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K ASN 100 ND2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6VZ4 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6VZ4 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6VZ4 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6VZ4 _struct.title 'Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6VZ4 _struct_keywords.text 'Chromatin remodeling, Nucleosome, Gene Regulation, MOTOR PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MOTOR PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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P53330 1 ? 157 ? 1 157 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 4 6VZ4 THR D 33 ? UNP Q92130 SER 33 conflict 33 1 8 6VZ4 THR H 33 ? UNP Q92130 SER 33 conflict 33 2 11 6VZ4 MET K 1 ? UNP P32597 ? ? 'initiating methionine' 285 3 11 6VZ4 GLY K 2 ? UNP P32597 ? ? 'expression tag' 286 4 11 6VZ4 SER K 3 ? UNP P32597 ? ? 'expression tag' 287 5 11 6VZ4 SER K 4 ? UNP P32597 ? ? 'expression tag' 288 6 11 6VZ4 HIS K 5 ? UNP P32597 ? ? 'expression tag' 289 7 11 6VZ4 HIS K 6 ? UNP P32597 ? ? 'expression tag' 290 8 11 6VZ4 HIS K 7 ? UNP P32597 ? ? 'expression tag' 291 9 11 6VZ4 HIS K 8 ? 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'expression tag' 300 18 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 69570 ? 1 MORE -469 ? 1 'SSA (A^2)' 140100 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support cross-linking _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'Complex assembly was performed using the GRAFIX crosslinking protocol.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? 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I DT 142 J DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog362 hydrog ? ? I DC 163 N3 ? ? ? 1_555 J DG 23 N1 ? ? I DC 143 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog363 hydrog ? ? I DC 163 N4 ? ? ? 1_555 J DG 23 O6 ? ? I DC 143 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog364 hydrog ? ? I DC 163 O2 ? ? ? 1_555 J DG 23 N2 ? ? I DC 143 J DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog365 hydrog ? ? I DC 164 N3 ? ? ? 1_555 J DG 22 N1 ? ? I DC 144 J DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog366 hydrog ? ? I DC 164 N4 ? ? ? 1_555 J DG 22 O6 ? ? I DC 144 J DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog367 hydrog ? ? I DC 164 O2 ? ? ? 1_555 J DG 22 N2 ? ? I DC 144 J DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog368 hydrog ? ? I DT 165 N3 ? ? ? 1_555 J DA 21 N1 ? ? I DT 145 J DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog369 hydrog ? ? I DT 165 O4 ? ? ? 1_555 J DA 21 N6 ? ? I DT 145 J DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog370 hydrog ? ? I DG 166 N1 ? ? ? 1_555 J DC 20 N3 ? ? I DG 146 J DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog371 hydrog ? ? I DG 166 N2 ? ? ? 1_555 J DC 20 O2 ? ? I DG 146 J DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog372 hydrog ? ? I DG 166 O6 ? ? ? 1_555 J DC 20 N4 ? ? I DG 146 J DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog373 hydrog ? ? I DA 167 N1 ? ? ? 1_555 J DT 19 N3 ? ? I DA 147 J DT 1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog374 hydrog ? ? I DA 167 N6 ? ? ? 1_555 J DT 19 O4 ? ? I DA 147 J DT 1 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OD1 ? 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? 65.47 102.33 265 5 PRO K 891 ? ? -14.98 -53.00 266 5 HIS L 15 ? ? -130.99 -44.69 267 5 TYR L 78 ? ? -110.39 -80.23 268 5 LYS L 202 ? ? 24.37 -55.20 269 5 THR L 226 ? ? -122.06 -102.34 270 5 LYS L 293 ? ? -28.92 -58.13 271 5 TRP L 449 ? ? -28.95 -48.20 272 5 GLN M 17 ? ? -104.98 -68.69 273 5 GLU M 27 ? ? 66.29 -74.38 274 5 ALA M 104 ? ? -162.44 -91.89 275 5 SER M 107 ? ? -76.60 -99.78 276 5 ASN M 139 ? ? -168.78 88.10 277 5 ILE M 154 ? ? 35.73 44.60 278 5 SER M 155 ? ? 48.73 113.40 279 5 TYR M 177 ? ? 69.13 -4.25 280 5 HIS M 357 ? ? -140.88 -12.70 281 5 GLU M 361 ? ? -51.36 105.42 282 5 PRO M 362 ? ? -33.84 100.53 283 5 GLU M 363 ? ? 24.24 -84.70 284 5 SER N 77 ? ? -113.94 -164.44 285 5 GLU N 79 ? ? 68.06 -17.67 286 5 LYS N 85 ? ? 105.80 -26.03 287 6 ARG B 24 ? ? -92.60 -82.50 288 6 PRO C 27 ? ? -68.60 81.64 289 6 ASN C 111 ? ? -169.82 102.95 290 6 PRO D 51 ? ? -29.66 -46.35 291 6 ARG D 87 ? ? -111.78 -168.24 292 6 SER D 88 ? ? -152.55 1.39 293 6 PRO G 27 ? ? -67.95 80.83 294 6 ASN G 111 ? ? -169.82 102.74 295 6 SER K 343 ? ? -10.67 163.43 296 6 GLU K 449 ? ? -179.91 -40.89 297 6 HIS K 452 ? ? -104.79 62.27 298 6 LYS K 457 ? ? -168.23 118.16 299 6 PRO K 462 ? ? -38.33 123.50 300 6 GLU K 496 ? ? -29.10 -94.23 301 6 MET K 497 ? ? -173.54 130.70 302 6 PRO K 543 ? ? -115.07 -153.13 303 6 LYS K 551 ? ? 177.14 168.66 304 6 LYS K 603 ? ? 39.72 -124.35 305 6 TYR K 617 ? ? 69.59 -74.26 306 6 GLN K 631 ? ? -37.12 129.10 307 6 ASN K 632 ? ? -38.01 -15.34 308 6 LYS K 647 ? ? -88.38 -144.55 309 6 ILE K 648 ? ? -28.03 123.46 310 6 PHE K 649 ? ? 177.46 45.39 311 6 SER K 651 ? ? -97.26 -103.90 312 6 THR K 679 ? ? -83.53 -74.12 313 6 LEU K 695 ? ? -171.13 117.51 314 6 HIS K 765 ? ? 178.36 106.80 315 6 ASP K 770 ? ? -17.58 -50.56 316 6 THR K 817 ? ? 18.26 -100.43 317 6 SER K 858 ? ? -39.09 122.34 318 6 LEU K 874 ? ? -172.22 119.82 319 6 ASP K 880 ? ? -129.57 -77.09 320 6 ASP K 888 ? ? 14.45 95.83 321 6 HIS L 15 ? ? -130.99 -44.69 322 6 TYR L 78 ? ? -110.39 -80.23 323 6 LYS L 202 ? ? 24.37 -55.20 324 6 THR L 226 ? ? -122.06 -102.34 325 6 LYS L 293 ? ? -28.92 -58.13 326 6 TRP L 449 ? ? -28.95 -48.20 327 6 GLN M 17 ? ? -104.98 -68.69 328 6 GLU M 27 ? ? 66.29 -74.38 329 6 ALA M 104 ? ? -162.44 -91.89 330 6 SER M 107 ? ? -76.60 -99.78 331 6 ASN M 139 ? ? -168.78 88.10 332 6 ILE M 154 ? ? 35.73 44.60 333 6 SER M 155 ? ? 48.73 113.40 334 6 TYR M 177 ? ? 69.13 -4.25 335 6 HIS M 357 ? ? -140.88 -12.70 336 6 GLU M 361 ? ? -51.36 105.42 337 6 PRO M 362 ? ? -33.84 100.53 338 6 GLU M 363 ? ? 24.24 -84.70 339 6 SER N 77 ? ? -113.94 -164.44 340 6 GLU N 79 ? ? 68.06 -17.67 341 6 LYS N 85 ? ? 105.80 -26.03 342 7 ARG B 24 ? ? -90.80 -83.93 343 7 PRO C 27 ? ? -68.51 81.30 344 7 ASN C 111 ? ? -169.81 102.93 345 7 ARG D 87 ? ? -111.85 -167.74 346 7 SER D 88 ? ? -152.89 1.49 347 7 LEU D 102 ? ? -124.70 -53.55 348 7 PRO G 27 ? ? -67.21 81.32 349 7 ASN G 111 ? ? -169.75 102.72 350 7 LEU H 102 ? ? -120.15 -54.59 351 7 SER K 343 ? ? -10.67 163.43 352 7 GLN K 395 ? ? -130.12 -31.16 353 7 GLU K 456 ? ? -170.81 149.18 354 7 GLU K 496 ? ? -73.67 -109.84 355 7 LYS K 551 ? ? 176.85 169.38 356 7 GLU K 598 ? ? 55.70 73.74 357 7 LYS K 603 ? ? 50.61 -127.32 358 7 TYR K 616 ? ? -92.98 31.49 359 7 TYR K 617 ? ? 69.45 -75.55 360 7 ARG K 618 ? ? -172.65 138.47 361 7 GLN K 631 ? ? -37.41 129.99 362 7 ASN K 632 ? ? -38.57 -15.33 363 7 LEU K 634 ? ? 77.80 -28.35 364 7 LYS K 647 ? ? -141.25 -89.60 365 7 ASN K 650 ? ? -153.70 -33.29 366 7 SER K 651 ? ? 178.93 149.65 367 7 THR K 675 ? ? -71.35 -102.57 368 7 THR K 679 ? ? -61.17 -86.19 369 7 LEU K 695 ? ? -171.38 117.06 370 7 GLU K 703 ? ? -131.39 -31.82 371 7 VAL K 710 ? ? 38.91 62.30 372 7 GLU K 711 ? ? -162.03 115.33 373 7 ASN K 764 ? ? -96.18 -75.30 374 7 ASP K 770 ? ? -19.11 -51.09 375 7 THR K 817 ? ? 46.22 -133.62 376 7 ALA K 879 ? ? -68.07 -169.37 377 7 ASP K 880 ? ? -163.89 -64.81 378 7 THR K 887 ? ? 65.53 -75.81 379 7 ASP K 888 ? ? 103.97 125.30 380 7 HIS L 15 ? ? -130.99 -44.69 381 7 TYR L 78 ? ? -110.39 -80.23 382 7 LYS L 202 ? ? 24.37 -55.20 383 7 THR L 226 ? ? -122.06 -102.34 384 7 LYS L 293 ? ? -28.92 -58.13 385 7 TRP L 449 ? ? -28.95 -48.20 386 7 GLN M 17 ? ? -104.98 -68.69 387 7 GLU M 27 ? ? 66.29 -74.38 388 7 ALA M 104 ? ? -162.44 -91.89 389 7 SER M 107 ? ? -76.60 -99.78 390 7 ASN M 139 ? ? -168.78 88.10 391 7 ILE M 154 ? ? 35.73 44.60 392 7 SER M 155 ? ? 48.73 113.40 393 7 TYR M 177 ? ? 69.13 -4.25 394 7 HIS M 357 ? ? -140.88 -12.70 395 7 GLU M 361 ? ? -51.36 105.42 396 7 PRO M 362 ? ? -33.84 100.53 397 7 GLU M 363 ? ? 24.24 -84.70 398 7 SER N 77 ? ? -113.94 -164.44 399 7 GLU N 79 ? ? 68.06 -17.67 400 7 LYS N 85 ? ? 105.80 -26.03 401 8 ARG B 24 ? ? -122.62 -73.31 402 8 PRO C 27 ? ? -68.46 81.30 403 8 ASN C 111 ? ? -169.87 102.98 404 8 ARG D 87 ? ? -111.76 -167.67 405 8 SER D 88 ? ? -152.83 1.43 406 8 LEU D 102 ? ? -124.63 -53.81 407 8 LYS E 80 ? ? -170.35 129.37 408 8 PRO G 27 ? ? -67.08 81.26 409 8 ASN G 111 ? ? -169.77 102.81 410 8 PRO H 51 ? ? -30.03 -31.05 411 8 LEU H 102 ? ? -120.64 -54.49 412 8 SER K 343 ? ? -10.67 163.43 413 8 VAL K 450 ? ? -90.33 -62.83 414 8 HIS K 452 ? ? -103.49 61.21 415 8 GLU K 456 ? ? -170.84 148.56 416 8 GLU K 496 ? ? -37.06 -87.23 417 8 MET K 497 ? ? -171.67 130.13 418 8 ILE K 519 ? ? 58.98 71.67 419 8 LYS K 551 ? ? 177.05 168.57 420 8 TYR K 576 ? ? -24.27 -71.87 421 8 LYS K 603 ? ? 2.07 -67.55 422 8 LEU K 609 ? ? -64.58 -74.61 423 8 SER K 610 ? ? -5.16 -83.60 424 8 TYR K 617 ? ? 64.80 -127.99 425 8 PRO K 629 ? ? -81.85 -156.58 426 8 ASN K 632 ? ? -36.94 -37.45 427 8 LYS K 647 ? ? -140.47 -92.56 428 8 ILE K 648 ? ? 54.00 -84.43 429 8 PHE K 649 ? ? -171.66 128.29 430 8 SER K 651 ? ? 175.23 119.29 431 8 THR K 679 ? ? -81.47 -72.83 432 8 PHE K 693 ? ? -140.56 -22.41 433 8 GLU K 703 ? ? -130.14 -38.38 434 8 VAL K 710 ? ? 38.52 65.98 435 8 GLU K 711 ? ? -171.46 131.80 436 8 ASN K 764 ? ? -92.29 -76.47 437 8 THR K 817 ? ? 65.78 -150.56 438 8 GLN K 818 ? ? -58.70 -8.85 439 8 ASP K 888 ? ? 49.63 81.76 440 8 ARG K 900 ? ? -28.87 -47.61 441 8 HIS L 15 ? ? -130.99 -44.69 442 8 TYR L 78 ? ? -110.39 -80.23 443 8 LYS L 202 ? ? 24.37 -55.20 444 8 THR L 226 ? ? -122.06 -102.34 445 8 LYS L 293 ? ? -28.92 -58.13 446 8 TRP L 449 ? ? -28.95 -48.20 447 8 GLN M 17 ? ? -104.98 -68.69 448 8 GLU M 27 ? ? 66.29 -74.38 449 8 ALA M 104 ? ? -162.44 -91.89 450 8 SER M 107 ? ? -76.60 -99.78 451 8 ASN M 139 ? ? -168.78 88.10 452 8 ILE M 154 ? ? 35.73 44.60 453 8 SER M 155 ? ? 48.73 113.40 454 8 TYR M 177 ? ? 69.13 -4.25 455 8 HIS M 357 ? ? -140.88 -12.70 456 8 GLU M 361 ? ? -51.36 105.42 457 8 PRO M 362 ? ? -33.84 100.53 458 8 GLU M 363 ? ? 24.24 -84.70 459 8 SER N 77 ? ? -113.94 -164.44 460 8 GLU N 79 ? ? 68.06 -17.67 461 8 LYS N 85 ? ? 105.80 -26.03 462 9 ARG B 24 ? ? -105.45 -83.58 463 9 PRO C 27 ? ? -68.66 81.47 464 9 ASN C 111 ? ? -169.85 102.95 465 9 LEU D 102 ? ? -124.98 -53.71 466 9 LYS E 80 ? ? -170.28 130.17 467 9 PRO G 27 ? ? -67.17 81.41 468 9 ASN G 111 ? ? -169.72 102.86 469 9 PRO H 51 ? ? -29.91 -31.66 470 9 SER K 343 ? ? -10.67 163.43 471 9 HIS K 452 ? ? -101.31 65.16 472 9 GLU K 496 ? ? -37.87 -87.87 473 9 MET K 497 ? ? 177.97 158.69 474 9 ASP K 518 ? ? -108.22 40.04 475 9 ILE K 519 ? ? -31.65 117.78 476 9 LYS K 551 ? ? 176.85 169.26 477 9 TYR K 576 ? ? -76.42 -144.91 478 9 GLU K 577 ? ? 45.25 -78.86 479 9 LYS K 603 ? ? 48.58 -126.80 480 9 TYR K 617 ? ? 71.36 162.04 481 9 PRO K 629 ? ? -88.18 -124.72 482 9 ASN K 632 ? ? -17.97 -53.27 483 9 LEU K 641 ? ? -81.03 33.60 484 9 ASN K 642 ? ? -138.46 -48.87 485 9 PRO K 646 ? ? -47.75 25.65 486 9 ILE K 648 ? ? 64.66 -94.65 487 9 PHE K 649 ? ? 27.12 55.48 488 9 SER K 651 ? ? -173.92 148.92 489 9 THR K 679 ? ? -81.63 -70.18 490 9 LEU K 695 ? ? -170.78 119.32 491 9 GLU K 703 ? ? -130.36 -34.88 492 9 VAL K 710 ? ? 39.10 64.84 493 9 LYS K 712 ? ? -167.01 119.86 494 9 HIS K 765 ? ? 177.93 111.83 495 9 THR K 817 ? ? 56.00 -106.00 496 9 SER K 858 ? ? -38.66 121.84 497 9 THR K 887 ? ? 75.10 -19.07 498 9 ASP K 888 ? ? 59.79 163.91 499 9 PRO K 891 ? ? -28.32 -30.31 500 9 ASP K 977 ? ? -49.62 108.16 501 9 HIS L 15 ? ? -130.99 -44.69 502 9 TYR L 78 ? ? -110.39 -80.23 503 9 LYS L 202 ? ? 24.37 -55.20 504 9 THR L 226 ? 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Phenix.real_space_refine was used to refine the nucleosome model. Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 were refined in Rosetta and the top ten models were deposited. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? ? ? 5Z3U 1 ? ? PDB 'experimental model' 5Z3U 1 2 ? ? ? 4I6M 2 ? ? PDB 'experimental model' 4I6M 1 3 ? ? ? 5TGC 3 ? ? 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LYS C O doub N N 443 LYS C OXT sing N N 444 LYS CB CG sing N N 445 LYS CB HB2 sing N N 446 LYS CB HB3 sing N N 447 LYS CG CD sing N N 448 LYS CG HG2 sing N N 449 LYS CG HG3 sing N N 450 LYS CD CE sing N N 451 LYS CD HD2 sing N N 452 LYS CD HD3 sing N N 453 LYS CE NZ sing N N 454 LYS CE HE2 sing N N 455 LYS CE HE3 sing N N 456 LYS NZ HZ1 sing N N 457 LYS NZ HZ2 sing N N 458 LYS NZ HZ3 sing N N 459 LYS OXT HXT sing N N 460 MET N CA sing N N 461 MET N H sing N N 462 MET N H2 sing N N 463 MET CA C sing N N 464 MET CA CB sing N N 465 MET CA HA sing N N 466 MET C O doub N N 467 MET C OXT sing N N 468 MET CB CG sing N N 469 MET CB HB2 sing N N 470 MET CB HB3 sing N N 471 MET CG SD sing N N 472 MET CG HG2 sing N N 473 MET CG HG3 sing N N 474 MET SD CE sing N N 475 MET CE HE1 sing N N 476 MET CE HE2 sing N N 477 MET CE HE3 sing N N 478 MET OXT HXT sing N N 479 PHE N CA sing N N 480 PHE N H sing N N 481 PHE N H2 sing N N 482 PHE CA C sing N N 483 PHE CA CB sing N N 484 PHE CA HA sing N N 485 PHE 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J 146 ? I 3 ? J 145 ? 1 I DC 23 1_555 J DG 163 1_555 I DG 24 1_555 J DC 162 1_555 -0.501 -0.569 3.262 -2.340 4.877 33.596 -1.744 0.487 3.177 8.371 4.016 34.017 2 II_DC3DG4:DC144DG145_JJ I 3 ? J 145 ? I 4 ? J 144 ? 1 I DG 24 1_555 J DC 162 1_555 I DA 25 1_555 J DT 161 1_555 -0.512 -0.339 3.277 0.194 1.980 40.236 -0.717 0.765 3.255 2.877 -0.282 40.283 3 II_DG4DA5:DT143DC144_JJ I 4 ? J 144 ? I 5 ? J 143 ? 1 I DA 25 1_555 J DT 161 1_555 I DG 26 1_555 J DC 160 1_555 -0.329 0.610 3.478 -1.697 0.815 33.346 0.916 0.272 3.504 1.419 2.954 33.398 4 II_DA5DG6:DC142DT143_JJ I 5 ? J 143 ? I 6 ? J 142 ? 1 I DG 26 1_555 J DC 160 1_555 I DA 27 1_555 J DT 159 1_555 0.261 0.012 3.319 -0.062 -1.302 40.319 0.167 -0.386 3.317 -1.889 0.090 40.339 5 II_DG6DA7:DT141DC142_JJ I 6 ? J 142 ? I 7 ? J 141 ? 1 I DA 27 1_555 J DT 159 1_555 I DA 28 1_555 J DT 158 1_555 -0.535 0.119 3.401 -3.087 -3.818 37.250 0.705 0.410 3.405 -5.945 4.807 37.560 6 II_DA7DA8:DT140DT141_JJ I 7 ? J 141 ? I 8 ? 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