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'Stagg, S.' 6 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 6 _citation.language ? _citation.page_first eaba8397 _citation.page_last eaba8397 _citation.title 'The structures of natively assembled clathrin-coated vesicles.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.aba8397 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32743076 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Paraan, M.' 1 0000-0002-8402-0134 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.3393 ? 56766 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0328 ? 6237 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0028 ? 7359 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.8189 ? 15978 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6WCJ _struct.title 'Asymmetric vertex of the clathrin minicoat cage' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6WCJ _struct_keywords.text 'Clathrin coated vesicle, clathrin heavy chain, clathrin light chain, clathrin cage, ENDOCYTOSIS' _struct_keywords.pdbx_keywords ENDOCYTOSIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 2 ? N N N 1 ? O N N 1 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CLH1_BOVIN P49951 ? 1 ;MAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVI ALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDA KQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGN QPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNR KGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEELFARKFNALFAQGNYSEAAKVAANAPKGILRTPDTIRR FQSVPAQPGQTSPLLQYFGILLDQGQLNKYESLELCRPVLQQGRKQLLEKWLKEDKLECSEELGDLVKSVDPTLALSVYL RANVPNKVIQCFAETGQVQKIVLYAKKVGYTPDWIFLLRNVMRISPDQGQQFAQMLVQDEEPLADITQIVDVFMEYNLIQ QCTAFLLDALKNNRPSEGPLQTRLLEMNLMHAPQVADAILGNQMFTHYDRAHIAQLCEKAGLLQRALEHFTDLYDIKRAV VHTHLLNPEWLVNYFGSLSVEDSLECLRAMLSANIRQNLQICVQVASKYHEQLSTQSLIELFESFKSFEGLFYFLGSIVN FSQDPDVHFKYIQAACKTGQIKEVERICRESNCYDPERVKNFLKEAKLTDQLPLIIVCDRFDFVHDLVLYLYRNNLQKYI EIYVQKVNPSRLPVVIGGLLDVDCSEDVIKNLILVVRGQFSTDELVAEVEKRNRLKLLLPWLEARIHEGCEEPATHNALA KIYIDSNNNPERFLRENPYYDSRVVGKYCEKRDPHLACVAYERGQCDLELINVCNENSLFKSLSRYLVRRKDPELWGSVL LESNPYRRPLIDQVVQTALSETQDPEEVSVTVKAFMTADLPNELIELLEKIVLDNSVFSEHRNLQNLLILTAIKADRTRV MEYINRLDNYDAPDIANIAISNELFEEAFAIFRKFDVNTSAVQVLIEHIGNLDRAYEFAERCNEPAVWSQLAKAQLQKGM VKEAIDSYIKADDPSSYMEVVQAANTSGNWEELVKYLQMARKKARESYVETELIFALAKTNRLAELEEFINGPNNAHIQQ VGDRCYDEKMYDAAKLLYNNVSNFGRLASTLVHLGEYQAAVDGARKANSTRTWKEVCFACVDGKEFRLAQMCGLHIVVHA DELEELINYYQDRGYFEELITMLEAALGLERAHMGMFTELAILYSKFKPQKMREHLELFWSRVNIPKVLRAAEQAHLWAE LVFLYDKYEEYDNAIITMMNHPTDAWKEGQFKDIITKVANVELYYRAIQFYLEFKPLLLNDLLMVLSPRLDHTRAVNYFS KVKQLPLVKPYLRSVQNHNNKSVNESLNNLFITEEDYQALRTSIDAYDNFDNISLAQRLEKHELIEFRRIAAYLFKGNNR WKQSVELCKKDSLYKDAMQYASESKDTELAEELLQWFLQEEKRECFGACLFTCYDLLRPDVVLETAWRHNIMDFAMPYFI QVMKEYLTKVDKLDASESLRKEEEQATETQPIVYGQPQLMLTAGPSVAVPPQAPFGYGYTAPAYGQPQPGFGYSM ; 1 2 UNP CLCB_BOVIN P04975 ? 2 ;MADDFGFFSSSESGAPEAAEEDPAAAFLAQQESEIAGIENDEGFGAPAGSQGGLAQPGPASGASEDMGATVNGDVFQEAN GPADGYAAIAQADRLTQEPESIRKWREEQRKRLQELDAASKVMEQEWREKAKKDLEEWNQRQSEQVEKNKINNRIADKAF YQQPDADIIGYVASEEAFVKESKEETPGTEWEKVAQLCDFNPKSSKQCKDVSRLRSVLMSLKQTPLSR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6WCJ A 1 ? 1675 ? 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P49951 1 ? 1675 ? 1 1675 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 15 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 50200 ? 1 MORE -114 ? 1 'SSA (A^2)' 264910 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'mass spectrometry' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'Using mass spectrometry, the presence of adaptors necessary for the assembly of clathrin coated vesicles in vivo was confirmed.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 1249 ? 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sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 100 mM ? 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EGTA # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9913 _em_entity_assembly_naturalsource.organ brain _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Bos taurus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 800 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;These are subparticle images that were extracted from particle images. Each minicoat particle has 24 asymmetric vertices. From a total of 15000 minicoat particles, 360000 vertex subparticles were extracted. The position of subparticles was calculated by the localized reconstruction script in scipion, and the subparticle images were extracted with RELION extraction tools. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 360000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 3 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cisTEM 1 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 6 'CTF CORRECTION' ? RELION 3 1 ? ? 7 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL FITTING' ? Rosetta ? ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cisTEM 1 1 ? ? 13 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3 1 ? ? 14 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? cisTEM 1 1 ? ? 16 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 18 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 19 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 20 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 21 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 22 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? ? ? ? 23 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? ? 24 'CTF CORRECTION' ? ? ? ? ? ? 25 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 26 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 27 CLASSIFICATION ? ? ? ? ? ? 28 RECONSTRUCTION ? ? ? ? ? ? 29 'VOLUME SELECTION' ? ? ? ? ? ? 30 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 31 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? ? ? ? 32 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? ? ? ? 33 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? ? ? ? 34 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? ? ? ? 35 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 63 'MODEL FITTING' ? Rosetta ? ? 2 ? 64 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 2 ? 92 'MODEL FITTING' ? Rosetta ? ? 3 ? 93 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 3 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 6 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number GM108753 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6SCT # _atom_sites.entry_id 6WCJ _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #