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? ? ? 5 1 sample 1 81 Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 1 137 Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 470 Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 1 350 Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VATO_HUMAN Q99437 ? 1 ;MTGLALLYSGVFVAFWACALAVGVCYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG VKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGS GAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD ; 1 2 UNP VATL_HUMAN P27449 ? 2 ;MSESKSGPEYASFFAVMGASAAMVFSALGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPEQIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSL NDDISLYKSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK ; 1 3 UNP VA0D1_HUMAN P61421 ? 3 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_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6WLW 0 1 ? 205 ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BGC 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-glucopyranose 'beta-D-glucose; D-glucose; glucose' 'C6 H12 O6' 180.156 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CLR non-polymer . CHOLESTEROL ? 'C27 H46 O' 386.654 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GAL 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-galactopyranose 'beta-D-galactose; D-galactose; galactose' 'C6 H12 O6' 180.156 GLC 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-glucopyranose 'alpha-D-glucose; D-glucose; glucose' 'C6 H12 O6' 180.156 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 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'C5 H9 N O2' 115.130 PSF non-polymer . 1,2-DICAPROYL-SN-PHOSPHATIDYL-L-SERINE PHOSPHATIDYLSERINE 'C18 H34 N O10 P' 455.437 PTY non-polymer . PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE ? 'C40 H80 N O8 P' 734.039 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SIA 'D-saccharide, alpha linking' . 'N-acetyl-alpha-neuraminic acid' 'N-acetylneuraminic acid; sialic acid; alpha-sialic acid; O-SIALIC ACID' 'C11 H19 N O9' 309.270 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 WJP non-polymer . 'methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate' dolichol-pp 'C26 H48 O7 P2' 534.603 WJS non-polymer . ;(2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid ; ? 'C24 H20 N O9 P' 497.391 WSS non-polymer . ;tri(methyl)-[2-[[(2~{R})-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-3-[(~{E})-1-oxidanylideneoctadec-9-enoxy]propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium ; ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 3597 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6WLW _struct.title 'The Vo region of human V-ATPase in state 1 (focused refinement)' _struct.pdbx_descriptor ;V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1, V-type proton ATPase subunit S1, Renin receptor, V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit, V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit, V-type proton ATPase subunit d 1, V-type proton ATPase subunit e 1, Ribonuclease kappa (E.C.3.1.-.-) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6WLW _struct_keywords.text 'V-ATPase, proton pump, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? 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ALA 2 11 SER 2 45 1 ? 35 HELX_P HELX_P21 AC3 VAL C 46 ? MET C 47 ? VAL 2 46 MET 2 47 5 ? 2 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG C 48 ? ILE C 52 ? ARG 2 48 ILE 2 52 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 ILE C 56 ? ALA C 77 ? ILE 2 56 ALA 2 77 1 ? 22 HELX_P HELX_P24 AC6 SER C 85 ? ALA C 122 ? SER 2 85 ALA 2 122 1 ? 38 HELX_P HELX_P25 AC7 GLN C 124 ? ARG C 126 ? GLN 2 124 ARG 2 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU C 127 ? THR C 154 ? LEU 2 127 THR 2 154 1 ? 