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_audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Pye, V.E.' 1 0000-0001-9616-2992 'Wilson, M.D.' 2 0000-0001-9551-5514 'Cherepanov, P.' 3 0000-0002-0634-538X 'Costa, A.' 4 0000-0003-1126-2498 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 10 _citation.language ? _citation.page_first 4189 _citation.page_last 4189 _citation.title 'Retroviral integration into nucleosomes through DNA looping and sliding along the histone octamer.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-019-12007-w _citation.pdbx_database_id_PubMed 31519882 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wilson, M.D.' 1 0000-0001-9551-5514 primary 'Renault, L.' 2 ? primary 'Maskell, D.P.' 3 0000-0003-3305-258X primary 'Ghoneim, M.' 4 ? primary 'Pye, V.E.' 5 0000-0001-9616-2992 primary 'Nans, A.' 6 ? primary 'Rueda, D.S.' 7 0000-0003-4657-6323 primary 'Cherepanov, P.' 8 ? primary 'Costa, A.' 9 0000-0003-1126-2498 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6R0C _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.0 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.0 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.0 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB 1 _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? 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TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT) (DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DC) ; ;TGTCCAGGTTCTCCCTGTGGTGAAAACCAACTAACTACCTTCCCAGGAAACAGGTTTCACCAGCCAGGCCTTGAATGCAA TTGTCTTACTAGGAATATTTGGACTTCCCCACCTACCATTCAGGTAACTTGATACAAACACAGCC ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA) ; ;GGCTGTGTTTGTATCAAGTTACCTGAATGGTAGGTGGGGAAGTCCAAATATTCCTAGTAAGACAATTGCATTCAAGGCCT GGCTGGTGAAACCTGTTTCCTGGGAAGGTAGTTAGTTGGTTTTCACCACAGGGAGAACCTGGACA ; J ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 SER n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 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VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 LYS n 2 93 ARG n 2 94 GLN n 2 95 GLY n 2 96 ARG n 2 97 THR n 2 98 LEU n 2 99 TYR n 2 100 GLY n 2 101 PHE n 2 102 GLY n 2 103 GLY n 3 1 MET n 3 2 SER n 3 3 GLY n 3 4 ARG n 3 5 GLY n 3 6 LYS n 3 7 GLN n 3 8 GLY n 3 9 GLY n 3 10 LYS n 3 11 ALA n 3 12 ARG n 3 13 ALA n 3 14 LYS n 3 15 ALA n 3 16 LYS n 3 17 THR n 3 18 ARG n 3 19 SER n 3 20 SER n 3 21 ARG n 3 22 ALA n 3 23 GLY n 3 24 LEU n 3 25 GLN n 3 26 PHE n 3 27 PRO n 3 28 VAL n 3 29 GLY n 3 30 ARG n 3 31 VAL n 3 32 HIS n 3 33 ARG n 3 34 LEU n 3 35 LEU n 3 36 ARG n 3 37 LYS n 3 38 GLY n 3 39 ASN n 3 40 TYR n 3 41 ALA n 3 42 GLU n 3 43 ARG n 3 44 VAL n 3 45 GLY n 3 46 ALA n 3 47 GLY n 3 48 ALA n 3 49 PRO n 3 50 VAL n 3 51 TYR n 3 52 LEU n 3 53 ALA n 3 54 ALA n 3 55 VAL n 3 56 LEU n 3 57 GLU n 3 58 TYR n 3 59 LEU n 3 60 THR n 3 61 ALA n 3 62 GLU n 3 63 ILE n 3 64 LEU n 3 65 GLU n 3 66 LEU n 3 67 ALA n 3 68 GLY n 3 69 ASN n 3 70 ALA n 3 71 ALA n 3 72 ARG n 3 73 ASP n 3 74 ASN n 3 75 LYS n 3 76 LYS 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5 99 DT n 5 100 DT n 5 101 DG n 5 102 DG n 5 103 DA n 5 104 DC n 5 105 DT n 5 106 DT n 5 107 DC n 5 108 DC n 5 109 DC n 5 110 DC n 5 111 DA n 5 112 DC n 5 113 DC n 5 114 DT n 5 115 DA n 5 116 DC n 5 117 DC n 5 118 DA n 5 119 DT n 5 120 DT n 5 121 DC n 5 122 DA n 5 123 DG n 5 124 DG n 5 125 DT n 5 126 DA n 5 127 DA n 5 128 DC n 5 129 DT n 5 130 DT n 5 131 DG n 5 132 DA n 5 133 DT n 5 134 DA n 5 135 DC n 5 136 DA n 5 137 DA n 5 138 DA n 5 139 DC n 5 140 DA n 5 141 DC n 5 142 DA n 5 143 DG n 5 144 DC n 5 145 DC n 6 1 DG n 6 2 DG n 6 3 DC n 6 4 DT n 6 5 DG n 6 6 DT n 6 7 DG n 6 8 DT n 6 9 DT n 6 10 DT n 6 11 DG n 6 12 DT n 6 13 DA n 6 14 DT n 6 15 DC n 6 16 DA n 6 17 DA n 6 18 DG n 6 19 DT n 6 20 DT n 6 21 DA n 6 22 DC n 6 23 DC n 6 24 DT n 6 25 DG n 6 26 DA n 6 27 DA n 6 28 DT n 6 29 DG n 6 30 DG n 6 31 DT n 6 32 DA n 6 33 DG n 6 34 DG n 6 35 DT n 6 36 DG n 6 37 DG n 6 38 DG n 6 39 DG n 6 40 DA n 6 41 DA n 6 42 DG n 6 43 DT n 6 44 DC n 6 45 DC n 6 46 DA n 6 47 DA n 6 48 DA n 6 49 DT n 6 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 136 Human ? 'H3F3A, H3.3A, H3F3, PP781, H3F3B, H3.3B' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 103 Human ? ;HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 130 Human ? 'HIST1H2AG, H2AFP, HIST1H2AI, H2AFC, HIST1H2AK, H2AFD, HIST1H2AL, H2AFI, HIST1H2AM, H2AFN' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 126 Human ? 'HIST1H2BC, H2BFL, HIST1H2BE, H2BFH, HIST1H2BF, H2BFG, HIST1H2BG, H2BFA, HIST1H2BI, H2BFK' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 145 'Homo sapiens' ? 9606 ? 6 1 sample 1 145 'Homo sapiens' ? 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H33_HUMAN P84243 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPSTGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSAAIGALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1_HUMAN P0C0S8 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1C_HUMAN P62807 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; 1 5 PDB 6R0C 6R0C ? 5 ? 1 6 PDB 6R0C 6R0C ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6R0C A 1 ? 136 ? P84243 1 ? 136 ? 0 135 2 2 6R0C B 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 3 3 6R0C C 1 ? 130 ? P0C0S8 1 ? 130 ? 0 129 4 4 6R0C D 1 ? 126 ? P62807 1 ? 126 ? -3 122 5 1 6R0C E 1 ? 136 ? P84243 1 ? 136 ? 0 135 6 2 6R0C F 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 7 3 6R0C G 1 ? 130 ? P0C0S8 1 ? 130 ? 0 129 8 4 6R0C H 1 ? 126 ? P62807 1 ? 126 ? -3 122 9 5 6R0C I 1 ? 145 ? 6R0C -74 ? 70 ? -74 70 10 6 6R0C J 1 ? 145 ? 6R0C -70 ? 74 ? -70 74 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MN non-polymer . 'MANGANESE (II) ION' ? 'Mn 2' 54.938 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6R0C _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6R0C _struct.title 'Human-D02 Nucleosome Core Particle with biotin-streptavidin label' _struct.pdbx_descriptor 'Histone H3.1, Histone H4, Histone H2A type 1-B/E, Histone H2B type 1-C/E/F/G/I/DNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6R0C _struct_keywords.text 'chromatin, nucleosome, retrovirus, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog304 hydrog ? ? I DA 126 N1 ? ? ? 