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'Structure of a mitochondrial ATP synthase with bound native cardiolipin.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.7554/eLife.51179 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31738165 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Muhleip, A.' 1 ? primary 'McComas, S.E.' 2 ? primary 'Amunts, A.' 3 0000-0002-5302-1740 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat ATPTB1 56010.633 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'subunit d' 53928.289 1 ? ? ? ? 3 polymer nat ATPTB3 35175.836 1 ? ? ? ? 4 polymer nat ATPTB4 18833.510 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'oligomycin sensitivity conferrring protein (OSCP)' 29564.520 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'subunit b' 12673.109 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'subunit 8' 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N . n F 6 82 LEU 82 82 82 LEU LEU N . n F 6 83 SER 83 83 83 SER SER N . n F 6 84 PRO 84 84 84 PRO PRO N . n F 6 85 ILE 85 85 85 ILE ILE N . n F 6 86 PRO 86 86 86 PRO PRO N . n F 6 87 GLU 87 87 87 GLU GLU N . n F 6 88 HIS 88 88 88 HIS HIS N . n F 6 89 LEU 89 89 89 LEU LEU N . n F 6 90 ARG 90 90 90 ARG ARG N . n F 6 91 LEU 91 91 91 LEU LEU N . n F 6 92 VAL 92 92 92 VAL VAL N . n F 6 93 LYS 93 93 93 LYS LYS N . n F 6 94 ASN 94 94 94 ASN ASN N . n F 6 95 VAL 95 95 95 VAL VAL N . n F 6 96 ALA 96 96 96 ALA ALA N . n F 6 97 GLN 97 97 97 GLN GLN N . n F 6 98 VAL 98 98 98 VAL VAL N . n F 6 99 GLN 99 99 99 GLN GLN N . n F 6 100 ILE 100 100 100 ILE ILE N . n F 6 101 ASP 101 101 101 ASP ASP N . n F 6 102 MET 102 102 102 MET MET N . n F 6 103 LEU 103 103 103 LEU LEU N . n F 6 104 LYS 104 104 104 LYS LYS N . n F 6 105 LEU 105 105 105 LEU LEU N . n F 6 106 LEU 106 106 106 LEU LEU N . n F 6 107 ASN 107 107 107 ASN ASN N . n F 6 108 ALA 108 108 108 ALA ALA N . n F 6 109 GLN 109 109 109 GLN GLN N . n F 6 110 ALA 110 110 110 ALA ALA N . n F 6 111 ALA 111 111 111 ALA ALA N . n F 6 112 LYS 112 112 112 LYS LYS N . n G 7 1 LEU 1 1 ? ? ? 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T . n G 7 50 ASN 50 50 50 ASN ASN T . n G 7 51 TYR 51 51 51 TYR TYR T . n G 7 52 ASN 52 52 52 ASN ASN T . n G 7 53 PHE 53 53 53 PHE PHE T . n G 7 54 ILE 54 54 54 ILE ILE T . n G 7 55 ASN 55 55 55 ASN ASN T . n G 7 56 ASN 56 56 56 ASN ASN T . n G 7 57 ASN 57 57 57 ASN ASN T . n G 7 58 THR 58 58 58 THR THR T . n # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6TDW _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6TDW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6TDW _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6TDW _struct.title 'Cryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase, peripheral stalk, rotational state 1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6TDW _struct_keywords.text 'mitochondria, ATP synthase, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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G N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 6TDW 6TDW ? 1 ? 1 2 PDB 6TDW 6TDW ? 2 ? 1 3 PDB 6TDW 6TDW ? 3 ? 1 4 PDB 6TDW 6TDW ? 4 ? 1 5 PDB 6TDW 6TDW ? 5 ? 1 6 PDB 6TDW 6TDW ? 6 ? 1 7 PDB 6TDW 6TDW ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6TDW A 1 ? 487 ? 6TDW 1 ? 487 ? 1 487 2 2 6TDW H 1 ? 476 ? 6TDW 1 ? 476 ? 1 476 3 3 6TDW B 1 ? 338 ? 6TDW 1 ? 338 ? 1 338 4 4 6TDW C 1 ? 169 ? 6TDW 1 ? 169 ? 1 169 5 5 6TDW M 1 ? 267 ? 6TDW -1 ? 265 ? -1 265 6 6 6TDW N 1 ? 112 ? 6TDW 1 ? 112 ? 1 112 7 7 6TDW T 1 ? 58 ? 6TDW 1 ? 58 ? 1 58 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 16550 ? 1 MORE -131 ? 1 'SSA (A^2)' 42480 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 474 ? 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PRO C 65 ARG C 87 1 ? 23 HELX_P HELX_P30 AD3 THR D 89 ? THR D 95 ? THR C 89 THR C 95 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY D 102 ? GLY D 104 ? GLY C 102 GLY C 104 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 LYS D 105 ? GLY D 130 ? LYS C 105 GLY C 130 1 ? 26 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN D 131 ? ALA D 150 ? ASN C 131 ALA C 150 1 ? 20 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO D 153 ? SER D 168 ? PRO C 153 SER C 168 1 ? 16 HELX_P HELX_P35 AD8 PRO E 241 ? LEU E 248 ? PRO M 239 LEU M 246 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 VAL E 251 ? TYR E 265 ? VAL M 249 TYR M 263 1 ? 15 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO F 84 ? LYS F 112 ? PRO N 84 LYS N 112 1 ? 29 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 8 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? parallel AA2 6 7 ? parallel AA2 7 8 ? parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LYS C 4 ? VAL C 9 ? LYS B 4 VAL B 9 AA1 2 VAL C 33 ? THR C 38 ? VAL B 33 THR B 38 AA2 1 TYR C 49 ? LEU C 51 ? TYR B 49 LEU B 51 AA2 2 VAL C 264 ? SER C 268 ? VAL B 264 SER B 268 AA2 3 ALA C 256 ? GLY C 261 ? ALA B 256 GLY B 261 AA2 4 LEU C 69 ? VAL C 73 ? LEU B 69 VAL B 73 AA2 5 GLU C 93 ? ASN C 97 ? GLU B 93 ASN B 97 AA2 6 VAL C 229 ? CYS C 232 ? VAL B 229 CYS B 232 AA2 7 VAL C 171 ? THR C 175 ? VAL B 171 THR B 175 AA2 8 SER C 207 ? THR C 211 ? 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