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The 3D refinement was applied with C2 symmetry.' _pdbx_database_related.db_id EMD-20579 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Li, J.' 1 ? 'Shang, G.J.' 2 ? 'Chen, Y.J.' 3 ? 'Brautigam, C.A.' 4 ? 'Liou, J.' 5 ? 'Zhang, X.W.' 6 ? 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The 3D refinement was applied with C2 symmetry.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6Q2S _struct_keywords.text 'RET, receptor tyrosine kinase, cryo-EM, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 4 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 5 ? Q N N 5 ? R N N 4 ? S N N 4 ? T N N 4 ? U N N 4 ? V N N 4 ? W N N 4 ? X N N 4 ? Y N N 5 ? Z N N 5 ? AA N N 5 ? 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LEU F 190 CYS F 197 1 ? 8 HELX_P HELX_P44 AE8 GLU F 281 ? TYR F 286 ? GLU F 309 TYR F 314 1 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP F 294 ? PHE F 301 ? ASP F 322 PHE F 329 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 AF1 SER F 490 ? SER F 494 ? SER F 518 SER F 522 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 ARG F 497 ? GLU F 502 ? ARG F 525 GLU F 530 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 CYS F 553 ? CYS F 557 ? CYS F 581 CYS F 585 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 138 SG ? ? ? 1_555 A CYS 203 SG ? ? A CYS 123 A CYS 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 165 SG ? ? ? 1_555 A CYS 231 SG ? ? A CYS 150 A CYS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 169 SG ? ? ? 1_555 A CYS 233 SG ? ? A CYS 154 A CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 202 SG ? ? ? 1_555 D CYS 202 SG ? ? A CYS 187 B CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 187 SG ? ? C CYS 162 C CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 138 SG ? ? ? 1_555 B CYS 144 SG ? ? C CYS 169 C CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 155 SG ? ? ? 1_555 B CYS 165 SG ? ? C CYS 186 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 160 SG ? ? ? 1_555 B CYS 208 SG ? ? C CYS 191 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 217 SG ? ? ? 1_555 B CYS 285 SG ? ? C CYS 248 C CYS 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 224 SG ? ? ? 1_555 B CYS 230 SG ? ? C CYS 255 C CYS 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 241 SG ? ? ? 1_555 B CYS 257 SG ? ? C CYS 272 C CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 250 SG ? ? ? 1_555 B CYS 309 SG ? ? C CYS 281 C CYS 340 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 287 SG ? ? ? 1_555 B CYS 297 SG ? ? C CYS 318 C CYS 328 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 109 SG ? ? ? 1_555 C CYS 114 SG ? ? E CYS 137 E CYS 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 129 SG ? ? ? 1_555 C CYS 169 SG ? ? E CYS 157 E CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 138 SG ? ? ? 1_555 C CYS 215 SG ? ? E CYS 166 E CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 398 SG ? ? ? 1_555 C CYS 402 SG ? ? E CYS 426 E CYS 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 421 SG ? ? ? 1_555 C CYS 450 SG ? ? E CYS 449 E CYS 478 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 487 SG ? ? ? 1_555 C CYS 503 SG ? ? E CYS 515 E CYS 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 491 SG ? ? ? 1_555 C CYS 513 SG ? ? E CYS 519 E CYS 541 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 500 SG ? ? ? 1_555 C CYS 530 SG ? ? E CYS 528 E CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 537 SG ? ? ? 1_555 C CYS 553 SG ? ? E CYS 565 E CYS 581 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 542 SG ? ? ? 1_555 C CYS 557 SG ? ? E CYS 570 E CYS 585 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 581 SG ? ? ? 1_555 C CYS 592 SG ? ? E CYS 609 E CYS 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 583 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? E CYS 611 E CYS 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf26 disulf ? ? D CYS 138 SG ? ? ? 1_555 D CYS 203 SG ? ? B CYS 123 B CYS 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf27 disulf ? ? D CYS 165 SG ? ? ? 1_555 D CYS 231 SG ? ? B CYS 150 B CYS 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf28 disulf ? ? D CYS 169 SG ? ? ? 1_555 D CYS 233 SG ? ? B CYS 154 B CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 131 SG ? ? ? 1_555 E CYS 187 SG ? ? D CYS 162 D CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 138 SG ? ? ? 1_555 E CYS 144 SG ? ? D CYS 169 D CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf31 disulf ? ? E CYS 155 SG ? ? ? 1_555 E CYS 165 SG ? ? D CYS 186 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 160 SG ? ? ? 1_555 E CYS 208 SG ? ? D CYS 191 D CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf33 disulf ? ? E CYS 217 SG ? ? ? 1_555 E CYS 285 SG ? ? D CYS 248 D CYS 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf34 disulf ? ? E CYS 224 SG ? ? ? 1_555 E CYS 230 SG ? ? D CYS 255 D CYS 261 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf35 disulf ? ? E CYS 241 SG ? ? ? 1_555 E CYS 257 SG ? ? D CYS 272 D CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf36 disulf ? ? E CYS 250 SG ? ? ? 1_555 E CYS 309 SG ? ? D CYS 281 D CYS 340 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf37 disulf ? ? E CYS 287 SG ? ? ? 1_555 E CYS 297 SG ? ? D CYS 318 D CYS 328 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf38 disulf ? ? F CYS 109 SG ? ? ? 1_555 F CYS 114 SG ? ? F CYS 137 F CYS 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf39 disulf ? ? F CYS 129 SG ? ? ? 