 'Davey, C.A.' 7 0000-0003-2632-775X # _cell.length_a 107.950 _cell.length_b 109.460 _cell.length_c 183.380 _cell.angle_alpha 90.000 _cell.angle_beta 90.000 _cell.angle_gamma 90.000 _cell.entry_id 6K1K _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' _symmetry.entry_id 6K1K _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15719.445 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2AX' 15496.915 2 ? 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DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKTGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGHYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTSATVGPKAPSGGKKATQAEQEY ; ;GSHMSGRGKTGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGHYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTSATVGPKAPSGGKKATQAEQEY ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGGAATCCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTGTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGGATTCCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTGTGAT ; J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 ALA n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 LYS n 1 41 LYS n 1 42 PRO n 1 43 HIS n 1 44 ARG n 1 45 TYR n 1 46 ARG n 1 47 PRO n 1 48 GLY n 1 49 THR n 1 50 VAL n 1 51 ALA n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 GLU n 1 55 ILE n 1 56 ARG n 1 57 ARG n 1 58 TYR n 1 59 GLN n 1 60 LYS n 1 61 SER n 1 62 THR n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 LYS n 1 69 LEU n 1 70 PRO n 1 71 PHE n 1 72 GLN n 1 73 ARG n 1 74 LEU n 1 75 VAL n 1 76 ARG n 1 77 GLU n 1 78 ILE n 1 79 ALA n 1 80 GLN n 1 81 ASP n 1 82 PHE n 1 83 LYS n 1 84 THR n 1 85 ASP n 1 86 LEU n 1 87 ARG n 1 88 PHE n 1 89 GLN n 1 90 SER n 1 91 SER n 1 92 ALA n 1 93 VAL n 1 94 MET n 1 95 ALA n 1 96 LEU n 1 97 GLN n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 CYS n 1 101 GLU n 1 102 ALA n 1 103 TYR n 1 104 LEU n 1 105 VAL 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TYR n 2 56 GLU n 2 57 GLU n 2 58 THR n 2 59 ARG n 2 60 GLY n 2 61 VAL n 2 62 LEU n 2 63 LYS n 2 64 VAL n 2 65 PHE n 2 66 LEU n 2 67 GLU n 2 68 ASN n 2 69 VAL n 2 70 ILE n 2 71 ARG n 2 72 ASP n 2 73 ALA n 2 74 VAL n 2 75 THR n 2 76 TYR n 2 77 THR n 2 78 GLU n 2 79 HIS n 2 80 ALA n 2 81 LYS n 2 82 ARG n 2 83 LYS n 2 84 THR n 2 85 VAL n 2 86 THR n 2 87 ALA n 2 88 MET n 2 89 ASP n 2 90 VAL n 2 91 VAL n 2 92 TYR n 2 93 ALA n 2 94 LEU n 2 95 LYS n 2 96 ARG n 2 97 GLN n 2 98 GLY n 2 99 ARG n 2 100 THR n 2 101 LEU n 2 102 TYR n 2 103 GLY n 2 104 PHE n 2 105 GLY n 2 106 GLY n 3 1 GLY n 3 2 SER n 3 3 HIS n 3 4 MET n 3 5 SER n 3 6 GLY n 3 7 ARG n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 THR n 3 11 GLY n 3 12 GLY n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 ARG n 3 16 ALA n 3 17 LYS n 3 18 ALA n 3 19 LYS n 3 20 SER n 3 21 ARG n 3 22 SER n 3 23 SER n 3 24 ARG n 3 25 ALA n 3 26 GLY n 3 27 LEU n 3 28 GLN n 3 29 PHE n 3 30 PRO n 3 31 VAL n 3 32 GLY n 3 33 ARG n 3 34 VAL n 3 35 HIS n 3 36 ARG n 3 37 LEU n 3 38 LEU n 3 39 ARG n 3 40 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J DT -26 J K 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.845 ? ? metalc20 metalc ? ? J DA 48 "O4'" ? ? ? 