data_6OPQ # _entry.id 6OPQ # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.336 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 6OPQ WWPDB D_1000241064 EMDB EMD-20153 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'CD4- and 17-bound HIV-1 Env B41 SOSIP frozen with LMNG' _pdbx_database_related.db_id EMD-20153 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6OPQ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-04-25 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ozorowski, G.' 1 0000-0002-9695-8138 'Torres, J.L.' 2 0000-0003-0137-8497 'Ward, A.B.' 3 0000-0001-7153-3769 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? US ? ? primary 'Cell Rep' ? ? 2211-1247 ? ? 33 ? 108428 108428 'A Strain-Specific Inhibitor of Receptor-Bound HIV-1 Targets a Pocket near the Fusion Peptide.' 2020 ? 10.1016/j.celrep.2020.108428 33238117 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'A strain-specific inhibitor of receptor-bound HIV-1 targets a pocket near the fusion peptide and offers a template for drug design' 2020 ? 10.1101/2020.06.11.146654v1 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ozorowski, G.' 1 ? primary 'Torres, J.L.' 2 ? primary 'Santos-Martins, D.' 3 ? primary 'Forli, S.' 4 ? primary 'Ward, A.B.' 5 ? 1 'Ozorowski, G.' 6 0000-0002-9695-8138 1 'Torres, J.L.' 7 0000-0003-0137-8497 1 'Santos-Martins, D.' 8 ? 1 'Forli, S.' 9 ? 1 'Ward, A.B.' 10 0000-0001-7153-3769 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Envelope glycoprotein gp160' 58872.902 3 ? ? ? ? 2 polymer man '17b Fab light chain' 23425.869 3 ? ? ? ? 3 polymer man 'Envelope glycoprotein gp41' 17357.824 3 ? ? ? ? 4 polymer man 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'polypeptide(L)' no no ;ELELTQSPATLSVSPGERATLSCRASESVSSDLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGVPARFSGSGSGAEFTLTISSLQS EDFAVYYCQQYNNWPPRYTFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGN SQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG ; ;ELELTQSPATLSVSPGERATLSCRASESVSSDLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGVPARFSGSGSGAEFTLTISSLQS EDFAVYYCQQYNNWPPRYTFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGN SQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG ; L,N,O ? 3 'polypeptide(L)' no no ;AVGLGAFILGFLGAAGSTMGAASMALTVQARLLLSGIVQQQNNLLRAPEAQQHMLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKIICCTNVPWNDSWSNKTINEIWDNMTWMQWEKEIDNYTQHIYTLLEVSQIQQEKNEQELLELD ; ;AVGLGAFILGFLGAAGSTMGAASMALTVQARLLLSGIVQQQNNLLRAPEAQQHMLQLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKIICCTNVPWNDSWSNKTINEIWDNMTWMQWEKEIDNYTQHIYTLLEVSQIQQEKNEQELLELD ; B,F,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;METDTLLLWVLLLWVPGSTGKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRS LWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQG GKTLSVSQLELQDSGTWTCTVLQNQKKVEFKIDIVVLAGGSGHHHHHH ; ;METDTLLLWVLLLWVPGSTGKKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRS LWDQGNFPLIIKNLKIEDSDTYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQG GKTLSVSQLELQDSGTWTCTVLQNQKKVEFKIDIVVLAGGSGHHHHHH ; C,I,J ? 5 'polypeptide(L)' no no ;QVQLLESGAEVKKPGSSVKVSCKASGDTFIRYSFTWVRQAPGQGLEWMGRIITILDVAHYAPHLQGRVTITADKSTSTVY LELRNLRSDDTAVYFCAGVYEGEADEGEYDNNGFLKHWGQGTLVTVTSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDY FPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK ; ;QVQLLESGAEVKKPGSSVKVSCKASGDTFIRYSFTWVRQAPGQGLEWMGRIITILDVAHYAPHLQGRVTITADKSTSTVY LELRNLRSDDTAVYFCAGVYEGEADEGEYDNNGFLKHWGQGTLVTVTSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDY FPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK ; H,K,M ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ASP n 1 3 ALA n 1 4 MET n 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GLY O 107 C GLU M 99 GLY M 100 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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B CYS 23 SG ? ? ? 1_555 B CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 87 SG ? ? ? 1_555 C CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 36 SG ? ? ? 1_555 D CYS 104 SG ? ? C CYS 16 C CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf13 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf14 disulf ? ? F CYS 59 SG ? ? ? 1_555 F CYS 79 SG ? ? D CYS 54 D CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? disulf15 disulf ? ? F CYS 124 SG ? ? ? 1_555 F CYS 221 SG ? ? D CYS 119 D CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf16 disulf ? ? F CYS 131 SG ? ? ? 1_555 F CYS 212 SG ? ? D CYS 126 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf17 disulf ? ? F CYS 234 SG ? ? ? 1_555 F CYS 263 SG ? ? D CYS 218 D CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf18 disulf ? ? F CYS 244 SG ? ? ? 1_555 F CYS 255 SG ? ? D CYS 228 D CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf19 disulf ? ? F CYS 312 SG ? ? ? 1_555 F CYS 346 SG ? ? D CYS 296 D CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf20 disulf ? ? F CYS 392 SG ? ? ? 1_555 F CYS 456 SG ? ? D CYS 378 D CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf21 disulf ? ? F CYS 399 SG ? ? ? 1_555 F CYS 429 SG ? ? D CYS 385 D CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf22 disulf ? ? F CYS 512 SG ? ? ? 1_555 H CYS 94 SG ? ? D CYS 501 F CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? ? disulf23 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 88 SG ? ? N CYS 23 N CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? ? disulf24 disulf ? ? H CYS 87 SG ? ? ? 1_555 H CYS 93 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf25 disulf ? ? I CYS 36 SG ? ? ? 1_555 I CYS 104 SG ? ? I CYS 16 I CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf26 disulf ? ? J CYS 22 SG ? ? ? 1_555 J CYS 96 SG ? ? K CYS 22 K CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf27 disulf ? ? K CYS 59 SG ? ? ? 1_555 K CYS 79 SG ? ? E CYS 54 E CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? ? disulf28 disulf ? ? K CYS 124 SG ? ? ? 1_555 K CYS 221 SG ? ? E CYS 119 E CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf29 disulf ? ? K CYS 131 SG ? ? ? 1_555 K CYS 212 SG ? ? E CYS 126 E CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf30 disulf ? ? K CYS 234 SG ? ? ? 1_555 K CYS 263 SG ? ? E CYS 218 E CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf31 disulf ? ? K CYS 244 SG ? ? ? 1_555 K CYS 255 SG ? ? E CYS 228 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf32 disulf ? ? K CYS 312 SG ? ? ? 1_555 K CYS 346 SG ? ? E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf33 disulf ? ? K CYS 392 SG ? ? ? 1_555 K CYS 456 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf34 disulf ? ? K CYS 399 SG ? ? ? 1_555 K CYS 429 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf35 disulf ? ? K CYS 512 SG ? ? ? 1_555 M CYS 94 SG ? ? E CYS 501 G CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? ? disulf36 disulf ? ? L CYS 23 SG ? ? ? 1_555 L CYS 88 SG ? ? O CYS 23 O CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? ? disulf37 disulf ? ? M CYS 87 SG ? ? ? 1_555 M CYS 93 SG ? ? G CYS 598 G CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf38 disulf ? ? N CYS 36 SG ? ? ? 1_555 N CYS 104 SG ? ? J CYS 16 J CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf39 disulf ? ? O CYS 22 SG ? ? ? 1_555 O CYS 96 SG ? ? M CYS 22 M CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? covale1 covale one ? A ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 241 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 262 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 276 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 295 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 332 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 362 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.400 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 386 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.394 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 392 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 424 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? A ASN 413 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 459 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? A ASN 448 A NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? F ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? D ASN 234 D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? F ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? D ASN 241 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? F ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? D ASN 262 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? F ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? D ASN 276 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? F ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? D ASN 295 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? F ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? D ASN 332 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? F ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? D ASN 339 D NAG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? F ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? D ASN 362 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.400 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? F ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? D ASN 386 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.394 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? F ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? D ASN 392 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? F ASN 424 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? D ASN 413 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.398 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? F ASN 459 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? D ASN 448 D NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? K ASN 250 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? E ASN 234 E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? K ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? E ASN 241 h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? K ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? E ASN 262 i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? K ASN 292 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? E ASN 276 j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? K ASN 311 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? E ASN 295 k NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? K ASN 347 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? E ASN 332 l NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? K ASN 354 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? E ASN 339 E NAG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? K ASN 376 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? E ASN 362 m NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? K ASN 400 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? E ASN 386 n NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.394 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? K ASN 406 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? E ASN 392 o NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? K ASN 424 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? E ASN 413 p NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? K ASN 459 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? E ASN 448 E NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? N-Glycosylation covale37 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.407 ? ? covale38 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? ? covale39 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? Q NAG 2 Q BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? ? covale40 covale both ? Q BMA . O3 ? ? ? 1_555 Q MAN . C1 ? ? Q BMA 3 Q MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? ? covale41 covale both ? Q MAN . O2 ? ? ? 1_555 Q MAN . C1 ? ? Q MAN 4 Q MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.477 ? ? covale42 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.418 ? ? covale43 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? ? covale44 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? ? covale45 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? ? covale46 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? ? covale47 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? ? covale48 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? ? covale49 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.407 ? ? covale50 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? ? covale51 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z BMA . C1 ? ? Z NAG 2 Z BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? ? covale52 covale both ? Z BMA . O3 ? ? ? 1_555 Z MAN . C1 ? ? Z BMA 3 Z MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? ? covale53 covale both ? Z MAN . O2 ? ? ? 1_555 Z MAN . C1 ? ? Z MAN 4 Z MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.477 ? ? covale54 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.418 ? ? covale55 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? ? covale56 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? ? covale57 covale both ? DA NAG . O4 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? ? covale58 covale both ? EA NAG . O4 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.405 ? ? covale59 covale both ? FA NAG . O4 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? f NAG 1 f NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? ? covale60 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? g NAG 1 g NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? ? covale61 covale both ? HA NAG . O4 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? h NAG 1 h NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? ? covale62 covale both ? IA NAG . O4 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? i NAG 1 i NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? ? covale63 covale both ? IA NAG . O4 ? ? ? 1_555 IA BMA . C1 ? ? i NAG 2 i BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? ? covale64 covale both ? IA BMA . O3 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i BMA 3 i MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? ? covale65 covale both ? IA MAN . O2 ? ? ? 1_555 IA MAN . C1 ? ? i MAN 4 i MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.477 ? ? covale66 covale both ? JA NAG . O4 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? j NAG 1 j NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.418 ? ? covale67 covale both ? KA NAG . O4 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? k NAG 1 k NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? ? covale68 covale both ? LA NAG . O4 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? l NAG 1 l NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? ? covale69 covale both ? MA NAG . O4 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? m NAG 1 m NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? ? covale70 covale both ? NA NAG . O4 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? n