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_entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 715 ? ? 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP LDCI_ECO57 P0A9H4 ? 1 ;MNVIAILNHMGVYFKEEPIRELHRALERLNFQIVYPNDRDDLLKLIENNARLCGVIFDWDKYNLELCEEISKMNENLPLY AFANTYSTLDVSLNDLRLQISFFEYALGAAEDIANKIKQTTDEYINTILPPLTKALFKYVREGKYTFCTPGHMGGTAFQK SPVGSLFYDFFGPNTMKSDISISVSELGSLLDHSGPHKEAEQYIARVFNADRSYMVTNGTSTANKIVGMYSAPAGSTILI DRNCHKSLTHLMMMSDVTPIYFRPTRNAYGILGGIPQSEFQHATIAKRVKETPNATWPVHAVITNSTYDGLLYNTDFIKK TLDVKSIHFDSAWVPYTNFSPIYEGKCGMSGGRVEGKVIYETQSTHKLLAAFSQASMIHVKGDVNEETFNEAYMMHTTTS PHYGIVASTETAAAMMKGNAGKRLINGSIERAIKFRKEIKRLRTESDGWFFDVWQPDHIDTTECWPLRSDSTWHGFKNID NEHMYLDPIKVTLLTPGMEKDGTMSDFGIPASIVAKYLDEHGIVVEKTGPYNLLFLFSIGIDKTKALSLLRALTDFKRAF DLNLRVKNMLPSLYREDPEFYENMRIQELAQNIHKLIVHHNLPDLMYRAFEVLPTMVMTPYAAFQKELHGMTEEVYLDEM VGRINANMILPYPPGVPLVMPGEMITEESRPVLEFLQMLCEIGAHYPGFETDIHGAYRQADGRYTVKVLKEESKK ; 1 2 UNP RAVA_ECOLI P31473 ? 2 ;MAHPHLLAERISRLSSSLEKGLYERSHAIRLCLLAALSGESVFLLGPPGIAKSLIARRLKFAFQNARAFEYLMTRFSTPE EVFGPLSIQALKDEGRYERLTSGYLPEAEIVFLDEIWKAGPAILNTLLTAINERQFRNGAHVEKIPMRLLVAASNELPEA DSSLEALYDRMLIRLWLDKVQDKANFRSMLTSQQDENDNPVPDALQVTDEEYERWQKEIGEITLPDHVFELIFMLRQQLD KLPDAPYVSDRRWKKAIRLLQASAFFSGRSAVAPVDLILLKDCLWYDAQSLNLIQQQIDVLMTGHAWQQQGMLTRLGAIV QRHLQLQQQQSDKTALTVIRLGGIFSRRQQYQLPVNVTASTLTLLLQKPLKLHDMEVVHISFERSALEQWLSKGGEIRGK LNGIGFAQKLNLEVDSAQHLVVRDVSLQGSTLALPGSSAEGLPGEIKQQLEELESDWRKQHALFSEQQKCLFIPGDWLGR IEASLQDVGAQIRQAQQC ; 1 3 UNP J7QAN2_ECOLX J7QAN2 ? 3 ;MAHPHLLAERISRLSSSLEKGLYERSHAIRLCLLAALSGESVFLLGPPGIAKSLIARRLKFAFQNARAFEYLMTRFSTPE EVFGPLSIQALKDEGRYERLTSGYLPEAEIVFLDEIWKAGPAILNTLLTAINERQFRNGAHVEKIPMRLLVAASNELPEA DSSLEALYDRMLIRLWLDKVQDKANFRSMLTSQQDENDNPVPDALQVTDEEYERWQKEIGEITLPDHVFELIFMLRQQLD KLPDAPYVSDRRWKKAIRLLQASAFFSGRSAVAPVDLILLKDCLWYDAQSLNLIQQQIDVLMTGHAWQQQGMLTRLGAIV QRHLQLQQQQSDKTALTVIRLGGIFSRRQQYQLPVNVTASTLTLLLQKPLKLHDMEVVHISFERSALEQWLSKGGEIRGK LNGIGFAQKLNLEVDSAQHLVVRDVSLQGSTLALPGSSAEGLPGEIKQQLEELESDWRKQHALFSEQQKCLFIPGDWLGR IEASLQDVGAQIRQAQQ ; 9 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6Q7L A 1 ? 715 ? 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J7QAN2 9 ? 505 ? 1 497 24 3 6Q7L X 1 ? 497 ? J7QAN2 9 ? 505 ? 1 497 25 3 6Q7L Y 1 ? 497 ? J7QAN2 9 ? 505 ? 1 497 26 3 6Q7L Z 1 ? 497 ? J7QAN2 9 ? 505 ? 1 497 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ADP non-polymer n "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O10 P2' 427.201 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PLP non-polymer . "PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE" 'VITAMIN B6 Phosphate' 'C8 H10 N O6 P' 247.142 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6Q7L _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6Q7L _struct.title 'Spiral structure of E. coli RavA in the RavA-LdcI cage-like complex' _struct.pdbx_descriptor 'Inducible lysine decarboxylase (E.C.4.1.1.18), ATPase RavA (E.C.3.6.3.-)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6Q7L _struct_keywords.text 'Complex, MoxR ATPase, Lysine decarboxylase, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 1 ? N N N 1 ? O N N 1 ? P N N 1 ? Q N N 1 ? R N N 1 ? S N N 1 ? T N N 1 ? U N N 2 ? V N N 3 ? W N N 3 ? X N N 3 ? Y N N 3 ? Z N N 3 ? AA N N 4 ? BA N N 4 ? CA N N 4 ? DA N N 4 ? EA N N 4 ? FA N N 4 ? GA N N 4 ? HA N N 4 ? IA N N 4 ? JA N N 4 ? KA N N 4 ? LA N N 4 ? MA N N 4 ? NA N N 4 ? OA N N 4 ? PA N N 4 ? QA N N 4 ? RA N N 4 ? SA N N 4 ? TA N N 4 ? UA N N 5 ? VA N N 5 ? WA N N 5 ? XA N N 5 ? YA N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 16 ? GLU A 27 ? GLU A 16 GLU A 27 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 28 ? ASN A 30 ? ARG A 28 ASN A 30 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 38 ? ASN A 48 ? ASP A 38 ASN A 48 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 90 ? ASN A 94 ? ASP A 90 ASN A 94 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 109 ? LEU A 129 ? ALA A 109 LEU A 129 1 ? 