1_555 F CYS 169 SG ? ? F CYS 157 F CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf40 disulf ? ? F CYS 138 SG ? ? ? 1_555 F CYS 215 SG ? ? F CYS 166 F CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf41 disulf ? ? F CYS 398 SG ? ? ? 1_555 F CYS 402 SG ? ? F CYS 426 F CYS 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf42 disulf ? ? F CYS 421 SG ? ? ? 1_555 F CYS 450 SG ? ? F CYS 449 F CYS 478 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf43 disulf ? ? F CYS 487 SG ? ? ? 1_555 F CYS 503 SG ? ? F CYS 515 F CYS 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf44 disulf ? ? F CYS 491 SG ? ? ? 1_555 F CYS 513 SG ? ? F CYS 519 F CYS 541 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf45 disulf ? ? F CYS 500 SG ? ? ? 1_555 F CYS 530 SG ? ? F CYS 528 F CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf46 disulf ? ? F CYS 537 SG ? ? ? 1_555 F CYS 553 SG ? ? F CYS 565 F CYS 581 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf47 disulf ? ? F CYS 542 SG ? ? ? 1_555 F CYS 557 SG ? ? F CYS 570 F CYS 585 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf48 disulf ? ? F CYS 581 SG ? ? ? 1_555 F CYS 592 SG ? ? F CYS 609 F CYS 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf49 disulf ? ? F CYS 583 SG ? ? ? 1_555 F CYS 590 SG ? ? F CYS 611 F CYS 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? covale1 covale one ? B ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? C ASN 309 C NAG 1100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? C ASN 70 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? E ASN 98 E NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? E ASN 336 E NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? E ASN 361 E NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.484 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 349 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? E ASN 377 E NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 366 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? E ASN 394 E NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? C ASN 440 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? E ASN 468 E NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? E ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? D ASN 309 D NAG 1100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? F ASN 70 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? F ASN 98 F NAG 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? F ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? F ASN 336 F NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? F ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? F ASN 361 F NAG 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.484 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? F ASN 349 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? F ASN 377 F NAG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? F ASN 366 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? F ASN 394 F NAG 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? F ASN 440 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? F ASN 468 F NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation metalc1 metalc ? ? C GLU 150 OE1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? E GLU 178 E CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? ? metalc2 metalc ? ? C GLU 150 OE2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? E GLU 178 E CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.280 ? ? metalc3 metalc ? ? C ASP 202 OD1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? E ASP 230 E CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? ? metalc4 metalc ? ? C GLU 204 OE2 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? E GLU 232 E CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? ? metalc5 metalc ? ? C GLU 204 OE1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? E GLU 232 E CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? ? metalc6 metalc ? ? C GLU 204 OE2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? E GLU 232 E CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? ? metalc7 metalc ? ? C ASP 236 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? E ASP 264 E CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? ? metalc8 metalc ? ? C GLU 237 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? E GLU 265 E CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? ? metalc9 metalc ? ? C ASP 238 OD1 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? E ASP 266 E CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? ? metalc10 metalc ? ? C ASP 239 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? E ASP 267 E CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? ? metalc11 metalc ? ? C ASP 239 OD1 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? E ASP 267 E CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? ? metalc12 metalc ? ? C ASP 239 OD2 ? ? ? 1_555 P CA . CA ? ? E ASP 267 E CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? ? metalc13 metalc ? ? C SER 240 O ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? E SER 268 E CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? ? metalc14 metalc ? ? C ASP 272 OD1 ? ? ? 1_555 N CA . CA ? ? 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_em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.last_update 2024-10-23 _em_admin.map_release_date 2019-10-02 _em_admin.title 'Cryo-EM structure of RET/GFRa3/ARTN extracellular complex. 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