data_6OPP # _entry.id 6OPP # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.336 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 6OPP WWPDB D_1000240974 EMDB EMD-20152 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Asymmetric model of CD4- and 17-bound B41 HIV-1 Env SOSIP in complex with DDM' _pdbx_database_related.db_id EMD-20152 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6OPP _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-04-25 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ozorowski, G.' 1 0000-0002-9695-8138 'Torres, J.L.' 2 0000-0003-0137-8497 'Ward, A.B.' 3 0000-0001-7153-3769 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? US ? ? primary 'Cell Rep' ? ? 2211-1247 ? ? 33 ? 108428 108428 'A Strain-Specific Inhibitor of Receptor-Bound HIV-1 Targets a Pocket near the Fusion Peptide.' 2020 ? 10.1016/j.celrep.2020.108428 33238117 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'A strain-specific inhibitor of receptor-bound HIV-1 targets a pocket near the fusion peptide and offers a template for drug design' 2020 ? 10.1101/2020.06.11.146654v1 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ozorowski, G.' 1 ? primary 'Torres, J.L.' 2 ? primary 'Santos-Martins, D.' 3 ? primary 'Forli, S.' 4 ? primary 'Ward, A.B.' 5 ? 1 'Ozorowski, G.' 6 0000-0002-9695-8138 1 'Torres, J.L.' 7 0000-0003-0137-8497 1 'Santos-Martins, D.' 8 ? 1 'Forli, S.' 9 ? 1 'Ward, A.B.' 10 0000-0001-7153-3769 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man '17b Fab light chain' 23425.869 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'Envelope glycoprotein gp41' 17357.824 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'Envelope glycoprotein gp160' 58872.902 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'T-cell surface glycoprotein CD4' 23039.172 3 ? ? ? ? 5 polymer man '17b Fab heavy chain' 24484.455 3 ? ? ? ? 6 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 16 ? ? ? ? 7 branched man 'beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 586.542 10 ? ? ? ? 8 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1235.105 2 ? ? ? ? 9 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 748.682 3 ? ? ? ? 10 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1072.964 1 ? ? ? ? 11 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 748.682 1 ? ? ? ? 12 non-polymer syn DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE 510.615 3 ? ? ? ? 13 non-polymer man 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 24 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 'Env polyprotein' 4 'T-cell surface antigen T4/Leu-3' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no 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GEMKNCSFNVTTSIRDKIKKEYALFYKLDVVPLENKNNINNTNITNYRLINCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFA ILKCNSKTFNGSGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEIVIRSENITDNAKTIIVQLNEAVEINCTRPNNNTR KSIHIGPGRAFYATGDIIGNIRQAHCNISKARWNETLGQIVAKLEEQFPNKTIIFNHSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCN TTPLFNSTWNNTRTDDYPTGGEQNITLQCRIKQIINMWQGVGKAMYAPPIRGQIRCSSNITGLLLTRDGGRDQNGTETFR PGGGNMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGIAPTACKRRVVQRRRRRR ; ;MDAMKRGLCCVLLLCGAVFVSPSQEIHARFRRGARAAKKWVTVYYGVPVWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACV PTDPNPQEIVLGNVTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLNCNNVNTNNTNNSTNATISDWEKMET GEMKNCSFNVTTSIRDKIKKEYALFYKLDVVPLENKNNINNTNITNYRLINCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFA ILKCNSKTFNGSGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEIVIRSENITDNAKTIIVQLNEAVEINCTRPNNNTR KSIHIGPGRAFYATGDIIGNIRQAHCNISKARWNETLGQIVAKLEEQFPNKTIIFNHSSGGDPEIVTHSFNCGGEFFYCN TTPLFNSTWNNTRTDDYPTGGEQNITLQCRIKQIINMWQGVGKAMYAPPIRGQIRCSSNITGLLLTRDGGRDQNGTETFR PGGGNMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGIAPTACKRRVVQRRRRRR ; A,D,J ? 