1_555 UA K . K ? ? J DA -25 J K 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 3.095 ? ? metalc21 metalc ? ? J DG 70 N7 ? ? ? 1_555 IA MN . MN ? ? J DG -3 J MN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? ? metalc22 metalc ? ? J DG 93 N7 ? ? ? 1_555 OA MN . MN ? ? J DG 20 J MN 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.710 ? ? metalc23 metalc ? ? J DG 100 N7 ? ? ? 1_555 NA MN . MN ? ? J DG 27 J MN 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? ? metalc24 metalc ? ? J DG 111 N7 ? ? ? 1_555 KA MN . MN ? ? J DG 38 J MN 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? ? metalc25 metalc ? ? J DG 123 N7 ? ? ? 1_555 QA MN . MN ? ? J DG 50 J MN 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? ? metalc26 metalc one ? J DG 137 C8 ? ? ? 1_555 MA MN . MN ? ? J DG 64 J MN 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? ? metalc27 metalc ? ? J DG 137 N7 ? ? ? 1_555 MA MN . MN ? ? J DG 64 J MN 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? ? metalc28 metalc ? ? EA MN . MN ? ? ? 1_555 EB HOH . O ? ? 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I DC -70 J DG 70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? I DA 4 N1 ? ? ? 1_555 J DT 142 N3 ? ? I DA -69 J DT 69 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? I DA 4 N6 ? ? ? 1_555 J DT 142 O4 ? ? I DA -69 J DT 69 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DC 5 N3 ? ? ? 1_555 J DG 141 N1 ? ? I DC -68 J DG 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? I DC 5 N4 ? ? ? 1_555 J DG 141 O6 ? ? I DC -68 J DG 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? I DC 5 O2 ? ? ? 1_555 J DG 141 N2 ? ? I DC -68 J DG 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? I DA 6 N1 ? ? ? 1_555 J DT 140 N3 ? ? I DA -67 J DT 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? I DA 6 N6 ? ? ? 1_555 J DT 140 O4 ? ? I DA -67 J DT 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? I DA 7 N1 ? ? ? 1_555 J DT 139 N3 ? ? I DA -66 J DT 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? I DA 7 N6 ? ? ? 1_555 J DT 139 O4 ? ? I DA -66 J DT 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? I DT 8 N3 ? ? ? 1_555 J DA 138 N1 ? ? I DT -65 J DA 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? I DT 8 O4 ? ? ? 1_555 J DA 138 N6 ? ? I DT -65 J DA 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? I DC 9 N3 ? ? ? 1_555 J DG 137 N1 ? ? I DC -64 J DG 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? I DC 9 N4 ? ? ? 1_555 J DG 137 O6 ? ? I DC -64 J DG 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? I DC 9 O2 ? ? ? 1_555 J DG 137 N2 ? ? I DC -64 J DG 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? I DC 10 N3 ? ? ? 1_555 J DG 136 N1 ? ? I DC -63 J DG 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? I DC 10 N4 ? ? ? 1_555 J DG 136 O6 ? ? I DC -63 J DG 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? I DC 10 O2 ? ? ? 1_555 J DG 136 N2 ? ? I DC -63 J DG 63 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? I DC 11 N3 ? ? ? 1_555 J DG 135 N1 ? ? I DC -62 J DG 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? I DC 11 N4 ? ? ? 