21 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO A 130 ? GLU A 142 ? 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ASP A 542 LEU A 562 1 ? 21 HELX_P HELX_P21 AC3 LEU A 570 ? ARG A 575 ? LEU A 570 ARG A 575 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG A 585 ? ASN A 601 ? ARG A 585 ASN A 601 1 ? 17 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN A 601 ? ARG A 608 ? ASN A 601 ARG A 608 1 ? 8 HELX_P HELX_P24 AC6 THR A 619 ? GLY A 630 ? THR A 619 GLY A 630 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 SER A 669 ? GLY A 683 ? SER A 669 GLY A 683 1 ? 15 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU B 16 ? GLU B 27 ? GLU B 16 GLU B 27 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG B 28 ? ASN B 30 ? ARG B 28 ASN B 30 5 ? 3 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP B 38 ? ASN B 48 ? ASP B 38 ASN B 48 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU B 68 ? ASN B 74 ? GLU B 68 ASN B 74 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP B 90 ? ASN B 94 ? ASP B 90 ASN B 94 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 ALA B 109 ? LEU B 129 ? ALA B 109 LEU B 129 1 ? 21 HELX_P HELX_P32 AD5 PRO B 130 ? GLU B 142 ? PRO B 130 GLU B 142 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 THR B 156 ? LYS B 160 ? THR B 156 LYS B 160 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 VAL B 163 ? GLY B 172 ? VAL B 163 GLY B 172 1 ? 10 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY B 172 ? SER B 178 ? GLY B 172 SER B 178 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 AD9 VAL B 184 ? GLY B 188 ? VAL B 184 GLY B 188 5 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 GLY B 195 ? PHE B 208 ? GLY B 195 PHE B 208 1 ? 14 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN B 218 ? MET B 229 ? ASN B 218 MET B 229 1 ? 12 HELX_P HELX_P39 AE3 HIS B 245 ? MET B 253 ? HIS B 245 MET B 253 1 ? 9 HELX_P HELX_P40 AE4 GLN B 281 ? THR B 292 ? GLN B 281 THR B 292 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN B 314 ? LEU B 322 ? ASN B 314 LEU B 322 1 ? 9 HELX_P HELX_P42 AE6 SER B 340 ? GLU B 344 ? SER B 340 GLU B 344 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN B 385 ? MET B 394 ? ASN B 385 MET B 394 1 ? 10 HELX_P HELX_P44 AE8 HIS B 402 ? MET B 415 ? HIS B 402 MET B 415 1 ? 14 HELX_P HELX_P45 AE9 GLY B 418 ? GLU B 445 ? GLY B 418 GLU B 445 1 ? 28 HELX_P HELX_P46 AF1 PRO B 510 ? GLY B 522 ? PRO B 510 GLY B 522 1 ? 13 HELX_P HELX_P47 AF2 ASP B 542 ? LEU B 562 ? ASP B 542 LEU B 562 1 ? 21 HELX_P HELX_P48 AF3 LEU B 570 ? ARG B 575 ? LEU B 570 ARG B 575 1 ? 6 HELX_P HELX_P49 AF4 ARG B 585 ? ASN B 601 ? ARG B 585 ASN B 601 1 ? 17 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN B 601 ? ARG B 608 ? ASN B 601 ARG B 608 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 AF6 THR B 619 ? HIS B 629 ? THR B 619 HIS B 629 1 ? 11 HELX_P HELX_P52 AF7 SER B 669 ? GLY B 683 ? SER B 669 GLY B 683 1 ? 15 HELX_P HELX_P53 AF8 GLU C 16 ? GLU C 27 ? GLU C 16 GLU C 27 1 ? 12 HELX_P HELX_P54 AF9 ARG C 28 ? ASN C 30 ? ARG C 28 ASN C 30 5 ? 3 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP C 38 ? ASN C 48 ? ASP C 38 ASN C 48 1 ? 11 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP C 90 ? ASN C 94 ? ASP C 90 ASN C 94 5 ? 5 HELX_P HELX_P57 AG3 ALA C 109 ? LEU C 129 ? ALA C 109 LEU C 129 1 ? 21 HELX_P HELX_P58 AG4 PRO C 130 ? GLU C 142 ? PRO C 130 GLU C 142 1 ? 