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'Mechulam, Y.' 2 ? 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6SWE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat '16S ribosomal RNA' 152069.453 1 ? ? ? ? 2 polymer nat '30S ribosomal protein S7' 24662.818 1 ? ? ? ? 3 polymer nat '30S ribosomal protein S9' 15293.867 1 ? ? ? ? 4 polymer nat '30S ribosomal protein S10' 11795.769 1 ? ? ? ? 5 polymer nat '30S ribosomal protein S13' 16992.912 1 ? ? ? ? 6 polymer nat '30S ribosomal protein S14 type Z' 6644.064 1 ? ? ? ? 7 polymer nat '30S ribosomal protein S17e' 8059.528 1 ? ? ? ? 8 polymer nat '30S ribosomal protein S19' 15307.319 1 ? ? ? ? 9 polymer nat '30S ribosomal protein S19e' 17422.250 1 ? ? ? ? 10 polymer nat '30S ribosomal protein S28e' 8102.305 1 ? ? ? ? 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(4AC)GGGGGCGACGGCAGGAUGAAGGCCAGGCUGAAGGUCUUGCCGGACGCGCCGAGAGGAGGUGCAUGGCCGC(4AC) GUCAGCUCGGCGUCCACUUAAGUGUGGUAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGUCCCUCCCGCUCGGGAGGGAG GCACUCUGGGGGGACUGCCGGCGAUAAGC(4AC)GGAGGAAGGGGCGGGCGACGGUAGGUCAGUAUGCCC(4AC)GAAAC CCC(4AC)GGGCUACA(5MC)GCGCGCUACAAUGGGCGGGACAAUGGGUGC(4AC)GACCC(4AC)GAAAGGGGGAGGUA AUCCCCUAAACCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCGGGCUGCAACUCGCCCGCGUGAAGCUGGAAUCCCUAGUACCCGCGCGUC AUCAUCGCGCGGCGAAUACGUCCCUGCUCCUU ; ;GUAAGGCGGGGGAGCACUACAAGGGGUGGAGCGUGCGGUUUAAUUGGAUUCAACGCCGGGAACCUCACNGGGGGCGACGG CAGGAUGAAGGCCAGGCUGAAGGUCUUGCCGGACGCGCCGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCNGUCAGCUCGGCGUCCACUUA AGUGUGGUAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGUCCCUCCCGCUCGGGAGGGAGGCACUCUGGGGGGACUGCCG GCGAUAAGCNGGAGGAAGGGGCGGGCGACGGUAGGUCAGUAUGCCCNGAAACCCCNGGGCUACACGCGCGCUACAAUGGG CGGGACAAUGGGUGCNGACCCNGAAAGGGGGAGGUAAUCCCCUAAACCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCGGGCUGCAACUCG CCCGCGUGAAGCUGGAAUCCCUAGUACCCGCGCGUCAUCAUCGCGCGGCGAAUACGUCCCUGCUCCUU ; 2 ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MAKPLSERFFIPHEIKVMGRWSTEDVEVRDPSLKPYINLEPRLLPHTHGRHAKKHFGKANVHIVERLINKIMRSGGSHYK VAGHFMRREHRSLNSKKVKAYEVVKEAFKIIEKRTGKNPIQVLVWAIENAAPREDTTSVMFGGIRYHVAVDISPMRRLDV ALRNIALGASAKCYRTKMSFAEALAEEIILAANKDPKSYAYSKKLEIERIAESSR ; ;MAKPLSERFFIPHEIKVMGRWSTEDVEVRDPSLKPYINLEPRLLPHTHGRHAKKHFGKANVHIVERLINKIMRSGGSHYK VAGHFMRREHRSLNSKKVKAYEVVKEAFKIIEKRTGKNPIQVLVWAIENAAPREDTTSVMFGGIRYHVAVDISPMRRLDV ALRNIALGASAKCYRTKMSFAEALAEEIILAANKDPKSYAYSKKLEIERIAESSR ; H ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MRIIQTTGKRKTAIARAVIREGKGRVRINGKPVELVEPEIARFTILEPLILAGEEIWNSVDIDVKVQGGGFMGQAEAARI AIARALVEWTGDMNLKEKFIKYDRTMLVGDPRRTEPHKPNRSTKGPRAKRQKSYR ; ;MRIIQTTGKRKTAIARAVIREGKGRVRINGKPVELVEPEIARFTILEPLILAGEEIWNSVDIDVKVQGGGFMGQAEAARI AIARALVEWTGDMNLKEKFIKYDRTMLVGDPRRTEPHKPNRSTKGPRAKRQKSYR ; K ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MQKARIKLASTNVRSLEEVANQIKQIAERTGVRMSGPIPLPTKRIRIVTRKSPDGEGSATFDRWELRIHKRLIDIEADER AMRQIMRIRVPEDVTIEIELIS ; ;MQKARIKLASTNVRSLEEVANQIKQIAERTGVRMSGPIPLPTKRIRIVTRKSPDGEGSATFDRWELRIHKRLIDIEADER AMRQIMRIRVPEDVTIEIELIS ; L ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MADFRHIVRVAGVDLDGNKQLRWALTAIKGVGINFATMVCRVAGLDPFMKAGYLTDEQVKKIEEILQDPVAHGIPRWAVN RPKDYETGRDLHLITAKLDMAIREDIMRLRRIRAYRGIRHELGLPVRGQRTRSNFRRGQTVGVSRKKK ; ;MADFRHIVRVAGVDLDGNKQLRWALTAIKGVGINFATMVCRVAGLDPFMKAGYLTDEQVKKIEEILQDPVAHGIPRWAVN RPKDYETGRDLHLITAKLDMAIREDIMRLRRIRAYRGIRHELGLPVRGQRTRSNFRRGQTVGVSRKKK ; O ? 6 'polypeptide(L)' no no MAKADYNKRKPRKFGKGARRCIRCGQYGPIIRIHGLMLCRHCFREVAPKLGFRKYE MAKADYNKRKPRKFGKGARRCIRCGQYGPIIRIHGLMLCRHCFREVAPKLGFRKYE P ? 7 'polypeptide(L)' no no MGKIRQGFIKRVARELFNKYPNEFTRDFEHNKKKVEELTNVTSKKIRNRIAGYITKLVRMKEEGKIL MGKIRQGFIKRVARELFNKYPNEFTRDFEHNKKKVEELTNVTSKKIRNRIAGYITKLVRMKEEGKIL S ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MARKEFRYRGYTLEQLMNMSLEELAKLLPARQRRSLKRGLTPEQKKLLRKIRLAKKGKYNKPIRTHCRDMIVLPEMVGLT IYVHNGKEFVPVEIKPEMIGHYLGEFAPTRKRVQHGAPGIGATRSSMFVAVK ; ;MARKEFRYRGYTLEQLMNMSLEELAKLLPARQRRSLKRGLTPEQKKLLRKIRLAKKGKYNKPIRTHCRDMIVLPEMVGLT IYVHNGKEFVPVEIKPEMIGHYLGEFAPTRKRVQHGAPGIGATRSSMFVAVK ; T ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MATVYDVPGDLLVERVAQRLKEIPEIKPPEWAPFVKTGRHKERLPEQEDWWYYRVASILRRVYLDGPVGIERLRTYYGGR KNRGHAPERFYKAGGSIIRKALQQLEAAGFVEKVPGKGRVITPKGRSFLDKIATELKKELEEIIPELKKY ; ;MATVYDVPGDLLVERVAQRLKEIPEIKPPEWAPFVKTGRHKERLPEQEDWWYYRVASILRRVYLDGPVGIERLRTYYGGR KNRGHAPERFYKAGGSIIRKALQQLEAAGFVEKVPGKGRVITPKGRSFLDKIATELKKELEEIIPELKKY ; U ? 10 'polypeptide(L)' no no MAEDEGYPAEVIEIIGRTGTTGDVTQVKVRILEGRDKGRVIRRNVRGPVRVGDILILRETEREAREIKSRR MAEDEGYPAEVIEIIGRTGTTGDVTQVKVRILEGRDKGRVIRRNVRGPVRVGDILILRETEREAREIKSRR X ? 11 'polypeptide(L)' no no MGQKWKLYIVKDGKVIRKNKFCPRCGPGVFMADHGDRWACGRCGYTEWKKK MGQKWKLYIVKDGKVIRKNKFCPRCGPGVFMADHGDRWACGRCGYTEWKKK Y ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MAIERYFIREAVKEMLIDEFLEKELRRAGYGGLDIKKTPLGTKVIIFAANPGYVIGRGGRRIRELTRILERQFGLENPQI DVQEIKNPYLNAKVQAVRIAQALERGIHFRRAAYAAMRAIMSNGARGVEIRISGKLTGERAKSVRFYQGYLAKVGNPAET LVSKGYAQALLKLGVIGVKVAIMPPDARLPDEIEIIEKPVEEEVSSNEAE ; ;MAIERYFIREAVKEMLIDEFLEKELRRAGYGGLDIKKTPLGTKVIIFAANPGYVIGRGGRRIRELTRILERQFGLENPQI 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1 124 G n 1 125 G n 1 126 A n 1 127 G n 1 128 G n 1 129 U n 1 130 G n 1 131 C n 1 132 A n 1 133 U n 1 134 G n 1 135 G n 1 136 C n 1 137 C n 1 138 G n 1 139 C n 1 140 4AC n 1 141 G n 1 142 U n 1 143 C n 1 144 A n 1 145 G n 1 146 C n 1 147 U n 1 148 C n 1 149 G n 1 150 G n 1 151 C n 1 152 G n 1 153 U n 1 154 C n 1 155 C n 1 156 A n 1 157 C n 1 158 U n 1 159 U n 1 160 A n 1 161 A n 1 162 G n 1 163 U n 1 164 G n 1 165 U n 1 166 G n 1 167 G n 1 168 U n 1 169 A n 1 170 A n 1 171 C n 1 172 G n 1 173 A n 1 174 G n 1 175 C n 1 176 G n 1 177 A n 1 178 G n 1 179 A n 1 180 C n 1 181 C n 1 182 C n 1 183 G n 1 184 C n 1 185 G n 1 186 C n 1 187 C n 1 188 C n 1 189 C n 1 190 C n 1 191 A n 1 192 G n 1 193 U n 1 194 U n 1 195 G n 1 196 C n 1 197 C n 1 198 A n 1 199 G n 1 200 U n 1 201 C n 1 202 C n 1 203 C n 1 204 U n 1 205 C n 1 206 C n 1 207 C n 1 208 G n 1 209 C n 1 210 U n 1 211 C n 1 212 G n 1 213 G n 1 214 G n 1 215 A n 1 216 G n 1 217 G n 1 218 G n 1 219 A n 1 220 G n 1 221 G n 1 222 C n 1 223 A 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n 15 46 ILE n 15 47 ARG n 15 48 ARG n 15 49 CYS n 15 50 ARG n 15 51 ILE n 15 52 PRO n 15 53 GLY n 15 54 LYS n 15 55 LEU n 15 56 ARG n 15 57 ARG n 15 58 ARG n 15 59 VAL n 15 60 TRP n 15 61 ILE n 15 62 ARG n 15 63 VAL n 15 64 GLY n 15 65 ASP n 15 66 LEU n 15 67 VAL n 15 68 ILE n 15 69 VAL n 15 70 GLN n 15 71 PRO n 15 72 TRP n 15 73 PRO n 15 74 VAL n 15 75 GLN n 15 76 SER n 15 77 ASP n 15 78 LYS n 15 79 ARG n 15 80 GLY n 15 81 ASP n 15 82 ILE n 15 83 VAL n 15 84 TYR n 15 85 ARG n 15 86 TYR n 15 87 THR n 15 88 GLN n 15 89 THR n 15 90 GLN n 15 91 VAL n 15 92 ASP n 15 93 TRP n 15 94 LEU n 15 95 LEU n 15 96 ARG n 15 97 LYS n 15 98 GLY n 15 99 LYS n 15 100 ILE n 15 101 THR n 15 102 GLN n 15 103 GLU n 15 104 PHE n 15 105 LEU n 15 106 THR n 15 107 GLY n 15 108 GLY n 15 109 SER n 15 110 LEU n 15 111 LEU n 15 112 VAL n 15 113 GLU n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag _entity_src_gen.pdbx_seq_type _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num _entity_src_gen.gene_src_common_name _entity_src_gen.gene_src_genus _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 14 1 sample 'Biological sequence' 1 18 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 A1U72 ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 15 1 sample 'Biological sequence' 1 113 ? ? 'eIF1A, aif1A, PYRAB05910, PAB2441' ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 468 ? 'Pyrococcus abyssi GE5' 272844 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 215 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 135 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 102 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 1 148 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 1 56 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 67 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 1 132 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 1 150 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 1 71 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 1 51 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 1 210 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample 1 123 ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' 272844 ? ? 'GE5 / Orsay' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 6SWE 6SWE ? 1 ? 1 2 UNP RS7_PYRAB Q9V109 ? 2 ;MAKPLSERFFIPHEIKVMGRWSTEDVEVRDPSLKPYINLEPRLLPHTHGRHAKKHFGKANVHIVERLINKIMRSGGSHYK VAGHFMRREHRSLNSKKVKAYEVVKEAFKIIEKRTGKNPIQVLVWAIENAAPREDTTSVMFGGIRYHVAVDISPMRRLDV ALRNIALGASAKCYRTKMSFAEALAEEIILAANKDPKSYAYSKKLEIERIAESSR ; 1 3 UNP RS9_PYRAB Q9V195 ? 