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'Pilotto, S.' 2 ? 'Chittori, S.' 3 ? 'Subramaniam, S.' 4 ? 'Mattevi, A.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Cell Rep' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2211-1247 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 27 _citation.language ? _citation.page_first 387 _citation.page_last 399.e7 _citation.title 'A Tail-Based Mechanism Drives Nucleosome Demethylation by the LSD2/NPAC Multimeric Complex.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.celrep.2019.03.061 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30970244 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Marabelli, C.' 1 ? primary 'Marrocco, B.' 2 ? primary 'Pilotto, S.' 3 ? primary 'Chittori, S.' 4 ? primary 'Picaud, S.' 5 ? primary 'Marchese, S.' 6 ? primary 'Ciossani, G.' 7 ? primary 'Forneris, F.' 8 ? primary 'Filippakopoulos, P.' 9 ? primary 'Schoehn, G.' 10 ? primary 'Rhodes, D.' 11 ? primary 'Subramaniam, S.' 12 ? primary 'Mattevi, A.' 13 ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6R1U _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6R1U _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15303.930 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A' 13978.241 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13524.752 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45610.043 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45138.770 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Lysine-specific histone demethylase 1B' 87051.547 1 1.-.-.- ? ? ? 8 polymer man 'Putative oxidoreductase GLYR1' 13528.271 1 1.-.-.- ? ? ? 9 polymer man 'Histone H3' 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DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;PLGSRKCEKAGCTATCPVCFASASERCAKNGYTSRWYHLSCGEHFCNECFDHYYRSHKDGYDKYTTWKKIWTSNGKTEPS PKAFMADQQLPYWVQCTKPECRKWRQLTKEIQLTPQIAKTYRCGMKPNTAIKPETSDHCSLPEDLRVLEVSNHWWYSMLI LPPLLKDSVAAPLLSAYYPDCVGMSPSCTSTNRAAATGNASPGKLEHSKAALSVHVPGMNRYFQPFYQPNECGKALCVRP DVMELDELYEFPEYSRDPTMYLALRNLILALWYTNCKEALTPQKCIPHIIVRGLVRIRCVQEVERILYFMTRKGLINTGV 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QFSELEGQVLQFHLSNLEYACGSNLHQVSARSWDHNEFFAQFAGDHTLLTPGYSVIIEKLAEGLDIQLKSPVQCIDYSGD EVQVTTTDGTGYSAQKVLVTVPLALLQKGAIQFNPPLSEKKMKAINSLGAGIIEKIALQFPYRFWDSKVQGADFFGHVPP SASKRGLFAVFYDMDPQKKHSVLMSVIAGEAVASVRTLDDKQVLQQCMATLRELFKEQEVPDPTKYFVTRWSTDPWIQMA YSFVKTGGSGEAYDIIAEDIQGTVFFAGEATNRHFPQTVTGAYLSGVREASKIAAF ; K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;PLGSPEFSERGSKSPLKRAQEQSPRKRGRPPKDEKDLTIPESSTVKGMMAGPMAAFKWQPTASEPVKDADPHFHHFLLSQ TEKPAVCYQAITKKLKICEEETGSTSIQAADSTAVNGSITPTDK ; ;PLGSPEFSERGSKSPLKRAQEQSPRKRGRPPKDEKDLTIPESSTVKGMMAGPMAAFKWQPTASEPVKDADPHFHHFLLSQ TEKPAVCYQAITKKLKICEEETGSTSIQAADSTAVNGSITPTDK ; L ? 9 'polypeptide(L)' no no ;ARTMQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTMQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; M ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 MET n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 LYS n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 2 61 PHE n 2 62 LEU n 2 63 GLU n 2 64 ASN n 2 65 VAL n 2 66 ILE n 2 67 ARG n 2 68 ASP n 2 69 ALA n 2 70 VAL n 2 71 THR n 2 72 TYR n 2 73 THR n 2 74 GLU n 2 75 HIS n 2 76 ALA n 2 77 LYS n 2 78 ARG n 2 79 LYS n 2 80 THR n 2 81 VAL n 2 82 THR n 2 83 ALA n 2 84 MET n 2 85 ASP n 2 86 VAL n 2 87 VAL n 2 88 TYR n 2 89 ALA n 2 90 LEU n 2 91 LYS n 2 92 ARG n 2 93 GLN n 2 94 GLY n 2 95 ARG n 2 96 THR n 2 97 LEU n 2 98 TYR n 2 99 GLY n 2 100 PHE n 2 101 GLY n 2 102 GLY n 3 1 SER n 3 2 GLY n 3 3 ARG n 3 4 GLY n 3 5 LYS n 3 6 GLN n 3 7 GLY n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 THR n 3 11 ARG n 3 12 ALA n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 LYS n 3 16 THR n 3 17 ARG n 3 18 SER n 3 19 SER n 3 20 ARG n 3 21 ALA n 3 22 GLY n 3 23 LEU n 3 24 GLN n 3 25 PHE n 3 26 PRO n 3 27 VAL n 3 28 GLY n 3 29 ARG n 3 30 VAL n 3 31 HIS n 3 32 ARG n 3 33 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BL21 pLysS ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? 6 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 6R1U 6R1U ? 5 ? 1 6 PDB 6R1U 6R1U ? 6 ? 1 7 UNP KDM1B_HUMAN Q8NB78 ? 7 ;RKCEKAGCTATCPVCFASASERCAKNGYTSRWYHLSCGEHFCNECFDHYYRSHKDGYDKYTTWKKIWTSNGKTEPSPKAF MADQQLPYWVQCTKPECRKWRQLTKEIQLTPQIAKTYRCGMKPNTAIKPETSDHCSLPEDLRVLEVSNHWWYSMLILPPL LKDSVAAPLLSAYYPDCVGMSPSCTSTNRAAATGNASPGKLEHSKAALSVHVPGMNRYFQPFYQPNECGKALCVRPDVME LDELYEFPEYSRDPTMYLALRNLILALWYTNCKEALTPQKCIPHIIVRGLVRIRCVQEVERILYFMTRKGLINTGVLSVG ADQYLLPKDYHNKSVIIIGAGPAGLAAARQLHNFGIKVTVLEAKDRIGGRVWDDKSFKGVTVGRGAQIVNGCINNPVALM CEQLGISMHKFGERCDLIQEGGRITDPTIDKRMDFHFNALLDVVSEWRKDKTQLQDVPLGEKIEEIYKAFIKESGIQFSE LEGQVLQFHLSNLEYACGSNLHQVSARSWDHNEFFAQFAGDHTLLTPGYSVIIEKLAEGLDIQLKSPVQCIDYSGDEVQV TTTDGTGYSAQKVLVTVPLALLQKGAIQFNPPLSEKKMKAINSLGAGIIEKIALQFPYRFWDSKVQGADFFGHVPPSASK RGLFAVFYDMDPQKKHSVLMSVIAGEAVASVRTLDDKQVLQQCMATLRELFKEQEVPDPTKYFVTRWSTDPWIQMAYSFV KTGGSGEAYDIIAEDIQGTVFFAGEATNRHFPQTVTGAYLSGVREASKIAAF ; 51 8 UNP GLYR1_HUMAN Q49A26 ? 8 ;SERGSKSPLKRAQEQSPRKRGRPPKDEKDLTIPESSTVKGMMAGPMAAFKWQPTASEPVKDADPHFHHFLLSQTEKPAVC YQAITKKLKICEEETGSTSIQAADSTAVNGSITPTDK ; 152 9 UNP A0A310TTQ1_XENLA A0A310TTQ1 ? 9 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6R1U A 1 ? 135 ? 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A0A310TTQ1 2 ? 136 ? 1 135 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6R1U ALA A 102 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 1 4 6R1U THR D 29 ? UNP P02281 SER 33 conflict 29 2 5 6R1U ALA E 102 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 3 8 6R1U THR H 29 ? UNP P02281 SER 33 conflict 29 4 11 6R1U PRO K 1 ? UNP Q8NB78 ? ? 'expression tag' 47 5 11 6R1U LEU K 2 ? UNP Q8NB78 ? ? 'expression tag' 48 6 11 6R1U GLY K 3 ? UNP Q8NB78 ? ? 