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'Gaps within the structure correspond to regions that could not be modeled due to missing map density.' 2 polymer man 'CRISPR-associated protein Csy2' 36244.074 1 ? ? ? 'Gaps within the structure correspond to regions that could not be modeled due to missing map density.' 3 polymer man 'CRISPR-associated protein Csy3' 37579.273 6 ? ? ? 'Gaps within the structure correspond to regions that could not be modeled due to missing map density.' 4 polymer man 'CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4' 21675.781 1 3.1.-.- ? ? ? 5 polymer syn 'CRISPR RNA (60-MER)' 19265.404 1 ? ? ? 'Gaps within the structure correspond to regions that could not be modeled due to missing map density.' 6 polymer syn 'CRISPR target DNA (44-MER)' 13584.703 1 ? ? ? ? 7 polymer syn 'Non-complementary R-loop DNA strand' 10476.714 1 ? ? ? 'Gaps within the structure correspond to regions that could not be modeled due to missing map density.' # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'CRISPR type I-f associated protein csy1 (Cas 8f)' 2 'CRISPR type I-f associated protein csy2 (Cas 5f)' 3 'CRISPR type I-f associated protein csy3 (Cas7.1f-7.6f)' 4 'CRISPR type I-f associated protein csy4 (Cas6f)' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MTSPLPTPTWQELRQFIESFIQERLQGKLDKLQPDEDDKRQTLLATHRREAWLADAARRVGQLQLVTHTLKPIHPDARGS NLHSLPQAPGQPGLAGSHELGDRLVSDVVGNAAALDVFKFLSLQYQGKNLLNWLTEDSAEALQALSDNAEQAREWRQAFI GITTVKGAPASHSLAKQLYFPLPGSGYHLLAPLFPTSLVHHVHALLREARFGDAAKAAREARSRQESWPHGFSEYPNLAI QKFGGTKPQNISQLNNERRGENWLLPSLPPNWQRQNVNAPMRHSSVFEHDFGRTPEVSRLTRTLQRFLAKTVHNNLAIRQ 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QKSKTLYSVRDAAAIHSQKIGNALRTIDTWYPDEDGLGPIAVEPYGSVTSQGKAYRQPKQKLDFYTLLDNWVLRDEAPAV EQQHYVIANLIRGGVFGEAEEK ; C,D,E,F,G,H ? 4 'polypeptide(L)' no no ;FTMDHYLDIRLRPDPEFPPAQLMSVLFGKLHQALVAQGGDRIGVSFPDLDESRSRLGERLRIHASADDLRALLARPWLEG LRDHLQFGEPAVVPHPTPYRQVSRVQAKSNPERLRRRLMRRHDLSEEEARKRIPDTVARALDLPFVTLRSQSTGQHFRLF IRHGPLQVTAEEGGFTCYGLSKGGFVPWF ; ;FTMDHYLDIRLRPDPEFPPAQLMSVLFGKLHQALVAQGGDRIGVSFPDLDESRSRLGERLRIHASADDLRALLARPWLEG LRDHLQFGEPAVVPHPTPYRQVSRVQAKSNPERLRRRLMRRHDLSEEEARKRIPDTVARALDLPFVTLRSQSTGQHFRLF IRHGPLQVTAEEGGFTCYGLSKGGFVPWF ; L ? 5 polyribonucleotide no no CUAAGAAAUUCACGGCGGGCUUGAUGUCCGCGUCUACCUGGUUCACUGCCGUGUAGGCAG CUAAGAAAUUCACGGCGGGCUUGAUGUCCGCGUCUACCUGGUUCACUGCCGUGUAGGCAG M ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DT)(DT)(DC)(DT) ; CAGGTAGACGCGGACATCAAGCCCGCCGTGAAGGTGCAGCTTCT N ? 7 polydeoxyribonucleotide no no 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THESE WERE INDIVIDUALLY RIGID BODY-FITTED INTO THE RECONSTRUCTED MAPS USING THE FIT MAP FUNCTION IN UCSF CHIMERA, AND RESIDUE REGISTERS AND BACKBONE GEOMETRIES WERE FIXED IN COOT. MODELS FOR THE CRRNA AND DNA STRANDS WERE ALSO MANUALLY BUILT INTO THE MAP USING COOT. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 5UZ9 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 5UZ9 # _em_3d_reconstruction.entry_id 6NE0 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ;The final map was reconstructed using several focused maps from different sub-regions of the complex. These were initially aligned to each other and then stitched using the vop maximum function in UCSF chimera. The resolution of the final composite map is 3.2 angstrom. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 291227 _em_3d_reconstruction.resolution 3.400 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.50 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name ;DOUBLE-STRANDED TARGET DNA ENGAGED CSY COMPLEX FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA (PA-14) ; _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6NE0 _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details 'OBJECTIVE ASTIGMATISM WAS CORRECTED AT 36000X MAGNIFICATION USING THON RINGS VISUALIZED WITH A K2 CAMERA.' _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.70 _em_imaging.nominal_defocus_max 1500.00 _em_imaging.nominal_defocus_min 600.00 _em_imaging.nominal_magnification 36000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type UltrAuFoil _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;Freezing was carried out in a cold room at 4 degrees C and relative humidity of 98%. 5 ul sample was applied to plasma cleaned grid and manually blotted with Whatman 1 filter paper for 5-7 sec before plunge freezing. ; _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.entry_id 6NE0 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6NE0 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6NE0 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A THR 2 ? A THR 2 3 1 Y 1 A SER 3 ? A SER 3 4 1 Y 1 A PRO 4 ? A PRO 4 5 1 Y 1 A LEU 5 ? A LEU 5 6 1 Y 1 A PRO 6 ? A PRO 6 7 1 Y 1 A THR 7 ? A THR 7 8 1 Y 1 A PRO 8 ? A PRO 8 9 1 Y 1 A THR 9 ? A THR 9 10 1 Y 1 A TRP 10 ? A TRP 10 11 1 Y 1 A PRO 280 ? A PRO 280 12 1 Y 1 A MET 281 ? A MET 281 13 1 Y 1 A ARG 282 ? A ARG 282 14 1 Y 1 A HIS 283 ? A HIS 283 15 1 Y 1 A SER 284 ? A SER 284 16 1 Y 1 A SER 285 ? A SER 285 17 1 Y 1 A VAL 286 ? A VAL 286 18 1 Y 1 A PHE 287 ? A PHE 287 19 1 Y 1 A GLU 288 ? A GLU 288 20 1 Y 1 A HIS 289 ? A HIS 289 21 1 Y 1 A ASP 290 ? A ASP 290 22 1 Y 1 A PHE 291 ? A PHE 291 23 1 Y 1 A GLY 292 ? A GLY 292 24 1 Y 1 A ARG 293 ? A ARG 293 25 1 Y 1 A THR 294 ? A THR 294 26 1 Y 1 A GLU 427 ? A GLU 427 27 1 Y 1 A ILE 428 ? A ILE 428 28 1 Y 1 A LEU 429 ? A LEU 429 29 1 Y 1 A GLU 430 ? A GLU 430 30 1 Y 1 A ASP 431 ? A ASP 431 31 1 Y 1 A GLU 432 ? A GLU 432 32 1 Y 1 A ARG 433 ? A ARG 433 33 1 Y 1 A ASP 434 ? A ASP 434 34 1 Y 1 B MET 1 ? B MET 1 35 1 Y 1 B SER 2 ? B SER 2 36 1 Y 1 B PRO 224 ? B PRO 224 37 1 Y 1 B ALA 225 ? B ALA 225 38 1 Y 1 B THR 226 ? B THR 226 39 1 Y 1 B SER 227 ? B SER 227 40 1 Y 1 B SER 228 ? B SER 228 41 1 Y 1 B GLU 229 ? B GLU 229 42 1 Y 1 B GLU 230 ? B GLU 230 43 1 Y 1 B GLU 231 ? B GLU 231 44 1 Y 1 B ALA 232 ? B ALA 232 45 1 Y 1 B SER 233 ? B SER 233 46 1 Y 1 B PRO 234 ? B PRO 234 47 1 Y 1 B PRO 235 ? B PRO 235 48 1 Y 1 B ASP 236 ? B ASP 236 49 1 Y 1 B ALA 237 ? B ALA 237 50 1 Y 1 B ALA 238 ? B ALA 238 51 1 Y 1 B GLU 323 ? B GLU 323 52 1 Y 1 B HIS 324 ? B HIS 324 53 1 Y 1 B ALA 325 ? B ALA 325 54 1 Y 1 B ILE 326 ? B ILE 326 55 1 Y 1 B ALA 327 ? B ALA 327 56 1 Y 1 C MET 20 ? C MET 1 57 1 Y 1 C SER 21 ? C SER 2 58 1 Y 1 C LYS 22 ? C LYS 3 59 1 Y 1 C PRO 23 ? C PRO 4 60 1 Y 1 C ILE 24 ? C ILE 5 61 1 Y 1 C VAL 68 ? C VAL 49 62 1 Y 1 C ARG 69 ? C ARG 50 63 1 Y 1 C GLY 70 ? C GLY 51 64 1 Y 1 C THR 71 ? C THR 52 65 1 Y 1 C ILE 72 ? C ILE 53 66 1 Y 1 C SER 73 ? C SER 54 67 1 Y 1 C ASN 74 ? C ASN 55 68 1 Y 1 C ARG 75 ? C ARG 56 69 1 Y 1 C LEU 76 ? C LEU 57 70 1 Y 1 C LYS 77 ? C LYS 58 71 1 Y 1 C THR 78 ? C THR 59 72 1 Y 1 C LYS 79 ? C LYS 60 73 1 Y 1 C ASP 80 ? C ASP 61 74 1 Y 1 C ARG 81 ? C ARG 62 75 1 Y 1 C ASP 82 ? C ASP 63 76 1 Y 1 C PRO 83 ? C PRO 64 77 1 Y 1 C ALA 84 ? C ALA 65 78 1 Y 1 C LYS 85 ? C LYS 66 79 1 Y 1 C LEU 86 ? C LEU 67 80 1 Y 1 C ASP 87 ? C ASP 68 81 1 Y 1 C ALA 88 ? C ALA 69 82 1 Y 1 C SER 89 ? C SER 70 83 1 Y 1 C ILE 90 ? C ILE 71 84 1 Y 1 C GLN 91 ? C GLN 72 85 1 Y 1 C SER 92 ? C SER 73 86 1 Y 1 C PRO 93 ? C PRO 74 87 1 Y 1 C ASN 94 ? C ASN 75 88 1 Y 1 C LEU 95 ? C LEU 76 89 1 Y 1 C ILE 251 ? C ILE 232 90 1 Y 1 C LEU 252 ? C LEU 233 91 1 Y 1 C ASP 253 ? C ASP 234 92 1 Y 1 C LYS 254 ? C LYS 235 93 1 Y 1 C GLY 255 ? C GLY 236 94 1 Y 1 C ASP 256 ? C ASP 237 95 1 Y 1 C LYS 257 ? C LYS 238 96 1 Y 1 C LYS 258 ? C LYS 239 97 1 Y 1 C GLY 259 ? C GLY 240 98 1 Y 1 C GLN 260 ? C GLN 241 99 1 Y 1 C LYS 261 ? C LYS 242 100 1 Y 1 C SER 262 ? C SER 243 101 1 Y 1 C ALA 358 ? C ALA 339 102 1 Y 1 C GLU 359 ? C GLU 340 103 1 Y 1 C GLU 360 ? C GLU 341 104 1 Y 1 C LYS 361 ? C LYS 342 105 1 Y 1 D MET 20 ? D MET 1 106 1 Y 1 D SER 21 ? D SER 2 107 1 Y 1 D LYS 22 ? D LYS 3 108 1 Y 1 D PRO 23 ? D PRO 4 109 1 Y 1 D ILE 24 ? D ILE 5 110 1 Y 1 D ALA 358 ? D ALA 339 111 1 Y 1 D GLU 359 ? D GLU 340 112 1 Y 1 D GLU 360 ? D GLU 341 113 1 Y 1 D LYS 361 ? D LYS 342 