1_555 J DT 20 N3 ? ? I DA 51 J DT -51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog305 hydrog ? ? I DA 126 N6 ? ? ? 1_555 J DT 20 O4 ? ? I DA 51 J DT -51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog306 hydrog ? ? I DA 127 N1 ? ? ? 1_555 J DT 19 N3 ? ? I DA 52 J DT -52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog307 hydrog ? ? I DA 127 N6 ? ? ? 1_555 J DT 19 O4 ? ? I DA 52 J DT -52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog308 hydrog ? ? I DC 128 N3 ? ? ? 1_555 J DG 18 N1 ? ? I DC 53 J DG -53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog309 hydrog ? ? I DC 128 N4 ? ? ? 1_555 J DG 18 O6 ? ? I DC 53 J DG -53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog310 hydrog ? ? I DC 128 O2 ? ? ? 1_555 J DG 18 N2 ? ? I DC 53 J DG -53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog311 hydrog ? ? I DT 129 N3 ? ? ? 1_555 J DA 17 N1 ? ? I DT 54 J DA -54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog312 hydrog ? ? I DT 129 O4 ? ? ? 1_555 J DA 17 N6 ? ? 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I DT 133 O4 ? ? ? 1_555 J DA 13 N6 ? ? I DT 58 J DA -58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog322 hydrog ? ? I DA 134 N1 ? ? ? 1_555 J DT 12 N3 ? ? I DA 59 J DT -59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog323 hydrog ? ? I DA 134 N6 ? ? ? 1_555 J DT 12 O4 ? ? I DA 59 J DT -59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog324 hydrog ? ? I DC 135 N3 ? ? ? 1_555 J DG 11 N1 ? ? I DC 60 J DG -60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog325 hydrog ? ? I DC 135 N4 ? ? ? 1_555 J DG 11 O6 ? ? I DC 60 J DG -60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog326 hydrog ? ? I DC 135 O2 ? ? ? 1_555 J DG 11 N2 ? ? I DC 60 J DG -60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog327 hydrog ? ? I DA 136 N1 ? ? ? 1_555 J DT 10 N3 ? ? I DA 61 J DT -61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog328 hydrog ? ? I DA 136 N6 ? ? ? 1_555 J DT 10 O4 ? ? I DA 61 J DT -61 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog329 hydrog ? ? I DA 137 N1 ? ? ? 1_555 J DT 9 N3 ? ? I DA 62 J DT -62 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog348 hydrog ? ? I DC 145 N4 ? ? ? 1_555 J DG 1 O6 ? ? I DC 70 J DG -70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog349 hydrog ? ? I DC 145 O2 ? ? ? 1_555 J DG 1 N2 ? ? I DC 70 J DG -70 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? 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N ARG A 83 O VAL B 82 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 120 ? N ILE A 119 O ARG B 46 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N THR B 97 ? N THR B 96 O THR G 102 ? O THR G 101 AA4 1 2 N ARG C 43 ? N ARG C 42 O ILE D 90 ? O ILE D 86 AA5 1 2 N THR C 102 ? N THR C 101 O THR F 97 ? O THR F 96 AA6 1 2 N ARG E 84 ? N ARG E 83 O VAL F 82 ? O VAL F 81 AA7 1 2 N ILE E 120 ? N ILE E 119 O ARG F 46 ? 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Manual building was performed in Coot and final refinement was carried out using phenix.real_space_refine. Additional restraints describing protein secondary structure, DNA base pairing and stacking were used in Phenix. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 3UTB # _em_3d_reconstruction.entry_id 6R0C _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 62196 _em_3d_reconstruction.resolution 4.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;human histones refolded as an octamer with native human D02 sequence with flexible linker biotin.tetravalent streptavidin added onto refolded nucleosomes and sample crosslinked with glutaraldehyde ; 'Human-D02 Nucleosome Core Particle with biotin-streptavidin label' RECOMBINANT COMPLEX 1,2,3,4,5,6 ? ? 2 1 Histones Histones RECOMBINANT COMPLEX 1,2,3,4 ? ? 3 1 DNA DNA RECOMBINANT COMPLEX 5,6 ? ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6R0C _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 3.5 _em_imaging.nominal_defocus_min 1.5 _em_imaging.nominal_magnification 75000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6R0C _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6R0C _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6R0C _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 O2 I DC 42 ? ? 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"C4'" J DC -8 ? ? 1.511 1.449 0.062 0.009 N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "O4'" I DG -68 ? ? 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A MET 1 2 1 Y 1 A ALA 1 ? A ALA 2 3 1 Y 1 A ARG 2 ? A ARG 3 4 1 Y 1 A THR 3 ? A THR 4 5 1 Y 1 A LYS 4 ? A LYS 5 6 1 Y 1 A GLN 5 ? A GLN 6 7 1 Y 1 A THR 6 ? A THR 7 8 1 Y 1 A ALA 7 ? A ALA 8 9 1 Y 1 A ARG 8 ? A ARG 9 10 1 Y 1 A LYS 9 ? A LYS 10 11 1 Y 1 A SER 10 ? A SER 11 12 1 Y 1 A THR 11 ? A THR 12 13 1 Y 1 A GLY 12 ? A GLY 13 14 1 Y 1 A GLY 13 ? A GLY 14 15 1 Y 1 A LYS 14 ? A LYS 15 16 1 Y 1 A ALA 15 ? A ALA 16 17 1 Y 1 A PRO 16 ? A PRO 17 18 1 Y 1 A ARG 17 ? A ARG 18 19 1 Y 1 A LYS 18 ? A LYS 19 20 1 Y 1 A GLN 19 ? A GLN 20 21 1 Y 1 A LEU 20 ? A LEU 21 22 1 Y 1 A ALA 21 ? A ALA 22 23 1 Y 1 A THR 22 ? A THR 23 24 1 Y 1 A LYS 23 ? A LYS 24 25 1 Y 1 A ALA 24 ? A ALA 25 26 1 Y 1 A ALA 25 ? A ALA 26 27 1 Y 1 A ARG 26 ? A ARG 27 28 1 Y 1 A LYS 27 ? A LYS 28 29 1 Y 1 A SER 28 ? A SER 29 30 1 Y 1 A ALA 29 ? A ALA 30 31 1 Y 1 A PRO 30 ? A PRO 31 32 1 Y 1 A SER 31 ? A SER 32 33 1 Y 1 A THR 32 ? A THR 33 34 1 Y 1 A GLY 33 ? A GLY 34 35 1 Y 1 A GLY 34 ? A GLY 35 36 1 Y 1 A VAL 35 ? A VAL 36 37 1 Y 1 A LYS 36 ? A LYS 37 38 1 Y 1 A LYS 37 ? A LYS 38 39 1 Y 1 A PRO 38 ? A PRO 39 40 1 Y 1 B MET 0 ? B MET 1 41 1 Y 1 B SER 1 ? B SER 2 42 1 Y 1 B GLY 2 ? B GLY 3 43 1 Y 1 B ARG 3 ? B ARG 4 44 1 Y 1 B GLY 4 ? B GLY 5 45 1 Y 1 B LYS 5 ? B LYS 6 46 1 Y 1 B GLY 6 ? B GLY 7 47 1 Y 1 B GLY 7 ? B GLY 8 48 1 Y 1 B LYS 8 ? B LYS 9 49 1 Y 1 B GLY 9 ? B GLY 10 50 1 Y 1 B LEU 10 ? B LEU 11 51 1 Y 1 B GLY 11 ? B GLY 12 52 1 Y 1 B LYS 12 ? B LYS 13 53 1 Y 1 B GLY 13 ? B GLY 14 54 1 Y 1 B GLY 14 ? B GLY 15 55 1 Y 1 B ALA 15 ? B ALA 16 56 1 Y 1 B LYS 16 ? B LYS 17 57 1 Y 1 B ARG 17 ? B ARG 18 58 1 Y 1 B HIS 18 ? B HIS 19 59 1 Y 1 B ARG 19 ? B ARG 20 60 1 Y 1 C MET 0 ? C MET 1 61 1 Y 1 C SER 1 ? C SER 2 62 1 Y 1 C GLY 2 ? C GLY 3 63 1 Y 1 C ARG 3 ? C ARG 4 64 1 Y 1 C GLY 4 ? C GLY 5 65 1 Y 1 C LYS 5 ? C LYS 6 66 1 Y 1 C GLN 