1_555 J DG 135 O6 ? ? I DC -62 J DG 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? I DC 11 O2 ? ? ? 1_555 J DG 135 N2 ? ? I DC -62 J DG 62 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? I DG 12 N1 ? ? ? 1_555 J DC 134 N3 ? ? I DG -61 J DC 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? I DG 12 N2 ? ? ? 1_555 J DC 134 O2 ? ? I DG -61 J DC 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? I DG 12 O6 ? ? ? 1_555 J DC 134 N4 ? ? I DG -61 J DC 61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? I DG 13 N1 ? ? ? 1_555 J DC 133 N3 ? ? I DG -60 J DC 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? I DG 13 N2 ? ? ? 1_555 J DC 133 O2 ? ? I DG -60 J DC 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? I DG 13 O6 ? ? ? 1_555 J DC 133 N4 ? ? I DG -60 J DC 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? I DT 14 N3 ? ? ? 1_555 J DA 132 N1 ? ? I DT -59 J DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? I DT 14 O4 ? ? ? 1_555 J DA 132 N6 ? ? I DT -59 J DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? I DG 15 N1 ? ? ? 1_555 J DC 131 N3 ? ? I DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? I DG 15 N2 ? ? ? 1_555 J DC 131 O2 ? ? I DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? I DG 15 O6 ? ? ? 1_555 J DC 131 N4 ? ? I DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? I DC 16 N3 ? ? ? 1_555 J DG 130 N1 ? ? I DC -57 J DG 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? I DC 16 N4 ? ? ? 1_555 J DG 130 O6 ? ? I DC -57 J DG 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? I DC 16 O2 ? ? ? 1_555 J DG 130 N2 ? ? I DC -57 J DG 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? I DC 17 N3 ? ? ? 1_555 J DG 129 N1 ? ? I DC -56 J DG 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? I DC 17 N4 ? ? ? 1_555 J DG 129 O6 ? ? I DC -56 J DG 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? I DC 17 O2 ? ? ? 1_555 J DG 129 N2 ? ? I DC -56 J DG 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? I DG 18 N1 ? ? ? 1_555 J DC 128 N3 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? I DG 18 N2 ? ? ? 1_555 J DC 128 O2 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? I DG 18 O6 ? ? ? 1_555 J DC 128 N4 ? ? I DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? I DA 19 N1 ? ? ? 1_555 J DT 127 N3 ? ? I DA -54 J DT 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? I DA 19 N6 ? ? ? 1_555 J DT 127 O4 ? ? I DA -54 J DT 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? I DG 20 N1 ? ? ? 1_555 J DC 126 N3 ? ? I DG -53 J DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? I DG 20 N2 ? ? ? 1_555 J DC 126 O2 ? ? I DG -53 J DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? I DG 20 O6 ? ? ? 1_555 J DC 126 N4 ? ? I DG -53 J DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? I DG 21 N1 ? ? ? 1_555 J DC 125 N3 ? ? I DG -52 J DC 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? I DG 21 N2 ? ? ? 1_555 J DC 125 O2 ? ? I DG -52 J DC 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? I DG 21 O6 ? ? ? 1_555 J DC 125 N4 ? ? I DG -52 J DC 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? I DC 22 N3 ? ? ? 1_555 J DG 124 N1 ? ? I DC -51 J DG 51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? I DC 22 N4 ? ? ? 