'expression tag' 49 7 11 6R1U SER K 4 ? UNP Q8NB78 ? ? 'expression tag' 50 8 12 6R1U PRO L 1 ? UNP Q49A26 ? ? 'expression tag' 145 9 12 6R1U LEU L 2 ? UNP Q49A26 ? ? 'expression tag' 146 10 12 6R1U GLY L 3 ? UNP Q49A26 ? ? 'expression tag' 147 11 12 6R1U SER L 4 ? UNP Q49A26 ? ? 'expression tag' 148 12 12 6R1U PRO L 5 ? UNP Q49A26 ? ? 'expression tag' 149 13 12 6R1U GLU L 6 ? UNP Q49A26 ? ? 'expression tag' 150 14 12 6R1U PHE L 7 ? UNP Q49A26 ? ? 'expression tag' 151 15 13 6R1U MET M 4 ? UNP A0A310TTQ1 LYS 5 conflict 4 16 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 FAD non-polymer . 'FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE' ? 'C27 H33 N9 O15 P2' 785.550 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 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GLY A 132 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 THR B 30 ? GLY B 41 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 AA6 LEU B 49 ? ALA B 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P7 AA7 THR B 82 ? GLN B 93 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO C 26 ? LYS C 36 ? PRO C 26 LYS C 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY C 46 ? ASP C 72 ? GLY C 46 ASP C 72 1 ? 27 HELX_P HELX_P10 AB1 ILE C 79 ? ASP C 90 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP C 90 ? LEU C 97 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 TYR D 34 ? HIS D 46 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 SER D 52 ? HIS D 79 ? SER D 52 HIS D 79 1 ? 28 HELX_P HELX_P14 AB5 THR D 87 ? LEU D 99 ? THR D 87 LEU D 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 GLY D 101 ? SER D 120 ? GLY D 101 SER D 120 1 ? 20 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY E 44 ? SER E 57 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P17 AB8 ARG E 63 ? GLN E 76 ? ARG E 63 GLN E 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P18 AB9 GLN E 85 ? HIS E 113 ? GLN E 85 HIS E 113 1 ? 29 HELX_P HELX_P19 AC1 MET E 120 ? ARG E 131 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P20 AC2 THR F 30 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 LEU F 49 ? HIS F 75 ? LEU F 49 HIS F 75 1 ? 27 HELX_P HELX_P22 AC4 THR F 82 ? GLN F 93 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 SER G 18 ? GLY G 22 ? SER G 18 GLY G 22 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO G 26 ? LYS G 36 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY G 46 ? ASP G 72 ? GLY G 46 ASP G 72 1 ? 27 HELX_P HELX_P26 AC8 ILE G 79 ? ARG G 88 ? ILE G 79 ARG G 88 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP G 90 ? LEU G 97 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P28 AD1 TYR H 34 ? HIS H 46 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P29 AD2 SER H 52 ? ASN H 81 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P30 AD3 THR H 87 ? LEU H 99 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY H 101 ? SER H 120 ? GLY H 101 SER H 120 1 ? 20 HELX_P HELX_P32 AD5 ASN K 47 ? ARG K 55 ? 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GLY K 715 VAL K 721 1 ? 7 HELX_P HELX_P61 AG7 ASP K 679 ? PHE K 695 ? ASP K 725 PHE K 741 1 ? 17 HELX_P HELX_P62 AG8 ARG K 710 ? ASP K 714 ? ARG K 756 ASP K 760 5 ? 5 HELX_P HELX_P63 AG9 GLY K 730 ? GLU K 738 ? GLY K 776 GLU K 784 1 ? 9 HELX_P HELX_P64 AH1 GLY K 748 ? ASN K 752 ? GLY K 794 ASN K 798 5 ? 5 HELX_P HELX_P65 AH2 THR K 758 ? PHE K 776 ? THR K 804 PHE K 822 1 ? 19 HELX_P HELX_P66 AH3 HIS L 75 ? SER L 79 ? HIS L 219 SER L 223 5 ? 5 HELX_P HELX_P67 AH4 ALA M 1 ? GLN M 5 ? 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ILE A 119 ? THR A 118 ILE A 119 AA1 2 ARG B 45 ? ILE B 46 ? ARG B 45 ILE B 46 AA2 1 THR B 96 ? TYR B 98 ? THR B 96 TYR B 98 AA2 2 VAL G 100 ? ILE G 102 ? VAL G 100 ILE G 102 AA3 1 ARG C 42 ? VAL C 43 ? ARG C 42 VAL C 43 AA3 2 THR D 85 ? ILE D 86 ? THR D 85 ILE D 86 AA4 1 VAL C 100 ? THR C 101 ? VAL C 100 THR C 101 AA4 2 THR F 96 ? LEU F 97 ? THR F 96 LEU F 97 AA5 1 ARG E 83 ? PHE E 84 ? ARG E 83 PHE E 84 AA5 2 THR F 80 ? VAL F 81 ? THR F 80 VAL F 81 AA6 1 THR E 118 ? ILE E 119 ? THR E 118 ILE E 119 AA6 2 ARG F 45 ? ILE F 46 ? ARG F 45 ILE F 46 AA7 1 ARG G 42 ? VAL G 43 ? ARG G 42 VAL G 43 AA7 2 THR H 85 ? ILE H 86 ? THR H 85 ILE H 86 AA8 1 ARG G 77 ? ILE G 78 ? ARG G 77 ILE G 78 AA8 2 GLY H 50 ? ILE H 51 ? GLY H 50 ILE H 51 AA9 1 TRP K 36 ? SER K 40 ? TRP K 82 SER K 86 AA9 2 GLU K 43 ? CYS K 46 ? GLU K 89 CYS K 92 AB1 1 TRP K 93 ? GLN K 95 ? TRP K 139 GLN K 141 AB1 2 TRP K 104 ? GLN K 106 ? TRP K 150 GLN K 152 AB2 1 ILE K 546 ? GLN K 547 ? ILE K 592 GLN K 593 AB2 2 LYS K 361 ? LEU K 365 ? LYS K 407 LEU K 411 AB2 3 SER K 338 ? ILE K 342 ? SER K 384 ILE K 388 AB2 4 LYS K 576 ? VAL K 579 ? LYS K 622 VAL K 625 AB2 5 VAL K 744 ? PHE K 746 ? VAL K 790 PHE K 792 AB3 1 ASP K 377 ? ASP K 378 ? ASP K 423 ASP K 424 AB3 2 VAL K 386 ? GLY K 387 ? VAL K 432 GLY K 433 AB4 1 ILE K 392 ? ASN K 394 ? ILE K 438 ASN K 440 AB4 2 HIS K 526 ? LEU K 528 ? HIS K 572 LEU K 574 AB4 3 HIS K 413 ? LYS K 414 ? HIS K 459 LYS K 460 AB5 1 LEU K 421 ? ILE K 422 ? LEU K 467 ILE K 468 AB5 2 PHE K 634 ? HIS K 637 ? PHE K 680 HIS K 683 AB5 3 LEU K 647 ? ASP K 653 ? LEU K 693 ASP K 699 AB5 4 VAL K 662 ? ILE K 667 ? VAL K 708 ILE K 713 AB5 5 GLU K 614 ? GLN K 619 ? GLU K 660 GLN K 665 AB5 6 LYS K 705 ? VAL K 708 ? LYS K 751 VAL K 754 AB6 1 GLY K 571 ? ALA K 574 ? GLY K 617 ALA K 620 AB6 2 VAL K 562 ? THR K 566 ? VAL K 608 THR K 612 AB6 3 VAL K 552 ? ASP K 556 ? VAL K 598 ASP K 602 AB6 4 GLN K 592 ? ASN K 594 ? GLN K 638 ASN K 640 AB7 1 LEU K 608 ? GLY K 611 ? LEU K 654 GLY K 657 AB7 2 TYR K 721 ? VAL K 724 ? TYR K 767 VAL K 770 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ILE A 119 ? N ILE A 119 O ARG B 45 ? O ARG B 45 AA2 1 2 N THR B 96 ? N THR B 96 O THR G 