3 ;MRIIQTTGKRKTAIARAVIREGKGRVRINGKPVELVEPEIARFTILEPLILAGEEIWNSVDIDVKVQGGGFMGQAEAARI AIARALVEWTGDMNLKEKFIKYDRTMLVGDPRRTEPHKPNRSTKGPRAKRQKSYR ; 1 4 UNP RS10_PYRAB Q9V0V6 ? 4 ;MQKARIKLASTNVRSLEEVANQIKQIAERTGVRMSGPIPLPTKRIRIVTRKSPDGEGSATFDRWELRIHKRLIDIEADER AMRQIMRIRVPEDVTIEIELIS ; 1 5 UNP RS13_PYRAB Q9V1A0 ? 5 ;MADFRHIVRVAGVDLDGNKQLRWALTAIKGVGINFATMVCRVAGLDPFMKAGYLTDEQVKKIEEILQDPVAHGIPRWAVN RPKDYETGRDLHLITAKLDMAIREDIMRLRRIRAYRGIRHELGLPVRGQRTRSNFRRGQTVGVSRKKK ; 1 6 UNP RS14Z_PYRAB P62012 ? 6 MAKADYNKRKPRKFGKGARRCIRCGQYGPIIRIHGLMLCRHCFREVAPKLGFRKYE 1 7 UNP RS17E_PYRAB Q9V0G0 ? 7 MGKIRQGFIKRVARELFNKYPNEFTRDFEHNKKKVEELTNVTSKKIRNRIAGYITKLVRMKEEGKIL 1 8 UNP RS19_PYRAB Q9V1T9 ? 8 ;MARKEFRYRGYTLEQLMNMSLEELAKLLPARQRRSLKRGLTPEQKKLLRKIRLAKKGKYNKPIRTHCRDMIVLPEMVGLT IYVHNGKEFVPVEIKPEMIGHYLGEFAPTRKRVQHGAPGIGATRSSMFVAVK ; 1 9 UNP RS19E_PYRAB Q9V0G8 ? 9 ;MATVYDVPGDLLVERVAQRLKEIPEIKPPEWAPFVKTGRHKERLPEQEDWWYYRVASILRRVYLDGPVGIERLRTYYGGR KNRGHAPERFYKAGGSIIRKALQQLEAAGFVEKVPGKGRVITPKGRSFLDKIATELKKELEEIIPELKKY ; 1 10 UNP RS28_PYRAB P61029 ? 10 MAEDEGYPAEVIEIIGRTGTTGDVTQVKVRILEGRDKGRVIRRNVRGPVRVGDILILRETEREAREIKSRR 1 11 UNP RS27A_PYRAB P61238 ? 11 MGQKWKLYIVKDGKVIRKNKFCPRCGPGVFMADHGDRWACGRCGYTEWKKK 1 12 UNP RS3_PYRAB Q9V1U1 ? 12 ;MAIERYFIREAVKEMLIDEFLEKELRRAGYGGLDIKKTPLGTKVIIFAANPGYVIGRGGRRIRELTRILERQFGLENPQI DVQEIKNPYLNAKVQAVRIAQALERGIHFRRAAYAAMRAIMSNGARGVEIRISGKLTGERAKSVRFYQGYLAKVGNPAET LVSKGYAQALLKLGVIGVKVAIMPPDARLPDEIEIIEKPVEEEVSSNEAE ; 1 13 UNP RL7A_PYRAB P62008 ? 13 ;MAKPSYVKFEVPKELAEKALQAVEIARDTGKIRKGTNETTKAVERGQAKLVIIAEDVDPEEIVAHLPPLCEEKEIPYIYV PSKKELGAAAGIEVAAASVAIIEPGKARDLVEEIAMKVRELMK ; 1 14 PDB 6SWE 6SWE ? 14 ? 1 15 UNP IF1A_PYRAB Q9V138 ? 15 ;MPKKERKVEGDEVIRVPLPEGNQLFGVVEQALGAGWMDVRCEDGKIRRCRIPGKLRRRVWIRVGDLVIVQPWPVQSDKRG DIVYRYTQTQVDWLLRKGKITQEFLTGGSLLVE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6SWE 2 1 ? 468 ? 6SWE 496 ? 1365 ? 496 1365 2 2 6SWE H 1 ? 215 ? Q9V109 1 ? 215 ? 1 215 3 3 6SWE K 1 ? 135 ? Q9V195 1 ? 135 ? 1 135 4 4 6SWE L 1 ? 102 ? Q9V0V6 1 ? 102 ? 1 102 5 5 6SWE O 1 ? 148 ? Q9V1A0 1 ? 148 ? 1 148 6 6 6SWE P 1 ? 56 ? P62012 1 ? 56 ? 1 56 7 7 6SWE S 1 ? 67 ? Q9V0G0 1 ? 67 ? 1 67 8 8 6SWE T 1 ? 132 ? Q9V1T9 1 ? 132 ? 1 132 9 9 6SWE U 1 ? 150 ? Q9V0G8 1 ? 150 ? 1 150 10 10 6SWE X 1 ? 71 ? P61029 1 ? 71 ? 1 71 11 11 6SWE Y 1 ? 51 ? P61238 1 ? 51 ? 1 51 12 12 6SWE Z 1 ? 210 ? Q9V1U1 1 ? 210 ? 1 210 13 13 6SWE 3 1 ? 123 ? P62008 1 ? 123 ? 1 123 14 14 6SWE 4 1 ? 18 ? 6SWE 27 ? 44 ? 27 44 15 15 6SWE 6 1 ? 113 ? Q9V138 1 ? 113 ? 1 113 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 4AC 'RNA linking' . "N(4)-ACETYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C11 H16 N3 O9 P' 365.233 5MC 'RNA linking' n "5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N3 O8 P' 337.223 A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 B8H 'RNA linking' n ;[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-[1-methyl-2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-5-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate ; ? 'C10 H15 N2 O9 P' 338.208 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 OMC 'RNA linking' n "O2'-METHYLYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N3 O8 P' 337.223 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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VAL L 13 THR L 30 1 ? 18 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP D 78 ? ARG D 83 ? ASP L 78 ARG L 83 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 GLN D 84 ? ARG D 87 ? GLN L 84 ARG L 87 5 ? 4 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN E 20 ? LEU E 25 ? GLN O 20 LEU O 25 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY E 32 ? GLY E 44 ? GLY O 32 GLY O 44 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 LYS E 50 ? LEU E 54 ? LYS O 50 LEU O 54 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 THR E 55 ? ASP E 68 ? THR O 55 ASP O 68 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO E 69 ? GLY E 73 ? PRO O 69 GLY O 73 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 ILE E 94 ? ILE E 112 ? ILE O 94 ILE O 112 1 ? 19 HELX_P HELX_P25 AC7 ALA E 114 ? GLY E 123 ? ALA O 114 GLY O 123 1 ? 10 HELX_P HELX_P26 AC8 GLY F 15 ? ARG F 19 ? GLY P 15 ARG P 19 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG F 40 ? ARG F 44 ? ARG P 40 ARG P 44 1 ? 5 HELX_P HELX_P28 AD1 VAL F 46 ? GLY F 51 ? VAL P 46 GLY P 51 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 GLN G 6 ? LEU G 16 ? GLN S 6 LEU S 16 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP G 27 ? LEU G 38 ? ASP S 27 LEU S 38 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 LYS G 44 ? ARG G 59 ? LYS S 44 ARG S 59 1 ? 16 HELX_P HELX_P32 AD5 THR H 12 ? MET H 17 ? THR T 12 MET T 17 1 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 PRO H 29 ? ARG H 38 ? PRO T 29 ARG T 38 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 THR H 41 ? GLY H 57 ? THR T 41 GLY T 57 1 ? 17 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU H 103 ? ALA H 107 ? LEU T 103 ALA T 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO I 8 ? LEU I 20 ? PRO U 8 LEU U 20 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 AE1 LYS I 21 ? ILE I 23 ? LYS U 21 ILE U 23 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 AE2 TRP I 31 ? VAL I 35 ? TRP U 31 VAL U 35 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP I 49 ? LEU I 64 ? ASP U 49 LEU U 64 1 ? 16 HELX_P HELX_P40 AE4 GLY I 69 ? TYR I 77 ? GLY U 69 TYR U 77 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 GLY I 95 ? GLY I 109 ? GLY U 95 GLY U 109 1 ? 15 HELX_P HELX_P42 AE6 THR I 122 ? GLU I 139 ? THR U 122 GLU U 139 1 ? 18 HELX_P HELX_P43 AE7 ILE L 3 ? ILE L 8 ? ILE Z 3 ILE Z 8 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 ALA L 11 ? LEU L 25 ? ALA Z 11 LEU Z 25 1 ? 15 HELX_P HELX_P45 AE9 ASN L 50 ? GLY L 56 ? 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F CYS 24 SG ? ? ? 1_555 F CYS 42 SG ? ? P CYS 24 P CYS 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? covale1 covale both ? A U 49 "O3'" ? ? ? 1_555 A B8H 50 P ? ? 2 U 937 2 B8H 938 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.600 ? covale2 covale one ? A B8H 50 "O3'" ? ? ? 1_555 A 5MC 51 P ? ? 2 B8H 938 2 5MC 939 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.600 ? covale3 covale both ? A 5MC 51 "O3'" ? ? ? 1_555 A A 52 P ? ? 2 5MC 939 2 A 940 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? metalc1 metalc ? ? A C 63 OP1 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 C 951 2 MG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc2 metalc ? ? A C 64 OP2 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 C 952 2 MG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc3 metalc ? ? A U 65 O4 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 U 953 2 MG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? covale4 covale both ? A C 68 "O3'" ? ? ? 1_555 A 4AC 69 P ? ? 2 C 956 2 4AC 957 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? covale5 covale both ? A 4AC 69 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 70 P ? ? 2 4AC 957 2 G 958 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? metalc4 metalc ? ? A C 131 OP1 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? 2 C 1019 2 MG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc5 metalc ? ? A C 131 OP2 ? ? ? 1_555 S MG . MG ? ? 2 C 1019 2 MG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? covale6 covale both ? A C 139 "O3'" ? ? ? 1_555 A 4AC 140 P ? ? 2 C 1027 2 4AC 1028 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? covale7 covale both ? A 4AC 140 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 141 P ? ? 2 4AC 1028 2 G 1029 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? covale8 covale both ? A C 249 "O3'" ? ? ? 1_555 A 4AC 250 P ? ? 2 C 1146 2 4AC 1147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? covale9 covale both ? A 4AC 250 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 251 P ? ? 2 4AC 1147 2 G 1148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.599 ? metalc6 metalc ? ? A G 274 OP1 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? 2 G 1171 2 MG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc7 metalc ? ? A G 274 OP2 ? ? ? 1_555 S MG . MG ? ? 2 G 1171 2 MG 1404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc8 metalc ? ? A G 275 OP2 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? 2 G 1172 2 MG 1402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? covale10 covale both ? A C 286 "O3'" ? ? ? 1_555 A 4AC 287 P ? ? 