1_555 J DG 124 O6 ? ? I DC -51 J DG 51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? I DC 22 O2 ? ? ? 1_555 J DG 124 N2 ? ? I DC -51 J DG 51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? I DC 23 N3 ? ? ? 1_555 J DG 123 N1 ? ? 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O GLY H 50 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software C CL 201 ? 5 'binding site for residue CL C 201' AC2 Software G CL 201 ? 4 'binding site for residue CL G 201' AC3 Software H MN 201 ? 6 'binding site for residue MN H 201' AC4 Software I MN 101 ? 1 'binding site for residue MN I 101' AC5 Software I MN 102 ? 1 'binding site for residue MN I 102' AC6 Software I MN 103 ? 1 'binding site for residue MN I 103' AC7 Software I MN 104 ? 1 'binding site for residue MN I 104' AC8 Software I MN 105 ? 1 'binding site for residue MN I 105' AC9 Software I MN 106 ? 1 'binding site for residue MN I 106' AD1 Software I MN 107 ? 1 'binding site for residue MN I 107' AD2 Software I MN 108 ? 1 'binding site for residue MN I 108' AD3 Software I MN 110 ? 1 'binding site for residue MN I 110' AD4 Software I MN 113 ? 1 'binding site for residue MN I 113' AD5 Software I MN 116 ? 1 'binding site for residue MN I 116' AD6 Software I K 117 ? 2 'binding site for residue K I 117' AD7 Software J MN 101 ? 3 'binding site for residue MN J 101' AD8 Software J MN 102 ? 1 'binding site for residue MN J 102' AD9 Software J MN 103 ? 1 'binding site for residue MN J 103' AE1 Software J MN 104 ? 1 'binding site for residue MN J 104' AE2 Software J MN 105 ? 1 'binding site for residue MN J 105' AE3 Software J MN 106 ? 1 'binding site for residue MN J 106' AE4 Software J MN 107 ? 1 'binding site for residue MN J 107' AE5 Software J MN 109 ? 2 'binding site for residue MN J 109' AE6 Software J MN 110 ? 1 'binding site for residue MN J 110' AE7 Software J MN 111 ? 2 'binding site for residue MN J 111' AE8 Software J MN 112 ? 1 'binding site for residue MN J 112' AE9 Software J MN 113 ? 1 'binding site for residue MN J 113' AF1 Software J MN 114 ? 3 'binding site for residue MN J 114' AF2 Software J MN 115 ? 2 'binding site for residue MN J 115' AF3 Software J K 117 ? 2 'binding site for residue K J 117' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 5 GLY C 48 ? 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J -72 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 I DT 2 1_555 J DA 144 1_555 -0.683 -1.198 3.072 0.807 6.801 37.430 -2.622 1.141 2.805 10.490 -1.245 38.029 1 II_DA-72DT-71:DA71DT72_JJ I -72 ? 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J 66 ? 1 I DA 7 1_555 J DT 139 1_555 I DT 8 1_555 J DA 138 1_555 1.042 -0.435 2.928 -2.020 1.099 29.442 -1.059 -2.424 2.834 2.158 3.967 29.529 7 II_DA-66DT-65:DA65DT66_JJ I -66 ? J 66 ? I -65 ? J 65 ? 1 I DT 8 1_555 J DA 138 1_555 I DC 9 1_555 J DG 137 1_555 0.308 -0.344 3.665 5.504 4.009 42.477 -0.914 0.191 3.630 5.490 -7.538 42.994 8 II_DT-65DC-64:DG64DA65_JJ I -65 ? J 65 ? I -64 ? J 64 ? 1 I DC 9 1_555 J DG 137 1_555 I DC 10 1_555 J DG 136 1_555 -0.254 -0.033 3.092 -0.204 9.186 23.133 -2.688 0.533 2.870 21.833 0.484 24.868 9 II_DC-64DC-63:DG63DG64_JJ I -64 ? J 64 ? I -63 ? J 63 ? 1 I DC 10 1_555 J DG 136 1_555 I DC 11 1_555 J DG 135 1_555 0.451 -0.209 3.779 -1.427 7.642 41.628 -1.187 -0.792 3.670 10.642 1.987 42.316 10 II_DC-63DC-62:DG62DG63_JJ I -63 ? J 63 ? I -62 ? J 62 ? 1 I DC 11 1_555 J DG 135 1_555 I DG 12 1_555 J DC 134 1_555 0.119 0.830 2.998 4.370 8.945 26.776 -0.276 0.716 3.090 18.523 -9.048 28.535 11 II_DC-62DG-61:DC61DG62_JJ I -62 ? J 62 ? I -61 ? 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J 41 ? 1 I DG 32 1_555 J DC 114 1_555 I DG 33 1_555 J DC 113 1_555 -0.702 -0.767 3.421 0.079 17.792 27.243 -4.450 1.271 2.470 33.609 -0.148 32.446 32 II_DG-41DG-40:DC40DC41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? J 40 ? 1 I DG 33 1_555 J DC 113 1_555 I DT 34 1_555 J DA 112 1_555 0.222 -0.189 2.953 -2.173 0.460 34.367 -0.384 -0.679 2.931 0.777 3.673 34.436 33 II_DG-40DT-39:DA39DC40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DT 34 1_555 J DA 112 1_555 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 0.741 0.467 3.201 5.021 5.732 37.897 -0.003 -0.499 3.302 8.719 -7.637 38.628 34 II_DT-39DC-38:DG38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 I DG 36 1_555 J DC 110 1_555 -0.133 0.674 3.254 -7.215 2.083 30.191 0.855 -1.143 3.236 3.923 13.590 31.090 35 II_DC-38DG-37:DC37DG38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 36 1_555 J DC 110 1_555 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 -0.560 0.158 3.639 2.366 2.296 34.512 -0.125 1.342 3.596 3.859 -3.977 34.665 36 II_DG-37DT-36:DA36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 I DA 38 1_555 J DT 108 1_555 0.023 2.308 3.645 3.208 -19.906 52.154 3.630 0.162 2.666 -21.741 -3.504 55.660 37 II_DT-36DA-35:DT35DA36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DA 38 1_555 J DT 108 1_555 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 1.256 1.273 3.268 -1.664 7.194 31.196 0.966 -2.586 3.399 13.148 3.041 32.037 38 II_DA-35DG-34:DC34DT35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 I DA 40 1_555 J DT 106 1_555 -1.489 0.986 3.182 -7.783 3.035 39.085 1.084 1.259 3.468 4.474 11.474 39.934 39 II_DG-34DA-33:DT33DC34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DA 40 1_555 J DT 106 1_555 I DC 41 1_555 J DG 105 1_555 0.227 -0.640 3.208 -0.863 3.892 31.688 -1.847 -0.565 3.102 7.093 1.572 31.931 40 II_DA-33DC-32:DG32DT33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DC 41 1_555 J DG 105 1_555 I DA 42 1_555 J DT 104 1_555 0.136 -0.006 3.534 2.580 12.649 30.444 -2.340 0.236 3.275 22.840 -4.659 33.008 41 II_DC-32DA-31:DT31DG32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? 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J 26 ? 1 I DT 47 1_555 J DA 99 1_555 I DA 48 1_555 J DT 98 1_555 1.484 1.018 3.278 0.058 -10.743 38.642 2.672 -2.160 2.907 -15.865 -0.085 40.053 47 II_DT-26DA-25:DT25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DA 48 1_555 J DT 98 1_555 I DG 49 1_555 J DC 97 1_555 -0.654 0.367 3.465 -0.623 4.038 34.425 -0.046 0.996 3.495 6.792 1.049 34.659 48 II_DA-25DG-24:DC24DT25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DG 49 1_555 J DC 97 1_555 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 0.111 -0.506 2.794 0.574 2.085 32.525 -1.210 -0.112 2.759 3.717 -1.023 32.594 49 II_DG-24DC-23:DG23DC24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 -0.358 -0.450 3.844 -0.831 12.196 30.728 -3.180 0.468 3.431 21.955 1.496 33.016 50 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 I DC 52 1_555 J DG 94 1_555 0.372 0.140 3.038 1.569 4.273 28.729 -0.598 -0.419 3.042 8.545 -3.136 29.080 51 II_DA-22DC-21:DG21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? 