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_entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 578 ? 'Thermus thermophilus HB8' 300852 ? ? HB8 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 478 ? 'Thermus thermophilus HB8' 300852 ? ? HB8 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 223 ? 'Thermus thermophilus HB8' 300852 ? ? HB8 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 104 ? 'Thermus thermophilus HB8' 300852 ? ? HB8 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VATA_THET8 Q56403 ? 1 ;MIQGVIQKIAGPAVIAKGMLGARMYDICKVGEEGLVGEIIRLDGDTAFVQVYEDTSGLKVGEPVVSTGLPLAVELGPGML NGIYDGIQRPLERIREKTGIYITRGVVVHALDREKKWAWTPMVKPGDEVRGGMVLGTVPEFGFTHKILVPPDVRGRVKEV KPAGEYTVEEPVVVLEDGTELKMYHTWPVRRARPVQRKLDPNTPFLTGMRILDVLFPVAMGGTAAIPGPFGSGKTVTQQS LAKWSNADVVVYVGCGERGNEMTDVLVEFPELTDPKTGGPLMHRTVLIANTSNMPVAAREASIYVGVTIAEYFRDQGFSV ALMADSTSRWAEALREISSRLEEMPAEEGYPPYLAARLAAFYERAGKVITLGGEEGAVTIVGAVSPPGGDMSEPVTQSTL RIVGAFWRLDASLAFRRHFPAINWNGSYSLFTSALDPWYRENVAEDYPELRDAISELLQREAGLQEIVQLVGPDALQDAE RLVIEVGRIIREDFLQQNAYHEVDAYCSMKKAYGIMKMILAFYKEAEAAIKRGVSIDEILQLPVLERIGRARYVSEEEFP AYFEEAMKEIQGAFKALA ; 1 2 UNP VATB_THET8 Q56404 ? 2 ;MDLLKKEYTGITYISGPLLFVENAKDLAYGAIVDIKDGTGRVRGGQVIEVSEEYAVIQVFEETTGLDLATTSVSLVEDVA RLGVSKEMLGRRFNGIGKPIDGLPPITPEKRLPITGLPLNPVARRKPEQFIQTGISTIDVMNTLVRGQKLPIFSGSGLPA NEIAAQIARQATVRPDLSGEGEKEEPFAVVFAAMGITQRELSYFIQEFERTGALSRSVLFLNKADDPTIERILTPRMALT VAEYLAFEHDYHVLVILTDMTNYCEALREIGAAREEIPGRRGYPGYMYTDLATIYERAGVVEGKKGSVTQIPILSMPDDD RTHPIPDLTGYITEGQIQLSRELHRKGIYPPIDPLPSLSRLMNNGVGKGKTREDHKQVSDQLYSAYANGVDIRKLVAIIG EDALTENDRRYLQFADAFERFFINQGQQNRSIEESLQIAWALLSMLPQGELKRISKDHIGKYYGQKLEEIWGAPQALD ; 1 3 UNP VATD_THET8 O87880 ? 3 ;MSQVSPTRMNLLQRRGQLRLAQKGVDLLKKKRDALVAEFFGLVREAMEARKALDQAAKEAYAALLLAQAFDGPEVVAGAA LGVPPLEGVEAEVENVWGSKVPRLKATFPDGALLSPVGTPAYTLEASRAFRRYAEALIRVANTETRLKKIGEEIKKTTRR VNALEQVVIPGIRAQIRFIQQVLEQREREDTFRLKRIKGKIEAREAEEEGGRPNPQVEIGAGL ; 1 4 UNP VATF_THET8 P74903 ? 4 ;MAVIADPETAQGFRLAGLEGYGASSAEEAQSLLETLVERGGYALVAVDEALLPDPERAVERLMRGRDLPVLLPIAGLKEA FQGHDVEGYMRELVRKTIGFDIKL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6LY8 A 1 ? 578 ? Q56403 1 ? 578 ? 1 578 2 1 6LY8 B 1 ? 578 ? Q56403 1 ? 578 ? 1 578 3 1 6LY8 C 1 ? 578 ? Q56403 1 ? 578 ? 1 578 4 2 6LY8 D 1 ? 478 ? Q56404 1 ? 478 ? 1 478 5 2 6LY8 E 1 ? 478 ? Q56404 1 ? 478 ? 1 478 6 2 6LY8 F 1 ? 478 ? Q56404 1 ? 478 ? 1 478 7 3 6LY8 G 1 ? 223 ? O87880 1 ? 223 ? 1 223 8 4 6LY8 H 1 ? 104 ? P74903 1 ? 104 ? 1 104 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6LY8 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 6LY8 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 27153 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.650 ? 36793 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.380 ? 16494 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 4109 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 4818 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6LY8 _struct.title 'V/A-ATPase from Thermus thermophilus, the soluble domain, including V1, d, two EG stalks, and N-terminal domain of a-subunit.' _struct.pdbx_descriptor ;V-type ATP synthase alpha chain (E.C.7.1.2.2), V-type ATP synthase beta chain, V-type ATP synthase subunit D, V-type ATP synthase subunit F ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6LY8 _struct_keywords.text 'rotary ATPase, V/A-ATPase, molecular motor, MOTOR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 90 ? GLY A 99 ? PRO A 90 GLY A 99 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 MET A 209 ? LEU A 215 ? MET A 209 LEU A 215 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 235 ? TRP A 244 ? THR A 235 TRP A 244 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG A 258 ? VAL A 267 ? ARG A 258 VAL A 267 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO A 280 ? ARG A 284 ? PRO A 280 ARG A 284 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ALA A 297 ? GLY A 317 ? ALA A 297 GLY A 317 1 ? 