114 1 Y 1 E MET 20 ? E MET 1 115 1 Y 1 E SER 21 ? E SER 2 116 1 Y 1 E LYS 22 ? E LYS 3 117 1 Y 1 E PRO 23 ? E PRO 4 118 1 Y 1 E ALA 358 ? E ALA 339 119 1 Y 1 E GLU 359 ? E GLU 340 120 1 Y 1 E GLU 360 ? E GLU 341 121 1 Y 1 E LYS 361 ? E LYS 342 122 1 Y 1 F MET 20 ? F MET 1 123 1 Y 1 F SER 21 ? F SER 2 124 1 Y 1 F LYS 22 ? F LYS 3 125 1 Y 1 F PRO 23 ? F PRO 4 126 1 Y 1 F GLU 359 ? F GLU 340 127 1 Y 1 F GLU 360 ? F GLU 341 128 1 Y 1 F LYS 361 ? F LYS 342 129 1 Y 1 G MET 20 ? G MET 1 130 1 Y 1 G SER 21 ? G SER 2 131 1 Y 1 G LYS 22 ? G LYS 3 132 1 Y 1 G PRO 23 ? G PRO 4 133 1 Y 1 G ILE 24 ? G ILE 5 134 1 Y 1 G ALA 358 ? G ALA 339 135 1 Y 1 G GLU 359 ? G GLU 340 136 1 Y 1 G GLU 360 ? G GLU 341 137 1 Y 1 G LYS 361 ? G LYS 342 138 1 Y 1 H MET 20 ? H MET 1 139 1 Y 1 H SER 21 ? H SER 2 140 1 Y 1 H LYS 22 ? H LYS 3 141 1 Y 1 H PRO 23 ? H PRO 4 142 1 Y 1 H ILE 24 ? H ILE 5 143 1 Y 1 H ALA 358 ? H ALA 339 144 1 Y 1 H GLU 359 ? H GLU 340 145 1 Y 1 H GLU 360 ? H GLU 341 146 1 Y 1 H LYS 361 ? H LYS 342 147 1 Y 1 M A 59 ? J A 59 148 1 Y 1 M G 60 ? J G 60 149 1 Y 1 O DG 22 ? L DG 22 150 1 Y 1 O DG 23 ? L DG 23 151 1 Y 1 O DC 24 ? L DC 24 152 1 Y 1 O DT 25 ? L DT 25 153 1 Y 1 O DT 26 ? L DT 26 154 1 Y 1 O DG 27 ? L DG 27 155 1 Y 1 O DA 28 ? L DA 28 156 1 Y 1 O DT 29 ? L DT 29 157 1 Y 1 O DG 30 ? L DG 30 158 1 Y 1 O DT 31 ? L DT 31 159 1 Y 1 O DC 32 ? L DC 32 160 1 Y 1 O DC 33 ? L DC 33 161 1 Y 1 O DG 34 ? L DG 34 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal A OP3 O N N 1 A P P N N 2 A OP1 O N N 3 A OP2 O N N 4 A "O5'" O N N 5 A "C5'" C N N 6 A "C4'" C N R 7 A "O4'" O N N 8 A "C3'" C N S 9 A "O3'" O N N 10 A "C2'" C N R 11 A "O2'" O N N 12 A "C1'" C N R 13 A N9 N Y N 14 A C8 C Y N 15 A N7 N Y N 16 A C5 C Y N 17 A C6 C Y N 18 A N6 N N N 19 A N1 N Y N 20 A C2 C Y N 21 A N3 N Y N 22 A C4 C Y N 23 A HOP3 H N N 24 A HOP2 H N N 25 A "H5'" H N N 26 A "H5''" H N N 27 A "H4'" H N N 28 A "H3'" H N N 29 A "HO3'" H N N 30 A "H2'" H N N 31 A "HO2'" H N N 32 A "H1'" H N N 33 A H8 H N N 34 A H61 H N N 35 A H62 H N N 36 A H2 H N N 37 ALA N N N N 38 ALA CA C N S 39 ALA C C N N 40 ALA O O N N 41 ALA CB C N N 42 ALA OXT O N N 43 ALA H H N N 44 ALA H2 H N N 45 ALA HA H N N 46 ALA HB1 H N N 47 ALA HB2 H N N 48 ALA HB3 H N N 49 ALA HXT H N N 50 ARG N N N N 51 ARG CA C N S 52 ARG C C N N 53 ARG O O N N 54 ARG CB C N N 55 ARG CG C N N 56 ARG CD C N N 57 ARG NE N N N 58 ARG CZ C N N 59 ARG NH1 N N N 60 ARG NH2 N N N 61 ARG OXT O N N 62 ARG H H N N 63 ARG H2 H N N 64 ARG HA H N N 65 ARG HB2 H N N 66 ARG HB3 H N N 67 ARG HG2 H N N 68 ARG HG3 H N N 69 ARG HD2 H N N 70 ARG HD3 H N N 71 ARG HE H N N 72 ARG HH11 H N N 73 ARG HH12 H N N 74 ARG HH21 H N N 