13 HELX_P HELX_P59 AG5 THR C 156 ? LYS C 160 ? THR C 156 LYS C 160 5 ? 5 HELX_P HELX_P60 AG6 VAL C 163 ? GLY C 172 ? VAL C 163 GLY C 172 1 ? 10 HELX_P HELX_P61 AG7 GLY C 172 ? SER C 178 ? GLY C 172 SER C 178 1 ? 7 HELX_P HELX_P62 AG8 GLY C 195 ? PHE C 208 ? 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TRP Z 477 ARG Z 493 1 ? 17 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale1 covale one ? 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J LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 JA PLP . C4A ? ? J LYS 367 J PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale11 covale one ? K LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 KA PLP . C4A ? ? K LYS 367 K PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? covale12 covale one ? L LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 LA PLP . C4A ? ? L LYS 367 L PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? covale13 covale one ? M LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 MA PLP . C4A ? ? M LYS 367 M PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? covale14 covale one ? N LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 NA PLP . C4A ? ? N LYS 367 N PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale15 covale one ? O LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 OA PLP . C4A ? ? O LYS 367 O PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? covale16 covale one ? P LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 PA PLP . C4A ? ? P LYS 367 P PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale17 covale one ? Q LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 QA PLP . C4A ? ? Q LYS 367 Q PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale18 covale one ? R LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 RA PLP . C4A ? ? R LYS 367 R PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? covale19 covale one ? S LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 SA PLP . C4A ? ? S LYS 367 S PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? covale20 covale one ? T LYS 367 NZ ? ? ? 1_555 TA PLP . C4A ? ? T LYS 367 T PLP 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 THR 149 A . ? THR 149 A PRO 150 A ? PRO 150 A 1 -1.52 2 ASN 305 A . ? ASN 305 A SER 306 A ? SER 306 A 1 0.75 3 TYR 652 A . ? TYR 652 A PRO 653 A ? PRO 653 A 1 -0.80 4 PRO 653 A . ? PRO 653 A PRO 654 A ? PRO 654 A 1 -2.09 5 THR 149 B . ? THR 149 B PRO 150 B ? PRO 150 B 1 0.09 6 ASN 305 B . ? ASN 305 B SER 306 B ? SER 306 B 1 0.41 7 TYR 652 B . ? TYR 652 B PRO 653 B ? PRO 653 B 1 -1.95 8 PRO 653 B . ? PRO 653 B PRO 654 B ? PRO 654 B 1 -3.12 9 THR 149 C . ? THR 149 C PRO 150 C ? PRO 150 C 1 -0.41 10 ASN 305 C . ? ASN 305 C SER 306 C ? SER 306 C 1 0.97 11 TYR 652 C . ? TYR 652 C PRO 653 C ? PRO 653 C 1 -2.10 12 PRO 653 C . ? PRO 653 C PRO 654 C ? PRO 654 C 1 -2.58 13 THR 149 D . ? THR 149 D PRO 150 D ? PRO 150 D 1 -1.55 14 ASN 305 D . ? ASN 305 D SER 306 D ? SER 306 D 1 0.72 15 TYR 652 D . ? TYR 652 D PRO 653 D ? PRO 653 D 1 -2.36 16 PRO 653 D . ? PRO 653 D PRO 654 D ? PRO 654 D 1 -2.42 17 THR 149 E . ? THR 149 E PRO 150 E ? PRO 150 E 1 -1.22 18 ASN 305 E . ? ASN 305 E SER 306 E ? SER 306 E 1 0.51 19 TYR 652 E . ? TYR 652 E PRO 653 E ? PRO 653 E 1 -2.50 20 PRO 653 E . ? PRO 653 E PRO 654 E ? PRO 654 E 1 -3.34 21 THR 149 F . ? THR 149 F PRO 150 F ? PRO 150 F 1 -1.33 22 ASN 305 F . ? ASN 305 F SER 306 F ? SER 306 F 1 0.31 23 TYR 652 F . ? TYR 652 F PRO 653 F ? PRO 653 F 1 -1.82 24 PRO 653 F . ? PRO 653 F PRO 654 F ? PRO 654 F 1 -3.41 25 THR 149 G . ? THR 149 G PRO 150 G ? PRO 150 G 1 -1.11 26 ASN 305 G . ? ASN 305 G SER 306 G ? SER 