4 'polypeptide(L)' no no 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CYS n 1 89 GLN n 1 90 GLN n 1 91 TYR n 1 92 ASN n 1 93 ASN n 1 94 TRP n 1 95 PRO n 1 96 PRO n 1 97 ARG n 1 98 TYR n 1 99 THR n 1 100 PHE n 1 101 GLY n 1 102 GLN n 1 103 GLY n 1 104 THR n 1 105 ARG n 1 106 LEU n 1 107 GLU n 1 108 ILE n 1 109 LYS n 1 110 ARG n 1 111 THR n 1 112 VAL n 1 113 ALA n 1 114 ALA n 1 115 PRO n 1 116 SER n 1 117 VAL n 1 118 PHE n 1 119 ILE n 1 120 PHE n 1 121 PRO n 1 122 PRO n 1 123 SER n 1 124 ASP n 1 125 GLU n 1 126 GLN n 1 127 LEU n 1 128 LYS n 1 129 SER n 1 130 GLY n 1 131 THR n 1 132 ALA n 1 133 SER n 1 134 VAL n 1 135 VAL n 1 136 CYS n 1 137 LEU n 1 138 LEU n 1 139 ASN n 1 140 ASN n 1 141 PHE n 1 142 TYR n 1 143 PRO n 1 144 ARG n 1 145 GLU n 1 146 ALA n 1 147 LYS n 1 148 VAL n 1 149 GLN n 1 150 TRP n 1 151 LYS n 1 152 VAL n 1 153 ASP n 1 154 ASN n 1 155 ALA n 1 156 LEU n 1 157 GLN n 1 158 SER n 1 159 GLY n 1 160 ASN n 1 161 SER n 1 162 GLN n 1 163 GLU n 1 164 SER n 1 165 VAL n 1 166 THR n 1 167 GLU n 1 168 GLN n 1 169 ASP n 1 170 SER n 1 171 LYS n 1 172 ASP n 1 173 SER n 1 174 THR n 1 175 TYR n 1 176 SER n 1 177 LEU n 1 178 SER n 1 179 SER n 1 180 THR n 1 181 LEU n 1 182 THR n 1 183 LEU n 1 184 SER n 1 185 LYS n 1 186 ALA n 1 187 ASP n 1 188 TYR n 1 189 GLU n 1 190 LYS n 1 191 HIS n 1 192 LYS n 1 193 VAL n 1 194 TYR n 1 195 ALA n 1 196 CYS n 1 197 GLU n 1 198 VAL n 1 199 THR n 1 200 HIS n 1 201 GLN n 1 202 GLY n 1 203 LEU n 1 204 SER n 1 205 SER n 1 206 PRO n 1 207 VAL n 1 208 THR n 1 209 LYS n 1 210 SER n 1 211 PHE n 1 212 ASN n 1 213 ARG n 1 214 GLY n 2 1 ALA n 2 2 VAL n 2 3 GLY n 2 4 LEU n 2 5 GLY n 2 6 ALA n 2 7 PHE n 2 8 ILE n 2 9 LEU n 2 10 GLY n 2 11 PHE n 2 12 LEU n 2 13 GLY n 2 14 ALA n 2 15 ALA n 2 16 GLY n 2 17 SER n 2 18 THR n 2 19 MET n 2 20 GLY n 2 21 ALA n 2 22 ALA n 2 23 SER n 2 24 MET n 2 25 ALA n 2 26 LEU n 2 27 THR n 2 28 VAL n 2 29 GLN n 2 30 ALA n 2 31 ARG n 2 32 LEU n 2 33 LEU n 2 34 LEU n 2 35 SER n 2 36 GLY n 2 37 ILE n 2 38 VAL n 2 39 GLN n 2 40 GLN n 2 41 GLN n 2 42 ASN n 2 43 ASN n 2 44 LEU n 2 45 LEU n 2 46 ARG 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C CYS 392 SG ? ? ? 1_555 C CYS 456 SG ? ? A CYS 378 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 399 SG ? ? ? 1_555 C CYS 429 SG ? ? A CYS 385 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 36 SG ? ? ? 1_555 D CYS 104 SG ? ? C CYS 16 C CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf14 disulf ? ? F CYS 23 SG ? ? ? 1_555 F CYS 88 SG ? ? I CYS 23 I CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? ? disulf15 disulf ? ? G CYS 59 SG ? ? ? 1_555 G CYS 79 SG ? ? D CYS 54 D CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? ? disulf16 disulf ? ? G CYS 124 SG ? ? ? 1_555 G CYS 221 SG ? ? D CYS 119 D CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf17 disulf ? ? G CYS 131 SG ? ? ? 1_555 G CYS 212 SG ? ? D CYS 126 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.050 ? ? disulf18 disulf ? ? G CYS 234 SG ? ? ? 1_555 G CYS 263 SG ? ? D CYS 218 D CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf19 disulf ? ? G CYS 244 SG ? ? ? 1_555 G CYS 255 SG ? ? D CYS 228 D CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf20 disulf ? ? G CYS 312 SG ? ? ? 1_555 G CYS 346 SG ? ? D CYS 296 D CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf21 disulf ? ? G CYS 392 SG ? ? ? 1_555 G CYS 456 SG ? ? D CYS 378 D CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf22 disulf ? ? G CYS 399 SG ? ? ? 1_555 G CYS 429 SG ? ? D CYS 385 D CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf23 disulf ? ? G CYS 512 SG ? ? ? 1_555 H CYS 94 SG ? ? D CYS 501 E CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? ? disulf24 disulf ? ? H CYS 87 SG ? ? ? 1_555 H CYS 93 SG ? ? E CYS 598 E CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf25 disulf ? ? I CYS 22 SG ? ? ? 1_555 I CYS 96 SG ? ? G CYS 22 G CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf26 disulf ? ? J CYS 23 SG ? ? ? 