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'Grass carp reovirus' 128987 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q9E3V9_9REOV Q9E3V9 ? 1 ;MEELFNALPQPLQQLSLALAGEIPLTDHIFEQAASTWHVQPRSLTYKLLDHIPFATPVVVPPSIYHSLDWSKCFAVNQDR VERIPTIDNPDDVYVPNSDIGPLLTSLHTIPDYGFLHPTIENDATTLRAERARCASTFYKIASSQARQVKLDPIRMLGFL LLVQARPRVPSGLVTDQPTRRDPTLSPALHAIWQVMQYYKVAGVYYAPALVVPSGAIWWIPPPGKRNVVSVQYLLTDLIS LAILAHMTDMSPTLELTGVLMYLRAASSHSYAYTLLQMKSVFPALSLRSMYRNKGFGGKAPAIEWTEPRSKYKFRWTGVT QLHDGLRPRSPSMDVPTLETLAKYELVDIGHTIIRERNAHPQHNHDSVRFVRDVMALTSGMYLVRQPTMSVLREYSQVPD IKDPIPPSAWTGPIGNVRYLLPSVQGPARHLYDTWRAAARQIAQDPQWHDPLNQAIMRAQYVTARGGSSASLKFALKVTG IVLPEYDDSKVKKSSKIYQAAQIARIAFMLLIAAIHAEVTMGIRNQVQRRARSIMPLNVIQQAISAPHTLVANYINKHMN LSTTSGSVVTDKVIPLILYASTPPNTVVNVDIKACDASITYNYFLSVICGAMHEGFEVGNADAAFMGVPSTIVSDRRSPV APYSRPISGLQTMVQHLADLYAAGFRYSVSDAFSSGNKFSFPTSTFPSGSTATSTEHTANNSTMMEYFLNVHAPSHVKSA SLKRILTDMTIQRNYVCQGDDGILLLPHEAASKISADDMNELLTCLRDYGQLFGWNYDIDWSDTAEYLKLYALMGCRIPN TSRHPPVGKEYAAPQTDEIWPSLIDIVIGHHLNGVTDVLNWREWLRFSWAFACYSSRGGYTNPRGQSFSAQYPWWTFVYL GIPPILLPGQTPFIHSCYMPPGDQGMFSILNGWRDWLISHASTTLPPLRHNHPVWGLSDVPSLLSQFGVYAGYHAAQHYR RPKPAPETASSDSINQITSDLTEYLFYDSALKARVMKGRYNWERLSSSLSLNVGSRVPSLFDVPGKWVAAGRDAEKPPPS SVEDMFTSLNRCIRRPTHSFSRLLELYLRVHVALGESIPLAIDPDVPQVAGADPANDDHWFKYTCLGDIPSATRNYFGES LFVGRVVSGLDVEAVDATLLRLKILGAPPEAFIAVLNGIGMSDSEAHQIAGRISLANAQLVQIARVVHLSIPSSWMTLNT GPYIHHHAYDFKPGITQPSAKSRDKSIWMSPILKLLCTSYAMTVAGPVRTSIVTEIDGSAAALSGNLRVWMRDV ; 1 2 UNP Q8JU68_9REOV Q8JU68 ? 2 ;MITIVVIPTAHFSWTDTNFLNSVDYRLTSQPKIRDRFAVYAPGWLRRQLDEFSASLTASELLQALQTIPIPVKARCLLLP KPKRFAQWLLDVPSANIWHIPVTTLRATVASKHPSSDVYNYIPDHVPPNAEFDTVTRRVAAGRDIYVRSTKVIGAPLCLA APAKYYAGYLSTHQLDGIYPENWAPDNFHKREFCLTILPSLLGPRTFLLDVDADRDASYPLSVLWPQLRALALKSRLLLP PVALLRRVVDPGLKPTWSADSDAAFRALRLSRPSSASKPVGFDFSALPVVDIICLLESEPDDHGRIAPGTRLTIHSVPTD LLTSLSIQEGVRYPLRQESGMFVHWVLLALLMSDDVTISGTRRSVKLETAHASARPFVHITVERCASARIIDVRGSPAMY ANAVCLTLPKGSYKSTIIDTLPAMFSDLPILEQAAVIDSDALGDSLRPSFETQFLERLENLDPNLLDRAVASILSPTSDT SDDAVTTVLDAFNALYREIMTPAQRARLPLLTQQGRVLAFAHSDYELLSANIPIQVVRGSIPIDHVVNLLARRNRVGGTA LQVLLDYCYRTQASPLAPTPAGRLYKQLFGPWLMVPRLSEPLIKLRLVASAPAKVLRAAGWTIDGDPPLEVSCLCAYVTD RAAATALIERRLDSRALVTVGGDQLMFVEYAPPLPLVSIPRTFLLPVTYVVHWVPPQRVLLNGGNVSFTSGLEWTFDDDP QVVTSTGV ; 1 3 UNP Q9E3V8_9REOV Q9E3V8 ? 3 ;MPRRSARKAQSAIASPADTNVVPAKDAPTTNSPPSTTSPNQAAADANQQQAGIVSSQSGPNAVGDSAPSSSVNNDGDIIT RPTSDSIAAVANATKPAAVVSDPQSMKVTPIVNPSSYVCNVCNARFSTMSALSEHLRSDHRDDASTLLATPMINNAIRSF LTAWDDIRILSPDVSSKSLSAYLDSAVANGPELIIEDTGLCTSFMLLDNIPSAHLTKELIGFTWFMQMYQMTPPLPEGAV NRIVCMTNWASLGDEGRGLEVRLPPPTDSSVHAYKTVLSRGYIDNAQFNPLALRSNVLLMLLQFTLSNLKINKSSTFTSD VTTITSGRMIRAFEGRPELLALAYPGRAVLPTQTKNAQFLSTAIADRIGRLDRANLIGGEVSAMVECMELCDALTLHIRE TYIMLLRSMHQDPTQIVQIVNECANNLLNSTIPISLRPTILCPWFASSEDLRLQQVMHLVNISSNTAAALPLVEALSTLL RSVTPLVLDPTVLTNAITTISESTTQTISPISEILRLLQPMGNDYAAFWKCIASWAYNGLVTTVLSEDAFPDSSQSITHL PSMWKCLFLTLAGPMTSDPHSPVKVFMALANLLAQPEPIAIGVPGMHQTTPASQFSHPGVWPPGFLNPQLINPQQAPLLR AFAEHIRANWPQPSEFGYGSTLQGSANLFIPSNRMVYPWPNQPLPRLTVAPTYDSAMSNWISTTIAFFIRVVNSVNMTAT