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_refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.946 ? 47328 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.191 ? 20568 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.062 ? 5310 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 6198 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6NYF _struct.title 'Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 1 (OA-1)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6NYF _struct_keywords.text 'Helicobacter pylori, vacuolating cytotoxin A, pore-forming toxin, TOXIN' _struct_keywords.pdbx_keywords TOXIN # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code VACA2_HELPX _struct_ref.pdbx_db_accession Q48245 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;AFFTTVIIPAIVGGIATGTAVGTVSGLLGWGLKQAEEANKTPDKPDKVWRIQAGKGFNEFPNKEYDLYKSLLSSKIDGGW DWGNAATHYWIKGGQWNKLEVDMKDAVGTYKLSGLRNFTGGDLDVNMQKATLRLGQFNGNSFTSYKDSADRTTRVDFNAK NILIDNFLEINNRVGSGAGRKASSTVLTLQASEGITSSKNAEISLYDGATLNLASNSVKLNGNVWMGRLQYVGAYLAPSY STINTSKVTGEVNFNHLTVGDHNAAQAGIIASNKTHIGTLDLWQSAGLNIIAPPEGGYKDKPNNTPSQSGAKNDKQESSQ NNSNTQVINPPNSTQKTEVQPTQVIDGPFAGGKDTVVNIDRINTKADGTIKVGGFKASLTTNAAHLNIGKGGVNLSNQAS GRTLLVENLTGNITVDGPLRVNNQVGGYALAGSSANFEFKAGVDTKNGTATFNNDISLGRFVNLKVDAHTANFKGIDTGN GGFNTLDFSGVTNKVNINKLITASTNVAVKNFNINELIVKTNGVSVGEYTHFSEDIGSQSRINTVRLETGTRSIFSGGVK FKSGEKLVIDEFYYSPWNYFDARNIKNVEITRKFASSTPENPWGTSKLMFNNLTLGQNAVMDYSQFSNLTIQGDFINNQG TINYLVRGGKVATLNVGNAAAMMFNNDIDSATGFYKPLIKINSAQDLIKNTEHVLLKAKIIGYGNVSTGTNGISNVNLEE QFKERLALYNNNNRMDTCVVRNTDDIKACGMAIGNQSMVNNPDNYKYLIGKAWKNIGISKTANGSKISVYYLGNSTPTEN GGNTTNLPTNTTNNARFASYA ; _struct_ref.pdbx_align_begin 34 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6NYF A 1 ? 821 ? Q48245 34 ? 854 ? 1 821 2 1 6NYF B 1 ? 821 ? Q48245 34 ? 854 ? 1 821 3 1 6NYF C 1 ? 821 ? Q48245 34 ? 854 ? 1 821 4 1 6NYF D 1 ? 821 ? Q48245 34 ? 854 ? 1 821 5 1 6NYF E 1 ? 821 ? Q48245 34 ? 854 ? 1 821 6 1 6NYF F 1 ? 821 ? Q48245 34 ? 854 ? 1 821 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 12750 ? 1 MORE -53 ? 1 'SSA (A^2)' 176310 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 29 ? 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ASP C 744 GLY C 754 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY D 29 ? ASN D 39 ? GLY D 29 ASN D 39 1 ? 11 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY D 56 ? PHE D 60 ? GLY D 56 PHE D 60 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 LEU D 71 ? LYS D 75 ? LEU D 71 LYS D 75 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN D 721 ? LEU D 726 ? GLN D 721 LEU D 726 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP D 744 ? GLY D 754 ? ASP D 744 GLY D 754 1 ? 11 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY E 29 ? ASN E 39 ? GLY E 29 ASN E 39 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY E 56 ? PHE E 60 ? GLY E 56 PHE E 60 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 LEU E 71 ? LYS E 75 ? LEU E 71 LYS E 75 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN E 721 ? LEU E 726 ? GLN E 721 LEU E 726 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 ASP E 744 ? GLY E 754 ? ASP E 744 GLY E 754 1 ? 11 HELX_P HELX_P26 AC8 GLY F 29 ? ASN F 39 ? GLY F 29 ASN F 39 1 ? 11 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY F 56 ? PHE F 60 ? GLY F 56 PHE F 60 5 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 LEU F 71 ? LYS F 75 ? LEU F 71 LYS F 75 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 GLN F 721 ? LEU F 726 ? GLN F 721 LEU F 726 1 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP F 744 ? GLY F 754 ? ASP F 744 GLY F 754 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 738 SG ? ? ? 1_555 A CYS 749 SG ? ? A CYS 738 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 738 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 738 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 738 SG ? ? ? 1_555 D CYS 749 SG ? ? D CYS 738 D CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 738 SG ? ? ? 1_555 E CYS 749 SG ? ? E CYS 738 E CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 738 SG ? ? ? 1_555 F CYS 749 SG ? ? F CYS 738 F CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 738 ? CYS A 749 ? CYS A 738 ? 1_555 CYS A 749 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS B 738 ? CYS B 749 ? CYS B 738 ? 1_555 CYS B 749 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS C 738 ? CYS C 749 ? CYS C 738 ? 1_555 CYS C 749 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS D 738 ? CYS D 749 ? CYS D 738 ? 1_555 CYS D 749 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS E 738 ? CYS E 749 ? CYS E 738 ? 1_555 CYS E 749 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS F 738 ? CYS F 749 ? CYS F 738 ? 1_555 CYS F 749 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 7 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 6 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 7 ? AD6 ? 3 ? 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AJ9 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? parallel AA2 6 7 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA5 5 6 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? parallel AA6 5 6 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? parallel AA7 3 4 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? parallel AB1 3 4 ? parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? 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