75 ARG HH22 H N N 76 ARG HXT H N N 77 ASN N N N N 78 ASN CA C N S 79 ASN C C N N 80 ASN O O N N 81 ASN CB C N N 82 ASN CG C N N 83 ASN OD1 O N N 84 ASN ND2 N N N 85 ASN OXT O N N 86 ASN H H N N 87 ASN H2 H N N 88 ASN HA H N N 89 ASN HB2 H N N 90 ASN HB3 H N N 91 ASN HD21 H N N 92 ASN HD22 H N N 93 ASN HXT H N N 94 ASP N N N N 95 ASP CA C N S 96 ASP C C N N 97 ASP O O N N 98 ASP CB C N N 99 ASP CG C N N 100 ASP OD1 O N N 101 ASP OD2 O N N 102 ASP OXT O N N 103 ASP H H N N 104 ASP H2 H N N 105 ASP HA H N N 106 ASP HB2 H N N 107 ASP HB3 H N N 108 ASP HD2 H N N 109 ASP HXT H N N 110 C OP3 O N N 111 C P P N N 112 C OP1 O N N 113 C OP2 O N N 114 C "O5'" O N N 115 C "C5'" C N N 116 C "C4'" C N R 117 C "O4'" O N N 118 C "C3'" C N S 119 C "O3'" O N N 120 C "C2'" C N R 121 C "O2'" O N N 122 C "C1'" C N R 123 C N1 N N N 124 C C2 C N N 125 C O2 O N N 126 C N3 N N N 127 C C4 C N N 128 C N4 N N N 129 C C5 C N N 130 C C6 C N N 131 C HOP3 H N N 132 C HOP2 H N N 133 C "H5'" H N N 134 C "H5''" H N N 135 C "H4'" H N N 136 C "H3'" H N N 137 C "HO3'" H N N 138 C "H2'" H N N 139 C "HO2'" H N N 140 C "H1'" H N N 141 C H41 H N N 142 C H42 H N N 143 C H5 H N N 144 C H6 H N N 145 CYS N N N N 146 CYS CA C N R 147 CYS C C N N 148 CYS O O N N 149 CYS CB C N N 150 CYS SG S N N 151 CYS OXT O N N 152 CYS H H N N 153 CYS H2 H N N 154 CYS HA H N N 155 CYS HB2 H N N 156 CYS HB3 H N N 157 CYS HG H N N 158 CYS HXT H N N 159 DA OP3 O N N 160 DA P P N N 161 DA OP1 O N N 162 DA OP2 O N N 163 DA "O5'" O N N 164 DA "C5'" C N N 165 DA "C4'" C N R 166 DA "O4'" O N N 167 DA "C3'" C N S 168 DA "O3'" O N N 169 DA "C2'" C N N 170 DA "C1'" C N R 171 DA N9 N Y N 172 DA C8 C Y N 173 DA N7 N Y N 174 DA C5 C Y N 175 DA C6 C Y N 176 DA N6 N N N 177 DA N1 N Y N 178 DA C2 C Y N 179 DA N3 N Y N 180 DA C4 C Y N 181 DA HOP3 H N N 182 DA HOP2 H N N 183 DA "H5'" H N N 184 DA "H5''" H N N 185 DA "H4'" H N N 186 DA "H3'" H N N 187 DA "HO3'" H N N 188 DA "H2'" H N N 189 DA "H2''" H N N 190 DA "H1'" H N N 191 DA H8 H N N 192 DA H61 H N N 193 DA H62 H N N 194 DA H2 H N N 195 DC OP3 O N N 196 DC P P N N 197 DC OP1 O N N 198 DC OP2 O N N 199 DC "O5'" O N N 200 DC "C5'" C N N 201 DC "C4'" C N R 202 DC "O4'" O N N 203 DC "C3'" C N S 204 DC "O3'" O N N 205 DC "C2'" C N N 206 DC "C1'" C N R 207 DC N1 N N N 208 DC C2 C N N 209 DC O2 O N N 210 DC N3 N N N 211 DC C4 C N N 212 DC N4 N N N 213 DC C5 C N N 214 DC C6 C N N 215 DC HOP3 H N N 216 DC HOP2 H N N 217 DC "H5'" H N N 218 DC "H5''" H N N 219 DC "H4'" H N N 220 DC "H3'" H N N 221 DC "HO3'" H N N 222 DC "H2'" H N N 223 DC "H2''" H N N 224 DC "H1'" H N N 225 DC H41 H N N 226 DC H42 H N N 227 DC H5 H N N 228 DC H6 H N N 229 DG OP3 O N N 