6 ? C GLN 7 67 1 Y 1 C GLY 7 ? C GLY 8 68 1 Y 1 C GLY 8 ? C GLY 9 69 1 Y 1 C LYS 9 ? C LYS 10 70 1 Y 1 C ALA 10 ? C ALA 11 71 1 Y 1 C ARG 11 ? C ARG 12 72 1 Y 1 C ALA 12 ? C ALA 13 73 1 Y 1 C LYS 13 ? C LYS 14 74 1 Y 1 C ALA 14 ? C ALA 15 75 1 Y 1 C LYS 15 ? C LYS 16 76 1 Y 1 C LYS 119 ? C LYS 120 77 1 Y 1 C THR 120 ? C THR 121 78 1 Y 1 C GLU 121 ? C GLU 122 79 1 Y 1 C SER 122 ? C SER 123 80 1 Y 1 C HIS 123 ? C HIS 124 81 1 Y 1 C HIS 124 ? C HIS 125 82 1 Y 1 C LYS 125 ? C LYS 126 83 1 Y 1 C ALA 126 ? C ALA 127 84 1 Y 1 C LYS 127 ? C LYS 128 85 1 Y 1 C GLY 128 ? C GLY 129 86 1 Y 1 C LYS 129 ? C LYS 130 87 1 Y 1 D MET -3 ? D MET 1 88 1 Y 1 D PRO -2 ? D PRO 2 89 1 Y 1 D GLU -1 ? D GLU 3 90 1 Y 1 D PRO 0 ? D PRO 4 91 1 Y 1 D ALA 1 ? D ALA 5 92 1 Y 1 D LYS 2 ? D LYS 6 93 1 Y 1 D SER 3 ? D SER 7 94 1 Y 1 D ALA 4 ? D ALA 8 95 1 Y 1 D PRO 5 ? D PRO 9 96 1 Y 1 D ALA 6 ? D ALA 10 97 1 Y 1 D PRO 7 ? D PRO 11 98 1 Y 1 D LYS 8 ? D LYS 12 99 1 Y 1 D LYS 9 ? D LYS 13 100 1 Y 1 D GLY 10 ? D GLY 14 101 1 Y 1 D SER 11 ? D SER 15 102 1 Y 1 D LYS 12 ? D LYS 16 103 1 Y 1 D LYS 13 ? D LYS 17 104 1 Y 1 D ALA 14 ? D ALA 18 105 1 Y 1 D VAL 15 ? D VAL 19 106 1 Y 1 D THR 16 ? D THR 20 107 1 Y 1 D LYS 17 ? D LYS 21 108 1 Y 1 D ALA 18 ? D ALA 22 109 1 Y 1 D GLN 19 ? D GLN 23 110 1 Y 1 D LYS 20 ? D LYS 24 111 1 Y 1 D LYS 21 ? D LYS 25 112 1 Y 1 D ASP 22 ? D ASP 26 113 1 Y 1 D GLY 23 ? D GLY 27 114 1 Y 1 D LYS 24 ? D LYS 28 115 1 Y 1 D LYS 25 ? D LYS 29 116 1 Y 1 D ARG 26 ? D ARG 30 117 1 Y 1 D LYS 27 ? D LYS 31 118 1 Y 1 D ARG 28 ? D ARG 32 119 1 Y 1 D LYS 122 ? D LYS 126 120 1 Y 1 E MET 0 ? E MET 1 121 1 Y 1 E ALA 1 ? E ALA 2 122 1 Y 1 E ARG 2 ? E ARG 3 123 1 Y 1 E THR 3 ? E THR 4 124 1 Y 1 E LYS 4 ? E LYS 5 125 1 Y 1 E GLN 5 ? E GLN 6 126 1 Y 1 E THR 6 ? E THR 7 127 1 Y 1 E ALA 7 ? E ALA 8 128 1 Y 1 E ARG 8 ? E ARG 9 129 1 Y 1 E LYS 9 ? E LYS 10 130 1 Y 1 E SER 10 ? E SER 11 131 1 Y 1 E THR 11 ? E THR 12 132 1 Y 1 E GLY 12 ? E GLY 13 133 1 Y 1 E GLY 13 ? E GLY 14 134 1 Y 1 E LYS 14 ? E LYS 15 135 1 Y 1 E ALA 15 ? E ALA 16 136 1 Y 1 E PRO 16 ? E PRO 17 137 1 Y 1 E ARG 17 ? E ARG 18 138 1 Y 1 E LYS 18 ? E LYS 19 139 1 Y 1 E GLN 19 ? E GLN 20 140 1 Y 1 E LEU 20 ? E LEU 21 141 1 Y 1 E ALA 21 ? E ALA 22 142 1 Y 1 E THR 22 ? E THR 23 143 1 Y 1 E LYS 23 ? E LYS 24 144 1 Y 1 E ALA 24 ? E ALA 25 145 1 Y 1 E ALA 25 ? E ALA 26 146 1 Y 1 E ARG 26 ? E ARG 27 147 1 Y 1 E LYS 27 ? E LYS 28 148 1 Y 1 E SER 28 ? E SER 29 149 1 Y 1 E ALA 29 ? E ALA 30 150 1 Y 1 E PRO 30 ? E PRO 31 151 1 Y 1 E SER 31 ? E SER 32 152 1 Y 1 E THR 32 ? E THR 33 153 1 Y 1 E GLY 33 ? E GLY 34 154 1 Y 1 E GLY 34 ? E GLY 35 155 1 Y 1 E VAL 35 ? E VAL 36 156 1 Y 1 E LYS 36 ? E LYS 37 157 1 Y 1 E LYS 37 ? E LYS 38 158 1 Y 1 E PRO 38 ? E PRO 39 159 1 Y 1 F MET 0 ? F MET 1 160 1 Y 1 F SER 1 ? F SER 2 161 1 Y 1 F GLY 2 ? F GLY 3 162 1 Y 1 F ARG 3 ? F ARG 4 163 1 Y 1 F GLY 4 ? F GLY 5 164 1 Y 1 F LYS 5 ? F LYS 6 165 1 Y 1 F GLY 6 ? F GLY 7 166 1 Y 1 F GLY 7 ? F GLY 8 167 1 Y 1 F LYS 8 ? F LYS 9 168 1 Y 1 F GLY 9 ? F GLY 10 169 1 Y 1 F LEU 10 ? F LEU 11 170 1 Y 1 F GLY 11 ? F GLY 12 171 1 Y 1 F LYS 12 ? F LYS 13 172 1 Y 1 F GLY 13 ? F GLY 14 173 1 Y 1 F GLY 