1_555 J CYS 88 SG ? ? O CYS 23 O CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf27 disulf ? ? K CYS 87 SG ? ? ? 1_555 K CYS 93 SG ? ? K CYS 598 K CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf28 disulf ? ? K CYS 94 SG ? ? ? 1_555 L CYS 512 SG ? ? K CYS 605 J CYS 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? ? disulf29 disulf ? ? L CYS 59 SG ? ? ? 1_555 L CYS 79 SG ? ? J CYS 54 J CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? ? disulf30 disulf ? ? L CYS 124 SG ? ? ? 1_555 L CYS 221 SG ? ? J CYS 119 J CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf31 disulf ? ? L CYS 131 SG ? ? ? 1_555 L CYS 212 SG ? ? J CYS 126 J CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf32 disulf ? ? L CYS 234 SG ? ? ? 1_555 L CYS 263 SG ? ? J CYS 218 J CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf33 disulf ? ? L CYS 244 SG ? ? ? 1_555 L CYS 255 SG ? ? J CYS 228 J CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf34 disulf ? ? L CYS 312 SG ? ? ? 1_555 L CYS 346 SG ? ? J CYS 296 J CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf35 disulf ? ? L CYS 392 SG ? ? ? 1_555 L CYS 456 SG ? ? J CYS 378 J CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf36 disulf ? ? L CYS 399 SG ? ? ? 1_555 L CYS 429 SG ? ? J CYS 385 J CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf37 disulf ? ? M CYS 36 SG ? ? ? 1_555 M CYS 104 SG ? ? M CYS 16 M CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf38 disulf ? ? N CYS 22 SG ? ? ? 1_555 N CYS 96 SG ? ? N CYS 22 N CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf39 disulf ? ? O CYS 36 SG ? ? ? 1_555 O CYS 104 SG ? ? F CYS 16 F CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? covale1 covale one ? B ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? B ASN 611 B NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.394 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 114 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? B ASN 625 B NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? B ASN 637 B NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.407 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? A ASN 88 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 234 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.398 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? C ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 241 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? C ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 262 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.410 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 276 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 295 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? C ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 332 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.389 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? C ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? C ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? A ASN 355 A NAG 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? C ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 362 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.407 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? C ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 386 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? C ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? A ASN 392 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? C ASN 410 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? A ASN 397 A NAG 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.410 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 424 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 413 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 459 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 448 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? G ASN 93 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? D ASN 88 D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? G ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? D ASN 234 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? G ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? D ASN 241 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? G ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? D ASN 262 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? G ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? D ASN 276 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? G ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? D ASN 295 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? G ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? D ASN 332 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.387 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? G ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? D ASN 339 D NAG 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? G ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 IB NAG . C1 ? ? D ASN 355 D NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? G ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? D ASN 362 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? G ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? D ASN 386 h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? G ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? D ASN 392 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? G ASN 410 ND2 ? ? ? 1_555 JB NAG . C1 ? ? D ASN 397 D NAG 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? G ASN 424 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? D ASN 413 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? G ASN 459 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? D ASN 448 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? H ASN 100 ND2 ? ? ? 1_555 KB NAG . C1 ? ? E ASN 611 E NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? H ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 LB NAG . C1 ? ? E ASN 616 E NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? 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L ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? J ASN 362 r NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? N-Glycosylation covale53 covale one ? L ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? J ASN 386 s NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale54 covale one ? L ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? J ASN 392 t NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale55 covale one ? L ASN 410 ND2 ? ? ? 1_555 WB NAG . C1 ? ? J ASN 397 J NAG 632 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale56 covale one ? L ASN 424 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? J ASN 413 u NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? N-Glycosylation covale57 covale one ? L ASN 459 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? J ASN 448 v NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale58 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.410 ? ? covale59 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? ? covale60 covale both ? Q NAG . 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C1 ? ? v NAG 1 v NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 94 A . ? TRP 94 L PRO 95 A ? PRO 95 L 1 3.14 2 TRP 94 F . ? TRP 94 I PRO 95 F ? PRO 95 I 1 2.83 3 TRP 94 J . ? TRP 94 O PRO 95 J ? 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AE8 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AA9 6 7 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB2 5 6 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? anti-parallel AB6 1 2 ? parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC6 5 6 ? anti-parallel AC6 6 7 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AC9 5 6 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AD9 6 7 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE2 3 4 ? anti-parallel AE2 4 5 ? anti-parallel AE2 5 6 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE5 1 2 ? parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? anti-parallel AE5 5 6 ? anti-parallel AE6 1 2 ? parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE7 5 6 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 4 ? 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Coot 0.9-pre ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 5 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Other private' 'United States' 109718-63-RKNT 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM069832 2 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1115782 3 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero P 6 NAG 1 P NAG 1 A NAG 1234 n P 6 NAG 2 P NAG 2 A NAG 1235 n Q 7 NAG 1 Q NAG 1 A NAG 1241 n Q 7 NAG 2 Q NAG 2 A NAG 1242 n Q 7 BMA 3 Q BMA 3 A BMA 1243 n R 8 NAG 1 R NAG 1 A NAG 1262 n R 8 NAG 2 R NAG 2 A NAG 1263 n R 8 BMA 3 R BMA 3 A BMA 1264 n R 8 MAN 4 R MAN 4 A MAN 1265 n R 8 MAN 5 R MAN 5 A MAN 1266 n R 8 MAN 6 R MAN 6 A MAN 1267 n R 8 MAN 7 R MAN 7 A MAN 1268 n S 7 NAG 1 S NAG 1 A NAG 1276 n S 7 NAG 2 S NAG 2 A NAG 1277 n S 7 BMA 3 S BMA 3 A BMA 1278 n T 6 NAG 1 T NAG 1 A NAG 1295 n T 6 NAG 2 T NAG 2 A NAG 1296 n U 6 NAG 1 U NAG 1 A NAG 1332 n U 6 NAG 2 U NAG 2 A NAG 1333 n V 9 NAG 1 V NAG 1 A NAG 1362 n V 9 NAG 2 V NAG 2 A NAG 1363 n V 9 BMA 3 V BMA 3 A BMA 1364 n V 9 MAN 4 V MAN 4 A MAN 1365 n W 6 NAG 1 W NAG 1 A NAG 1386 n W 6 NAG 2 W NAG 2 A NAG 1387 n X 7 NAG 1 X NAG 1 A NAG 1392 n X 7 NAG 2 X NAG 2 A NAG 1393 n X 7 BMA 3 X BMA 3 A BMA 1394 n Y 7 NAG 1 Y NAG 1 A NAG 1413 n Y 7 NAG 2 Y NAG 2 A NAG 1414 n Y 7 BMA 3 Y BMA 3 A BMA 1415 n Z 6 NAG 1 Z NAG 1 A NAG 1448 n Z 6 NAG 2 Z NAG 2 A NAG 1449 n AA 6 NAG 1 a NAG 1 D NAG 1234 n AA 6 NAG 2 a NAG 2 D NAG 1235 n BA 6 NAG 1 b NAG 1 D NAG 1241 n BA 6 NAG 2 b NAG 2 D NAG 1242 n CA 8 NAG 1 c NAG 1 D NAG 1262 n CA 8 NAG 2 c NAG 2 D NAG 1263 n CA 8 BMA 3 c BMA 3 D BMA 1264 n CA 8 MAN 4 c MAN 4 D MAN 1265 n CA 8 MAN 5 c MAN 5 D MAN 1266 n CA 8 MAN 6 c MAN 6 D MAN 1267 n CA 8 MAN 7 c MAN 7 D MAN 1268 n DA 7 NAG 1 d NAG 1 D NAG 1276 n DA 7 NAG 2 d NAG 2 D NAG 1277 n DA 7 BMA 3 d BMA 3 D BMA 1278 n EA 6 NAG 1 e NAG 1 D NAG 1295 n EA 6 NAG 2 e NAG 2 D NAG 1296 n FA 6 NAG 1 f NAG 1 D NAG 1332 n FA 6 NAG 2 f NAG 2 D NAG 1333 n GA 9 NAG 1 g NAG 1 D NAG 1362 n GA 9 NAG 2 g NAG 2 D NAG 1363 n GA 9 BMA 3 g BMA 3 D BMA 1364 n GA 9 MAN 4 g MAN 4 D MAN 1365 n HA 6 NAG 1 h NAG 1 D NAG 1386 n HA 6 NAG 2 h NAG 2 D NAG 1387 n IA 7 NAG 1 i NAG 1 D NAG 1392 n IA 7 NAG 2 i NAG 2 D NAG 1393 n IA 7 BMA 3 i BMA 3 D BMA 1394 n JA 7 NAG 1 j NAG 1 D NAG 1413 n JA 7 NAG 2 j NAG 2 D NAG 1414 n JA 7 BMA 3 j BMA 3 D BMA 1415 n KA 6 NAG 1 k NAG 1 D NAG 1448 n KA 6 NAG 2 k NAG 2 D NAG 1449 n LA 6 NAG 1 l NAG 1 J NAG 1234 n LA 6 NAG 2 l NAG 2 J NAG 1235 n MA 6 NAG 1 m NAG 1 J NAG 1241 n MA 6 NAG 2 m NAG 2 J NAG 1242 n NA 10 NAG 1 n NAG 1 J NAG 1262 n NA 10 NAG 2 n NAG 2 J NAG 1263 n NA 10 BMA 3 n BMA 3 J BMA 1264 n NA 10 MAN 4 n MAN 4 J MAN 1265 n NA 10 MAN 5 n MAN 5 J MAN 1266 n NA 10 MAN 6 n MAN 6 J MAN 1268 n OA 11 NAG 1 o NAG 1 J NAG 1276 n OA 11 NAG 2 o NAG 2 J NAG 1277 n OA 11 BMA 3 o BMA 3 J BMA 1278 n OA 11 MAN 4 o MAN 4 J MAN 1279 n PA 6 NAG 1 p NAG 1 J NAG 1295 n PA 6 NAG 2 p NAG 2 J NAG 1296 n QA 6 NAG 1 q NAG 1 J NAG 1332 n QA 6 NAG 2 q NAG 2 J NAG 1333 n RA 9 NAG 1 r NAG 1 J NAG 1362 n RA 9 NAG 2 r NAG 2 J NAG 1363 n RA 9 BMA 3 r BMA 3 J BMA 1364 n RA 9 MAN 4 r MAN 4 J MAN 1365 n SA 7 NAG 1 s NAG 1 J NAG 1386 n SA 7 NAG 2 s NAG 2 J NAG 1387 n SA 7 BMA 3 s BMA 3 J BMA 1388 n TA 7 NAG 1 t NAG 1 J NAG 1392 n TA 7 NAG 2 t NAG 2 J NAG 1393 n TA 7 BMA 3 t BMA 3 J BMA 1394 n UA 7 NAG 1 u NAG 1 J NAG 1413 n UA 7 NAG 2 u NAG 2 J NAG 1414 n UA 7 BMA 3 u BMA 3 J BMA 1415 n VA 6 NAG 1 v NAG 1 J NAG 1448 n VA 6 NAG 2 v NAG 2 J NAG 1449 n # 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