230 DG P P N N 231 DG OP1 O N N 232 DG OP2 O N N 233 DG "O5'" O N N 234 DG "C5'" C N N 235 DG "C4'" C N R 236 DG "O4'" O N N 237 DG "C3'" C N S 238 DG "O3'" O N N 239 DG "C2'" C N N 240 DG "C1'" C N R 241 DG N9 N Y N 242 DG C8 C Y N 243 DG N7 N Y N 244 DG C5 C Y N 245 DG C6 C N N 246 DG O6 O N N 247 DG N1 N N N 248 DG C2 C N N 249 DG N2 N N N 250 DG N3 N N N 251 DG C4 C Y N 252 DG HOP3 H N N 253 DG HOP2 H N N 254 DG "H5'" H N N 255 DG "H5''" H N N 256 DG "H4'" H N N 257 DG "H3'" H N N 258 DG "HO3'" H N N 259 DG "H2'" H N N 260 DG "H2''" H N N 261 DG "H1'" H N N 262 DG H8 H N N 263 DG H1 H N N 264 DG H21 H N N 265 DG H22 H N N 266 DT OP3 O N N 267 DT P P N N 268 DT OP1 O N N 269 DT OP2 O N N 270 DT "O5'" O N N 271 DT "C5'" C N N 272 DT "C4'" C N R 273 DT "O4'" O N N 274 DT "C3'" C N S 275 DT "O3'" O N N 276 DT "C2'" C N N 277 DT "C1'" C N R 278 DT N1 N N N 279 DT C2 C N N 280 DT O2 O N N 281 DT N3 N N N 282 DT C4 C N N 283 DT O4 O N N 284 DT C5 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N 174 DA "O3'" "HO3'" sing N N 175 DA "C2'" "C1'" sing N N 176 DA "C2'" "H2'" sing N N 177 DA "C2'" "H2''" sing N N 178 DA "C1'" N9 sing N N 179 DA "C1'" "H1'" sing N N 180 DA N9 C8 sing Y N 181 DA N9 C4 sing Y N 182 DA C8 N7 doub Y N 183 DA C8 H8 sing N N 184 DA N7 C5 sing Y N 185 DA C5 C6 sing Y N 186 DA C5 C4 doub Y N 187 DA C6 N6 sing N N 188 DA C6 N1 doub Y N 189 DA N6 H61 sing N N 190 DA N6 H62 sing N N 191 DA N1 C2 sing Y N 192 DA C2 N3 doub Y N 193 DA C2 H2 sing N N 194 DA N3 C4 sing Y N 195 DC OP3 P sing N N 196 DC OP3 HOP3 sing N N 197 DC P OP1 doub N N 198 DC P OP2 sing N N 199 DC P "O5'" sing N N 200 DC OP2 HOP2 sing N N 201 DC "O5'" "C5'" sing N N 202 DC "C5'" "C4'" sing N N 203 DC "C5'" "H5'" sing N N 204 DC "C5'" "H5''" sing N N 205 DC "C4'" "O4'" sing N N 206 DC "C4'" "C3'" sing N N 207 DC "C4'" "H4'" sing N N 208 DC "O4'" "C1'" sing N N 209 DC "C3'" "O3'" sing N N 210 DC "C3'" "C2'" sing N N 211 DC "C3'" "H3'" sing N N 212 DC "O3'" "HO3'" sing N N 213 DC "C2'" "C1'" 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;Particles were initially extracted binned by 2 with a box size of 144 pixels (2.3 Angstrom/pixel). The final processing was carried out with an unbinned particle stack with a box size of 288 pixels (1.15 Angstrom/pixel). ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1543677 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? 1 ? 1 3 MASKING ? ? ? 1 1 1 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? 1 1 1 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? 1 1 1 7 'MODEL FITTING' ? ? ? 1 1 1 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? 1 1 1 9 OTHER ? ? ? 1 1 1 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2.00 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6NE0 'double helix' 6NE0 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 J U 9 1_555 K DA 32 1_555 -0.086 -0.001 -0.170 -10.839 20.797 2.706 1 M_U9:DA32_N M 9 ? N 32 ? 20 1 1 J U 10 1_555 K DA 31 1_555 0.036 -0.090 -0.013 -0.112 33.876 -5.101 2 M_U10:DA31_N M 10 ? N 31 ? 20 1 1 J C 11 1_555 K DG 30 1_555 1.164 -0.599 -0.016 2.582 5.498 -5.785 3 M_C11:DG30_N M 11 ? N 30 ? 19 1 1 J A 12 1_555 K DT 29 1_555 0.497 4.491 -0.498 -2.350 28.112 -109.618 4 M_A12:DT29_N M 12 ? N 29 ? ? ? 1 J C 13 1_555 K DG 28 1_555 0.546 -0.138 0.283 -4.649 23.515 7.241 5 M_C13:DG28_N M 13 ? N 28 ? 19 1 1 J G 15 1_555 K DC 26 1_555 -0.109 0.090 -0.739 -22.716 17.839 -0.154 6 M_G15:DC26_N M 15 ? N 26 ? 19 1 1 J C 16 1_555 K DG 25 1_555 0.613 -0.116 -0.615 1.475 13.887 2.379 7 M_C16:DG25_N M 16 ? N 25 ? 19 1 1 J G 17 1_555 K DC 24 1_555 0.052 -0.182 -0.005 27.886 17.876 3.374 8 M_G17:DC24_N M 17 ? N 24 ? 19 1 1 J G 18 1_555 K DC 23 1_555 -0.185 -0.149 0.488 -8.619 18.189 5.906 9 M_G18:DC23_N M 18 ? N 23 ? 19 1 1 J G 19 1_555 K DC 22 1_555 -0.393 -0.269 0.357 10.168 20.770 1.819 10 M_G19:DC22_N M 19 ? N 22 ? 19 1 1 J U 21 1_555 K DA 20 1_555 -0.722 -5.434 0.698 -30.980 3.393 68.260 11 M_U21:DA20_N M 21 ? N 20 ? ? 3 1 J U 22 1_555 K DA 19 1_555 0.715 -0.256 -0.316 15.968 0.511 1.406 12 M_U22:DA19_N M 22 ? N 19 ? 20 1 1 J G 23 1_555 K DC 18 1_555 -0.576 -0.072 0.066 13.977 -5.721 7.700 13 M_G23:DC18_N M 23 ? N 18 ? 19 1 1 J A 24 1_555 K DT 17 1_555 0.566 4.046 -0.360 5.585 22.971 -92.805 14 M_A24:DT17_N M 24 ? N 17 ? ? 1 1 J U 25 1_555 K DA 16 1_555 0.771 -0.799 0.730 1.788 15.615 -8.443 15 M_U25:DA16_N M 25 ? N 16 ? 20 1 1 J U 27 1_555 K DA 14 1_555 -0.266 -0.300 -0.225 -12.312 12.437 -1.105 16 M_U27:DA14_N M 27 ? N 14 ? 20 1 1 J C 28 1_555 K DG 13 1_555 -0.112 0.052 -0.069 -2.181 20.728 1.936 17 M_C28:DG13_N M 28 ? N 13 ? 19 1 1 J C 29 1_555 K DG 12 1_555 0.016 -0.160 0.611 7.811 3.854 3.547 18 M_C29:DG12_N M 29 ? N 12 ? 19 1 1 J G 30 1_555 K DC 11 1_555 -0.341 0.087 0.214 -3.260 17.562 0.843 19 M_G30:DC11_N M 30 ? N 11 ? 19 1 1 J C 31 1_555 K DG 10 1_555 0.775 0.239 -1.011 16.272 19.515 10.183 20 M_C31:DG10_N M 31 ? N 10 ? ? 1 1 J C 34 1_555 K DG 7 1_555 0.391 -0.372 -0.430 -6.781 10.550 1.477 21 M_C34:DG7_N M 34 ? N 7 ? 19 1 1 J U 35 1_555 K DA 6 1_555 0.790 -0.219 -0.234 19.315 9.028 13.831 22 M_U35:DA6_N M 35 ? N 6 ? 20 1 1 J A 36 1_555 K DT 5 1_555 -0.573 0.151 0.753 -22.221 21.716 -4.421 23 M_A36:DT5_N M 36 ? N 5 ? 20 1 1 J C 37 1_555 K DG 4 1_555 1.380 -6.306 0.758 -21.981 -17.037 74.391 24 M_C37:DG4_N M 37 ? N 4 ? ? 3 1 J G 40 1_555 K DC 1 1_555 0.244 1.478 -2.067 -51.301 20.057 -95.560 25 M_G40:DC1_N M 40 ? N 1 ? ? 1 1 J G 48 1_555 J C 50 1_555 1.951 -7.853 -1.112 -10.965 -41.501 87.672 26 M_G48:C50_M M 48 ? M 50 ? ? 7 1 K DG 33 1_555 L DC 12 1_555 -0.211 -0.319 1.018 7.444 11.471 4.709 27 N_DG33:DC12_O N 33 ? O 12 ? 19 1 1 K DG 34 1_555 L DC 11 1_555 -0.124 -0.307 1.089 5.570 2.651 -1.958 28 N_DG34:DC11_O N 34 ? O 11 ? 19 1 1 K DT 35 1_555 L DA 10 1_555 -0.186 -0.252 0.997 1.845 -1.384 -5.567 29 N_DT35:DA10_O N 35 ? O 10 ? 20 1 1 K DG 36 1_555 L DC 9 1_555 -0.163 -0.197 0.736 2.598 0.024 -1.098 30 N_DG36:DC9_O N 36 ? O 9 ? 19 1 1 K DC 37 1_555 L DG 8 1_555 0.179 -0.281 0.823 0.545 -2.896 -0.681 31 N_DC37:DG8_O N 37 ? O 8 ? 19 1 1 K DA 38 1_555 L DT 7 1_555 0.102 -0.214 0.469 0.766 -5.603 -0.161 32 N_DA38:DT7_O N 38 ? O 7 ? 20 1 1 K DG 39 1_555 L DC 6 1_555 -0.187 -0.156 -0.245 -1.643 -8.215 -0.350 33 N_DG39:DC6_O N 39 ? O 6 ? 19 1 1 K DC 40 1_555 L DG 5 1_555 0.173 -0.144 -0.345 -2.582 -6.132 0.830 34 N_DC40:DG5_O N 40 ? O 5 ? 19 1 1 K DT 41 1_555 L DA 4 1_555 -0.102 -0.281 -0.768 -2.469 -6.635 1.637 35 N_DT41:DA4_O N 41 ? O 4 ? 20 1 1 K DT 42 1_555 L DA 3 1_555 -0.211 -0.325 -0.999 0.312 1.367 -3.121 36 N_DT42:DA3_O N 42 ? O 3 ? 20 1 1 K DC 43 1_555 L DG 2 1_555 0.134 -0.306 -1.044 6.087 0.736 -1.047 37 N_DC43:DG2_O N 43 ? O 2 ? 19 1 1 K DT 44 1_555 L DA 1 1_555 -0.139 -1.008 -1.979 -5.542 -10.754 7.930 38 N_DT44:DA1_O N 44 ? O 1 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 J U 9 1_555 K DA 32 1_555 J U 10 1_555 K DA 31 1_555 -0.261 1.535 3.682 -1.621 14.624 5.801 -10.340 -0.815 2.800 68.183 7.560 15.810 1 MM_U9U10:DA31DA32_NN M 9 ? N 32 ? M 10 ? N 31 ? 1 J U 10 1_555 K DA 31 1_555 J C 11 1_555 K DG 30 1_555 0.862 1.411 3.718 -0.623 28.113 8.398 -6.194 -1.902 2.407 73.684 1.634 29.323 2 MM_U10C11:DG30DA31_NN M 10 ? N 31 ? M 11 ? N 30 ? 1 J C 11 1_555 K DG 30 1_555 J A 12 1_555 K DT 29 1_555 1.858 -0.220 4.122 32.891 45.516 60.372 -1.922 -0.171 3.776 37.847 -27.349 80.601 3 MM_C11A12:DT29DG30_NN M 11 ? N 30 ? M 12 ? N 29 ? 1 J A 12 1_555 K DT 29 1_555 J C 13 1_555 K DG 28 1_555 0.602 3.623 3.338 1.125 9.053 -41.887 -5.780 0.927 2.522 -12.486 1.552 -42.826 4 MM_A12C13:DG28DT29_NN M 12 ? N 29 ? M 13 ? N 28 ? 1 J G 15 1_555 K DC 26 1_555 J C 16 1_555 K DG 25 1_555 -0.200 1.859 3.037 -1.906 9.524 14.752 -0.224 -0.606 3.560 32.845 6.574 17.648 5 MM_G15C16:DG25DC26_NN M 15 ? N 26 ? M 16 ? N 25 ? 1 J C 16 1_555 K DG 25 1_555 J G 17 1_555 K DC 24 1_555 0.688 1.673 3.157 1.435 19.810 6.637 -6.826 -1.066 2.635 71.517 -5.182 20.931 6 MM_C16G17:DC24DG25_NN M 16 ? N 25 ? M 17 ? 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