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_entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 1349 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 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'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ELP1_YEAST Q06706 ? 1 ;MVEHDKSGSKRQELRSNMRNLITLNKGKFKPTASTAEGDEDDLSFTLLDSVFDTLSDSITCVLGSTDIGAIEVQQFMKDG SRNVLASFNIQTFDDKLLSFVHFADINQLVFVFEQGDIITATYDPVSLDPAETLIEIMGTIDNGIAAAQWSYDEETLAMV TKDRNVVVLSKLFEPISEYHLEVDDLKISKHVTVGWGKKETQFRGKGARAMEREALASLKASGLVGNQLRDPTMPYMVDT GDVTALDSHEITISWRGDCDYFAVSSVEEVPDEDDETKSIKRRAFRVFSREGQLDSASEPVTGMEHQLSWKPQGSLIASI QRKTDLGEEDSVDVIFFERNGLRHGEFDTRLPLDEKVESVCWNSNSEALAVVLANRIQLWTSKNYHWYLKQELYASDISY VKWHPEKDFTLMFSDAGFINIVDFAYKMAQGPTLEPFDNGTSLVVDGRTVNITPLALANVPPPMYYRDFETPGNVLDVAC SFSNEIYAAINKDVLIFAAVPSIEEMKKGKHPSIVCEFPKSEFTSEVDSLRQVAFINDSIVGVLLDTDNLSRIALLDIQD ITQPTLITIVEVYDKIVLLRSDFDYNHLVYETRDGTVCQLDAEGQLMEITKFPQLVRDFRVKRVHNTSAEDDDNWSAESS ELVAFGITNNGKLFANQVLLASAVTSLEITDSFLLFTTAQHNLQFVHLNSTDFKPLPLVEEGVEDERVRAIERGSILVSV IPSKSSVVLQATRGNLETIYPRIMVLAEVRKNIMAKRYKEAFIVCRTHRINLDILHDYAPELFIENLEVFINQIGRVDYL NLFISCLSEDDVTKTKYKETLYSGISKSFGMEPAPLTEMQIYMKKKMFDPKTSKVNKICDAVLNVLLSNPEYKKKYLQTI ITAYASQNPQNLSAALKLISELENSEEKDSCVTYLCFLQDVNVVYKSALSLYDVSLALLVAQKSQMDPREYLPFLQELQD NEPLRRKFLIDDYLGNYEKALEHLSEIDKDGNVSEEVIDYVESHDLYKHGLALYRYDSEKQNVIYNIYAKHLSSNQMYTD AAVAYEMLGKLKEAMGAYQSAKRWREAMSIAVQKFPEEVESVAEELISSLTFEHRYVDAADIQLEYLDNVKEAVALYCKA YRYDIASLVAIKAKKDELLEEVVDPGLGEGFGIIAELLADCKGQINSQLRRLRELRAKKEENPYAFYGQETEQADDVSVA PSETSTQESFFTRYTGKTGGTAKTGASRRTAKNKRREERKRARGKKGTIYEEEYLVQSVGRLIERLNQTKPDAVRVVEGL CRRNMREQAHQIQKNFVEVLDLLKANVKEIYSISEKDRERVNENGEVYYIPEIPVPEIHDFPKSHIVDF ; 1 2 UNP ELP2_YEAST P42935 ? 2 ;MVECITPEAIFIGANKQTQVSDIHKVKKIVAFGAGKTIALWDPIEPNNKGVYATLKGHEAEVTCVRFVPDSDFMVSASED HHVKIWKFTDYSHLQCIQTIQHYSKTIVALSALPSLISVGCADGTISIWRQNIQNDEFGLAHEFTIKKGFFYPLCLSLSK VEEKKYLLAIGGTNVNVFIASFILSDSGIEKCRVVAELEGHEDWVKSLAFRHQETPGDYLLCSGSQDRYIRLWRIRINDL IDDSEEDSKKLTLLSNKQYKFQIDDELRVGINFEALIMGHDDWISSLQWHESRLQLLAATADTSLMVWEPDETSGIWVCS LRLGEMSSKGASTATGSSGGFWSCLWFTHERMDFFLTNGKTGSWRMWATKDNIICDQRLGISGATKDVTDIAWSPSGEYL LATSLDQTTRLFAPWIYDASGRKREIATWHEFSRPQIHGYDMICVETVTDTRFVSGGDEKILRSFDLPKGVAGMLQKFVG IQFEEKSEMPDSATVPVLGLSNKAGEDDANEDDEEEEGGNKETPDITDPLSLLECPPMEDQLQRHLLWPEVEKLYGHGFE ITCLDISPDQKLIASACRSNNVQNAVIRIFSTENWLEIKPALPFHSLTITRLKFSKDGKFLLSVCRDRKWALWERNMEDN TFELRFKNEKPHTRIIWDADWAPLEFGNVFVTASRDKTVKVWRHQKEPADDYVLEASIKHTKAVTAISIHDSMIREKILI SVGLENGEIYLYSYTLGKFELITQLNEDITPADKITRLRWSHLKRNGKLFLGVGSSDLSTRIYSLAYE ; 1 3 UNP ELP3_YEAST Q02908 ? 3 ;MARHGKGPKTNKKKLAPEKERFIQCCADITLELTDSLTSGTTREINLNGLITKYSKKYKLKQQPRLTDIINSIPDQYKKY LLPKLKAKPVRTASGIAVVAVMCKPHRCPHIAYTGNICVYCPGGPDSDFEYSTQSYTGYEPTSMRAIRARYDPYEQARGR VEQLKQLGHSIDKVEYVLMGGTFMSLPKEYREDFIVKLHNALSGFNGNDIDEAILYSQQSLTKCVGITIETRPDYCTQTH LDDMLKYGCTRLEIGVQSLYEDVARDTNRGHTVRSVCETFAVSKDAGYKVVSHMMPDLPNVGMERDIEQFKEYFENPDFR TDGLKIYPTLVIRGTGLYELWKTGRYKSYSANALVDLVARILALVPPWTRIYRVQRDIPMPLVTSGVDNGNLRELALARM KDLGTTCRDVRTREVGIQEVHHKVQPDQVELIRRDYYANGGWETFLSYEDPKKDILIGLLRLRKASKKYTYRKEFTSQRT SIVRELHVYGSVVPLHSRDPRKFQHQGFGTLLMEEAERIAKEEHGSEKISVISGVGVRNYYGKLGYELDGPYMSKRI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6QK7 A 1 ? 1349 ? 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6QK7 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6QK7 _struct.title 'Elongator catalytic subcomplex Elp123 lobe' _struct.pdbx_descriptor 'Elongator complex protein 1, Elongator complex protein 2, Elongator complex protein 3 (E.C.2.3.1.48)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6QK7 _struct_keywords.text 'Elongator, yeast, tRNA modification, Elp123, TRANSLATION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSLATION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? 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ALA A 779 ASN A 786 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 786 ? ILE A 794 ? ASN A 786 ILE A 794 1 ? 9 HELX_P HELX_P7 AA7 ARG A 796 ? CYS A 806 ? ARG A 796 CYS A 806 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 AA8 THR A 837 ? MET A 843 ? THR A 837 MET A 843 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 853 ? LEU A 866 ? SER A 853 LEU A 866 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU A 871 ? TYR A 876 ? GLU A 871 TYR A 876 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 TYR A 876 ? ALA A 885 ? TYR A 876 ALA A 885 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 ASN A 891 ? ILE A 899 ? ASN A 891 ILE A 899 1 ? 9 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU A 906 ? CYS A 916 ? GLU A 906 CYS A 916 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 AB5 ASP A 920 ? LEU A 929 ? ASP A 920 LEU A 929 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP A 933 ? GLN A 942 ? ASP A 933 GLN A 942 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP A 947 ? ASP A 960 ? ASP A 947 ASP A 960 1 ? 14 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU A 962 ? TYR A 973 ? GLU A 962 TYR A 973 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN A 976 ? GLU A 986 ? ASN A 976 GLU A 986 1 ? 11 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 994 ? HIS A 1004 ? 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GLU A 1253 LEU A 1255 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 AD6 VAL A 1256 ? ARG A 1283 ? VAL A 1256 ARG A 1283 1 ? 28 HELX_P HELX_P34 AD7 MET A 1285 ? LEU A 1303 ? MET A 1285 LEU A 1303 1 ? 19 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU B 253 ? LYS B 257 ? LEU B 253 LYS B 257 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO B 468 ? PHE B 478 ? PRO B 468 PHE B 478 1 ? 11 HELX_P HELX_P37 AE1 MET B 538 ? HIS B 545 ? MET B 538 HIS B 545 1 ? 8 HELX_P HELX_P38 AE2 HIS C 110 ? GLY C 115 ? HIS C 110 GLY C 115 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 GLU C 140 ? ARG C 150 ? GLU C 140 ARG C 150 1 ? 11 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP C 152 ? LEU C 164 ? ASP C 152 LEU C 164 1 ? 