2 C 1183 2 4AC 1184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.600 ? covale11 covale both ? A 4AC 287 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 288 P ? ? 2 4AC 1184 2 G 1185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? covale12 covale both ? A C 295 "O3'" ? ? ? 1_555 A 4AC 296 P ? ? 2 C 1192 2 4AC 1193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? covale13 covale both ? A 4AC 296 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 297 P ? ? 2 4AC 1193 2 G 1194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? metalc9 metalc ? ? A G 299 O6 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 G 1196 2 MG 1403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? metalc10 metalc ? ? A U 301 OP1 ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? 2 U 1198 2 MG 1405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? covale14 covale both ? A A 304 "O3'" ? ? ? 1_555 A 5MC 305 P ? ? 2 A 1201 2 5MC 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? covale15 covale both ? A 5MC 305 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 306 P ? ? 2 5MC 1202 2 G 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale16 covale both ? A C 335 "O3'" ? ? ? 1_555 A 4AC 336 P ? ? 2 C 1232 2 4AC 1233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? covale17 covale both ? A 4AC 336 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 337 P ? ? 2 4AC 1233 2 G 1234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? covale18 covale both ? A C 341 "O3'" ? ? ? 1_555 A 4AC 342 P ? ? 2 C 1238 2 4AC 1239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.599 ? covale19 covale both ? A 4AC 342 "O3'" ? ? ? 1_555 A G 343 P ? ? 2 4AC 1239 2 G 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? metalc11 metalc ? ? A C 380 OP1 ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? 2 C 1277 2 MG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc12 metalc ? ? A G 381 OP2 ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? 2 G 1278 2 MG 1406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc13 metalc ? ? A A 396 "O3'" ? ? ? 1_555 V MG . MG ? ? 2 A 1293 2 MG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc14 metalc ? ? A C 397 OP2 ? ? ? 1_555 V MG . MG ? ? 2 C 1294 2 MG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc15 metalc ? ? A U 398 OP2 ? ? ? 1_555 V MG . MG ? ? 2 U 1295 2 MG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.998 ? metalc16 metalc ? ? A C 399 "O2'" ? ? ? 1_555 V MG . MG ? ? 2 C 1296 2 MG 1407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc17 metalc ? ? F CYS 21 SG ? ? ? 1_555 W ZN . ZN ? ? P CYS 21 P ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.350 ? metalc18 metalc ? ? F CYS 24 SG ? ? ? 1_555 W ZN . ZN ? ? P CYS 24 P ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc19 metalc ? ? F CYS 39 SG ? ? ? 1_555 W ZN . ZN ? ? P CYS 39 P ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc20 metalc ? ? F CYS 42 SG ? ? ? 1_555 W ZN . ZN ? ? P CYS 42 P ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? covale20 covale both ? N G 6 "O3'" ? ? ? 1_555 N OMC 7 P ? ? 4 G 32 4 OMC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.600 ? covale21 covale both ? N OMC 7 "O3'" ? ? ? 1_555 N U 8 P ? ? 4 OMC 33 4 U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.598 ? metalc21 metalc ? ? N A 12 OP2 ? ? ? 1_555 X MG . MG ? ? 4 A 38 4 MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? hydrog1 hydrog ? ? A A 3 N6 ? ? ? 1_555 A G 283 N3 ? ? 2 A 498 2 G 1180 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog2 hydrog ? ? A A 3 N7 ? ? ? 1_555 A G 283 N2 ? ? 2 A 498 2 G 1180 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 8 N1 ? ? ? 1_555 A U 468 O2 ? ? 2 G 896 2 U 1365 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 8 O6 ? ? ? 1_555 A U 468 N3 ? ? 2 G 896 2 U 1365 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog5 hydrog ? ? A G 10 N1 ? ? ? 1_555 A U 467 O2 ? ? 2 G 898 2 U 1364 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog6 hydrog ? ? A G 10 O6 ? ? ? 1_555 A U 467 N3 ? ? 2 G 898 2 U 1364 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog7 hydrog ? ? A G 11 N1 ? ? ? 1_555 A C 466 N3 ? ? 2 G 899 2 C 1363 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog8 hydrog ? ? A G 11 N2 ? ? ? 1_555 A C 466 O2 ? ? 2 G 899 2 C 1363 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog9 hydrog ? ? A G 11 O6 ? ? ? 