306 G 1 0.94 27 TYR 652 G . ? TYR 652 G PRO 653 G ? PRO 653 G 1 -2.37 28 PRO 653 G . ? PRO 653 G PRO 654 G ? PRO 654 G 1 -2.57 29 THR 149 H . ? THR 149 H PRO 150 H ? PRO 150 H 1 -1.55 30 ASN 305 H . ? ASN 305 H SER 306 H ? SER 306 H 1 0.93 31 TYR 652 H . ? TYR 652 H PRO 653 H ? PRO 653 H 1 -1.41 32 PRO 653 H . ? PRO 653 H PRO 654 H ? PRO 654 H 1 -2.93 33 THR 149 I . ? THR 149 I PRO 150 I ? PRO 150 I 1 -1.70 34 ASN 305 I . ? ASN 305 I SER 306 I ? SER 306 I 1 0.77 35 TYR 652 I . ? TYR 652 I PRO 653 I ? PRO 653 I 1 -1.84 36 PRO 653 I . ? PRO 653 I PRO 654 I ? PRO 654 I 1 -3.35 37 THR 149 J . ? THR 149 J PRO 150 J ? PRO 150 J 1 -0.53 38 ASN 305 J . ? ASN 305 J SER 306 J ? SER 306 J 1 0.55 39 TYR 652 J . ? TYR 652 J PRO 653 J ? PRO 653 J 1 -0.87 40 PRO 653 J . ? PRO 653 J PRO 654 J ? PRO 654 J 1 -2.50 41 THR 149 K . ? THR 149 K PRO 150 K ? PRO 150 K 1 -1.29 42 ASN 305 K . ? ASN 305 K SER 306 K ? SER 306 K 1 0.42 43 TYR 652 K . ? TYR 652 K PRO 653 K ? PRO 653 K 1 -2.55 44 PRO 653 K . ? PRO 653 K PRO 654 K ? PRO 654 K 1 -2.30 45 THR 149 L . ? THR 149 L PRO 150 L ? PRO 150 L 1 -1.16 46 ASN 305 L . ? ASN 305 L SER 306 L ? SER 306 L 1 0.93 47 TYR 652 L . ? TYR 652 L PRO 653 L ? PRO 653 L 1 -2.23 48 PRO 653 L . ? PRO 653 L PRO 654 L ? PRO 654 L 1 -2.60 49 THR 149 M . ? THR 149 M PRO 150 M ? PRO 150 M 1 -1.49 50 ASN 305 M . ? ASN 305 M SER 306 M ? SER 306 M 1 0.97 51 TYR 652 M . ? TYR 652 M PRO 653 M ? PRO 653 M 1 -1.58 52 PRO 653 M . ? PRO 653 M PRO 654 M ? PRO 654 M 1 -2.96 53 THR 149 N . ? THR 149 N PRO 150 N ? PRO 150 N 1 -1.76 54 ASN 305 N . ? ASN 305 N SER 306 N ? SER 306 N 1 0.83 55 TYR 652 N . ? TYR 652 N PRO 653 N ? PRO 653 N 1 -1.89 56 PRO 653 N . ? PRO 653 N PRO 654 N ? PRO 654 N 1 -3.35 57 THR 149 O . ? THR 149 O PRO 150 O ? PRO 150 O 1 -0.62 58 ASN 305 O . ? ASN 305 O SER 306 O ? SER 306 O 1 0.46 59 TYR 652 O . ? TYR 652 O PRO 653 O ? PRO 653 O 1 -0.75 60 PRO 653 O . ? PRO 653 O PRO 654 O ? PRO 654 O 1 -2.54 61 THR 149 P . ? THR 149 P PRO 150 P ? PRO 150 P 1 -1.32 62 ASN 305 P . ? ASN 305 P SER 306 P ? SER 306 P 1 0.47 63 TYR 652 P . ? TYR 652 P PRO 653 P ? PRO 653 P 1 -2.47 64 PRO 653 P . ? PRO 653 P PRO 654 P ? PRO 654 P 1 -3.32 65 THR 149 Q . ? THR 149 Q PRO 150 Q ? PRO 150 Q 1 -0.45 66 ASN 305 Q . ? ASN 305 Q SER 306 Q ? SER 306 Q 1 0.91 67 TYR 652 Q . ? TYR 652 Q PRO 653 Q ? PRO 653 Q 1 -2.12 68 PRO 653 Q . ? PRO 653 Q PRO 654 Q ? PRO 654 Q 1 -2.67 69 THR 149 R . ? THR 149 R PRO 150 R ? PRO 150 R 1 -1.66 70 ASN 305 R . ? ASN 305 R SER 306 R ? SER 306 R 1 0.92 71 TYR 652 R . ? TYR 652 R PRO 653 R ? PRO 653 R 1 -1.74 72 PRO 653 R . ? PRO 653 R PRO 654 R ? PRO 654 R 1 -2.57 73 THR 149 S . ? THR 149 S PRO 150 S ? PRO 150 S 1 -1.51 74 ASN 305 S . ? ASN 305 S SER 306 S ? SER 306 S 1 0.72 75 TYR 652 S . ? TYR 652 S PRO 653 S ? PRO 653 S 1 -2.33 76 PRO 653 S . ? PRO 653 S PRO 654 S ? PRO 654 S 1 -2.29 77 THR 149 T . ? THR 149 T PRO 150 T ? PRO 150 T 1 0.05 78 ASN 305 T . ? ASN 305 T SER 306 T ? SER 306 T 1 0.37 79 TYR 652 T . ? TYR 652 T PRO 653 T ? PRO 653 T 1 -1.89 80 PRO 653 T . ? PRO 653 T PRO 654 T ? PRO 654 T 1 -3.07 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 7 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 7 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 7 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 7 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 7 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 3 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 7 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 3 ? AF4 ? 2 ? AF5 ? 5 ? AF6 ? 7 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 3 ? AG1 ? 2 ? AG2 ? 5 ? AG3 ? 7 ? AG4 ? 4 ? AG5 ? 2 ? AG6 ? 3 ? AG7 ? 2 ? AG8 ? 3 ? AG9 ? 2 ? AH1 ? 7 ? AH2 ? 4 ? AH3 ? 2 ? AH4 ? 3 ? AH5 ? 2 ? AH6 ? 3 ? AH7 ? 2 ? AH8 ? 7 ? AH9 ? 2 ? AI1 ? 2 ? AI2 ? 2 ? AI3 ? 2 ? AI4 ? 2 ? AI5 ? 2 ? AI6 ? 3 ? AI7 ? 2 ? AI8 ? 7 ? AI9 ? 3 ? AJ1 ? 2 ? AJ2 ? 3 ? AJ3 ? 2 ? AJ4 ? 5 ? AJ5 ? 7 ? AJ6 ? 4 ? AJ7 ? 2 ? AJ8 ? 3 ? AJ9 ? 2 ? AK1 ? 5 ? AK2 ? 7 ? AK3 ? 4 ? AK4 ? 2 ? AK5 ? 3 ? AK6 ? 2 ? AK7 ? 3 ? AK8 ? 2 ? AK9 ? 7 ? AL1 ? 4 ? AL2 ? 2 ? AL3 ? 3 ? AL4 ? 2 ? AL5 ? 3 ? AL6 ? 2 ? AL7 ? 7 ? AL8 ? 4 ? AL9 ? 2 ? AM1 ? 2 ? AM2 ? 2 ? AM3 ? 3 ? AM4 ? 2 ? AM5 ? 7 ? AM6 ? 4 ? AM7 ? 2 ? AM8 ? 3 ? AM9 ? 2 ? AN1 ? 5 ? AN2 ? 7 ? AN3 ? 4 ? AN4 ? 2 ? AN5 ? 2 ? AN6 ? 2 ? AN7 ? 5 ? AN8 ? 7 ? AN9 ? 4 ? AO1 ? 2 ? AO2 ? 2 ? AO3 ? 2 ? AO4 ? 3 ? AO5 ? 2 ? AO6 ? 7 ? AO7 ? 4 ? AO8 ? 2 ? AO9 ? 3 ? AP1 ? 2 ? AP2 ? 5 ? AP3 ? 2 ? AP4 ? 5 ? AP5 ? 2 ? AP6 ? 2 ? AP7 ? 5 ? AP8 ? 2 ? AP9 ? 5 ? AQ1 ? 2 ? AQ2 ? 2 ? AQ3 ? 5 ? AQ4 ? 2 ? AQ5 ? 5 ? AQ6 ? 2 ? AQ7 ? 2 ? AQ8 ? 5 ? AQ9 ? 2 ? AR1 ? 3 ? AR2 ? 2 ? AR3 ? 2 ? AR4 ? 5 ? AR5 ? 2 ? AR6 ? 5 ? AR7 ? 2 ? AR8 ? 2 ? AR9 ? 5 ? AS1 ? 2 ? AS2 ? 2 ? AS3 ? 5 ? AS4 ? 2 ? AS5 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA2 5 6 ? parallel AA2 6 7 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? parallel AA8 1 2 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? parallel AA9 5 6 ? parallel AA9 6 7 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? parallel AB6 1 2 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB7 5 6 ? parallel AB7 6 7 ? parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC3 4 5 ? parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? parallel AC4 5 6 ? parallel AC4 6 7 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? parallel AD1 1 2 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? parallel AD2 4 5 ? parallel AD2 5 6 ? parallel AD2 6 7 ? parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? parallel AD8 1 2 ? parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? 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For fitting of atomic models in the resulting filtered maps, we used the previously-determined X-ray structures of LdcI (PDB ID: 3N75) (Kanjee et al., 2011) and RavA (PDB ID: 3NBX) (El Bakkouri et al., 2010). In each map, two decameric LdcI molecules extracted from PDB 3N75 and one spiral RavA hexamer extracted from a continuous RavA helix generated from PDB 3NBX were fitted separately using iMODFIT (Lopez-Blanco and Chacon, 2013), followed by a single round of B-factor (ADP) refinement in Phenix. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 3N75 1 2 ? ? ? 3NBX # _em_3d_reconstruction.entry_id 6Q7L _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 19221 _em_3d_reconstruction.resolution 7.6 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details '20 mM Tris pH 7.9, 300 mM NaCl, 2 mM ADP, 10 mM MgCl 2 , 0.1 mM PLP and 1 mM DTT' _em_buffer.pH 7.9 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Complex of the hexameric MoxR AAA+ ATPase RavA and the decameric lysine decarboxylase LdcI.' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6Q7L _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 3-40 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6Q7L _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification 41270 _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ;Data collection was performed on an FEI Polara microscope operated at 300 kV. Movies of 40 frames were collected with a total exposure time of 8s and a total dose of 40e-/Angstrom^2 on a K2 summit direct electron detector (Gatan) at a magnification of 41270x, corresponding to 1.21 Angstrom/pixel at the specimen level. ; _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI POLARA 300' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 6Q7L _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6Q7L _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6Q7L _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OE2 R GLU 639 ? ? 