13 HELX_P HELX_P41 AE5 THR C 182 ? LEU C 186 ? THR C 182 LEU C 186 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO C 187 ? GLY C 204 ? PRO C 187 GLY C 204 1 ? 18 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP C 209 ? SER C 217 ? ASP C 209 SER C 217 1 ? 9 HELX_P HELX_P44 AE8 THR C 237 ? GLY C 248 ? THR C 237 GLY C 248 1 ? 12 HELX_P HELX_P45 AE9 TYR C 260 ? THR C 267 ? TYR C 260 THR C 267 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 AF1 THR C 272 ? GLY C 287 ? THR C 272 GLY C 287 1 ? 16 HELX_P HELX_P47 AF2 GLU C 304 ? ASN C 316 ? GLU C 304 ASN C 316 1 ? 13 HELX_P HELX_P48 AF3 LEU C 337 ? THR C 343 ? LEU C 337 THR C 343 1 ? 7 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN C 352 ? LEU C 362 ? ASN C 352 LEU C 362 1 ? 11 HELX_P HELX_P50 AF5 ALA C 363 ? VAL C 365 ? ALA C 363 VAL C 365 5 ? 3 HELX_P HELX_P51 AF6 ASN C 391 ? MET C 400 ? ASN C 391 MET C 400 1 ? 10 HELX_P HELX_P52 AF7 ARG C 472 ? THR C 476 ? ARG C 472 THR C 476 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 GLY C 507 ? GLU C 523 ? GLY C 507 GLU C 523 1 ? 17 HELX_P HELX_P54 AF9 VAL C 537 ? LYS C 543 ? VAL C 537 LYS C 543 1 ? 7 HELX_P HELX_P55 AG1 TYR D 1007 ? LEU D 1013 ? TYR D 1007 LEU D 1013 1 ? 7 HELX_P HELX_P56 AG2 ASP D 1017 ? ASN D 1035 ? ASP D 1017 ASN D 1035 1 ? 19 HELX_P HELX_P57 AG3 MET D 1037 ? MET D 1047 ? MET D 1037 MET D 1047 1 ? 11 HELX_P HELX_P58 AG4 LYS D 1050 ? ALA D 1061 ? LYS D 1050 ALA D 1061 1 ? 12 HELX_P HELX_P59 AG5 ARG D 1063 ? PHE D 1075 ? ARG D 1063 PHE D 1075 1 ? 13 HELX_P HELX_P60 AG6 GLU D 1078 ? GLU D 1093 ? GLU D 1078 GLU D 1093 1 ? 16 HELX_P HELX_P61 AG7 ARG D 1095 ? TYR D 1106 ? ARG D 1095 TYR D 1106 1 ? 12 HELX_P HELX_P62 AG8 ASN D 1109 ? ALA D 1120 ? ASN D 1109 ALA D 1120 1 ? 12 HELX_P HELX_P63 AG9 ARG D 1122 ? ALA D 1133 ? ARG D 1122 ALA D 1133 1 ? 12 HELX_P HELX_P64 AH1 GLU D 1137 ? VAL D 1142 ? GLU D 1137 VAL D 1142 1 ? 6 HELX_P HELX_P65 AH2 VAL D 1142 ? LEU D 1169 ? VAL D 1142 LEU D 1169 1 ? 28 HELX_P HELX_P66 AH3 GLU D 1253 ? ARG D 1283 ? GLU D 1253 ARG D 1283 1 ? 31 HELX_P HELX_P67 AH4 MET D 1285 ? ILE D 1310 ? MET D 1285 ILE D 1310 1 ? 26 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc1 metalc ? ? C CYS 108 SG ? ? ? 1_555 E SF4 . FE1 ? ? C CYS 108 C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc2 metalc ? ? C CYS 118 SG ? ? ? 1_555 E SF4 . FE3 ? ? C CYS 118 C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc3 metalc ? ? C CYS 121 SG ? ? ? 1_555 E SF4 . FE4 ? ? C CYS 121 C SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 10 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB7 6 7 ? anti-parallel AB7 7 8 ? parallel AB7 8 9 ? anti-parallel AB7 9 10 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? parallel AD5 3 4 ? parallel AD5 4 5 ? parallel AD5 5 6 ? parallel AD5 6 7 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASN A 20 ? PHE A 29 ? ASN A 20 PHE A 29 AA1 2 PHE A 418 ? LYS A 427 ? PHE A 418 LYS A 427 AA1 3 THR A 410 ? ASP A 415 ? THR A 410 ASP A 415 AA1 4 ILE A 398 ? TRP A 403 ? ILE A 398 TRP A 403 AA2 1 THR A 46 ? ASP A 53 ? THR A 46 ASP A 53 AA2 2 SER A 58 ? GLY A 64 ? SER A 58 GLY A 64 AA2 3 ILE A 71 ? MET A 77 ? ILE A 71 MET A 77 AA2 4 ASN A 83 ? ALA A 86 ? ASN A 83 ALA A 86 AA3 1 LEU A 97 ? SER A 99 ? LEU A 97 SER A 99 AA3 2 VAL A 112 ? PHE A 113 ? VAL A 112 PHE A 113 AA4 1 GLN A 108 ? VAL A 110 ? GLN A 108 VAL A 110 AA4 2 THR A 120 ? THR A 122 ? THR A 120 THR A 122 AA5 1 ILE A 145 ? ALA A 147 ? ILE A 145 ALA A 147 AA5 2 VAL A 160 ? THR A 161 ? VAL A 160 THR A 161 AA5 3 ASN A 165 ? VAL A 168 ? ASN A 165 VAL A 168 AA5 4 SER A 177 ? TYR A 179 ? SER A 177 TYR A 179 AA6 1 ILE A 253 ? TRP A 255 ? ILE A 253 TRP A 255 AA6 2 TYR A 261 ? GLU A 268 ? TYR A 261 GLU A 268 AA6 3 ARG A 282 ? SER A 289 ? ARG A 282 SER A 289 AA6 4 LEU A 294 ? ALA A 297 ? LEU A 294 ALA A 297 AA7 1 VAL A 332 ? PHE A 337 ? VAL A 332 PHE A 337 AA7 2 ARG A 343 ? THR A 349 ? ARG A 343 THR A 349 AA8 1 SER A 359 ? TRP A 362 ? SER A 359 TRP A 362 AA8 2 LEU A 369 ? VAL A 372 ? LEU A 369 VAL A 372 AA8 3 ARG A 376 ? SER A 382 ? ARG A 376 SER A 382 AA8 4 TRP A 387 ? TYR A 394 ? TRP A 387 TYR A 394 AA9 1 ALA A 429 ? GLN A 430 ? ALA A 429 GLN A 430 AA9 2 THR A 441 ? ASP A 446 ? THR A 441 ASP A 446 AA9 3 THR A 449 ? PRO A 454 ? THR A 449 PRO A 454 AA9 4 PHE A 469 ? GLU A 470 ? PHE A 469 GLU A 470 AB1 1 VAL A 478 ? CYS A 480 ? VAL A 478 CYS A 480 AB1 2 ILE A 486 ? ILE A 490 ? ILE A 486 ILE A 490 AB1 3 VAL A 494 ? ALA A 499 ? VAL A 494 ALA A 499 AB1 4 SER A 513 ? PRO A 519 ? SER A 513 PRO A 519 AB2 1 SER A 529 ? ILE A 536 ? SER A 529 ILE A 536 AB2 2 ILE A 540 ? ASP A 546 ? ILE A 540 ASP A 546 AB2 3 SER A 551 ? ASP A 557 ? SER A 551 ASP A 557 AB2 4 THR A 565 ? ILE A 567 ? THR A 565 ILE A 567 AB3 1 SER A 529 ? ILE A 536 ? SER A 529 ILE A 536 AB3 2 ILE A 540 ? ASP A 546 ? ILE A 540 ASP A 546 AB3 3 SER A 551 ? ASP A 557 ? SER A 551 ASP A 557 AB3 4 GLU A 571 ? VAL A 572 ? GLU A 571 VAL A 572 AB4 1 ILE A 576 ? SER A 581 ? ILE A 576 SER A 581 AB4 2 LEU A 588 ? THR A 592 ? LEU A 588 THR A 592 AB4 3 THR A 596 ? LEU A 600 ? THR A 596 LEU A 600 AB4 4 LEU A 606 ? LYS A 611 ? LEU A 606 LYS A 611 AB5 1 VAL A 616 ? HIS A 625 ? VAL A 616 HIS A 625 AB5 2 SER A 640 ? THR A 648 ? SER A 640 THR A 648 AB5 3 LEU A 653 ? PHE A 654 ? LEU A 653 PHE A 654 AB6 1 SER A 666 ? THR A 670 ? SER A 666 THR A 670 AB6 2 PHE A 673 ? THR A 677 ? PHE A 673 THR A 677 AB6 3 ASN A 682 ? HIS A 687 ? ASN A 682 HIS A 687 AB6 4 VAL A 708 ? ALA A 710 ? VAL A 708 ALA A 710 AB7 1 ILE A 716 ? ILE A 721 ? ILE A 716 ILE A 721 AB7 2 SER A 726 ? GLN A 730 ? SER A 726 GLN A 730 AB7 3 LEU A 736 ? ILE A 739 ? LEU A 736 ILE A 739 AB7 4 GLU C 430 ? ALA C 438 ? GLU C 430 ALA C 438 AB7 5 GLY C 441 ? ASP C 450 ? GLY C 441 ASP C 450 AB7 6 ILE C 455 ? LYS C 464 ? ILE C 455 LYS C 464 AB7 7 THR C 480 ? VAL C 488 ? THR C 480 VAL C 488 AB7 8 LYS C 528 ? VAL C 531 ? 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'FLEXIBLE FIT' REAL ? ? 6QK7 2 ? ? ? ? ? ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? B ? 5M2N 1 2 ? A 932-1349 5CQS 2 3 ? 