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'Steichen, J.M.' 1 ? primary 'Lin, Y.C.' 2 ? primary 'Havenar-Daughton, C.' 3 ? primary 'Pecetta, S.' 4 ? primary 'Ozorowski, G.' 5 ? primary 'Willis, J.R.' 6 ? primary 'Toy, L.' 7 ? primary 'Sok, D.' 8 ? primary 'Liguori, A.' 9 ? primary 'Kratochvil, S.' 10 ? primary 'Torres, J.L.' 11 ? primary 'Kalyuzhniy, O.' 12 ? primary 'Melzi, E.' 13 ? primary 'Kulp, D.W.' 14 ? primary 'Raemisch, S.' 15 ? primary 'Hu, X.' 16 ? primary 'Bernard, S.M.' 17 ? primary 'Georgeson, E.' 18 ? primary 'Phelps, N.' 19 ? primary 'Adachi, Y.' 20 ? primary 'Kubitz, M.' 21 ? primary 'Landais, E.' 22 ? primary 'Umotoy, J.' 23 ? primary 'Robinson, A.' 24 ? primary 'Briney, B.' 25 ? primary 'Wilson, I.A.' 26 ? primary 'Burton, D.R.' 27 ? primary 'Ward, A.B.' 28 ? primary 'Crotty, S.' 29 ? primary 'Batista, F.D.' 30 ? primary 'Schief, W.R.' 31 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation 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'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6NFC _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6NFC _struct.title ;BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP trimer in complex with BG18-like precursor HMP42 fragmentantigen binding and base-binding RM20A3 fragment antigen binding ; _struct.pdbx_descriptor ;base-binding RM20A3 fragment antigen binding heavy chain, base-binding RM20A3 fragment antigen binding light chain, HIV-1 Env BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP gp120, HIV-1 Env BG505 MD64 N332-GT5 SOSIP gp41, BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding heavy chain, BG18-like precursor HMP42 fragment antigen binding light chain ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6NFC _struct_keywords.text 'HIV-1, HIV Envelope, SOSIP, antibody, trimer, precursor antibody, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 1 ? N N N 2 ? O N N 7 ? P N N 7 ? Q N N 8 ? R N N 7 ? S N N 7 ? T N N 7 ? U N N 7 ? V N N 7 ? W N N 8 ? X N N 7 ? Y N N 7 ? Z N N 7 ? AA N N 7 ? BA N N 7 ? CA N N 8 ? DA N N 7 ? EA N N 7 ? FA N N 7 ? GA N N 9 ? HA N N 9 ? IA N N 9 ? JA N N 9 ? KA N N 9 ? LA N N 9 ? MA N N 9 ? NA N N 9 ? OA N N 9 ? PA N N 9 ? QA N N 9 ? RA N N 9 ? SA N N 9 ? TA N N 9 ? UA N N 9 ? VA N N 9 ? WA N N 9 ? XA N N 9 ? YA N N 9 ? ZA N N 9 ? AB N N 9 ? BB N N 9 ? CB N N 9 ? DB N N 9 ? EB N N 9 ? FB N N 9 ? GB N N 9 ? HB N N 9 ? IB N N 9 ? JB N N 9 ? KB N N 9 ? LB N N 9 ? MB N N 9 ? NB N N 9 ? OB N N 9 ? PB N N 9 ? QB N N 9 ? RB N N 9 ? SB N N 9 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 28 ? PHE A 32 ? THR C 28 PHE C 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 62 ? LYS A 65 ? ASP C 61 LYS C 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 AA3 ARG A 87 ? THR A 91 ? ARG C 83 THR C 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 SER B 24 ? TYR B 30 ? SER D 27 TYR D 30 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN B 79 ? GLU B 83 ? GLN D 79 GLU D 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ALA C 40 ? CYS C 44 ? 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TYR B 638 LEU B 661 1 ? 24 HELX_P HELX_P21 AC3 THR E 74 ? ILE E 76 ? THR H 73 ILE H 75 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG E 87 ? THR E 91 ? ARG H 83 THR H 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA F 26 ? GLN F 30 ? ALA L 27 GLN L 31 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN F 78 ? GLU F 82 ? GLN L 79 GLU L 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 THR G 28 ? PHE G 32 ? THR J 28 PHE J 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 ASP G 62 ? LYS G 65 ? ASP J 61 LYS J 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG G 87 ? THR G 91 ? ARG J 83 THR J 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 SER H 24 ? TYR H 30 ? SER M 27 TYR M 30 1 ? 7 HELX_P HELX_P29 AD2 GLN H 79 ? GLU H 83 ? GLN M 79 GLU M 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 ALA I 40 ? CYS I 44 ? ALA E 70 CYS E 74 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN I 68 ? LEU I 86 ? ASN E 98 LEU E 116 1 ? 19 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU I 92 ? CYS I 96 ? LEU E 122 CYS E 126 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN I 165 ? THR I 168 ? ASN E 195 THR E 198 5 ? 4 HELX_P HELX_P34 AD7 LYS I 304 ? GLY I 323 ? LYS E 335 GLY E 354 1 ? 20 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP I 337 ? THR I 342 ? ASP E 368 THR E 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 THR I 356 ? LEU I 359 ? THR E 387 LEU E 390 5 ? 4 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN I 393 ? ARG I 397 ? ASN E 425 ARG E 429 5 ? 5 HELX_P HELX_P38 AE2 MET I 443 ? TYR I 452 ? MET E 475 TYR E 484 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 AE3 THR J 18 ? SER J 23 ? THR G 529 SER G 534 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 THR J 25 ? ARG J 31 ? THR G 536 ARG G 542 1 ? 