21 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 326 ? GLU A 342 ? SER A 326 GLU A 342 1 ? 17 HELX_P HELX_P8 AA8 ALA A 346 ? TYR A 350 ? ALA A 346 TYR A 350 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 TYR A 353 ? GLU A 363 ? TYR A 353 GLU A 363 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU A 393 ? THR A 399 ? GLU A 393 THR A 399 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA A 411 ? ARG A 416 ? ALA A 411 ARG A 416 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU A 435 ? VAL A 443 ? LEU A 435 VAL A 443 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP A 446 ? VAL A 471 ? ASP A 446 VAL A 471 1 ? 26 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN A 477 ? PHE A 494 ? GLN A 477 PHE A 494 1 ? 18 HELX_P HELX_P15 AB6 SER A 508 ? GLY A 533 ? SER A 508 GLY A 533 1 ? 26 HELX_P HELX_P16 AB7 SER A 535 ? LEU A 542 ? SER A 535 LEU A 542 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO A 543 ? ALA A 551 ? PRO A 543 ALA A 551 1 ? 9 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU A 558 ? LEU A 577 ? GLU A 558 LEU A 577 1 ? 20 HELX_P HELX_P19 AC1 PRO B 90 ? GLY B 99 ? PRO B 90 GLY B 99 1 ? 10 HELX_P HELX_P20 AC2 MET B 209 ? PHE B 216 ? 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GLY H 83 ARG H 95 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id covale1 _struct_conn.conn_type_id covale _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag one _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id A _struct_conn.ptnr1_label_comp_id GLY _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 233 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id N _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id I _struct_conn.ptnr2_label_comp_id ADP _struct_conn.ptnr2_label_seq_id . _struct_conn.ptnr2_label_atom_id O1B _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id A _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id GLY _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 233 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id A _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id ADP _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 600 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 1.298 _struct_conn.pdbx_value_order ? _struct_conn.pdbx_role ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 419 A . ? 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H LEU 104 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 50 mM Tris-HCl ? 1 2 150 mM NaCl 'Sodium Chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_diffraction.id 1 _em_diffraction.camera_length 800 _em_diffraction.imaging_id 1 _em_diffraction.tilt_angle_list ? # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 NO KILODALTONS/NANOMETER 650 1 2 NO MEGADALTONS 0.5 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 300852 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Thermus thermophilus HB8' _em_entity_assembly_naturalsource.strain HB8 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 45 _em_image_recording.average_exposure_time 2 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON II (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 3694 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'The particles selected from manually-selected 3084 micrographs.' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 350000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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