NAG 1 n NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.405 ? ? covale71 covale both ? OA NAG . O4 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? o NAG 1 o NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? ? covale72 covale both ? PA NAG . O4 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? p NAG 1 p NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 94 B . ? TRP 94 L PRO 95 B ? PRO 95 L 1 2.06 2 TRP 94 G . ? TRP 94 N PRO 95 G ? PRO 95 N 1 2.13 3 TRP 94 L . ? TRP 94 O PRO 95 L ? PRO 95 O 1 2.14 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 6 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 7 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 6 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 6 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 5 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 7 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 6 ? AE2 ? 6 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 6 ? 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ALA I 55 ASP I 56 AC8 1 LEU J 5 ? GLU J 6 ? LEU K 5 GLU K 6 AC8 2 VAL J 18 ? LYS J 23 ? VAL K 18 LYS K 23 AC8 3 THR J 78 ? LEU J 83 ? THR K 77 LEU K 82 AC8 4 VAL J 68 ? ASP J 73 ? VAL K 67 ASP K 72 AC9 1 GLU J 10 ? LYS J 12 ? GLU K 10 LYS K 12 AC9 2 THR J 122 ? VAL J 126 ? THR K 107 VAL K 111 AC9 3 ALA J 92 ? TYR J 100 ? ALA K 88 TYR K 96 AC9 4 TYR J 32 ? GLN J 39 ? TYR K 32 GLN K 39 AC9 5 GLU J 46 ? ILE J 52 ? GLU K 46 ILE K 52 AC9 6 VAL J 57 ? TYR J 60 ? VAL K 56 TYR K 59 AD1 1 GLU J 10 ? LYS J 12 ? GLU K 10 LYS K 12 AD1 2 THR J 122 ? VAL J 126 ? THR K 107 VAL K 111 AD1 3 ALA J 92 ? TYR J 100 ? ALA K 88 TYR K 96 AD1 4 HIS J 117 ? TRP J 118 ? HIS K 102 TRP K 103 AD2 1 LEU K 505 ? THR K 510 ? LEU E 494 THR E 499 AD2 2 TRP K 40 ? TYR K 45 ? TRP E 35 TYR E 40 AD2 3 ILE M 92 ? CYS M 93 ? ILE G 603 CYS G 604 AD3 1 TRP K 50 ? GLU K 52 ? TRP E 45 GLU E 47 AD3 2 TYR K 497 ? ILE K 502 ? TYR E 486 ILE E 491 AD3 3 ALA K 240 ? CYS K 244 ? ALA E 224 CYS E 228 AD3 4 VAL K 258 ? VAL K 261 ? 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Coot 0.9-pre ? 1 ? 12 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2 1 ? ? 13 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2 1 ? ? 14 CLASSIFICATION ? cryoSPARC 2 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION 'Non-uniform refinement' cryoSPARC 2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 5 _em_specimen.details ;Complex of CD4- and 17b-bound B41 SOSIP was SEC purified and GO27 was diluted 1:100 into the complex and incubated for 15 minutes prior to grid freezing. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Other private' 'United States' 109718-63-RKNT 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01GM069832 2 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1115782 3 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero P 6 NAG 1 P NAG 1 A NAG 1241 n P 6 NAG 2 P NAG 2 A NAG 1242 n Q 7 NAG 1 Q NAG 1 A NAG 1262 n Q 7 NAG 2 Q NAG 2 A NAG 1263 n Q 7 BMA 3 Q BMA 3 A BMA 1264 n Q 7 MAN 4 Q MAN 4 A MAN 1265 n Q 7 MAN 5 Q MAN 5 A MAN 1266 n R 6 NAG 1 R NAG 1 A NAG 1276 n R 6 NAG 2 R NAG 2 A NAG 1277 n S 6 NAG 1 S NAG 1 A NAG 1295 n S 6 NAG 2 S NAG 2 A NAG 1296 n T 6 NAG 1 T NAG 1 A NAG 1332 n T 6 NAG 2 T NAG 2 A NAG 1333 n U 6 NAG 1 U NAG 1 A NAG 1362 n U 6 NAG 2 U NAG 2 A NAG 1363 n V 6 NAG 1 V NAG 1 A NAG 1386 n V 6 NAG 2 V NAG 2 A NAG 1387 n W 6 NAG 1 W NAG 1 A NAG 1392 n W 6 NAG 2 W NAG 2 A NAG 1393 n X 6 NAG 1 X NAG 1 A NAG 1413 n X 6 NAG 2 X NAG 2 A NAG 1414 n Y 6 NAG 1 Y NAG 1 D NAG 1241 n Y 6 NAG 2 Y NAG 2 D NAG 1242 n Z 7 NAG 1 Z NAG 1 D NAG 1262 n Z 7 NAG 2 Z NAG 2 D NAG 1263 n Z 7 BMA 3 Z BMA 3 D BMA 1264 n Z 7 MAN 4 Z MAN 4 D MAN 1265 n Z 7 MAN 5 Z MAN 5 D MAN 1266 n AA 6 NAG 1 a NAG 1 D NAG 1276 n AA 6 NAG 2 a NAG 2 D NAG 1277 n BA 6 NAG 1 b NAG 1 D NAG 1295 n BA 6 NAG 2 b NAG 2 D NAG 1296 n CA 6 NAG 1 c NAG 1 D NAG 1332 n CA 6 NAG 2 c NAG 2 D NAG 1333 n DA 6 NAG 1 d NAG 1 D NAG 1362 n DA 6 NAG 2 d NAG 2 D NAG 1363 n EA 6 NAG 1 e NAG 1 D NAG 1386 n EA 6 NAG 2 e NAG 2 D NAG 1387 n FA 6 NAG 1 f NAG 1 D NAG 1392 n FA 6 NAG 2 f NAG 2 D NAG 1393 n GA 6 NAG 1 g NAG 1 D NAG 1413 n GA 6 NAG 2 g NAG 2 D NAG 1414 n HA 6 NAG 1 h NAG 1 E NAG 1241 n HA 6 NAG 2 h NAG 2 E NAG 1242 n IA 7 NAG 1 i NAG 1 E NAG 1262 n IA 7 NAG 2 i NAG 2 E NAG 1263 n IA 7 BMA 3 i BMA 3 E BMA 1264 n IA 7 MAN 4 i MAN 4 E MAN 1265 n IA 7 MAN 5 i MAN 5 E MAN 1266 n JA 6 NAG 1 j NAG 1 E NAG 1276 n JA 6 NAG 2 j NAG 2 E NAG 1277 n KA 6 NAG 1 k NAG 1 E NAG 1295 n KA 6 NAG 2 k NAG 2 E NAG 1296 n LA 6 NAG 1 l NAG 1 E NAG 1332 n LA 6 NAG 2 l NAG 2 E NAG 1333 n MA 6 NAG 1 m NAG 1 E NAG 1362 n MA 6 NAG 2 m NAG 2 E NAG 1363 n NA 6 NAG 1 n NAG 1 E NAG 1386 n NA 6 NAG 2 n NAG 2 E NAG 1387 n OA 6 NAG 1 o NAG 1 E NAG 1392 n OA 6 NAG 2 o NAG 2 E NAG 1393 n PA 6 NAG 1 p NAG 1 E NAG 1413 n PA 6 NAG 2 p NAG 2 E NAG 1414 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 7 DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 7 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 5 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #