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EMDB EMD-10473 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-11-27 2 'Structure model' 1 1 2024-05-22 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 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_pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase, OSCP/F1/c-ring, rotational states 1' _pdbx_database_related.db_id EMD-10473 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Muhleip, A.' 1 0000-0002-1877-2282 'Amunts, A.' 2 0000-0002-5302-1740 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Elife _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2050-084X _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 8 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structure 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6 polymer nat 'ATP synthase subunit delta' 19559.953 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'ATP synthase subunit epsilon' 8751.981 1 ? ? ? ? 8 polymer nat 'ATP synthase subunit c' 10820.831 10 ? ? ? ? 9 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 4 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 5 ? ? ? ? 11 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? 12 non-polymer syn 'FRAGMENT OF TRITON X-100' 352.508 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MHYAEAATPAKSAGSAVAKKHLEAKQKIGFVHGIDGTIATIAPAASKVTVPYNTVLEIAVSATNIANALVFNLEKDGSIG VILLDNISEVRSGQDVYATGSLLKIPVGFHMLGKIINPLGKEIPTGLFTKAAPLLDDTKLGLVEEMAPNIVSRQPVNYNL LTGYKVIDTLIPVGRGQRELILGDRQTGKTSIALSTILNQTKVNNEILSKNNVLSVYVSIGQRCSNVARIHRLLTEYDAM 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;TAPATAADVKQVGYVQQIIGAVVDVTFTDSVPPVLTALTVDAKETGTLLTMEIVQHLDTKTARCICMSSTDMLRLRTPVV NTGSQITVPVGEATLGRIFNVMGDAIDQRGPVKNKVRWPIHRKAPTLAEQSGKDEVLVTGIKVIDLILPYCKGGKIGLFG GAGVGKTVIIMELINNVAKGHGGYSVFAGVGERTREGTDLYLEMMGSKVIDLQGDSKCVLVYGQMNEPPGARARVAQTAL TMAEYFRDEAGQDVLLFVDNVFRFTQANSEVSALLGRIPAAVGYQPTLAEDLGMLQERITSTVKGSITSVQAVYVPADDI TDPAPATTFSHLDATTVLSRSVAEAGIYPAVEPLECASRIMDPDAIDVNHYNVAMDIVEMLTKYKELQDIIAVLGIDELS EEDKLIVDRARKVAKFMSQPFAVAEVFTGMKGYYVQLEDCVSDFGSLLMGQCDNIPEMAFYMVGGLDSVKEKAAKMAAEA AAMRERARKAAEAK ; ;TAPATAADVKQVGYVQQIIGAVVDVTFTDSVPPVLTALTVDAKETGTLLTMEIVQHLDTKTARCICMSSTDMLRLRTPVV NTGSQITVPVGEATLGRIFNVMGDAIDQRGPVKNKVRWPIHRKAPTLAEQSGKDEVLVTGIKVIDLILPYCKGGKIGLFG GAGVGKTVIIMELINNVAKGHGGYSVFAGVGERTREGTDLYLEMMGSKVIDLQGDSKCVLVYGQMNEPPGARARVAQTAL TMAEYFRDEAGQDVLLFVDNVFRFTQANSEVSALLGRIPAAVGYQPTLAEDLGMLQERITSTVKGSITSVQAVYVPADDI TDPAPATTFSHLDATTVLSRSVAEAGIYPAVEPLECASRIMDPDAIDVNHYNVAMDIVEMLTKYKELQDIIAVLGIDELS EEDKLIVDRARKVAKFMSQPFAVAEVFTGMKGYYVQLEDCVSDFGSLLMGQCDNIPEMAFYMVGGLDSVKEKAAKMAAEA 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GHEYTVQQLAPGILEVEYEGGKKDQYVISGGFAHVNDTGVVDINTVEAVPLEEIDHEKLAKALEEARAKSQSPDEAVRIQ GEIALEIFEPLEAALH ; H ? 