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EMDB EMD-10392 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-04-29 2 'Structure model' 1 1 2020-05-13 3 'Structure model' 1 2 2024-05-22 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' 4 3 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' database_2 6 3 'Structure model' em_3d_fitting_list 7 3 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 5 2 'Structure model' '_citation.title' 6 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 7 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 8 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 9 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 10 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 11 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 12 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6T7B _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-10-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Structure of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome' EMD-10392 'associated EM volume' PDB . 6T79 unspecified PDB . 6T7A unspecified PDB . 6T7C unspecified PDB . 6T7D unspecified PDB . 6T78 unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Dodonova, S.O.' 1 0000-0002-5002-8138 'Zhu, F.' 2 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Dodonova, S.O.' 1 ? primary 'Zhu, F.' 2 ? primary 'Dienemann, C.' 3 ? primary 'Taipale, J.' 4 ? primary 'Cramer, P.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15389.036 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 16707.277 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-K' 13921.213 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45240.848 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45484.273 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Transcription factor SOX-2' 10777.620 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/m,Histone H3/o' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'H2B K,HIRA-interacting protein 1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage 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TAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCTACACGACGCTCTTCCGATCTAATTTATGTTTGTTAGCGTTATACTATTCTAATTCTTTGTTTCGGTGGTATTGTTT ATTTTGTTCCTTTGTGCGTTCAGCTTAATGCCTAACGACACTCGGAGATCGGAAGAGCACACGTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACGTGTGCTCTTCCGATCTCCGAGTGTCGTTAGGCATTAAGCTGAACGCACAAAGGAACAAAATAAACAATACCACC GAAACAAAGAATTAGAATAGTATAACGCTAACAAACATAAATTAGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SNANSPDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRP RRKTKTLMK ; ;SNANSPDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRP RRKTKTLMK ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS 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K ARG 81 CG 3350 1 Y 1 K ARG 113 ? CD ? K ARG 81 CD 3351 1 Y 1 K ARG 113 ? NE ? K ARG 81 NE 3352 1 Y 1 K ARG 113 ? CZ ? K ARG 81 CZ 3353 1 Y 1 K ARG 113 ? NH1 ? K ARG 81 NH1 3354 1 Y 1 K ARG 113 ? NH2 ? K ARG 81 NH2 3355 1 Y 1 K ARG 114 ? CB ? K ARG 82 CB 3356 1 Y 1 K ARG 114 ? CG ? K ARG 82 CG 3357 1 Y 1 K ARG 114 ? CD ? K ARG 82 CD 3358 1 Y 1 K ARG 114 ? NE ? K ARG 82 NE 3359 1 Y 1 K ARG 114 ? CZ ? K ARG 82 CZ 3360 1 Y 1 K ARG 114 ? NH1 ? K ARG 82 NH1 3361 1 Y 1 K ARG 114 ? NH2 ? K ARG 82 NH2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6T7B _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6T7B _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6T7B _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6T7B _struct.title 'Structure of human Sox2 transcription factor in complex with a nucleosome' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6T7B _struct_keywords.text 'Nucleosome, DNA, histones, Sox2, transcription factor, pioneer factor, NUCLEAR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'NUCLEAR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? 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'expression tag' 35 47 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'native gel electrophoresis' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog202 hydrog ? ? I DA 108 N6 ? ? ? 1_555 J DT 40 O4 ? ? I DA 108 J DT 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog203 hydrog ? ? I DT 109 N3 ? ? ? 1_555 J DA 39 N1 ? ? I DT 109 J DA 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog204 hydrog ? ? I DT 109 O4 ? ? ? 1_555 J DA 39 N6 ? ? I DT 109 J DA 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog205 hydrog ? ? I DG 110 N1 ? ? ? 1_555 J DC 38 N3 ? ? I DG 110 J DC 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog206 hydrog ? ? I DG 110 N2 ? ? ? 1_555 J DC 38 O2 ? ? I DG 110 J DC 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog207 hydrog ? ? I DG 110 O6 ? ? ? 1_555 J DC 38 N4 ? ? I DG 110 J DC 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog208 hydrog ? ? I DC 111 N3 ? ? ? 1_555 J DG 37 N1 ? ? I DC 111 J DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog209 hydrog ? ? I DC 111 N4 ? ? ? 1_555 J DG 37 O6 ? ? I DC 111 J DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog210 hydrog ? ? I DC 111 O2 ? ? ? 1_555 J DG 37 N2 ? ? I DC 111 J DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog211 hydrog ? ? I DC 112 N3 ? ? ? 1_555 J DG 36 N1 ? ? I DC 112 J DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog212 hydrog ? ? I DC 112 N4 ? ? ? 1_555 J DG 36 O6 ? ? I DC 112 J DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog213 hydrog ? ? I DC 112 O2 ? ? ? 1_555 J DG 36 N2 ? ? I DC 112 J DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog214 hydrog ? ? I DT 113 N3 ? ? ? 1_555 J DA 35 N1 ? ? I DT 113 J DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog215 hydrog ? ? I DT 113 O4 ? ? ? 1_555 J DA 35 N6 ? ? I DT 113 J DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog216 hydrog ? ? I DA 114 N1 ? ? ? 1_555 J DT 34 N3 ? ? I DA 114 J DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? I DA 114 N6 ? ? ? 1_555 J DT 34 O4 ? ? I DA 114 J DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? I DA 115 N1 ? ? ? 1_555 J DT 33 N3 ? ? I DA 115 J DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog219 hydrog ? ? I DA 115 N6 ? ? ? 1_555 J DT 33 O4 ? ? I DA 115 J DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog220 hydrog ? ? I DC 116 N3 ? ? ? 1_555 J DG 32 N1 ? ? I DC 116 J DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog221 hydrog ? ? I DC 116 N4 ? ? ? 1_555 J DG 32 O6 ? ? I DC 116 J DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog222 hydrog ? ? I DC 116 O2 ? ? ? 1_555 J DG 32 N2 ? ? I DC 116 J DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog223 hydrog ? ? I DG 117 N1 ? ? ? 1_555 J DC 31 N3 ? ? I DG 117 J DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog224 hydrog ? ? I DG 117 N2 ? ? ? 1_555 J DC 31 O2 ? ? I DG 117 J DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog225 hydrog ? ? I DG 117 O6 ? ? ? 1_555 J DC 31 N4 ? ? I DG 117 J DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA4 1 2 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA7 1 2 ? parallel AA8 1 2 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 84 ? PHE A 85 ? ARG A 83 PHE A 84 AA1 2 THR B 81 ? VAL B 82 ? THR B 80 VAL B 81 AA2 1 THR A 119 ? ILE A 120 ? THR A 118 ILE A 119 AA2 2 ARG B 46 ? ILE B 47 ? ARG B 45 ILE B 46 AA3 1 LEU B 98 ? TYR B 99 ? LEU B 97 TYR B 98 AA3 2 THR G 123 ? ILE G 124 ? THR G 101 ILE G 102 AA4 1 ARG C 64 ? VAL C 65 ? ARG C 42 VAL C 43 AA4 2 THR D 89 ? ILE D 90 ? THR D 85 ILE D 86 AA5 1 THR C 123 ? ILE C 124 ? THR C 101 ILE C 102 AA5 2 LEU F 98 ? TYR F 99 ? LEU F 97 TYR F 98 AA6 1 ARG E 84 ? PHE E 85 ? ARG E 83 PHE E 84 AA6 2 THR F 81 ? VAL F 82 ? THR F 80 VAL F 81 AA7 1 ARG G 64 ? VAL G 65 ? ARG G 42 VAL G 43 AA7 2 THR H 89 ? ILE H 90 ? THR H 85 ILE H 86 AA8 1 ARG G 99 ? ILE G 100 ? ARG G 77 ILE G 78 AA8 2 GLY H 54 ? ILE H 55 ? GLY H 50 ILE H 51 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 84 ? N ARG A 83 O VAL B 82 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 120 ? N ILE A 119 O ARG B 46 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N TYR B 99 ? N TYR B 98 O THR G 123 ? O THR G 101 AA4 1 2 N ARG C 64 ? N ARG C 42 O ILE D 90 ? O ILE D 86 AA5 1 2 N THR C 123 ? N THR C 101 O TYR F 99 ? O TYR F 98 AA6 1 2 N ARG E 84 ? N ARG E 83 O VAL F 82 ? O VAL F 81 AA7 1 2 N ARG G 64 ? N ARG G 42 O ILE H 90 ? O ILE H 86 AA8 1 2 N ILE G 100 ? N ILE G 78 O GLY H 54 ? O GLY H 50 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "C3'" I DT 88 ? ? "C2'" I DT 88 ? ? "C1'" I DT 88 ? ? 96.21 102.40 -6.19 0.80 N 2 1 "O4'" I DT 92 ? ? "C1'" I DT 92 ? ? N1 I DT 92 ? ? 110.41 108.30 2.11 0.30 N 3 1 "O4'" J DA 47 ? ? "C1'" J DA 47 ? ? N9 J DA 47 ? ? 110.11 108.30 1.81 0.30 N 4 1 "O4'" J DG 56 ? ? "C1'" J DG 56 ? ? N9 J DG 56 ? ? 110.28 108.30 1.98 0.30 N 5 1 "O4'" J DG 79 ? ? "C1'" J DG 79 ? ? N9 J DG 79 ? ? 110.40 108.30 2.10 0.30 N 6 1 "O4'" J DA 109 ? ? "C1'" J DA 109 ? ? 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'Structure of human Sox2 transcription factor in complex with a nucleosome' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' ? ? 2 1 ? 'Histone H2A type 1, H2B type 1-K, H3.2, H4 and SOX2' RECOMBINANT COMPLEX '1, 2, 3, 4, 7' ? ? 3 1 ? 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The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6T7B _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6T7B _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6T7B _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? 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Subtomograms were extracted from the surface of the vesicles.' _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 54 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 2547 _em_volume_selection.reference_model ? # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6T7B 'double helix' 6T7B 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 23 1_555 J DG 125 1_555 0.158 -0.266 -0.792 -4.125 -1.550 0.084 1 I_DC23:DG123_J I 23 ? 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