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EMDB EMD-4763 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-06-12 2 'Structure model' 1 1 2019-07-17 3 'Structure model' 1 2 2019-11-06 4 'Structure model' 1 3 2019-12-18 5 'Structure model' 1 4 2024-05-22 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Author supporting evidence' 2 2 'Structure model' 'Data 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_pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 3 'Structure model' '_em_3d_fitting.target_criteria' 5 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]' 6 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]' 7 4 'Structure model' '_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]' 8 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 9 5 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 10 5 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 11 5 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 12 5 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 13 5 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6R8Z _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-04-02 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of NCP_THF2(-1)-UV-DDB' _pdbx_database_related.db_id EMD-4763 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Matsumoto, S.' 1 0000-0002-8776-2096 'Cavadini, S.' 2 0000-0003-2777-7584 'Bunker, R.D.' 3 0000-0001-8866-5290 'Thoma, N.H.' 4 0000-0003-2685-906X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 571 _citation.language ? _citation.page_first 79 _citation.page_last 84 _citation.title 'DNA damage detection in nucleosomes involves DNA register shifting.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-019-1259-3 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31142837 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Matsumoto, S.' 1 ? primary 'Cavadini, S.' 2 ? primary 'Bunker, R.D.' 3 ? primary 'Grand, R.S.' 4 ? primary 'Potenza, A.' 5 ? primary 'Rabl, J.' 6 ? primary 'Yamamoto, J.' 7 ? primary 'Schenk, A.D.' 8 ? primary 'Schubeler, D.' 9 ? primary 'Iwai, S.' 10 ? primary 'Sugasawa, K.' 11 ? primary 'Kurumizaka, H.' 12 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'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGTTCAGCTG AACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no yes ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(3DR)(3DR)(DG)(DA)(DG) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGAACCAGCTG AACATGCCTTTTGANNGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGM YGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYD GLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEAS MVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTL KDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVT 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LDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH ; K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;GGGRMAPKKRPETQKTSEIVLRPRNKRSRSPLELEPEAKKLCAKGSGPSRRCDSDCLWVGLAGPQILPPCRSIVRTLHQH KLGRASWPSVQQGLQQSFLHTLDSYRILQKAAPFDRRATSLAWHPTHPSTVAVGSKGGDIMLWNFGIKDKPTFIKGIGAG GSITGLKFNPLNTNQFYASSMEGTTRLQDFKGNILRVFASSDTINIWFCSLDVSASSRMVVTGDNVGNVILLNMDGKELW NLRMHKKKVTHVALNPCCDWFLATASVDQTVKIWDLRQVRGKASFLYSLPHRHPVNAACFSPDGARLLTTDQKSEIRVYS ASQWDCPLGLIPHPHRHFQHLTPIKAAWHPRYNLIVVGRYPDPNFKSCTPYELRTIDVFDGNSGKMMCQLYDPESSGISS LNEFNPMGDTLASAMGYHILIWSQEEARTRK ; ;GGGRMAPKKRPETQKTSEIVLRPRNKRSRSPLELEPEAKKLCAKGSGPSRRCDSDCLWVGLAGPQILPPCRSIVRTLHQH KLGRASWPSVQQGLQQSFLHTLDSYRILQKAAPFDRRATSLAWHPTHPSTVAVGSKGGDIMLWNFGIKDKPTFIKGIGAG GSITGLKFNPLNTNQFYASSMEGTTRLQDFKGNILRVFASSDTINIWFCSLDVSASSRMVVTGDNVGNVILLNMDGKELW NLRMHKKKVTHVALNPCCDWFLATASVDQTVKIWDLRQVRGKASFLYSLPHRHPVNAACFSPDGARLLTTDQKSEIRVYS ASQWDCPLGLIPHPHRHFQHLTPIKAAWHPRYNLIVVGRYPDPNFKSCTPYELRTIDVFDGNSGKMMCQLYDPESSGISS LNEFNPMGDTLASAMGYHILIWSQEEARTRK ; L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 ALA n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 LYS n 1 41 LYS n 1 42 PRO n 1 43 HIS n 1 44 ARG n 1 45 TYR n 1 46 ARG n 1 47 PRO n 1 48 GLY n 1 49 THR n 1 50 VAL n 1 51 ALA n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 GLU n 1 55 ILE n 1 56 ARG n 1 57 ARG n 1 58 TYR n 1 59 GLN n 1 60 LYS n 1 61 SER n 1 62 THR n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 LYS n 1 69 LEU n 1 70 PRO n 1 71 PHE n 1 72 GLN n 1 73 ARG n 1 74 LEU n 1 75 VAL n 1 76 ARG n 1 77 GLU n 1 78 ILE n 1 79 ALA n 1 80 GLN n 1 81 ASP n 1 82 PHE n 1 83 LYS n 1 84 THR n 1 85 ASP n 1 86 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RELION 2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6R8Z 'double helix' 6R8Z 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 0.062 -0.242 0.305 2.445 -2.623 0.252 1 I_DA1:DT145_J I 1 ? 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