7 HELX_P HELX_P41 AE5 ILE J 62 ? TRP J 85 ? ILE G 573 TRP G 596 1 ? 24 HELX_P HELX_P42 AE6 LEU J 108 ? ASP J 113 ? LEU G 619 ASP G 624 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 THR J 116 ? ILE J 124 ? THR G 627 ILE G 635 1 ? 9 HELX_P HELX_P44 AE8 TYR J 127 ? LEU J 150 ? TYR G 638 LEU G 661 1 ? 24 HELX_P HELX_P45 AE9 ALA K 40 ? CYS K 44 ? ALA F 70 CYS F 74 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN K 68 ? SER K 85 ? ASN F 98 SER F 115 1 ? 18 HELX_P HELX_P47 AF2 LEU K 92 ? CYS K 96 ? LEU F 122 CYS F 126 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 ASN K 165 ? THR K 168 ? ASN F 195 THR F 198 5 ? 4 HELX_P HELX_P49 AF4 LYS K 304 ? GLY K 323 ? LYS F 335 GLY F 354 1 ? 20 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP K 337 ? THR K 342 ? ASP F 368 THR F 373 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 THR K 356 ? LEU K 359 ? THR F 387 LEU F 390 5 ? 4 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN K 393 ? ARG K 397 ? ASN F 425 ARG F 429 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 MET K 443 ? TYR K 452 ? MET F 475 TYR F 484 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 AF9 THR L 18 ? SER L 23 ? THR I 529 SER I 534 1 ? 6 HELX_P HELX_P55 AG1 THR L 25 ? ARG L 31 ? THR I 536 ARG I 542 1 ? 7 HELX_P HELX_P56 AG2 ILE L 62 ? TRP L 85 ? ILE I 573 TRP I 596 1 ? 24 HELX_P HELX_P57 AG3 LEU L 108 ? ASP L 113 ? LEU I 619 ASP I 624 1 ? 6 HELX_P HELX_P58 AG4 THR L 116 ? ILE L 124 ? THR I 627 ILE I 635 1 ? 9 HELX_P HELX_P59 AG5 TYR L 127 ? LEU L 150 ? TYR I 638 LEU I 661 1 ? 24 HELX_P HELX_P60 AG6 THR M 28 ? PHE M 32 ? THR K 28 PHE K 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P61 AG7 ASP M 62 ? LYS M 65 ? ASP K 61 LYS K 64 5 ? 4 HELX_P HELX_P62 AG8 ARG M 87 ? THR M 91 ? ARG K 83 THR K 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P63 AG9 SER N 24 ? TYR N 30 ? SER N 27 TYR N 30 1 ? 7 HELX_P HELX_P64 AH1 GLN N 79 ? GLU N 83 ? GLN N 79 GLU N 83 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C CYS 347 SG ? ? ? 1_555 C CYS 413 SG ? ? A CYS 378 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 354 SG ? ? ? 1_555 C CYS 386 SG ? ? A CYS 385 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 469 SG ? ? ? 1_555 D CYS 94 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 87 SG ? ? ? 1_555 D CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf15 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 87 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf16 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 96 SG ? ? J CYS 22 J CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf17 disulf ? ? H CYS 20 SG ? ? ? 1_555 H CYS 88 SG ? ? M CYS 23 M CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf18 disulf ? ? I CYS 24 SG ? ? ? 1_555 I CYS 44 SG ? ? E CYS 54 E CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf19 disulf ? ? 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C ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 197 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.393 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 262 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? C ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 276 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? C ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? A ASN 295 A NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? A ASN 301 A NAG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 332 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.410 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? 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ALA L 19 SER L 24 AC4 2 THR F 69 ? ILE F 74 ? THR L 70 ILE L 75 AC4 3 PHE F 61 ? SER F 66 ? PHE L 62 SER L 67 AC5 1 GLN G 3 ? GLY G 8 ? GLN J 3 GLY J 8 AC5 2 LEU G 18 ? SER G 25 ? LEU J 18 SER J 25 AC5 3 THR G 78 ? MET G 83 ? THR J 77 MET J 82 AC5 4 PHE G 68 ? ASP G 73 ? PHE J 67 ASP J 72 AC6 1 GLY G 10 ? LEU G 11 ? GLY J 10 LEU J 11 AC6 2 ALA G 119 ? THR G 122 ? ALA J 107 THR J 110 AC6 3 ALA G 92 ? GLY G 99 ? ALA J 88 GLY J 95 AC6 4 MET G 34 ? GLN G 39 ? MET J 34 GLN J 39 AC6 5 GLU G 46 ? ILE G 51 ? GLU J 46 ILE J 51 AC6 6 THR G 58 ? TYR G 60 ? THR J 57 TYR J 59 AC7 1 GLY G 10 ? LEU G 11 ? GLY J 10 LEU J 11 AC7 2 ALA G 119 ? THR G 122 ? ALA J 107 THR J 110 AC7 3 ALA G 92 ? GLY G 99 ? ALA J 88 GLY J 95 AC7 4 PHE G 112 H TRP G 115 ? PHE J 100 TRP J 103 AC8 1 LEU H 2 ? THR H 3 ? LEU M 4 THR M 5 AC8 2 TYR H 98 ? GLY H 102 ? TYR M 96 GLY M 100 AC8 3 ASP H 85 ? TYR H 91 ? ASP M 85 TYR M 91 AC8 4 THR H 104 ? VAL H 108 ? THR M 102 VAL M 106 AC8 5 VAL H 8 ? GLY H 10 ? 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4 8 DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 8 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'The EM map is an asymmetric reconstruction, and model refinement using Rosetta Relax was also run without any symmetry imposed.' #