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? 56.43 76.28 175 1 ASN D 218 ? ? -150.58 37.50 176 1 ALA D 232 ? ? -154.94 84.97 177 1 SER D 236 ? ? -96.27 -147.11 178 1 ASN D 267 ? ? -114.00 -150.78 179 1 THR D 296 ? ? -108.04 -153.26 180 1 THR D 307 ? ? -78.71 -169.72 181 1 TYR D 313 ? ? -106.60 -168.42 182 1 PRO D 335 ? ? -85.71 44.14 183 1 TYR D 336 ? ? -152.93 7.38 184 1 ASN D 338 ? ? -164.23 -38.98 185 1 PHE D 339 ? ? -88.39 31.44 186 1 THR D 362 ? ? -114.25 71.64 187 1 LEU D 369 ? ? -137.00 -126.30 188 1 TRP D 454 ? ? -69.65 81.96 189 1 ASN D 478 ? ? 55.67 71.48 190 1 HIS D 483 ? ? -136.23 -34.56 191 1 PRO D 530 ? ? -65.68 -89.23 192 1 TYR D 531 ? ? -143.08 52.54 193 1 PHE D 537 ? ? -112.02 65.87 194 1 SER D 538 ? ? -89.66 -157.33 195 1 ASP D 542 ? ? -88.02 -159.01 196 1 ASN D 563 ? ? 56.65 76.12 197 1 ASN D 568 ? ? -92.36 33.13 198 1 MET D 569 ? ? -156.78 -46.22 199 1 ASP D 577 ? ? -153.05 83.74 200 1 TYR D 581 ? ? -89.18 40.70 201 1 GLU D 582 ? ? -87.83 -72.94 202 1 ASN D 583 ? ? -90.56 59.95 203 1 ASN D 601 ? ? 57.24 81.31 204 1 MET D 640 ? 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? -113.53 -151.44 565 1 ASN L 294 ? ? 56.91 71.98 566 1 THR L 296 ? ? -110.45 -154.92 567 1 TYR L 313 ? ? -98.86 -149.44 568 1 PRO L 335 ? ? -86.07 38.64 569 1 ASN L 338 ? ? -164.37 -33.70 570 1 THR L 362 ? ? -116.63 73.13 571 1 LYS L 367 ? ? -78.19 -72.67 572 1 LEU L 369 ? ? -137.29 -130.28 573 1 ALA L 370 ? ? -155.06 89.57 574 1 TRP L 454 ? ? -69.17 81.35 575 1 ASP L 460 ? ? -80.65 46.15 576 1 HIS L 483 ? ? -141.44 -61.03 577 1 LYS L 490 ? ? -114.19 76.55 578 1 SER L 505 ? ? -124.80 -163.29 579 1 PRO L 530 ? ? -65.67 -89.86 580 1 TYR L 531 ? ? -144.29 46.83 581 1 PHE L 537 ? ? -112.64 63.84 582 1 SER L 538 ? ? -85.37 -155.95 583 1 ASN L 563 ? ? 56.81 77.25 584 1 ASN L 568 ? ? -92.61 32.80 585 1 MET L 569 ? ? -156.63 -45.06 586 1 ASP L 577 ? ? -153.13 83.68 587 1 TYR L 581 ? ? -88.51 42.50 588 1 GLU L 582 ? ? -88.33 -72.60 589 1 ASN L 601 ? ? 56.93 80.11 590 1 MET L 631 ? ? -98.78 47.20 591 1 MET L 640 ? ? -154.23 12.24 592 1 PRO L 654 ? ? -82.30 -102.26 593 1 THR L 666 ? ? -108.53 -148.53 594 1 SER L 669 ? 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? -96.67 34.85 625 1 LEU M 369 ? ? -129.11 -130.59 626 1 ASN M 478 ? ? 55.48 70.38 627 1 HIS M 483 ? ? -133.10 -44.84 628 1 LYS M 490 ? ? -114.85 79.25 629 1 SER M 505 ? ? -112.66 -169.25 630 1 PRO M 530 ? ? -65.66 -89.05 631 1 TYR M 531 ? ? -143.74 51.90 632 1 PHE M 537 ? ? -113.14 69.80 633 1 ASN M 563 ? ? 56.86 77.39 634 1 ASN M 568 ? ? -91.48 33.01 635 1 MET M 569 ? ? -156.70 -44.27 636 1 ASP M 577 ? ? -153.54 83.92 637 1 TYR M 581 ? ? -88.30 43.13 638 1 GLU M 582 ? ? -88.82 -71.61 639 1 ASN M 583 ? ? -90.17 46.07 640 1 ASN M 601 ? ? 57.30 82.76 641 1 MET M 631 ? ? -96.09 50.60 642 1 MET M 640 ? ? -153.19 11.60 643 1 THR M 666 ? ? -109.46 -149.42 644 1 SER M 669 ? ? -94.40 58.68 645 1 ALA M 684 ? ? -153.47 -16.09 646 1 PHE M 689 ? ? -105.51 52.68 647 1 GLN M 699 ? ? -96.99 -149.38 648 1 ASN N 2 ? ? -160.22 40.73 649 1 ASN N 8 ? ? 70.46 126.99 650 1 ASN N 30 ? ? 58.76 79.73 651 1 ASN N 37 ? ? -94.62 -95.01 652 1 ASP N 60 ? ? -94.86 48.58 653 1 LYS N 61 ? ? -150.07 -44.07 654 1 MET N 73 ? ? -98.57 -64.14 655 1 TYR N 80 ? ? -90.15 59.71 656 1 ASN N 84 ? ? -114.82 -164.74 657 1 ASP N 95 ? ? -96.13 44.22 658 1 TYR N 105 ? ? -117.93 75.68 659 1 SER N 181 ? ? -106.98 -155.25 660 1 ASN N 209 ? ? 56.51 76.55 661 1 THR N 217 ? ? -109.11 46.59 662 1 ASN N 218 ? ? -153.10 21.21 663 1 ALA N 232 ? ? -154.67 84.41 664 1 SER N 236 ? ? -88.84 -145.27 665 1 ASN N 267 ? ? -119.83 -154.96 666 1 THR N 296 ? ? -109.40 -154.29 667 1 THR N 307 ? ? -78.89 -168.23 668 1 TYR N 313 ? ? -109.23 -167.40 669 1 ASN N 338 ? ? -163.62 -37.38 670 1 PHE N 339 ? ? -90.39 34.54 671 1 LYS N 367 ? ? -79.51 -72.62 672 1 LEU N 369 ? ? -135.43 -131.49 673 1 ASP N 460 ? ? -81.22 44.42 674 1 ASN N 478 ? ? 55.68 71.31 675 1 HIS N 483 ? ? -137.13 -34.56 676 1 PRO N 530 ? ? -65.88 -89.23 677 1 TYR N 531 ? ? -143.73 49.62 678 1 PHE N 537 ? ? -113.26 69.37 679 1 SER N 538 ? ? -91.58 -157.49 680 1 ASP N 542 ? ? -87.35 -155.53 681 1 ASN N 563 ? ? 56.74 76.23 682 1 ASN N 568 ? ? -91.98 33.01 683 1 MET N 569 ? ? -156.86 -44.83 684 1 ASP N 577 ? ? -153.38 83.70 685 1 TYR N 581 ? ? -89.20 40.36 686 1 GLU N 582 ? ? -87.68 -72.98 687 1 ASN N 601 ? ? 57.37 81.93 688 1 MET N 631 ? ? -94.82 50.59 689 1 MET N 640 ? ? -153.32 13.29 690 1 LEU N 658 ? ? -102.87 -60.52 691 1 THR N 666 ? ? -108.48 -153.92 692 1 SER N 669 ? ? -93.45 58.46 693 1 ALA N 684 ? ? -152.95 -17.88 694 1 PHE N 689 ? ? -104.69 53.42 695 1 GLN N 699 ? ? -95.28 -141.85 696 1 ASN O 2 ? ? -160.40 43.17 697 1 ASN O 8 ? ? 69.86 152.45 698 1 ASN O 30 ? ? 58.64 79.63 699 1 ASN O 37 ? ? -91.94 -95.73 700 1 ASP O 60 ? ? -95.58 47.27 701 1 LYS O 61 ? ? -148.84 -45.39 702 1 MET O 73 ? ? -93.85 -78.36 703 1 TYR O 80 ? ? -94.02 53.19 704 1 ASN O 84 ? ? -119.19 -166.18 705 1 ASP O 95 ? ? -102.71 43.97 706 1 SER O 181 ? ? -114.12 -146.33 707 1 ASN O 209 ? ? 57.13 76.54 708 1 ASN O 218 ? ? -142.29 36.51 709 1 TYR O 230 ? ? -121.56 -50.23 710 1 ALA O 232 ? ? -154.04 86.00 711 1 SER O 236 ? ? -111.37 -152.41 712 1 ASN O 267 ? ? -114.00 -151.55 713 1 THR O 296 ? ? -108.33 -152.41 714 1 THR O 307 ? ? -78.61 -168.80 715 1 TRP O 333 ? ? -141.98 -1.29 716 1 PRO O 335 ? ? -86.75 36.11 717 1 ASN O 338 ? ? -164.32 -37.10 718 1 THR O 362 ? ? -118.67 78.57 719 1 HIS O 366 ? ? -90.87 36.76 720 1 ASN O 478 ? ? 55.73 70.83 721 1 HIS O 483 ? ? -134.18 -35.45 722 1 THR O 503 ? ? -93.48 -156.83 723 1 PRO O 530 ? ? -65.28 -88.08 724 1 TYR O 531 ? ? -142.06 56.39 725 1 PHE O 537 ? ? -115.25 79.88 726 1 ASN O 563 ? ? 56.75 76.41 727 1 ASN O 568 ? ? -91.40 32.45 728 1 MET O 569 ? ? -156.49 -47.14 729 1 ASP O 577 ? ? -153.50 83.77 730 1 TYR O 581 ? ? -90.69 36.19 731 1 GLU O 582 ? ? -82.67 -72.85 732 1 ASN O 601 ? ? 57.37 82.86 733 1 MET O 640 ? ? -149.79 13.42 734 1 PRO O 654 ? ? -83.16 -105.63 735 1 LEU O 658 ? ? -106.22 -61.81 736 1 THR O 666 ? ? -105.88 -148.55 737 1 SER O 669 ? ? -95.77 57.76 738 1 PHE O 689 ? ? -108.08 47.07 739 1 GLN O 699 ? ? -96.45 -152.28 740 1 ASN P 2 ? ? -160.90 43.16 741 1 ASN P 8 ? ? 65.64 172.30 742 1 ASN P 30 ? ? 58.64 79.59 743 1 ASN P 37 ? ? -95.42 -101.52 744 1 CYS P 53 ? 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? -93.48 -71.36 775 1 ASN P 601 ? ? 57.18 82.27 776 1 MET P 631 ? ? -97.35 50.10 777 1 MET P 640 ? ? -155.43 12.36 778 1 PRO P 654 ? ? -81.60 -93.04 779 1 LEU P 658 ? ? -102.72 -60.36 780 1 THR P 666 ? ? -107.10 -149.23 781 1 SER P 669 ? ? -94.21 55.59 782 1 ALA P 684 ? ? -149.44 -3.10 783 1 GLN P 699 ? ? -96.07 -147.34 784 1 ASN Q 2 ? ? -160.83 42.69 785 1 ASN Q 8 ? ? 70.25 124.74 786 1 ASN Q 30 ? ? 58.67 79.79 787 1 ASN Q 37 ? ? -93.91 -91.59 788 1 ASP Q 60 ? ? -95.33 47.17 789 1 LYS Q 61 ? ? -149.08 -46.04 790 1 MET Q 73 ? ? -103.22 -68.76 791 1 TYR Q 80 ? ? -90.58 59.52 792 1 ASN Q 84 ? ? -116.54 -164.36 793 1 ASP Q 95 ? ? -96.79 45.56 794 1 TYR Q 105 ? ? -114.95 78.31 795 1 GLU Q 142 ? ? -130.48 -38.84 796 1 SER Q 181 ? ? -105.16 -146.54 797 1 ASN Q 209 ? ? 57.38 79.02 798 1 THR Q 217 ? ? -105.36 40.48 799 1 ASN Q 218 ? ? -149.54 31.89 800 1 ALA Q 232 ? ? -154.13 83.89 801 1 SER Q 236 ? ? -91.74 -144.87 802 1 ASN Q 267 ? ? -113.45 -151.67 803 1 ASN Q 294 ? ? 56.57 71.88 804 1 THR Q 296 ? ? -109.00 -152.56 805 1 TYR Q 313 ? ? -98.67 -150.66 806 1 PRO Q 335 ? ? -85.54 45.90 807 1 TYR Q 336 ? ? -155.87 9.86 808 1 ASN Q 338 ? ? -164.64 -27.98 809 1 HIS Q 366 ? ? -92.95 38.82 810 1 LEU Q 369 ? ? -129.64 -134.66 811 1 ALA Q 370 ? ? -154.13 89.48 812 1 TRP Q 454 ? ? -69.16 81.32 813 1 ASP Q 460 ? ? -80.91 46.56 814 1 HIS Q 483 ? ? -142.42 -59.78 815 1 SER Q 505 ? ? -125.26 -163.40 816 1 PRO Q 530 ? ? -65.85 -90.03 817 1 TYR Q 531 ? ? -144.02 49.88 818 1 PHE Q 537 ? ? -113.47 77.16 819 1 ASN Q 563 ? ? 56.60 76.28 820 1 ASN Q 568 ? ? -92.14 32.29 821 1 MET Q 569 ? ? -156.57 -45.23 822 1 ASP Q 577 ? ? -153.40 83.65 823 1 TYR Q 581 ? ? -88.39 42.97 824 1 GLU Q 582 ? ? -88.78 -72.24 825 1 ASN Q 601 ? ? 57.08 80.20 826 1 MET Q 631 ? ? -97.02 44.15 827 1 MET Q 640 ? ? -154.31 11.92 828 1 PRO Q 654 ? ? -82.27 -101.31 829 1 THR Q 666 ? ? -108.74 -150.30 830 1 SER Q 669 ? ? -94.55 58.62 831 1 ALA Q 684 ? ? -153.18 -17.08 832 1 PHE Q 689 ? ? -105.36 52.40 833 1 GLN Q 699 ? ? -94.90 -138.54 834 1 ASN R 2 ? 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? -112.31 77.61 865 1 HIS R 366 ? ? -95.83 42.28 866 1 LYS R 367 ? ? -121.36 -58.63 867 1 LEU R 369 ? ? -132.52 -129.98 868 1 ASN R 478 ? ? 55.52 70.71 869 1 HIS R 483 ? ? -131.57 -44.72 870 1 LYS R 490 ? ? -109.89 77.24 871 1 SER R 505 ? ? -113.61 -168.27 872 1 PRO R 530 ? ? -65.01 -87.03 873 1 TYR R 531 ? ? -141.79 49.34 874 1 PHE R 537 ? ? -112.39 70.91 875 1 SER R 538 ? ? -93.12 -158.22 876 1 ASN R 563 ? ? 56.92 77.13 877 1 ASN R 568 ? ? -90.99 32.40 878 1 MET R 569 ? ? -155.46 -48.49 879 1 ASP R 577 ? ? -153.55 83.98 880 1 TYR R 581 ? ? -88.32 43.97 881 1 GLU R 582 ? ? -89.65 -71.60 882 1 ASN R 583 ? ? -90.16 45.68 883 1 ASN R 601 ? ? 57.62 84.09 884 1 PRO R 654 ? ? -81.33 -99.61 885 1 THR R 666 ? ? -113.69 -140.26 886 1 SER R 669 ? ? -96.79 54.62 887 1 ALA R 684 ? ? -153.89 -15.45 888 1 PHE R 689 ? ? -105.02 52.04 889 1 GLN R 699 ? ? -102.84 -140.32 890 1 ASN S 2 ? ? -160.06 43.59 891 1 ASN S 8 ? ? 70.60 128.98 892 1 ASN S 30 ? ? 58.51 80.20 893 1 ASN S 37 ? ? -94.61 -94.56 894 1 ASP S 60 ? 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Dataset expansion (C5) resulted in a dataset containing 59330 particles.' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 18902 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? EMAN2 ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Latitude ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? iMODFIT ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.0 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.0 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 2.0 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 2.0 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.98 _em_specimen.details 'Concentrations of LdcI and RavA were 0.38 mg/ml (4.67 microM) and 0.6 mg/ml (10.64 microM) respectively.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'European Union' France 647784 1 'Grenoble Instruct-ERIC Center' France 'UMS 3518 CNRS-CEA-UJF-EMBL' 2 'French Infrastructure for Integrated Structural Biology' France ANR-10-INSB-05-02 3 'European Molecular Biology Organization' France ALTF441-2017 4 # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 "PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE" PLP 5 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z #