28 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO D 8 ? ALA D 11 ? PRO 3 8 ALA 3 11 5 ? 4 HELX_P HELX_P28 AD1 SER D 12 ? MET D 44 ? SER 3 12 MET 3 44 1 ? 33 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE D 56 ? SER D 79 ? ILE 3 56 SER 3 79 1 ? 24 HELX_P HELX_P30 AD3 SER D 85 ? ARG D 119 ? SER 3 85 ARG 3 119 1 ? 35 HELX_P HELX_P31 AD4 GLN D 124 ? ARG D 126 ? GLN 3 124 ARG 3 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU D 127 ? THR D 154 ? LEU 3 127 THR 3 154 1 ? 28 HELX_P HELX_P33 AD6 ALA E 11 ? SER E 45 ? ALA 4 11 SER 4 45 1 ? 35 HELX_P HELX_P34 AD7 ARG E 48 ? SER E 55 ? ARG 4 48 SER 4 55 5 ? 8 HELX_P HELX_P35 AD8 ILE E 56 ? ASN E 78 ? ILE 4 56 ASN 4 78 1 ? 23 HELX_P HELX_P36 AD9 SER E 85 ? ALA E 122 ? SER 4 85 ALA 4 122 1 ? 38 HELX_P HELX_P37 AE1 GLN E 124 ? ARG E 126 ? GLN 4 124 ARG 4 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 AE2 LEU E 127 ? THR E 154 ? LEU 4 127 THR 4 154 1 ? 28 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO F 8 ? ALA F 11 ? PRO 5 8 ALA 5 11 5 ? 4 HELX_P HELX_P40 AE4 SER F 12 ? MET F 44 ? SER 5 12 MET 5 44 1 ? 33 HELX_P HELX_P41 AE5 ARG F 48 ? ILE F 52 ? ARG 5 48 ILE 5 52 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 ILE F 56 ? ALA F 77 ? ILE 5 56 ALA 5 77 1 ? 22 HELX_P HELX_P43 AE7 SER F 85 ? ALA F 122 ? SER 5 85 ALA 5 122 1 ? 38 HELX_P HELX_P44 AE8 ARG F 126 ? THR F 154 ? ARG 5 126 THR 5 154 1 ? 29 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO G 8 ? TYR G 10 ? PRO 6 8 TYR 6 10 5 ? 3 HELX_P HELX_P46 AF1 ALA G 11 ? SER G 45 ? ALA 6 11 SER 6 45 1 ? 35 HELX_P HELX_P47 AF2 ARG G 48 ? ILE G 52 ? ARG 6 48 ILE 6 52 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 ILE G 56 ? ALA G 77 ? ILE 6 56 ALA 6 77 1 ? 22 HELX_P HELX_P49 AF4 SER G 85 ? 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SER 8 85 ALA 8 122 1 ? 38 HELX_P HELX_P64 AH1 ARG I 126 ? THR I 154 ? ARG 8 126 THR 8 154 1 ? 29 HELX_P HELX_P65 AH2 ALA J 11 ? SER J 45 ? ALA 9 11 SER 9 45 1 ? 35 HELX_P HELX_P66 AH3 ILE J 56 ? ALA J 77 ? ILE 9 56 ALA 9 77 1 ? 22 HELX_P HELX_P67 AH4 SER J 85 ? GLN J 124 ? SER 9 85 GLN 9 124 1 ? 40 HELX_P HELX_P68 AH5 LEU J 127 ? THR J 154 ? LEU 9 127 THR 9 154 1 ? 28 HELX_P HELX_P69 AH6 TYR K 8 ? ASP K 12 ? TYR Q 8 ASP Q 12 5 ? 5 HELX_P HELX_P70 AH7 TYR K 15 ? ALA K 25 ? TYR Q 15 ALA Q 25 1 ? 11 HELX_P HELX_P71 AH8 SER K 29 ? LEU K 34 ? SER Q 29 LEU Q 34 1 ? 6 HELX_P HELX_P72 AH9 THR K 41 ? LEU K 49 ? THR Q 41 LEU Q 49 1 ? 9 HELX_P HELX_P73 AI1 THR K 66 ? ARG K 86 ? THR Q 66 ARG Q 86 1 ? 21 HELX_P HELX_P74 AI2 TYR K 90 ? ILE K 100 ? TYR Q 90 ILE Q 100 1 ? 11 HELX_P HELX_P75 AI3 MET K 105 ? LEU K 117 ? MET Q 105 LEU Q 117 1 ? 13 HELX_P HELX_P76 AI4 SER K 121 ? LEU K 125 ? SER Q 121 LEU Q 125 5 ? 5 HELX_P HELX_P77 AI5 THR K 146 ? ASP K 157 ? 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GLY R 631 MET R 650 1 ? 20 HELX_P HELX_P106 AL7 LEU L 652 ? LYS L 666 ? LEU R 652 LYS R 666 1 ? 15 HELX_P HELX_P107 AL8 ASP L 712 ? SER L 737 ? ASP R 712 SER R 737 1 ? 26 HELX_P HELX_P108 AL9 LEU L 739 ? MET L 758 ? LEU R 739 MET R 758 1 ? 20 HELX_P HELX_P109 AM1 LYS L 767 ? LEU L 790 ? LYS R 767 LEU R 790 1 ? 24 HELX_P HELX_P110 AM2 ILE L 792 ? VAL L 808 ? ILE R 792 VAL R 808 1 ? 17 HELX_P HELX_P111 AM3 PHE L 810 ? PHE L 814 ? PHE R 810 PHE R 814 5 ? 5 HELX_P HELX_P112 AM4 LEU M 6 ? LEU M 23 ? LEU S 6 LEU S 23 1 ? 18 HELX_P HELX_P113 AM5 VAL M 24 ? PHE M 27 ? VAL S 24 PHE S 27 5 ? 4 HELX_P HELX_P114 AM6 ASN M 33 ? ALA M 58 ? ASN S 33 ALA S 58 1 ? 26 HELX_P HELX_P115 AM7 ASN M 70 ? TRP M 80 ? ASN S 70 TRP S 80 1 ? 11 HELX_P HELX_P116 AM8 LYS N 49 ? VAL N 74 ? LYS T 49 VAL T 74 1 ? 26 HELX_P HELX_P117 AM9 LEU N 79 ? VAL N 83 ? LEU T 79 VAL T 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P118 AN1 PRO N 94 ? LEU N 128 ? PRO T 94 LEU T 128 1 ? 35 HELX_P HELX_P119 AN2 LEU O 285 ? PHE O 290 ? 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W GAL 2 W SIA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.535 ? ? covale9 covale both ? Q NGA . O3 ? ? ? 1_555 Q GAL . C1 ? ? W NGA 3 W GAL 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale10 covale both ? R GAL . O4 ? ? ? 1_555 R NGA . C1 ? ? A GAL 1 A NGA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale11 covale both ? R GAL . O3 ? ? ? 1_555 R SIA . C2 ? ? A GAL 1 A SIA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.538 ? ? covale12 covale both ? R NGA . O3 ? ? ? 1_555 R GAL . C1 ? ? A NGA 2 A GAL 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale13 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? s NAG 1 s NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale14 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? r NAG 1 r NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 sing ? covale15 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T BMA . C1 ? ? r NAG 2 r BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale16 covale both ? T BMA . O3 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? r BMA 3 r MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale17 covale both ? T BMA . O6 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? r BMA 3 r MAN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale18 covale both ? T MAN . O2 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? r MAN 4 r MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale19 covale both ? T MAN . O2 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? r MAN 5 r MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale20 covale both ? T MAN . O3 ? ? ? 1_555 T GLC . C1 ? ? r MAN 6 r GLC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale21 covale both ? T GLC . O3 ? ? ? 1_555 T GLC . C1 ? ? r GLC 7 r GLC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale22 covale both ? T GLC . O2 ? ? ? 1_555 T GLC . C1 ? ? r GLC 8 r GLC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale23 covale both ? T MAN . O6 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? r MAN 10 r MAN 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale24 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? u NAG 1 u NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 sing ? covale25 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? B NAG 1 B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale26 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? 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O ALA U 354 AA5 5 6 N ASN O 357 ? N ASN U 357 O VAL O 385 ? 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64 64 64 GLY GLY 0 . n A 1 65 ALA 65 65 65 ALA ALA 0 . n A 1 66 ALA 66 66 66 ALA ALA 0 . n A 1 67 TRP 67 67 67 TRP TRP 0 . n A 1 68 GLY 68 68 68 GLY GLY 0 . n A 1 69 ILE 69 69 69 ILE ILE 0 . n A 1 70 TYR 70 70 70 TYR TYR 0 . n A 1 71 ILE 71 71 71 ILE ILE 0 . n A 1 72 THR 72 72 72 THR THR 0 . n A 1 73 GLY 73 73 73 GLY GLY 0 . n A 1 74 SER 74 74 74 SER SER 0 . n A 1 75 SER 75 75 75 SER SER 0 . n A 1 76 ILE 76 76 76 ILE ILE 0 . n A 1 77 ILE 77 77 77 ILE ILE 0 . n A 1 78 GLY 78 78 78 GLY GLY 0 . n A 1 79 GLY 79 79 79 GLY GLY 0 . n A 1 80 GLY 80 80 80 GLY GLY 0 . n A 1 81 VAL 81 81 81 VAL VAL 0 . n A 1 82 LYS 82 82 82 LYS LYS 0 . n A 1 83 ALA 83 83 83 ALA ALA 0 . n A 1 84 PRO 84 84 84 PRO PRO 0 . n A 1 85 ARG 85 85 85 ARG ARG 0 . n A 1 86 ILE 86 86 86 ILE ILE 0 . n A 1 87 LYS 87 87 87 LYS LYS 0 . n A 1 88 THR 88 88 88 THR THR 0 . n A 1 89 LYS 89 89 89 LYS LYS 0 . n A 1 90 ASN 90 90 90 ASN ASN 0 . n A 1 91 LEU 91 91 91 LEU LEU 0 . n A 1 92 VAL 92 92 92 VAL VAL 0 . n A 1 93 SER 93 93 93 SER 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