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D THR 1221 1396 1 Y 1 D ALA 1222 ? D ALA 1222 1397 1 Y 1 D LYS 1223 ? D LYS 1223 1398 1 Y 1 D THR 1224 ? D THR 1224 1399 1 Y 1 D GLY 1225 ? D GLY 1225 1400 1 Y 1 D ALA 1226 ? D ALA 1226 1401 1 Y 1 D SER 1227 ? D SER 1227 1402 1 Y 1 D ARG 1228 ? D ARG 1228 1403 1 Y 1 D ARG 1229 ? D ARG 1229 1404 1 Y 1 D THR 1230 ? D THR 1230 1405 1 Y 1 D ALA 1231 ? D ALA 1231 1406 1 Y 1 D LYS 1232 ? D LYS 1232 1407 1 Y 1 D ASN 1233 ? D ASN 1233 1408 1 Y 1 D LYS 1234 ? D LYS 1234 1409 1 Y 1 D ARG 1235 ? D ARG 1235 1410 1 Y 1 D ARG 1236 ? D ARG 1236 1411 1 Y 1 D GLU 1237 ? D GLU 1237 1412 1 Y 1 D GLU 1238 ? D GLU 1238 1413 1 Y 1 D ARG 1239 ? D ARG 1239 1414 1 Y 1 D LYS 1240 ? D LYS 1240 1415 1 Y 1 D ARG 1241 ? D ARG 1241 1416 1 Y 1 D ALA 1242 ? D ALA 1242 1417 1 Y 1 D ARG 1243 ? D ARG 1243 1418 1 Y 1 D GLY 1244 ? D GLY 1244 1419 1 Y 1 D LYS 1245 ? D LYS 1245 1420 1 Y 1 D LYS 1246 ? D LYS 1246 1421 1 Y 1 D GLY 1247 ? D GLY 1247 1422 1 Y 1 D THR 1248 ? D THR 1248 1423 1 Y 1 D ILE 1249 ? 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D PRO 1336 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 10 mM Hepes Hepes 1 2 125 mM NaCl 'Sodium chloride' 1 3 50 mM NaF 'Sodium fluoride' 1 4 0.1 mM Na3VO4 'Sodium vanadate' 1 5 5 mM C2H6OS beta-mercaptoethanol # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.621 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 4932 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Saccharomyces cerevisiae' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The detector was operated in super resolution mode.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 4614 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Initially 8563 particles were manually selected using EMAN2 boxer swarm tool, and used as 2D templates for the autopicking procedure in relion, that yielded 1 million particles. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1000000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'PARTICLE SELECTION' 'autopicking procedure' RELION ? 1 ? ? 3 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' 'Fit in map tool' 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? iMODFIT 1.44 ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'MODEL REFINEMENT' ? RSRef ? ? 1 ? 12 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2 1 ? ? 13 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2 1 ? ? 14 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? RELION 2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.4 _em_specimen.details 'The sample was cross-linked with 0.01% glutaraldehyde, quenched and then plunged.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'German Research Foundation' Germany 'BR921/9-1 & Mu3173/2-1' 1 'Polish National Science Centre' Poland UMO-2015/19/B/NZ1/00343 2 # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 4 'IRON/SULFUR CLUSTER' SF4 5 "5'-DEOXYADENOSINE" 5AD # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #