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against BRIL as universal fiducial marks for single-particle cryoEM structure determination of membrane proteins. ; _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-020-15363-0 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32221310 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Mukherjee, S.' 1 ? primary 'Erramilli, S.K.' 2 ? primary 'Ammirati, M.' 3 ? primary 'Alvarez, F.J.D.' 4 ? primary 'Fennell, K.F.' 5 ? primary 'Purdy, M.D.' 6 ? primary 'Skrobek, B.M.' 7 0000-0001-8487-6293 primary 'Radziwon, K.' 8 ? primary 'Coukos, J.' 9 0000-0001-7860-7847 primary 'Kang, Y.' 10 ? primary 'Dutka, P.' 11 0000-0003-3819-1618 primary 'Gao, X.' 12 ? primary 'Qiu, X.' 13 ? primary 'Yeager, M.' 14 ? primary 'Eric Xu, H.' 15 ? primary 'Han, S.' 16 0000-0002-1070-3880 primary 'Kossiakoff, A.A.' 17 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? 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PEDFATYYCQQYLYYSLVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGN SQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE ; L,M ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 SER n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 VAL n 1 5 GLU n 1 6 THR n 1 7 ARG n 1 8 ALA n 1 9 HIS n 1 10 ALA n 1 11 GLU n 1 12 GLU n 1 13 ARG n 1 14 LEU n 1 15 LEU n 1 16 LYS n 1 17 LYS n 1 18 LEU n 1 19 PHE n 1 20 SER n 1 21 GLY n 1 22 TYR n 1 23 ASN n 1 24 LYS n 1 25 TRP n 1 26 SER n 1 27 ARG n 1 28 PRO n 1 29 VAL n 1 30 ALA n 1 31 ASN n 1 32 ILE n 1 33 SER n 1 34 ASP n 1 35 VAL n 1 36 VAL n 1 37 LEU n 1 38 VAL n 1 39 ARG n 1 40 PHE n 1 41 GLY n 1 42 LEU n 1 43 SER n 1 44 ILE n 1 45 ALA n 1 46 GLN n 1 47 LEU n 1 48 ILE n 1 49 ASP n 1 50 VAL n 1 51 ASP n 1 52 GLU n 1 53 LYS n 1 54 ASN n 1 55 GLN n 1 56 MET n 1 57 MET n 1 58 THR n 1 59 THR n 1 60 ASN n 1 61 VAL n 1 62 TRP n 1 63 VAL n 1 64 LYS n 1 65 GLN n 1 66 GLU n 1 67 TRP n 1 68 HIS n 1 69 ASP n 1 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 332 Human ? 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'Ampicillin resistant, IPTG inducible' # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ACHA4_HUMAN P43681 ? 1 ;SSHVETRAHAEERLLKKLFSGYNKWSRPVANISDVVLVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWVKQEWHDYKLRWDPADYE NVTSIRIPSELIWRPDIVLYNNADGDFAVTHLTKAHLFHDGRVQWTPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCTMKFGSWTYDK AKIDLVNMHSRVDQLDFWESGEWVIVDAVGTYNTRKYECCAEIYPDITYAFVIRRLPLFYTINLIIPCLLISCLTVLVFY LPSECGEKITLCISVLLSLTVFLLLITEIIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHHRSPRTHTMPTWVRR VFLDIVPRLLLM ; 27 2 UNP C562_ECOLX P0ABE7 ? 1 ;ADLEDNMETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLAN EGKVKEAQAAAEQLKTTRNAY ; 23 3 UNP ACHA4_HUMAN P43681 ? 1 EDWKYVAMVIDRIFLWMFIIVCLLGTVGLFLPPWLAGMI 589 4 UNP ACHB2_HUMAN P17787 ? 2 ;TDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTVQLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKV RLPSKHIWLPDVVLYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTYDRTEIDL VLKSEVASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDDSTYVDITYDFIIRRKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEK MTLCISVLLALTVFLLLISKIVPPTSLDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKLPA LLFMQQ ; 26 5 UNP ACHB2_HUMAN P17787 ? 2 DDDQSVSEDWKYVAMVIDRLFLWIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK 442 6 PDB 6USF 6USF ? 3 ? 1 7 PDB 6USF 6USF ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6USF A 1 ? 332 ? 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UNP P43681 ? ? linker 340 43 8 6USF ASP D 341 ? UNP P43681 ? ? linker 341 44 8 6USF PHE D 342 ? UNP P43681 ? ? linker 342 45 9 6USF TRP D 349 ? UNP P0ABE7 MET 29 conflict 349 46 9 6USF ILE D 444 ? UNP P0ABE7 ? ? linker 444 47 9 6USF GLN D 445 ? UNP P0ABE7 ? ? linker 445 48 9 6USF LYS D 446 ? UNP P0ABE7 ? ? linker ? 49 9 6USF TYR D 447 ? UNP P0ABE7 ? ? linker ? 50 12 6USF SER E 388 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 390 51 12 6USF ALA E 389 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 391 52 12 6USF TRP E 390 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 392 53 12 6USF SER E 391 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 393 54 12 6USF HIS E 392 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 394 55 12 6USF PRO E 393 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 395 56 12 6USF GLN E 394 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 396 57 12 6USF PHE E 395 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 397 58 12 6USF GLU E 396 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 398 59 12 6USF LYS E 397 ? UNP P17787 ? ? 'expression tag' 399 60 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 QMR non-polymer . VARENICLINE ? 'C13 H13 N3' 211.262 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6USF _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6USF _struct.title ;CryoEM structure of human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor with varenicline in complex with anti-BRIL synthetic antibody BAK5 ; _struct.pdbx_descriptor ;Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-4,Soluble cytochrome b562, Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2, Fab heavy chain, Fab light chain ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6USF _struct_keywords.text ;acetylcholine receptor, nicotine, varenicline, anti-BRIL synthetic antibody, MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 142 A . ? PHE 142 A PRO 143 A ? PRO 143 A 1 -1.77 2 PHE 137 B . ? PHE 137 B PRO 138 B ? PRO 138 B 1 -12.77 3 PHE 137 C . ? 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