VNDLTRRTMTGVMTAMRQVKTMTPFYIQHMCPTELSVLASVTVTPPFQVPFTRLVQNDVITNVLVARVDPAQRGDAAVDI RATHATFAAALPVDPAAIVVAMLCGQTETNLIPSHHYGKAFAPLFASNAMFTRNQRAVITREAFVCARSAVAQCQDAGFL VPRPLDALRQFDVTSAAAAEIMHAVNDAFKTAFDLDGALLDGLALYGDPRIADLSAAYLQYGGNVVREHVPPGPSHIHRA LQQVESTFMAEMNLFNVARGNLYLVQTATNGNWSPMAPVAAPPFVRGGPNVRVVGRFGTIVPRPNGLEPQLIDDGNVPRD IAGDWVYPSDVLQVSVAVFRDYVWPMVKAGRTRVLVELGHYVYTLHYYDPQISLDEAPILEEWLSKINPAGIPPVPFCIP IPQVYPCITARRVHYAFTSENNNDSLFSTNAASIDTAFGENAAVSPLRWPGLVDPNYRVGTNDLPNRITLYNSLYRYNFT YPTLDGIMYVRSAT ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6M99 A 1 ? 1274 ? Q9E3V9 1 ? 1274 ? 1 1274 2 2 6M99 B 1 ? 728 ? Q8JU68 1 ? 728 ? 1 728 3 3 6M99 C 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 4 3 6M99 D 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 5 3 6M99 E 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 6 3 6M99 F 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 7 3 6M99 G 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 8 3 6M99 H 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 9 3 6M99 I 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 10 3 6M99 J 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 11 3 6M99 K 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 12 3 6M99 L 1 ? 1214 ? Q9E3V8 1 ? 1214 ? 1 1214 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PO4 non-polymer . 'PHOSPHATE ION' ? 'O4 P -3' 94.971 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6M99 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6M99 _struct.title 'In situ structure of transcriptional enzyme complex and asymmetric inner capsid protein of aquareovirus at primed state' _struct.pdbx_descriptor 'VP2, Putative core protein NTPase/VP5, VP3' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6M99 _struct_keywords.text 'Reovirus, transcriptional enzyme complex, polymerase, RdRp, NTPase, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 3 ? L N N 3 ? M N N 4 ? N N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 2 ? LEU A 8 ? GLU A 2 LEU A 8 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO A 9 ? ALA A 20 ? PRO A 9 ALA A 20 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 26 ? GLN A 40 ? THR A 26 GLN A 40 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 43 ? HIS A 51 ? 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ILE A 974 PHE A 986 1 ? 13 HELX_P HELX_P47 AF2 ASP A 988 ? SER A 1008 ? ASP A 988 SER A 1008 1 ? 21 HELX_P HELX_P48 AF3 PHE A 1021 ? ALA A 1030 ? PHE A 1021 ALA A 1030 1 ? 10 HELX_P HELX_P49 AF4 PRO A 1038 ? ARG A 1054 ? PRO A 1038 ARG A 1054 1 ? 17 HELX_P HELX_P50 AF5 LEU A 1063 ? LEU A 1068 ? LEU A 1063 LEU A 1068 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 ASN A 1096 ? LEU A 1106 ? ASN A 1096 LEU A 1106 1 ? 11 HELX_P HELX_P52 AF7 VAL A 1132 ? LEU A 1145 ? VAL A 1132 LEU A 1145 1 ? 14 HELX_P HELX_P53 AF8 PRO A 1148 ? ASN A 1157 ? PRO A 1148 ASN A 1157 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 AF9 SER A 1162 ? GLY A 1171 ? SER A 1162 GLY A 1171 1 ? 10 HELX_P HELX_P55 AG1 GLN A 1179 ? ARG A 1185 ? GLN A 1179 ARG A 1185 1 ? 7 HELX_P HELX_P56 AG2 VAL A 1186 ? HIS A 1188 ? VAL A 1186 HIS A 1188 5 ? 3 HELX_P HELX_P57 AG3 PRO A 1192 ? MET A 1196 ? PRO A 1192 MET A 1196 5 ? 5 HELX_P HELX_P58 AG4 THR A 1200 ? HIS A 1207 ? THR A 1200 HIS A 1207 1 ? 8 HELX_P HELX_P59 AG5 GLN A 1217 ? LYS A 1221 ? 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C ASP 139 C ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 5 ? AE5 ? 3 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 2 ? AF5 ? 3 ? AF6 ? 3 ? AF7 ? 5 ? AF8 ? 3 ? AF9 ? 3 ? AG1 ? 2 ? AG2 ? 3 ? AG3 ? 2 ? AG4 ? 2 ? AG5 ? 2 ? AG6 ? 3 ? AG7 ? 2 ? AG8 ? 2 ? AG9 ? 3 ? AH1 ? 3 ? AH2 ? 5 ? AH3 ? 3 ? AH4 ? 2 ? AH5 ? 3 ? AH6 ? 3 ? AH7 ? 2 ? AH8 ? 2 ? AH9 ? 2 ? AI1 ? 2 ? AI2 ? 3 ? AI3 ? 3 ? 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parallel AI4 1 2 ? parallel AI4 2 3 ? parallel AI4 3 4 ? anti-parallel AI4 4 5 ? anti-parallel AI5 1 2 ? anti-parallel AI6 1 2 ? parallel AI7 1 2 ? parallel AI8 1 2 ? anti-parallel AI8 2 3 ? anti-parallel AI9 1 2 ? anti-parallel AJ1 1 2 ? anti-parallel AJ2 1 2 ? anti-parallel AJ3 1 2 ? parallel AJ4 1 2 ? anti-parallel AJ5 1 2 ? anti-parallel AJ5 2 3 ? anti-parallel AJ6 1 2 ? anti-parallel AJ6 2 3 ? parallel AJ7 1 2 ? anti-parallel AJ7 2 3 ? parallel AJ7 3 4 ? parallel AJ8 1 2 ? anti-parallel AJ8 2 3 ? anti-parallel AJ9 1 2 ? parallel AK1 1 2 ? anti-parallel AK2 1 2 ? anti-parallel AK3 1 2 ? anti-parallel AK3 2 3 ? anti-parallel AK4 1 2 ? anti-parallel AK5 1 2 ? parallel AK6 1 2 ? anti-parallel AK7 1 2 ? anti-parallel AK7 2 3 ? anti-parallel AK7 3 4 ? anti-parallel AK8 1 2 ? anti-parallel AK8 2 3 ? parallel AK9 1 2 ? parallel AK9 2 3 ? parallel AK9 3 4 ? anti-parallel AK9 4 5 ? anti-parallel AL1 1 2 ? anti-parallel AL1 2 3 ? anti-parallel AL2 1 2 ? anti-parallel AL2 2 3 ? parallel AL2 3 4 ? anti-parallel AL3 1 2 ? parallel AL4 1 2 ? anti-parallel AL4 2 3 ? anti-parallel AL5 1 2 ? anti-parallel AL6 1 2 ? anti-parallel AL7 1 2 ? anti-parallel AL7 2 3 ? anti-parallel AL8 1 2 ? parallel AL9 1 2 ? anti-parallel AM1 1 2 ? anti-parallel AM1 2 3 ? anti-parallel AM2 1 2 ? anti-parallel AM2 2 3 ? parallel AM3 1 2 ? parallel AM3 2 3 ? parallel AM3 3 4 ? anti-parallel AM3 4 5 ? anti-parallel AM4 1 2 ? anti-parallel AM4 2 3 ? anti-parallel AM5 1 2 ? parallel AM6 1 2 ? anti-parallel AM7 1 2 ? anti-parallel AM8 1 2 ? anti-parallel AM8 2 3 ? anti-parallel AM9 1 2 ? parallel AN1 1 2 ? anti-parallel AN2 1 2 ? anti-parallel AN2 2 3 ? anti-parallel AN3 1 2 ? anti-parallel AN3 2 3 ? parallel AN4 1 2 ? parallel AN4 2 3 ? parallel AN4 3 4 ? anti-parallel AN4 4 5 ? anti-parallel AN4 5 6 ? parallel AN5 1 2 ? anti-parallel AN5 2 3 ? anti-parallel AN6 1 2 ? anti-parallel AN6 2 3 ? parallel AN6 3 4 ? anti-parallel AN7 1 2 ? parallel AN8 1 2 ? anti-parallel AN8 2 3 ? anti-parallel AN9 1 2 ? anti-parallel AO1 1 2 ? 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