1_555 A C 466 N4 ? ? 2 G 899 2 C 1363 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog10 hydrog ? ? A G 12 N1 ? ? ? 1_555 A C 465 N3 ? ? 2 G 900 2 C 1362 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog11 hydrog ? ? A G 12 N2 ? ? ? 1_555 A C 465 O2 ? ? 2 G 900 2 C 1362 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog12 hydrog ? ? A G 12 O6 ? ? ? 1_555 A C 465 N4 ? ? 2 G 900 2 C 1362 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog13 hydrog ? ? A A 13 N1 ? ? ? 1_555 A U 464 N3 ? ? 2 A 901 2 U 1361 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog14 hydrog ? ? A A 13 N6 ? ? ? 1_555 A U 464 O4 ? ? 2 A 901 2 U 1361 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog15 hydrog ? ? A G 14 N1 ? ? ? 1_555 A C 463 N3 ? ? 2 G 902 2 C 1360 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog16 hydrog ? ? A G 14 N2 ? ? ? 1_555 A C 463 O2 ? ? 2 G 902 2 C 1360 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog17 hydrog ? ? A G 14 O6 ? ? ? 1_555 A C 463 N4 ? ? 2 G 902 2 C 1360 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog18 hydrog ? ? A C 15 N3 ? ? ? 1_555 A G 462 N1 ? ? 2 C 903 2 G 1359 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog19 hydrog ? ? A C 15 N4 ? ? ? 1_555 A G 462 O6 ? ? 2 C 903 2 G 1359 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog20 hydrog ? ? A C 15 O2 ? ? ? 1_555 A G 462 N2 ? ? 2 C 903 2 G 1359 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog21 hydrog ? ? A A 16 N1 ? ? ? 1_555 A U 461 N3 ? ? 2 A 904 2 U 1358 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog22 hydrog ? ? A A 16 N6 ? ? ? 1_555 A U 461 O4 ? ? 2 A 904 2 U 1358 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog23 hydrog ? ? A C 17 N3 ? ? ? 1_555 A A 22 N6 ? ? 2 C 905 2 A 910 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_26_PAIR ? ? hydrog24 hydrog ? ? A C 17 N4 ? ? ? 1_555 A A 22 N1 ? ? 2 C 905 2 A 910 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_26_PAIR ? ? hydrog25 hydrog ? ? A A 19 N1 ? ? ? 1_555 A U 457 N3 ? ? 2 A 907 2 U 1354 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog26 hydrog ? ? A A 19 N6 ? ? ? 1_555 A U 457 O4 ? ? 2 A 907 2 U 1354 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog27 hydrog ? ? A A 19 N3 ? ? ? 1_555 A C 460 N4 ? ? 2 A 907 2 C 1357 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? hydrog28 hydrog ? ? A C 20 N4 ? ? ? 1_555 A G 456 O6 ? ? 2 C 908 2 G 1353 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? hydrog29 hydrog ? ? A C 20 O2 ? ? ? 1_555 A C 459 N4 ? ? 2 C 908 2 C 1356 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-C MISPAIR' ? ? hydrog30 hydrog ? ? A A 21 N6 ? ? ? 1_555 A U 422 O4 ? ? 2 A 909 2 U 1319 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? hydrog31 hydrog ? ? A G 23 N1 ? ? ? 1_555 A C 421 N3 ? ? 2 G 911 2 C 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog32 hydrog ? ? A G 23 N2 ? ? ? 1_555 A C 421 O2 ? ? 2 G 911 2 C 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog33 hydrog ? ? A G 23 O6 ? ? ? 1_555 A C 421 N4 ? ? 2 G 911 2 C 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog34 hydrog ? ? A G 24 N1 ? ? ? 1_555 A C 420 N3 ? ? 2 G 912 2 C 1317 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog35 hydrog ? ? A G 24 N2 ? ? ? 1_555 A C 420 O2 ? ? 2 G 912 2 C 1317 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog36 hydrog ? ? A G 24 O6 ? ? ? 1_555 A C 420 N4 ? ? 2 G 912 2 C 1317 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog37 hydrog ? ? A G 25 N1 ? ? ? 1_555 A C 419 N3 ? ? 2 G 913 2 C 1316 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog38 hydrog ? ? A G 25 N2 ? ? ? 1_555 A C 419 O2 ? ? 2 G 913 2 C 1316 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog39 hydrog ? ? A G 25 O6 ? ? ? 1_555 A C 419 N4 ? ? 2 G 913 2 C 1316 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog40 hydrog ? ? A G 26 N1 ? ? ? 1_555 A U 418 O2 ? ? 2 G 914 2 U 1315 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog41 hydrog ? ? A G 26 O6 ? ? ? 1_555 A U 418 N3 ? ? 2 G 914 2 U 1315 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog42 hydrog ? ? A U 27 N3 ? ? ? 1_555 A A 417 N1 ? ? 2 U 915 2 A 1314 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog43 hydrog ? ? A U 27 O4 ? ? ? 1_555 A A 417 N6 ? ? 2 U 915 2 A 1314 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog44 hydrog ? ? A G 28 N2 ? ? ? 1_555 A A 416 N7 ? ? 2 G 916 2 A 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog45 hydrog ? ? A G 28 N3 ? ? ? 1_555 A A 416 N6 ? ? 2 G 916 2 A 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog46 hydrog ? ? A G 29 N1 ? ? ? 1_555 A A 313 N1 ? ? 2 G 917 2 A 1210 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? hydrog47 hydrog ? ? A G 29 O6 ? ? ? 1_555 A A 313 N6 ? ? 2 G 917 2 A 1210 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? hydrog48 hydrog ? ? A A 30 N1 ? ? ? 1_555 A U 312 N3 ? ? 2 A 918 2 U 1209 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog49 hydrog ? ? A A 30 N6 ? ? ? 1_555 A U 312 O4 ? ? 2 A 918 2 U 1209 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog50 hydrog ? ? A G 31 N1 ? ? ? 1_555 A C 311 N3 ? ? 2 G 919 2 C 1208 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog51 hydrog ? ? A G 31 N2 ? ? ? 1_555 A C 311 O2 ? ? 2 G 919 2 C 1208 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog52 hydrog ? ? A G 31 O6 ? ? ? 1_555 A C 311 N4 ? ? 2 G 919 2 C 1208 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog53 hydrog ? ? A C 32 N3 ? ? ? 1_555 A G 310 N1 ? ? 2 C 920 2 G 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog54 hydrog ? ? A C 32 N4 ? ? ? 1_555 A G 310 O6 ? ? 2 C 920 2 G 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog55 hydrog ? ? A C 32 O2 ? ? ? 1_555 A G 310 N2 ? ? 2 C 920 2 G 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog56 hydrog ? ? A G 33 N1 ? ? ? 1_555 A C 309 N3 ? ? 2 G 921 2 C 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog57 hydrog ? ? 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A C 36 N4 ? ? ? 1_555 A G 306 O6 ? ? 2 C 924 2 G 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog67 hydrog ? ? A C 36 O2 ? ? ? 1_555 A G 306 N2 ? ? 2 C 924 2 G 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog68 hydrog ? ? A G 37 N1 ? ? ? 1_555 A 5MC 305 N3 ? ? 2 G 925 2 5MC 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog69 hydrog ? ? A G 37 N2 ? ? ? 1_555 A 5MC 305 O2 ? ? 2 G 925 2 5MC 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog70 hydrog ? ? A G 37 O6 ? ? ? 1_555 A 5MC 305 N4 ? ? 2 G 925 2 5MC 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog71 hydrog ? ? A G 38 N1 ? ? ? 1_555 A C 303 N3 ? ? 2 G 926 2 C 1200 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog72 hydrog ? ? A G 38 N2 ? ? ? 1_555 A C 303 O2 ? ? 2 G 926 2 C 1200 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog73 hydrog ? ? A G 38 O6 ? ? ? 1_555 A C 303 N4 ? ? 2 G 926 2 C 1200 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog74 hydrog ? ? A G 38 N2 ? ? ? 1_555 A A 304 N1 ? ? 2 G 926 2 A 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? hydrog75 hydrog ? ? 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'U-C MISPAIR' ? ? hydrog454 hydrog ? ? A C 458 O2 ? ? ? 1_555 A C 460 N4 ? ? 2 C 1355 2 C 1357 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-C MISPAIR' ? ? hydrog455 hydrog ? ? N U 2 N3 ? ? ? 1_555 N A 18 N1 ? ? 4 U 28 4 A 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog456 hydrog ? ? N U 2 O4 ? ? ? 1_555 N A 18 N6 ? ? 4 U 28 4 A 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog457 hydrog ? ? N C 3 N3 ? ? ? 1_555 N G 17 N1 ? ? 4 C 29 4 G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog458 hydrog ? ? N C 3 N4 ? ? ? 1_555 N G 17 O6 ? ? 4 C 29 4 G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog459 hydrog ? ? N C 3 O2 ? ? ? 1_555 N G 17 N2 ? ? 4 C 29 4 G 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog460 hydrog ? ? N G 4 N1 ? ? ? 1_555 N C 16 N3 ? ? 4 G 30 4 C 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog461 hydrog ? ? N G 4 N2 ? ? ? 1_555 N C 16 O2 ? ? 4 G 30 4 C 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog462 hydrog ? ? N G 4 O6 ? ? ? 1_555 N C 16 N4 ? ? 4 G 30 4 C 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog463 hydrog ? ? N G 5 N1 ? ? ? 1_555 N C 15 N3 ? ? 4 G 31 4 C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog464 hydrog ? ? N G 5 N2 ? ? ? 1_555 N C 15 O2 ? ? 4 G 31 4 C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog465 hydrog ? ? N G 5 O6 ? ? ? 1_555 N C 15 N4 ? ? 4 G 31 4 C 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog466 hydrog ? ? N G 6 N1 ? ? ? 1_555 N C 14 N3 ? ? 4 G 32 4 C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog467 hydrog ? ? N G 6 N2 ? ? ? 1_555 N C 14 O2 ? ? 4 G 32 4 C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog468 hydrog ? ? N G 6 O6 ? ? ? 1_555 N C 14 N4 ? ? 4 G 32 4 C 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ASP _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 58 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id M _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ASP _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 58 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id 3 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 59 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 M _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 59 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 3 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1.42 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? 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O VAL T 90 AA9 1 2 N GLY I 79 ? N GLY U 79 O TYR I 91 ? O TYR U 91 AB1 1 2 N VAL I 114 ? N VAL U 114 O GLY I 118 ? O GLY U 118 AB2 1 2 N THR L 38 ? N THR Z 38 O GLY L 41 ? O GLY Z 41 AB2 2 3 N ILE L 46 ? N ILE Z 46 O ASP L 81 ? O ASP Z 81 AB3 1 2 O PHE L 146 ? O PHE Z 146 N ILE L 130 ? N ILE Z 130 AB3 2 3 N SER L 133 ? N SER Z 133 O GLY L 177 ? O GLY Z 177 AB3 3 4 O ILE L 182 ? O ILE Z 182 N SER L 163 ? N SER Z 163 AB4 1 2 N ARG M 33 ? N ARG 3 33 O ALA M 100 ? O ALA 3 100 AB5 1 2 N ILE M 53 ? N ILE 3 53 O VAL M 80 ? O VAL 3 80 AB6 1 2 N GLY O 26 ? N GLY 6 26 O VAL O 67 ? O VAL 6 67 AB7 1 2 N GLU O 29 ? N GLU 6 29 O ASP O 38 ? O ASP 6 38 AB7 2 3 N MET O 37 ? N MET 6 37 O CYS O 49 ? O CYS 6 49 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software 2 MG 1402 ? 3 'binding site for residue MG 2 1402' AC2 Software 2 MG 1403 ? 4 'binding site for residue MG 2 1403' AC3 Software 2 MG 1404 ? 2 'binding site for residue MG 2 1404' AC4 Software 2 MG 1405 ? 1 'binding site for residue MG 2 1405' AC5 Software 2 MG 1406 ? 2 'binding site for residue MG 2 1406' AC6 Software 2 MG 1407 ? 5 'binding site for residue MG 2 1407' AC7 Software P ZN 101 ? 4 'binding site for residue ZN P 101' AC8 Software 4 MG 101 ? 1 'binding site for residue MG 4 101' AC9 Software 2 B8H 938 ? 3 'binding site for residues B8H 2 938 and 5MC 2 939' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 3 C A 131 ? 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J MET 1 16 1 Y 1 X ALA 2 ? J ALA 2 17 1 Y 1 X GLU 3 ? J GLU 3 18 1 Y 1 X ASP 4 ? J ASP 4 19 1 Y 1 Y LYS 51 ? K LYS 51 20 1 Y 1 Z MET 1 ? L MET 1 21 1 Y 1 Z PRO 199 ? L PRO 199 22 1 Y 1 Z VAL 200 ? L VAL 200 23 1 Y 1 Z GLU 201 ? L GLU 201 24 1 Y 1 Z GLU 202 ? L GLU 202 25 1 Y 1 Z GLU 203 ? L GLU 203 26 1 Y 1 Z VAL 204 ? L VAL 204 27 1 Y 1 Z SER 205 ? L SER 205 28 1 Y 1 Z SER 206 ? L SER 206 29 1 Y 1 Z ASN 207 ? L ASN 207 30 1 Y 1 Z GLU 208 ? L GLU 208 31 1 Y 1 Z ALA 209 ? L ALA 209 32 1 Y 1 Z GLU 210 ? L GLU 210 33 1 Y 1 6 MET 1 ? O MET 1 34 1 Y 1 6 PRO 2 ? O PRO 2 35 1 Y 1 6 LYS 3 ? O LYS 3 36 1 Y 1 6 LYS 4 ? O LYS 4 37 1 Y 1 6 GLU 5 ? O GLU 5 38 1 Y 1 6 ARG 6 ? O ARG 6 39 1 Y 1 6 LYS 7 ? O LYS 7 40 1 Y 1 6 VAL 8 ? O VAL 8 41 1 Y 1 6 GLU 9 ? O GLU 9 42 1 Y 1 6 GLY 10 ? O GLY 10 43 1 Y 1 6 ASP 11 ? O ASP 11 44 1 Y 1 6 GLU 12 ? O GLU 12 45 1 Y 1 6 GLY 108 ? O GLY 108 46 1 Y 1 6 SER 109 ? O SER 109 47 1 Y 1 6 LEU 110 ? O LEU 110 48 1 Y 1 6 LEU 111 ? O LEU 111 49 1 Y 1 6 VAL 112 ? O VAL 112 50 1 Y 1 6 GLU 113 ? O GLU 113 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 1.05 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 272844 ? ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' ? ? 2 3 ? ? 562 ? ? 'Escherichia coli' ? ? 3 4 ? ? 272844 ? ? 'Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 2 4 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 2 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6SWE 'double helix' 6SWE 'a-form double helix' 6SWE 'hairpin loop' 6SWE 'bulge loop' 6SWE 'mismatched base pair' 6SWE 'internal loop' 6SWE 'triple helix' 6SWE 'quadruple helix' 6SWE 'three-way junction' 6SWE 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A C 459 1_555 A C 20 1_555 -6.202 -1.554 -0.800 12.754 -5.093 70.388 1 2_C1356:C908_2 2 1356 ? 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