101 ? O THR G 101 AA3 1 2 N ARG C 42 ? N ARG C 42 O ILE D 86 ? O ILE D 86 AA4 1 2 N THR C 101 ? N THR C 101 O THR F 96 ? O THR F 96 AA5 1 2 N ARG E 83 ? N ARG E 83 O VAL F 81 ? O VAL F 81 AA6 1 2 N ILE E 119 ? N ILE E 119 O ARG F 45 ? O ARG F 45 AA7 1 2 N ARG G 42 ? N ARG G 42 O ILE H 86 ? O ILE H 86 AA8 1 2 N ILE G 78 ? N ILE G 78 O GLY H 50 ? O GLY H 50 AA9 1 2 N TYR K 37 ? N TYR K 83 O PHE K 45 ? O PHE K 91 AB1 1 2 N VAL K 94 ? N VAL K 140 O ARG K 105 ? O ARG K 151 AB2 1 2 O GLN K 547 ? O GLN K 593 N VAL K 364 ? N VAL K 410 AB2 2 3 O LEU K 365 ? O LEU K 411 N ILE K 341 ? N ILE K 387 AB2 3 4 N ILE K 342 ? N ILE K 388 O LEU K 578 ? O LEU K 624 AB2 4 5 N VAL K 579 ? N VAL K 625 O PHE K 745 ? O PHE K 791 AB3 1 2 N ASP K 378 ? N ASP K 424 O VAL K 386 ? O VAL K 432 AB4 1 2 N VAL K 393 ? N VAL K 439 O THR K 527 ? O THR K 573 AB4 2 3 O LEU K 528 ? O LEU K 574 N HIS K 413 ? N HIS K 459 AB5 1 2 N ILE K 422 ? N ILE K 468 O GLY K 636 ? O GLY K 682 AB5 2 3 N PHE K 635 ? N PHE K 681 O PHE K 651 ? O PHE K 697 AB5 3 4 N TYR K 652 ? N TYR K 698 O MET K 664 ? O MET K 710 AB5 4 5 O LEU K 663 ? O LEU K 709 N LEU K 618 ? N LEU K 664 AB5 5 6 N GLN K 619 ? N GLN K 665 O LYS K 705 ? O LYS K 751 AB6 1 2 O TYR K 572 ? O TYR K 618 N VAL K 564 ? N VAL K 610 AB6 2 3 O GLN K 563 ? O GLN K 609 N ASP K 556 ? N ASP K 602 AB6 3 4 N GLN K 553 ? N GLN K 599 O GLN K 592 ? O GLN K 638 AB7 1 2 N GLY K 609 ? N GLY K 655 O PHE K 723 ? O PHE K 769 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software K FAD 901 ? 27 'binding site for residue FAD K 901' AC2 Software K ZN 902 ? 4 'binding site for residue ZN K 902' AC3 Software K ZN 903 ? 4 'binding site for residue ZN K 903' AC4 Software K ZN 904 ? 4 'binding site for residue ZN K 904' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 27 ILE K 342 ? ILE K 388 . ? 1_555 ? 2 AC1 27 GLY K 343 ? 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L PRO 60 301 1 Y 1 L THR 205 ? L THR 61 302 1 Y 1 L ALA 206 ? L ALA 62 303 1 Y 1 L SER 207 ? L SER 63 304 1 Y 1 L GLU 208 ? L GLU 64 305 1 Y 1 L PRO 209 ? L PRO 65 306 1 Y 1 L VAL 210 ? L VAL 66 307 1 Y 1 L LYS 211 ? L LYS 67 308 1 Y 1 L ASP 212 ? L ASP 68 309 1 Y 1 L ALA 213 ? L ALA 69 310 1 Y 1 L GLU 226 ? L GLU 82 311 1 Y 1 L LYS 227 ? L LYS 83 312 1 Y 1 L PRO 228 ? L PRO 84 313 1 Y 1 L ALA 229 ? L ALA 85 314 1 Y 1 L VAL 230 ? L VAL 86 315 1 Y 1 L CYS 231 ? L CYS 87 316 1 Y 1 L TYR 232 ? L TYR 88 317 1 Y 1 L GLN 233 ? L GLN 89 318 1 Y 1 L ALA 234 ? L ALA 90 319 1 Y 1 L ILE 235 ? L ILE 91 320 1 Y 1 L THR 236 ? L THR 92 321 1 Y 1 L LYS 237 ? L LYS 93 322 1 Y 1 L LYS 238 ? L LYS 94 323 1 Y 1 L LEU 239 ? L LEU 95 324 1 Y 1 L LYS 240 ? L LYS 96 325 1 Y 1 L ILE 241 ? L ILE 97 326 1 Y 1 L CYS 242 ? L CYS 98 327 1 Y 1 L GLU 243 ? L GLU 99 328 1 Y 1 L GLU 244 ? L GLU 100 329 1 Y 1 L GLU 245 ? L GLU 101 330 1 Y 1 L THR 246 ? L THR 102 331 1 Y 1 L GLY 247 ? L GLY 103 332 1 Y 1 L SER 248 ? L SER 104 333 1 Y 1 L THR 249 ? L THR 105 334 1 Y 1 L SER 250 ? L SER 106 335 1 Y 1 L ILE 251 ? L ILE 107 336 1 Y 1 L GLN 252 ? L GLN 108 337 1 Y 1 L ALA 253 ? L ALA 109 338 1 Y 1 L ALA 254 ? L ALA 110 339 1 Y 1 L ASP 255 ? L ASP 111 340 1 Y 1 L SER 256 ? L SER 112 341 1 Y 1 L THR 257 ? L THR 113 342 1 Y 1 L ALA 258 ? L ALA 114 343 1 Y 1 L VAL 259 ? L VAL 115 344 1 Y 1 L ASN 260 ? L ASN 116 345 1 Y 1 L GLY 261 ? L GLY 117 346 1 Y 1 L SER 262 ? L SER 118 347 1 Y 1 L ILE 263 ? L ILE 119 348 1 Y 1 L THR 264 ? L THR 120 349 1 Y 1 L PRO 265 ? L PRO 121 350 1 Y 1 L THR 266 ? L THR 122 351 1 Y 1 L ASP 267 ? L ASP 123 352 1 Y 1 L LYS 268 ? L LYS 124 353 1 Y 1 M LYS 27 ? M LYS 27 354 1 Y 1 M SER 28 ? M SER 28 355 1 Y 1 M ALA 29 ? M ALA 29 356 1 Y 1 M PRO 30 ? M PRO 30 357 1 Y 1 M ALA 31 ? M ALA 31 358 1 Y 1 M THR 32 ? M THR 32 359 1 Y 1 M GLY 33 ? M GLY 33 360 1 Y 1 M GLY 34 ? M GLY 34 361 1 Y 1 M VAL 35 ? M VAL 35 362 1 Y 1 M LYS 36 ? M LYS 36 363 1 Y 1 M LYS 37 ? M LYS 37 364 1 Y 1 M PRO 38 ? M PRO 38 365 1 Y 1 M HIS 39 ? M HIS 39 366 1 Y 1 M ARG 40 ? M ARG 40 367 1 Y 1 M TYR 41 ? M TYR 41 368 1 Y 1 M ARG 42 ? M ARG 42 369 1 Y 1 M PRO 43 ? M PRO 43 370 1 Y 1 M GLY 44 ? M GLY 44 371 1 Y 1 M THR 45 ? M THR 45 372 1 Y 1 M VAL 46 ? M VAL 46 373 1 Y 1 M ALA 47 ? M ALA 47 374 1 Y 1 M LEU 48 ? M LEU 48 375 1 Y 1 M ARG 49 ? M ARG 49 376 1 Y 1 M GLU 50 ? M GLU 50 377 1 Y 1 M ILE 51 ? M ILE 51 378 1 Y 1 M ARG 52 ? M ARG 52 379 1 Y 1 M ARG 53 ? M ARG 53 380 1 Y 1 M TYR 54 ? M TYR 54 381 1 Y 1 M GLN 55 ? M GLN 55 382 1 Y 1 M LYS 56 ? M LYS 56 383 1 Y 1 M SER 57 ? M SER 57 384 1 Y 1 M THR 58 ? M THR 58 385 1 Y 1 M GLU 59 ? M GLU 59 386 1 Y 1 M LEU 60 ? M LEU 60 387 1 Y 1 M LEU 61 ? M LEU 61 388 1 Y 1 M ILE 62 ? M ILE 62 389 1 Y 1 M ARG 63 ? M ARG 63 390 1 Y 1 M LYS 64 ? M LYS 64 391 1 Y 1 M LEU 65 ? M LEU 65 392 1 Y 1 M PRO 66 ? M PRO 66 393 1 Y 1 M PHE 67 ? M PHE 67 394 1 Y 1 M GLN 68 ? M GLN 68 395 1 Y 1 M ARG 69 ? M ARG 69 396 1 Y 1 M LEU 70 ? M LEU 70 397 1 Y 1 M VAL 71 ? M VAL 71 398 1 Y 1 M ARG 72 ? M ARG 72 399 1 Y 1 M GLU 73 ? M GLU 73 400 1 Y 1 M ILE 74 ? M ILE 74 401 1 Y 1 M ALA 75 ? M ALA 75 402 1 Y 1 M GLN 76 ? M GLN 76 403 1 Y 1 M ASP 77 ? M ASP 77 404 1 Y 1 M PHE 78 ? M PHE 78 405 1 Y 1 M LYS 79 ? M LYS 79 406 1 Y 1 M THR 80 ? M THR 80 407 1 Y 1 M ASP 81 ? M ASP 81 408 1 Y 1 M LEU 82 ? M LEU 82 409 1 Y 1 M ARG 83 ? M ARG 83 410 1 Y 1 M PHE 84 ? M PHE 84 411 1 Y 1 M GLN 85 ? M GLN 85 412 1 Y 1 M SER 86 ? M SER 86 413 1 Y 1 M SER 87 ? M SER 87 414 1 Y 1 M ALA 88 ? M ALA 88 415 1 Y 1 M VAL 89 ? M VAL 89 416 1 Y 1 M MET 90 ? M MET 90 417 1 Y 1 M ALA 91 ? M ALA 91 418 1 Y 1 M LEU 92 ? M LEU 92 419 1 Y 1 M GLN 93 ? M GLN 93 420 1 Y 1 M GLU 94 ? M GLU 94 421 1 Y 1 M ALA 95 ? M ALA 95 422 1 Y 1 M SER 96 ? M SER 96 423 1 Y 1 M GLU 97 ? M GLU 97 424 1 Y 1 M ALA 98 ? M ALA 98 425 1 Y 1 M TYR 99 ? M TYR 99 426 1 Y 1 M LEU 100 ? M LEU 100 427 1 Y 1 M VAL 101 ? M VAL 101 428 1 Y 1 M ALA 102 ? M ALA 102 429 1 Y 1 M LEU 103 ? M LEU 103 430 1 Y 1 M PHE 104 ? M PHE 104 431 1 Y 1 M GLU 105 ? M GLU 105 432 1 Y 1 M ASP 106 ? M ASP 106 433 1 Y 1 M THR 107 ? M THR 107 434 1 Y 1 M ASN 108 ? M ASN 108 435 1 Y 1 M LEU 109 ? M LEU 109 436 1 Y 1 M CYS 110 ? M CYS 110 437 1 Y 1 M ALA 111 ? M ALA 111 438 1 Y 1 M ILE 112 ? M ILE 112 439 1 Y 1 M HIS 113 ? M HIS 113 440 1 Y 1 M ALA 114 ? M ALA 114 441 1 Y 1 M LYS 115 ? M LYS 115 442 1 Y 1 M ARG 116 ? M ARG 116 443 1 Y 1 M VAL 117 ? M VAL 117 444 1 Y 1 M THR 118 ? M THR 118 445 1 Y 1 M ILE 119 ? M ILE 119 446 1 Y 1 M MET 120 ? M MET 120 447 1 Y 1 M PRO 121 ? M PRO 121 448 1 Y 1 M LYS 122 ? M LYS 122 449 1 Y 1 M ASP 123 ? M ASP 123 450 1 Y 1 M ILE 124 ? M ILE 124 451 1 Y 1 M GLN 125 ? M GLN 125 452 1 Y 1 M LEU 126 ? M LEU 126 453 1 Y 1 M ALA 127 ? M ALA 127 454 1 Y 1 M ARG 128 ? M ARG 128 455 1 Y 1 M ARG 129 ? M ARG 129 456 1 Y 1 M ILE 130 ? M ILE 130 457 1 Y 1 M ARG 131 ? M ARG 131 458 1 Y 1 M GLY 132 ? M GLY 132 459 1 Y 1 M GLU 133 ? M GLU 133 460 1 Y 1 M ARG 134 ? M ARG 134 461 1 Y 1 M ALA 135 ? M ALA 135 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM C4H11NO3 Tris 1 2 10 mM KCl 'Potassium Chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.29 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? 3 3 ? ? 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? 4 4 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 5 5 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 511693 'Escherichia coli' ? ? 3 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? 4 4 ? 511693 'Escherichia coli BL21' ? ? 5 5 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 1.25 _em_image_recording.average_exposure_time 8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2078 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 490558 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 2.1 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 14 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? ? ? ? 15 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? ? 17 'CTF CORRECTION' ? ? ? ? ? ? 20 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 2 ? 22 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 23 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 24 CLASSIFICATION ? ? ? ? ? ? 25 RECONSTRUCTION ? ? ? ? ? ? 26 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 2 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.87 _em_specimen.details 'LSD2/NPAC(214-225)/nucleosome was monodisperse (gel filtration peak isolation and concentration in buffer described.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6R1U 'double helix' 6R1U 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 147 1_555 0.144 -0.604 1.355 -2.347 2.755 8.502 1 I_DA-73:DT73_J I -73 ? 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