14 ? F GLY 15 174 1 Y 1 F ALA 15 ? F ALA 16 175 1 Y 1 F LYS 16 ? F LYS 17 176 1 Y 1 F ARG 17 ? F ARG 18 177 1 Y 1 F HIS 18 ? F HIS 19 178 1 Y 1 F ARG 19 ? F ARG 20 179 1 Y 1 F LYS 20 ? F LYS 21 180 1 Y 1 F VAL 21 ? F VAL 22 181 1 Y 1 F LEU 22 ? F LEU 23 182 1 Y 1 F ARG 23 ? F ARG 24 183 1 Y 1 F ASP 24 ? F ASP 25 184 1 Y 1 F GLY 101 ? F GLY 102 185 1 Y 1 F GLY 102 ? F GLY 103 186 1 Y 1 G MET 0 ? G MET 1 187 1 Y 1 G SER 1 ? G SER 2 188 1 Y 1 G GLY 2 ? G GLY 3 189 1 Y 1 G ARG 3 ? G ARG 4 190 1 Y 1 G GLY 4 ? G GLY 5 191 1 Y 1 G LYS 5 ? G LYS 6 192 1 Y 1 G GLN 6 ? G GLN 7 193 1 Y 1 G GLY 7 ? G GLY 8 194 1 Y 1 G GLY 8 ? G GLY 9 195 1 Y 1 G LYS 9 ? G LYS 10 196 1 Y 1 G ALA 10 ? G ALA 11 197 1 Y 1 G ARG 11 ? G ARG 12 198 1 Y 1 G ALA 12 ? G ALA 13 199 1 Y 1 G LYS 13 ? G LYS 14 200 1 Y 1 G LYS 119 ? G LYS 120 201 1 Y 1 G THR 120 ? G THR 121 202 1 Y 1 G GLU 121 ? G GLU 122 203 1 Y 1 G SER 122 ? G SER 123 204 1 Y 1 G HIS 123 ? G HIS 124 205 1 Y 1 G HIS 124 ? G HIS 125 206 1 Y 1 G LYS 125 ? G LYS 126 207 1 Y 1 G ALA 126 ? G ALA 127 208 1 Y 1 G LYS 127 ? G LYS 128 209 1 Y 1 G GLY 128 ? G GLY 129 210 1 Y 1 G LYS 129 ? G LYS 130 211 1 Y 1 H MET -3 ? H MET 1 212 1 Y 1 H PRO -2 ? H PRO 2 213 1 Y 1 H GLU -1 ? H GLU 3 214 1 Y 1 H PRO 0 ? H PRO 4 215 1 Y 1 H ALA 1 ? H ALA 5 216 1 Y 1 H LYS 2 ? H LYS 6 217 1 Y 1 H SER 3 ? H SER 7 218 1 Y 1 H ALA 4 ? H ALA 8 219 1 Y 1 H PRO 5 ? H PRO 9 220 1 Y 1 H ALA 6 ? H ALA 10 221 1 Y 1 H PRO 7 ? H PRO 11 222 1 Y 1 H LYS 8 ? H LYS 12 223 1 Y 1 H LYS 9 ? H LYS 13 224 1 Y 1 H GLY 10 ? H GLY 14 225 1 Y 1 H SER 11 ? H SER 15 226 1 Y 1 H LYS 12 ? H LYS 16 227 1 Y 1 H LYS 13 ? H LYS 17 228 1 Y 1 H ALA 14 ? H ALA 18 229 1 Y 1 H VAL 15 ? H VAL 19 230 1 Y 1 H THR 16 ? H THR 20 231 1 Y 1 H LYS 17 ? H LYS 21 232 1 Y 1 H ALA 18 ? H ALA 22 233 1 Y 1 H GLN 19 ? H GLN 23 234 1 Y 1 H LYS 20 ? H LYS 24 235 1 Y 1 H LYS 21 ? H LYS 25 236 1 Y 1 H ASP 22 ? H ASP 26 237 1 Y 1 H GLY 23 ? H GLY 27 238 1 Y 1 H LYS 24 ? H LYS 28 239 1 Y 1 H LYS 25 ? H LYS 29 240 1 Y 1 H ARG 26 ? H ARG 30 241 1 Y 1 H LYS 27 ? H LYS 31 242 1 Y 1 H ARG 28 ? H ARG 32 243 1 Y 1 H LYS 122 ? H LYS 126 244 1 Y 1 I DT -74 ? I DT 1 245 1 Y 1 I DG -73 ? I DG 2 246 1 Y 1 I DT -72 ? I DT 3 247 1 Y 1 J DA 72 ? J DA 143 248 1 Y 1 J DC 73 ? J DC 144 249 1 Y 1 J DA 74 ? J DA 145 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 10 mM ? Tris 1 2 1 mM ? EDTA 1 3 20 mM NaCl 'sodium chloride' 1 4 1 MM ? DTT # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.286 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 28.3 _em_image_recording.average_exposure_time 60 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 4182 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'obvious micrographs with cubic ice were discarded' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 3712 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 2.1 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.08 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 2.1 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 2.1 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.176 _em_specimen.details ;Streptavidin incubated D02-biotin nucleosomes were crosslinked with glutaraldehye. This was quenched and the sample spin concentrated ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6R0C 'double helix' 6R0C 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 4 1_555 J DG 142 1_555 0.189 -0.390 -1.061 -3.324 -0.898 1.946 1 I_DC-71:DG71_J I -71 ? J 71 ? 19 1 1 I DC 5 1_555 J DG 141 1_555 0.223 -0.172 -0.040 -4.111 0.376 1.227 2 I_DC-70:DG70_J I -70 ? J 70 ? 19 1 1 I DA 6 1_555 J DT 140 1_555 0.133 -0.099 -0.207 -3.014 0.616 -3.111 3 I_DA-69:DT69_J I -69 ? J 69 ? 20 1 1 I DG 7 1_555 J DC 139 1_555 -0.161 -0.171 0.048 6.384 -3.223 2.367 4 I_DG-68:DC68_J I -68 ? J 68 ? 19 1 1 I DG 8 1_555 J DC 138 1_555 -0.114 -0.186 0.383 3.348 -12.524 -2.735 5 I_DG-67:DC67_J I -67 ? J 67 ? 19 1 1 I DT 9 1_555 J DA 137 1_555 -0.227 -0.209 0.454 5.511 -10.639 -4.442 6 I_DT-66:DA66_J I -66 ? J 66 ? 20 1 1 I DT 10 1_555 J DA 136 1_555 -0.135 -0.276 0.274 4.008 -12.718 -0.262 7 I_DT-65:DA65_J I -65 ? J 65 ? 20 1 1 I DC 11 1_555 J DG 135 1_555 0.160 -0.211 0.300 -2.670 -7.167 -0.909 8 I_DC-64:DG64_J I -64 ? J 64 ? 19 1 1 I DT 12 1_555 J DA 134 1_555 -0.097 -0.280 0.522 -3.604 -7.964 1.567 9 I_DT-63:DA63_J I -63 ? J 63 ? 20 1 1 I DC 13 1_555 J DG 133 1_555 0.204 -0.196 0.570 -4.504 2.728 2.825 10 I_DC-62:DG62_J I -62 ? 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J 60 ? 1 I DC 15 1_555 J DG 131 1_555 I DT 16 1_555 J DA 130 1_555 -0.300 -0.771 3.162 2.285 4.222 30.894 -2.189 0.966 3.003 7.867 -4.256 31.256 12 II_DC-60DT-59:DA59DG60_JJ I -60 ? J 60 ? I -59 ? J 59 ? 1 I DT 16 1_555 J DA 130 1_555 I DG 17 1_555 J DC 129 1_555 0.932 -0.085 3.484 6.435 6.774 38.551 -0.986 -0.557 3.525 10.080 -9.576 39.625 13 II_DT-59DG-58:DC58DA59_JJ I -59 ? J 59 ? I -58 ? J 58 ? 1 I DG 17 1_555 J DC 129 1_555 I DT 18 1_555 J DA 128 1_555 -0.329 0.030 3.402 1.015 0.021 30.769 0.053 0.825 3.390 0.039 -1.913 30.786 14 II_DG-58DT-57:DA57DC58_JJ I -58 ? J 58 ? I -57 ? J 57 ? 1 I DT 18 1_555 J DA 128 1_555 I DG 19 1_555 J DC 127 1_555 0.356 2.532 3.475 -0.162 -2.966 41.994 3.843 -0.513 3.296 -4.133 0.226 42.095 15 II_DT-57DG-56:DC56DA57_JJ I -57 ? J 57 ? I -56 ? J 56 ? 1 I DG 19 1_555 J DC 127 1_555 I DG 20 1_555 J DC 126 1_555 0.129 2.074 3.649 1.354 -18.597 43.966 4.068 -0.051 2.620 -23.618 -1.720 47.576 16 II_DG-56DG-55:DC55DC56_JJ I -56 ? J 56 ? I -55 ? J 55 ? 1 I DG 20 1_555 J DC 126 1_555 I DT 21 1_555 J DA 125 1_555 0.153 -0.375 3.411 -1.238 4.768 33.489 -1.440 -0.469 3.320 8.219 2.135 33.839 17 II_DG-55DT-54:DA54DC55_JJ I -55 ? J 55 ? I -54 ? J 54 ? 1 I DT 21 1_555 J DA 125 1_555 I DG 22 1_555 J DC 124 1_555 -0.084 0.798 3.125 -1.035 4.173 40.803 0.698 0.011 3.189 5.966 1.479 41.019 18 II_DT-54DG-53:DC53DA54_JJ I -54 ? J 54 ? I -53 ? J 53 ? 1 I DG 22 1_555 J DC 124 1_555 I DA 23 1_555 J DT 123 1_555 -0.158 -0.823 3.616 1.848 4.222 34.040 -2.113 0.583 3.478 7.170 -3.139 34.342 19 II_DG-53DA-52:DT52DC53_JJ I -53 ? J 53 ? I -52 ? J 52 ? 1 I DA 23 1_555 J DT 123 1_555 I DA 24 1_555 J DT 122 1_555 -0.531 -0.264 3.077 -5.180 3.384 33.889 -0.946 0.131 3.082 5.747 8.796 34.433 20 II_DA-52DA-51:DT51DT52_JJ I -52 ? J 52 ? I -51 ? J 51 ? 1 I DA 24 1_555 J DT 122 1_555 I DA 25 1_555 J DT 121 1_555 -0.300 -0.022 3.780 -0.872 3.938 36.603 -0.654 0.339 3.763 6.248 1.384 36.817 21 II_DA-51DA-50:DT50DT51_JJ I -51 ? J 51 ? I -50 ? 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J 45 ? 1 I DA 30 1_555 J DT 116 1_555 I DC 31 1_555 J DG 115 1_555 -0.551 -0.507 3.411 -1.951 1.544 37.171 -1.007 0.593 3.412 2.419 3.056 37.251 27 II_DA-45DC-44:DG44DT45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 I DC 31 1_555 J DG 115 1_555 I DT 32 1_555 J DA 114 1_555 -0.698 -0.553 3.717 -2.863 2.240 28.122 -1.719 0.672 3.714 4.586 5.861 28.351 28 II_DC-44DT-43:DA43DG44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 I DT 32 1_555 J DA 114 1_555 I DA 33 1_555 J DT 113 1_555 -0.148 -0.264 3.332 -3.290 -0.043 40.861 -0.372 -0.154 3.334 -0.061 4.703 40.988 29 II_DT-43DA-42:DT42DA43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? J 42 ? 1 I DA 33 1_555 J DT 113 1_555 I DA 34 1_555 J DT 112 1_555 -0.060 -0.732 3.609 -3.148 6.625 31.044 -2.638 -0.511 3.374 12.167 5.781 31.878 30 II_DA-42DA-41:DT41DT42_JJ I -42 ? J 42 ? I -41 ? J 41 ? 1 I DA 34 1_555 J DT 112 1_555 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 0.503 -0.751 3.172 -1.537 2.564 33.104 -1.724 -1.126 3.081 4.489 2.691 33.235 31 II_DA-41DC-40:DG40DT41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? J 40 ? 1 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 I DT 36 1_555 J DA 110 1_555 -0.021 -1.307 3.317 4.309 2.166 30.814 -2.845 0.859 3.188 4.045 -8.048 31.180 32 II_DC-40DT-39:DA39DG40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DT 36 1_555 J DA 110 1_555 I DA 37 1_555 J DT 109 1_555 0.391 0.494 3.794 7.683 0.532 41.306 0.624 0.389 3.810 0.747 -10.778 41.987 33 II_DT-39DA-38:DT38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DA 37 1_555 J DT 109 1_555 I DC 38 1_555 J DG 108 1_555 0.418 -0.432 3.557 2.046 4.274 29.069 -1.840 -0.349 3.479 8.445 -4.042 29.444 34 II_DA-38DC-37:DG37DT38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DC 38 1_555 J DG 108 1_555 I DC 39 1_555 J DG 107 1_555 -0.237 0.686 3.333 1.847 -1.906 38.619 1.271 0.587 3.282 -2.878 -2.789 38.706 35 II_DC-37DC-36:DG36DG37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DC 39 1_555 J DG 107 1_555 I DT 40 1_555 J DA 106 1_555 -0.651 2.594 3.424 -2.070 -8.912 39.638 4.693 0.715 2.829 -12.934 3.005 40.638 36 II_DC-36DT-35:DA35DG36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? 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J -70 ? # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'The Francis Crick Institute' 'United Kingdom' FC0010061 1 'The Francis Crick Institute' 'United Kingdom' FC0010065 2 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 7 _pdbx_entity_nonpoly.name 'MANGANESE (II) ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id MN # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'fluorescence resonance energy transfer' 'single molecule FRET with fluorophores on DNA and protein' 2 1 'native gel electrophoresis' 'to assess proper wrapping and positioning of nucleosome' 3 1 'gel filtration' 'plus biochemical assays to assert activity on substrate' #