7 'polypeptide(L)' no no MSWRDAGISYLRYLSIVTRCIHEVQKEGPLLTKNVRFSTIGWKSLYLDHGATKEYTAIPAELEKIPENQVAQQHHA MSWRDAGISYLRYLSIVTRCIHEVQKEGPLLTKNVRFSTIGWKSLYLDHGATKEYTAIPAELEKIPENQVAQQHHA I ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MQRGSSITKVVRRAALARSTRNAAIAYEVTVNGANLIGAGMAASGVGVPAIGVAMCFSSYMLAAARQPNMSAKLLPYCIL GFALSEALALFTLLIALLELFVFS ; ;MQRGSSITKVVRRAALARSTRNAAIAYEVTVNGANLIGAGMAASGVGVPAIGVAMCFSSYMLAAARQPNMSAKLLPYCIL GFALSEALALFTLLIALLELFVFS ; O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 10 'MAGNESIUM ION' MG 11 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 12 'FRAGMENT OF TRITON X-100' TRT # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 HIS n 1 3 TYR n 1 4 ALA n 1 5 GLU n 1 6 ALA n 1 7 ALA n 1 8 THR n 1 9 PRO n 1 10 ALA n 1 11 LYS n 1 12 SER n 1 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E ATP 601 E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.744 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OG1 ? 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Z ATP . ? A ATP 601 ? 1_555 MG ? AA MG . ? A MG 602 ? 1_555 O3B ? Z ATP . ? A ATP 601 ? 1_555 65.5 ? 11 O1B ? Z ATP . ? A ATP 601 ? 1_555 MG ? AA MG . ? A MG 602 ? 1_555 O3B ? Z ATP . ? A ATP 601 ? 1_555 80.2 ? 12 OG1 ? C THR 190 ? B THR 191 ? 1_555 MG ? CA MG . ? B MG 602 ? 1_555 O1G ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 115.3 ? 13 OG1 ? C THR 190 ? B THR 191 ? 1_555 MG ? CA MG . ? B MG 602 ? 1_555 O3G ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 173.4 ? 14 O1G ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 MG ? CA MG . ? B MG 602 ? 1_555 O3G ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 68.6 ? 15 OG1 ? C THR 190 ? B THR 191 ? 1_555 MG ? CA MG . ? B MG 602 ? 1_555 O2B ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 85.9 ? 16 O1G ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 MG ? CA MG . ? B MG 602 ? 1_555 O2B ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 72.1 ? 17 O3G ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 MG ? CA MG . ? B MG 602 ? 1_555 O2B ? BA ATP . ? B ATP 601 ? 1_555 90.5 ? 18 OG1 ? D THR 167 ? F THR 174 ? 1_555 MG ? EA MG . ? F MG 602 ? 1_555 OE1 ? D GLU 196 ? F GLU 203 ? 1_555 145.5 ? 19 OG1 ? D THR 167 ? F THR 174 ? 1_555 MG ? EA MG . ? F MG 602 ? 1_555 OE2 ? D GLU 196 ? F GLU 203 ? 1_555 147.2 ? 20 OE1 ? D GLU 196 ? F GLU 203 ? 1_555 MG ? EA MG . ? F MG 602 ? 1_555 OE2 ? D GLU 196 ? F GLU 203 ? 1_555 44.4 ? 21 OG1 ? D THR 167 ? F THR 174 ? 1_555 MG ? EA MG . ? F MG 602 ? 1_555 O3B ? DA ADP . ? F ADP 601 ? 1_555 57.8 ? 22 OE1 ? D GLU 196 ? F GLU 203 ? 1_555 MG ? EA MG . ? F MG 602 ? 1_555 O3B ? DA ADP . ? F ADP 601 ? 1_555 156.0 ? 23 OE2 ? D GLU 196 ? F GLU 203 ? 1_555 MG ? EA MG . ? F MG 602 ? 1_555 O3B ? DA ADP . ? F ADP 601 ? 1_555 114.6 ? 24 OG1 ? F THR 167 ? E THR 174 ? 1_555 MG ? HA MG . ? E MG 602 ? 1_555 O3G ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 171.7 ? 25 OG1 ? F THR 167 ? E THR 174 ? 1_555 MG ? HA MG . ? E MG 602 ? 1_555 O1B ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 78.6 ? 26 O3G ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 MG ? HA MG . ? E MG 602 ? 1_555 O1B ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 97.9 ? 27 OG1 ? F THR 167 ? E THR 174 ? 1_555 MG ? HA MG . ? E MG 602 ? 1_555 O2B ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 113.3 ? 28 O3G ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 MG ? HA MG . ? E MG 602 ? 1_555 O2B ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 73.4 ? 29 O1B ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 MG ? HA MG . ? E MG 602 ? 1_555 O2B ? GA ATP . ? E ATP 601 ? 1_555 83.3 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 283 A . ? ASP 284 C ASP 284 A ? ASP 285 C 1 -0.88 2 ARG 376 A . ? ARG 377 C PRO 377 A ? PRO 378 C 1 3.16 3 ASP 283 B . ? ASP 284 A ASP 284 B ? ASP 285 A 1 1.59 4 ARG 376 B . ? ARG 377 A PRO 377 B ? PRO 378 A 1 2.09 5 ARG 376 C . ? ARG 377 B PRO 377 C ? PRO 378 B 1 0.68 6 ASP 259 D . ? ASP 266 F ASN 260 D ? ASN 267 F 1 4.27 7 TYR 348 D . ? TYR 355 F PRO 349 D ? PRO 356 F 1 0.10 8 TYR 348 E . ? TYR 355 D PRO 349 E ? PRO 356 D 1 4.22 9 ASP 259 F . ? ASP 266 E ASN 260 F ? ASN 267 E 1 -3.66 10 TYR 348 F . ? TYR 355 E PRO 349 F ? PRO 356 E 1 5.00 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details A ? 4 ? B ? 2 ? C ? 4 ? D ? 2 ? E ? 4 ? F ? 2 ? G ? 2 ? H ? 4 ? I ? 6 ? J ? 4 ? K ? 5 ? L ? 2 ? M ? 4 ? N ? 6 ? O ? 2 ? P ? 3 ? Q ? 3 ? R ? 2 ? S ? 4 ? T ? 2 ? U ? 6 ? V ? 2 ? W ? 2 ? X ? 3 ? Y ? 2 ? Z ? 5 ? AA ? 5 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense A 1 2 ? anti-parallel A 2 3 ? anti-parallel A 3 4 ? anti-parallel B 1 2 ? anti-parallel C 1 2 ? parallel C 2 3 ? parallel C 3 4 ? parallel D 1 2 ? anti-parallel E 1 2 ? anti-parallel E 2 3 ? anti-parallel E 3 4 ? anti-parallel F 1 2 ? anti-parallel G 1 2 ? anti-parallel H 1 2 ? parallel H 2 3 ? parallel H 3 4 ? parallel I 1 2 ? anti-parallel I 2 3 ? anti-parallel I 3 4 ? anti-parallel I 4 5 ? anti-parallel I 5 6 ? anti-parallel J 1 2 ? parallel J 2 3 ? parallel J 3 4 ? parallel K 1 2 ? anti-parallel K 2 3 ? anti-parallel K 3 4 ? anti-parallel K 4 5 ? anti-parallel L 1 2 ? parallel M 1 2 ? parallel M 2 3 ? parallel M 3 4 ? parallel N 1 2 ? anti-parallel N 2 3 ? anti-parallel N 3 4 ? anti-parallel N 4 5 ? anti-parallel N 5 6 ? anti-parallel O 1 2 ? anti-parallel P 1 2 ? parallel P 2 3 ? parallel Q 1 2 ? parallel Q 2 3 ? parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel S 3 4 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel U 1 2 ? parallel U 2 3 ? parallel U 3 4 ? parallel U 4 5 ? parallel U 5 6 ? parallel V 1 2 ? parallel W 1 2 ? anti-parallel X 1 2 ? parallel X 2 3 ? anti-parallel Y 1 2 ? parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? parallel Z 4 5 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AA 3 4 ? anti-parallel AA 4 5 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id A 1 VAL A 96 ? 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ASP D 259 ? ASP F 260 ASP F 266 M 4 SER D 306 ? GLN D 311 ? SER F 313 GLN F 318 N 1 PRO E 78 ? VAL E 80 ? PRO D 85 VAL D 87 N 2 VAL E 12 ? ILE E 19 ? VAL D 19 ILE D 26 N 3 VAL E 22 ? THR E 26 ? VAL D 29 THR D 33 N 4 THR E 61 ? CYS E 66 ? THR D 68 CYS D 73 N 5 LEU E 49 ? HIS E 56 ? LEU D 56 HIS D 63 N 6 ALA E 37 ? VAL E 40 ? ALA D 44 VAL D 47 O 1 THR E 87 ? PRO E 89 ? THR D 94 PRO D 96 O 2 ARG E 117 ? PRO E 119 ? ARG D 124 PRO D 126 P 1 SER E 309 ? ALA E 312 ? SER D 316 ALA D 319 P 2 LYS E 155 ? PHE E 159 ? LYS D 162 PHE D 166 P 3 ALA E 334 ? VAL E 337 ? ALA D 341 VAL D 344 Q 1 LEU E 255 ? VAL E 258 ? LEU D 262 VAL D 265 Q 2 SER E 185 ? GLU E 192 ? SER D 192 GLU D 199 Q 3 CYS E 218 ? GLN E 224 ? CYS D 225 GLN D 231 R 1 VAL F 12 ? TYR F 14 ? VAL E 19 TYR E 21 R 2 PRO F 78 ? VAL F 80 ? PRO E 85 VAL E 87 S 1 VAL F 22 ? VAL F 25 ? VAL E 29 VAL E 32 S 2 ALA F 62 ? CYS F 66 ? ALA E 69 CYS E 73 S 3 LEU F 49 ? GLN F 55 ? LEU E 56 GLN E 62 S 4 ALA F 37 ? VAL F 40 ? 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ILE H 47 THR H 52 Z 5 LEU L 59 ? VAL L 64 ? LEU H 59 VAL H 64 AA 1 GLU L 75 ? VAL L 78 ? GLU H 75 VAL H 78 AA 2 ALA L 66 ? ARG L 70 ? ALA H 66 ARG H 70 AA 3 ILE L 93 ? GLU L 97 ? ILE H 93 GLU H 97 AA 4 LYS L 103 ? ILE L 108 ? LYS H 103 ILE H 108 AA 5 ALA L 128 ? PRO L 130 ? 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N GLY B 30 I 3 4 O PHE C 30 ? O PHE B 31 N ALA C 42 ? N ALA B 43 I 4 5 O ALA C 39 ? O ALA B 40 N VAL C 81 ? N VAL B 82 I 5 6 O GLY C 80 ? O GLY B 81 N ASN C 72 ? N ASN B 73 J 1 2 O ILE C 116 ? O ILE B 117 N ILE C 245 ? N ILE B 246 J 2 3 O THR C 244 ? O THR B 245 N TYR C 217 ? N TYR B 218 J 3 4 O VAL C 216 ? O VAL B 217 N VAL C 281 ? N VAL B 282 K 1 2 O TYR D 14 ? O TYR F 21 N THR D 26 ? N THR F 33 K 2 3 O VAL D 23 ? O VAL F 30 N CYS D 64 ? N CYS F 71 K 3 4 O ARG D 63 ? O ARG F 70 N GLN D 55 ? N GLN F 62 K 4 5 O LEU D 49 ? O LEU F 56 N VAL D 40 ? N VAL F 47 L 1 2 O GLY D 157 ? O GLY F 164 N ALA D 334 ? N ALA F 341 M 1 2 O VAL D 219 ? O VAL F 226 N PHE D 187 ? N PHE F 194 M 2 3 O ALA D 188 ? O ALA F 195 N PHE D 257 ? N PHE F 264 M 3 4 O VAL D 254 ? O VAL F 261 N SER D 306 ? N SER F 313 N 1 2 O VAL E 79 ? O VAL D 86 N GLY E 13 ? N GLY D 20 N 2 3 O TYR E 14 ? O TYR D 21 N THR E 26 ? N THR D 33 N 3 4 O VAL E 23 ? O VAL D 30 N CYS E 64 ? N CYS D 71 N 4 5 O ARG E 63 ? O ARG D 70 N GLN E 55 ? 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