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J 6 ? 1 I DT 67 1_555 J DA 79 1_555 I DA 68 1_555 J DT 78 1_555 0.653 2.139 3.694 5.525 -9.177 46.185 3.469 -0.327 3.289 -11.517 -6.934 47.345 67 II_DT-6DA-5:DT5DA6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? J 5 ? 1 I DA 68 1_555 J DT 78 1_555 I DC 69 1_555 J DG 77 1_555 0.192 0.593 3.253 -6.865 -6.005 37.437 1.627 -1.123 3.045 -9.190 10.505 38.493 68 II_DA-5DC-4:DG4DT5_JJ I -5 ? J 5 ? I -4 ? J 4 ? 1 I DC 69 1_555 J DG 77 1_555 I DG 70 1_555 J DC 76 1_555 0.343 0.857 3.243 3.806 3.383 36.537 0.893 -0.023 3.325 5.364 -6.035 36.878 69 II_DC-4DG-3:DC3DG4_JJ I -4 ? J 4 ? I -3 ? J 3 ? 1 I DG 70 1_555 J DC 76 1_555 I DG 71 1_555 J DC 75 1_555 0.804 0.321 3.241 2.152 5.413 26.049 -0.733 -1.175 3.293 11.822 -4.700 26.681 70 II_DG-3DG-2:DC2DC3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 I DG 71 1_555 J DC 75 1_555 I DA 72 1_555 J DT 74 1_555 -0.835 -0.077 3.498 -1.639 6.196 38.118 -0.936 1.046 3.475 9.406 2.488 38.633 71 II_DG-2DA-1:DT1DC2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? J 1 ? 1 I DA 72 1_555 J DT 74 1_555 I DA 73 1_555 J DT 73 1_555 0.017 -0.371 3.071 -2.783 4.769 34.744 -1.276 -0.415 2.985 7.924 4.625 35.167 72 II_DA-1DA0:DT0DT1_JJ I -1 ? J 1 ? I 0 ? J 0 ? 1 I DA 73 1_555 J DT 73 1_555 I DT 74 1_555 J DA 72 1_555 0.156 -1.179 3.374 2.090 1.255 30.158 -2.519 0.135 3.327 2.407 -4.009 30.254 73 II_DA0DT1:DA-1DT0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? J -1 ? 1 I DT 74 1_555 J DA 72 1_555 I DC 75 1_555 J DG 71 1_555 0.680 -0.180 3.489 1.978 6.559 37.117 -1.184 -0.779 3.439 10.197 -3.075 37.722 74 II_DT1DC2:DG-2DA-1_JJ I 1 ? J -1 ? I 2 ? J -2 ? 1 I DC 75 1_555 J DG 71 1_555 I DC 76 1_555 J DG 70 1_555 -0.504 -0.076 3.149 3.209 7.240 31.341 -1.360 1.448 2.993 13.141 -5.825 32.302 75 II_DC2DC3:DG-3DG-2_JJ I 2 ? J -2 ? I 3 ? J -3 ? 1 I DC 76 1_555 J DG 70 1_555 I DG 77 1_555 J DC 69 1_555 -0.305 0.960 3.416 -1.760 5.857 36.965 0.673 0.227 3.532 9.160 2.753 37.450 76 II_DC3DG4:DC-4DG-3_JJ I 3 ? J -3 ? I 4 ? J -4 ? 1 I DG 77 1_555 J DC 69 1_555 I DT 78 1_555 J DA 68 1_555 -0.261 0.664 3.173 0.916 -2.630 38.121 1.333 0.510 3.115 -4.020 -1.400 38.219 77 II_DG4DT5:DA-5DC-4_JJ I 4 ? J -4 ? I 5 ? J -5 ? 1 I DT 78 1_555 J DA 68 1_555 I DA 79 1_555 J DT 67 1_555 -0.960 2.130 3.474 -9.144 -15.636 41.741 4.133 0.445 2.694 -20.808 12.169 45.341 78 II_DT5DA6:DT-6DA-5_JJ I 5 ? J -5 ? I 6 ? J -6 ? 1 I DA 79 1_555 J DT 67 1_555 I DC 80 1_555 J DG 66 1_555 1.150 1.140 3.237 4.406 -6.532 40.709 2.296 -1.164 3.128 -9.284 -6.263 41.432 79 II_DA6DC7:DG-7DT-6_JJ I 6 ? J -6 ? I 7 ? J -7 ? 1 I DC 80 1_555 J DG 66 1_555 I DG 81 1_555 J DC 65 1_555 -0.211 0.803 3.307 -4.203 13.536 36.519 -0.528 -0.222 3.388 20.669 6.418 39.085 80 II_DC7DG8:DC-8DG-7_JJ I 7 ? J -7 ? I 8 ? J -8 ? 1 I DG 81 1_555 J DC 65 1_555 I DT 82 1_555 J DA 64 1_555 -0.559 -0.278 3.018 -0.627 2.280 29.239 -1.002 0.979 2.999 4.508 1.239 29.333 81 II_DG8DT9:DA-9DC-8_JJ I 8 ? J -8 ? I 9 ? J -9 ? 1 I DT 82 1_555 J DA 64 1_555 I DG 83 1_555 J DC 63 1_555 0.653 0.082 3.323 0.399 7.844 34.832 -1.026 -1.006 3.271 12.901 -0.657 35.680 82 II_DT9DG10:DC-10DA-9_JJ I 9 ? J -9 ? I 10 ? J -10 ? 1 I DG 83 1_555 J DC 63 1_555 I DC 84 1_555 J DG 62 1_555 -0.200 -0.170 3.571 1.044 2.986 37.158 -0.696 0.464 3.541 4.675 -1.634 37.287 83 II_DG10DC11:DG-11DC-10_JJ I 10 ? J -10 ? I 11 ? J -11 ? 1 I DC 84 1_555 J DG 62 1_555 I DG 85 1_555 J DC 61 1_555 -0.007 0.494 3.067 5.784 11.450 31.083 -0.961 0.930 3.009 20.316 -10.263 33.566 84 II_DC11DG12:DC-12DG-11_JJ I 11 ? J -11 ? I 12 ? J -12 ? 1 I DG 85 1_555 J DC 61 1_555 I DT 86 1_555 J DA 60 1_555 -0.158 -0.728 3.569 -3.653 -1.108 34.533 -1.033 -0.349 3.587 -1.860 6.131 34.737 85 II_DG12DT13:DA-13DC-12_JJ I 12 ? J -12 ? I 13 ? J -13 ? 1 I DT 86 1_555 J DA 60 1_555 I DT 87 1_555 J DA 59 1_555 -0.075 -0.486 3.515 -2.135 1.269 39.100 -0.888 -0.162 3.497 1.894 3.186 39.176 86 II_DT13DT14:DA-14DA-13_JJ I 13 ? J -13 ? I 14 ? J -14 ? 1 I DT 87 1_555 J DA 59 1_555 I DT 88 1_555 J DA 58 1_555 -0.655 -0.396 3.323 -0.216 -10.407 35.783 0.812 0.997 3.310 -16.511 0.342 37.218 87 II_DT14DT15:DA-15DA-14_JJ I 14 ? J -14 ? I 15 ? J -15 ? 1 I DT 88 1_555 J DA 58 1_555 I DA 89 1_555 J DT 57 1_555 0.805 0.913 3.079 -0.222 -6.145 35.666 2.264 -1.325 2.882 -9.941 0.360 36.175 88 II_DT15DA16:DT-16DA-15_JJ I 15 ? J -15 ? I 16 ? J -16 ? 1 I DA 89 1_555 J DT 57 1_555 I DA 90 1_555 J DT 56 1_555 -1.520 0.512 3.013 -11.533 -13.989 37.940 2.126 0.962 2.978 -20.170 16.629 41.905 89 II_DA16DA17:DT-17DT-16_JJ I 16 ? J -16 ? I 17 ? J -17 ? 1 I DA 90 1_555 J DT 56 1_555 I DG 91 1_555 J DC 55 1_555 0.334 -0.154 3.741 6.642 3.966 31.467 -1.083 0.751 3.687 7.179 -12.021 32.380 90 II_DA17DG18:DC-18DT-17_JJ I 17 ? J -17 ? I 18 ? J -18 ? 1 I DG 91 1_555 J DC 55 1_555 I DC 92 1_555 J DG 54 1_555 0.384 0.003 3.133 7.026 3.428 33.897 -0.503 0.399 3.134 5.785 -11.855 34.761 91 II_DG18DC19:DG-19DC-18_JJ I 18 ? J -18 ? I 19 ? J -19 ? 1 I DC 92 1_555 J DG 54 1_555 I DG 93 1_555 J DC 53 1_555 0.712 0.702 3.777 -3.990 24.056 32.128 -2.348 -1.596 3.386 37.472 6.216 40.139 92 II_DC19DG20:DC-20DG-19_JJ I 19 ? J -19 ? I 20 ? J -20 ? 1 I DG 93 1_555 J DC 53 1_555 I DG 94 1_555 J DC 52 1_555 -0.430 -0.106 3.270 -5.836 8.900 25.465 -2.421 -0.538 3.081 19.159 12.562 27.565 93 II_DG20DG21:DC-21DC-20_JJ I 20 ? J -20 ? I 21 ? J -21 ? 1 I DG 94 1_555 J DC 52 1_555 I DT 95 1_555 J DA 51 1_555 -0.123 -0.459 3.424 -1.068 3.091 32.923 -1.349 0.029 3.370 5.437 1.879 33.080 94 II_DG21DT22:DA-22DC-21_JJ I 21 ? J -21 ? I 22 ? J -22 ? 1 I DT 95 1_555 J DA 51 1_555 I DG 96 1_555 J DC 50 1_555 0.465 -0.581 3.347 0.634 9.762 29.487 -2.960 -0.747 3.015 18.547 -1.204 31.034 95 II_DT22DG23:DC-23DA-22_JJ I 22 ? J -22 ? I 23 ? J -23 ? 1 I DG 96 1_555 J DC 50 1_555 I DC 97 1_555 J DG 49 1_555 -0.459 -0.642 2.956 -0.287 1.325 34.891 -1.250 0.726 2.934 2.209 0.478 34.916 96 II_DG23DC24:DG-24DC-23_JJ I 23 ? J -23 ? I 24 ? 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