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'Some residues modelled as Alanine where no sidechain information available.' 3 polymer syn ;DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*A)-3') ; 3069.030 1 ? ? ? ? 4 polymer syn ;DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*TP*G)-3') ; 3019.992 1 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name 'DNA excision repair protein ERCC-4,DNA repair protein complementing XP-F cells,Xeroderma pigmentosum group F-complementing protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MESGQPARRIAMAPLLEYERQLVLELLDTDGLVVCARGLGADRLLYHFLQLHCHPACLVLVLNTQPAEEEYFINQLKIEG VEHLPRRVTNEITSNSRYEVYTQGGVIFATSRILVVDFLTDRIPSDLITGILVYRAHRIIESCQEAFILRLFRQKNKRGF IKAFTDNAVAFDTGFCHVERVMRNLFVRKLYLWPRFHVAVNSFLEQHKPEVVEIHVSMTPTMLAIQTAILDILNACLKEL 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'Fall armyworm' 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 10 'Homo sapiens' Human 9606 ? 4 1 sample 1 10 'Homo sapiens' Human 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP XPF_HUMAN Q92889 ? 1 ;MESGQPARRIAMAPLLEYERQLVLELLDTDGLVVCARGLGADRLLYHFLQLHCHPACLVLVLNTQPAEEEYFINQLKIEG VEHLPRRVTNEITSNSRYEVYTQGGVIFATSRILVVDFLTDRIPSDLITGILVYRAHRIIESCQEAFILRLFRQKNKRGF IKAFTDNAVAFDTGFCHVERVMRNLFVRKLYLWPRFHVAVNSFLEQHKPEVVEIHVSMTPTMLAIQTAILDILNACLKEL KCHNPSLEVEDLSLENAIGKPFDKTIRHYLDPLWHQLGAKTKSLVQDLKILRTLLQYLSQYDCVTFLNLLESLRATEKAF GQNSGWLFLDSSTSMFINARARVYHLPDAKMSKKEKISEKMEIKEGEETKKELVLESNPKWEALTEVLKEIEAENKESEA LGGPGQVLICASDDRTCSQLRDYITLGAEAFLLRLYRKTFEKDSKAEEVWMKFRKEDSSKRIRKSHKRPKDPQNKERAST KERTLKKKKRKLTLTQMVGKPEELEEEGDVEEGYRREISSSPESCPEEIKHEEFDVNLSSDAAFGILKEPLTIIHPLLGC SDPYALTRVLHEVEPRYVVLYDAELTFVRQLEIYRASRPGKPLRVYFLIYGGSTEEQRYLTALRKEKEAFEKLIREKASM VVPEEREGRDETNLDLVRGTASADVSTDTRKAGGQEQNGTQQSIVVDMREFRSELPSLIHRRGIDIEPVTLEVGDYILTP EMCVERKSISDLIGSLNNGRLYSQCISMSRYYKRPVLLIEFDPSKPFSLTSRGALFQEISSNDISSKLTLLTLHFPRLRI LWCPSPHATAELFEELKQSKPQPDAATALAITADSETLPESEKYNPGPQDFLLKMPGVNAKNCRSLMHHVKNIAELAALS QDELTSILGNAANAKQLYDFIHTSFAEVVSKGKGKK ; 1 2 UNP ERCC1_HUMAN P07992 ? 2 ;MDPGKDKEGVPQPSGPPARKKFVIPLDEDEVPPGVAKPLFRSTQSLPTVDTSAQAAPQTYAEYAISQPLEGAGATCPTGS EPLAGETPNQALKPGAKSNSIIVSPRQRGNPVLKFVRNVPWEFGDVIPDYVLGQSTCALFLSLRYHNLHPDYIHGRLQSL GKNFALRVLLVQVDVKDPQQALKELAKMCILADCTLILAWSPEEAGRYLETYKAYEQKPADLLMEKLEQDFVSRVTECLT TVKSVNKTDSQTLLTTFGSLEQLIAASREDLALCPGLGPQKARRLFDVLHEPFLKVP ; 1 3 PDB 6SXB 6SXB ? 3 ? 1 4 PDB 6SXB 6SXB ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6SXB F 1 ? 916 ? Q92889 1 ? 916 ? 1 916 2 2 6SXB G 1 ? 297 ? P07992 1 ? 297 ? 1 297 3 3 6SXB C 1 ? 10 ? 6SXB 6 ? 15 ? 6 15 4 4 6SXB D 1 ? 10 ? 6SXB 1 ? 10 ? 1 10 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6SXB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6SXB _struct.title 'XPF-ERCC1 Cryo-EM Structure, DNA-Bound form' _struct.pdbx_descriptor 'DNA repair endonuclease XPF, DNA excision repair protein ERCC-1/DNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6SXB _struct_keywords.text 'DNA Repair enzyme. Nucleotide excision repair, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 19 ? LEU A 27 ? GLU F 19 LEU F 27 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 GLY A 40 ? HIS A 52 ? GLY F 40 HIS F 52 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 65 ? GLY A 80 ? GLN F 65 GLY F 80 1 ? 16 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 96 ? TYR A 101 ? SER F 96 TYR F 101 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 ARG A 112 ? THR A 120 ? ARG F 112 THR F 120 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 ALA A 136 ? ILE A 139 ? ALA F 136 ILE F 139 5 ? 4 HELX_P HELX_P7 AA7 GLN A 144 ? ARG A 153 ? GLN F 144 ARG F 153 1 ? 10 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 167 ? PHE A 171 ? ASN F 167 PHE F 171 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 HIS A 177 ? ASN A 184 ? HIS F 177 ASN F 184 1 ? 8 HELX_P HELX_P10 AB1 HIS A 197 ? LEU A 204 ? HIS F 197 LEU F 204 1 ? 8 HELX_P HELX_P11 AB2 THR A 219 ? HIS A 243 ? THR F 219 HIS F 243 1 ? 25 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU A 254 ? GLY A 259 ? LEU F 254 GLY F 259 1 ? 6 HELX_P HELX_P13 AB4 PHE A 262 ? LEU A 270 ? PHE F 262 LEU F 270 1 ? 9 HELX_P HELX_P14 AB5 GLY A 278 ? TYR A 301 ? GLY F 278 TYR F 301 1 ? 24 HELX_P HELX_P15 AB6 CYS A 303 ? LEU A 309 ? CYS F 303 LEU F 309 1 ? 7 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU A 310 ? GLY A 321 ? LEU F 310 GLY F 321 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY A 325 ? LEU A 329 ? GLY F 325 LEU F 329 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 THR A 333 ? ARG A 342 ? THR F 333 ARG F 342 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN A 378 ? SER A 398 ? ASN F 378 SER F 398 1 ? 21 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP A 413 ? GLY A 427 ? ASP F 413 GLY F 427 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 AC3 ALA A 428 ? THR A 439 ? ALA F 428 THR F 439 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP A 562 ? VAL A 573 ? ASP F 562 VAL F 573 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA A 583 ? SER A 597 ? ALA F 583 SER F 597 1 ? 15 HELX_P HELX_P24 AC6 SER A 613 ? ALA A 638 ? SER F 613 ALA F 638 1 ? 26 HELX_P HELX_P25 AC7 MET A 688 ? PHE A 691 ? MET F 688 PHE F 691 5 ? 4 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU A 694 ? HIS A 700 ? GLU F 694 HIS F 700 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 SER A 730 ? GLY A 739 ? SER F 730 GLY F 739 1 ? 10 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY A 739 ? SER A 749 ? GLY F 739 SER F 749 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP A 783 ? PHE A 795 ? ASP F 783 PHE F 795 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 SER A 805 ? LEU A 816 ? SER F 805 LEU F 816 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO A 846 ? LYS A 854 ? PRO F 846 LYS F 854 1 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 ASN A 859 ? HIS A 868 ? ASN F 859 HIS F 868 1 ? 10 HELX_P HELX_P33 AD6 ILE A 873 ? LEU A 879 ? ILE F 873 LEU F 879 1 ? 7 HELX_P HELX_P34 AD7 SER A 880 ? GLY A 889 ? 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GLY G 278 GLU G 291 1 ? 14 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog1 hydrog ? ? 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AA4 ? 6 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? parallel AA1 5 6 ? parallel AA1 6 7 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? parallel AA3 4 5 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? parallel AA4 5 6 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 86 ? 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 7108 'Spodoptera frugiperda' ? ? 3 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 63 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images 15315 # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6SXB 'double helix' 6SXB 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 C DC 1 1_555 D DG 10 1_555 0.183 -0.241 0.804 0.575 0.724 0.542 1 C_DC6:DG10_D C 6 ? 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