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EMDB EMD-21865 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-05-27 2 'Structure model' 1 1 2020-06-24 3 'Structure model' 2 0 2020-07-29 4 'Structure model' 2 1 2021-01-20 5 'Structure model' 2 2 2021-05-19 6 'Structure model' 2 3 2024-10-16 # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 3 'Structure model' repository Remediation 'Carbohydrate remediation' ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Atomic model' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Derived calculations' 5 3 'Structure model' 'Structure summary' 6 4 'Structure model' 'Structure summary' 7 5 'Structure model' 'Database references' 8 6 'Structure model' 'Data collection' 9 6 'Structure model' 'Database references' 10 6 'Structure model' 'Refinement description' 11 6 'Structure model' 'Structure summary' # 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loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 5 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 6 2 'Structure model' '_citation.title' 7 2 'Structure model' '_citation.year' 8 3 'Structure model' '_atom_site.B_iso_or_equiv' 9 3 'Structure model' '_atom_site.Cartn_x' 10 3 'Structure model' '_atom_site.Cartn_y' 11 3 'Structure model' '_atom_site.Cartn_z' 12 3 'Structure model' '_atom_site.auth_asym_id' 13 3 'Structure model' '_atom_site.auth_atom_id' 14 3 'Structure model' '_atom_site.auth_comp_id' 15 3 'Structure model' '_atom_site.auth_seq_id' 16 3 'Structure model' '_atom_site.label_asym_id' 17 3 'Structure model' '_atom_site.label_atom_id' 18 3 'Structure model' '_atom_site.label_comp_id' 19 3 'Structure model' '_atom_site.label_entity_id' 20 3 'Structure model' '_atom_site.type_symbol' 21 3 'Structure model' '_chem_comp.name' 22 3 'Structure model' '_em_entity_assembly.entity_id_list' 23 3 'Structure model' '_entity.formula_weight' 24 3 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 25 3 'Structure model' '_entity.pdbx_number_of_molecules' 26 3 'Structure model' '_entity.type' 27 3 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 28 3 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_dist_value' 29 3 'Structure model' '_struct_conn.pdbx_role' 30 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id' 31 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id' 32 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id' 33 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_asym_id' 34 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_atom_id' 35 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr1_label_comp_id' 36 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id' 37 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id' 38 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id' 39 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_asym_id' 40 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_atom_id' 41 3 'Structure model' '_struct_conn.ptnr2_label_comp_id' 42 4 'Structure model' '_chem_comp.pdbx_synonyms' 43 4 'Structure model' '_entity.pdbx_description' 44 4 'Structure model' '_entity.pdbx_fragment' 45 4 'Structure model' '_entity.pdbx_mutation' 46 6 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 47 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 48 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 49 6 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 50 6 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 51 6 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 52 6 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' 53 6 'Structure model' '_em_admin.last_update' 54 6 'Structure model' '_pdbx_entry_details.has_protein_modification' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6WPT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-04-27 _pdbx_database_status.SG_entry Y _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the S309 neutralizing antibody Fab fragment (open state)' EMD-21865 'associated EM volume' EMDB 'Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the S309 neutralizing antibody Fab fragment' EMD-21864 'other EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Pinto, D.' 1 ? 'Park, Y.J.' 2 ? 'Beltramello, M.' 3 ? 'Walls, A.C.' 4 ? 'Tortorici, M.A.' 5 ? 'Bianchi, S.' 6 ? 'Jaconi, S.' 7 ? 'Culap, K.' 8 ? 'Zatta, F.' 9 ? 'De Marco, A.' 10 ? 'Peter, A.' 11 ? 'Guarino, B.' 12 ? 'Spreafico, R.' 13 ? 'Cameroni, E.' 14 ? 'Case, J.B.' 15 ? 'Chen, R.E.' 16 ? 'Havenar-Daughton, C.' 17 ? 'Snell, G.' 18 ? 'Virgin, H.W.' 19 ? 'Lanzavecchia, A.' 20 ? 'Diamond, M.S.' 21 ? 'Fink, K.' 22 ? 'Veesler, D.' 23 ? 'Corti, D.' 24 ? 'Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)' 25 ? # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 583 ? 290 295 'Cross-neutralization of SARS-CoV-2 by a human monoclonal SARS-CoV antibody.' 2020 ? 10.1038/s41586-020-2349-y 32422645 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Structural and functional analysis of a potent sarbecovirus neutralizing antibody.' 2020 ? 10.1101/2020.04.07.023903 32511354 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Pinto, D.' 1 ? primary 'Park, Y.J.' 2 ? primary 'Beltramello, M.' 3 ? primary 'Walls, A.C.' 4 ? primary 'Tortorici, M.A.' 5 0000-0002-2260-2577 primary 'Bianchi, S.' 6 0000-0002-5100-8905 primary 'Jaconi, S.' 7 ? primary 'Culap, K.' 8 0000-0002-0956-0018 primary 'Zatta, F.' 9 ? primary 'De Marco, A.' 10 ? primary 'Peter, A.' 11 ? primary 'Guarino, B.' 12 ? primary 'Spreafico, R.' 13 ? primary 'Cameroni, E.' 14 ? primary 'Case, J.B.' 15 0000-0001-7331-5511 primary 'Chen, R.E.' 16 ? primary 'Havenar-Daughton, C.' 17 0000-0002-2880-3927 primary 'Snell, G.' 18 ? primary 'Telenti, A.' 19 ? primary 'Virgin, H.W.' 20 ? primary 'Lanzavecchia, A.' 21 ? primary 'Diamond, M.S.' 22 ? primary 'Fink, K.' 23 ? primary 'Veesler, D.' 24 0000-0002-6019-8675 primary 'Corti, D.' 25 0000-0002-5797-1364 1 'Pinto, D.' 26 0000-0001-5737-8467 1 'Park, Y.J.' 27 ? 1 'Beltramello, M.' 28 0000-0001-5550-5629 1 'Walls, A.C.' 29 ? 1 'Tortorici, M.A.' 30 ? 1 'Bianchi, S.' 31 0000-0002-5100-8905 1 'Jaconi, S.' 32 0000-0001-7527-4434 1 'Culap, K.' 33 0000-0002-0956-0018 1 'Zatta, F.' 34 ? 1 'De Marco, A.' 35 0000-0001-9641-4838 1 'Peter, A.' 36 0000-0001-6636-3937 1 'Guarino, B.' 37 0000-0003-3759-3252 1 'Spreafico, R.' 38 0000-0001-8282-7658 1 'Cameroni, E.' 39 0000-0002-9102-8943 1 'Case, J.B.' 40 ? 1 'Chen, R.E.' 41 ? 1 'Havenar-Daughton, C.' 42 0000-0002-2880-3927 1 'Snell, G.' 43 ? 1 'Telenti, A.' 44 0000-0001-6290-7677 1 'Virgin, H.W.' 45 0000-0001-8580-7628 1 'Lanzavecchia, A.' 46 0000-0002-3041-7240 1 'Diamond, M.S.' 47 ? 1 'Fink, K.' 48 0000-0002-3571-0390 1 'Veesler, D.' 49 0000-0002-6019-8675 1 'Corti, D.' 50 0000-0002-5797-1364 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'spike glycoprotein' 141532.797 3 ? R701S,R702G,R704G,K1005P,V1005P ;signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag,signaling sequence + ectodomain (UNP residues 14-1211) + foldon trimerization domain + TEV cleavage site + His-tag ; ? 2 polymer man 'S309 neutralizing antibody heavy chain' 14005.526 2 ? ? Fab ? 3 polymer man 'S309 neutralizing antibody light chain' 11444.677 2 ? ? 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;MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGTQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSN VTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFL GVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFS ALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKC TLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYG VSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNL KPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF NFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVP VAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPSGAGSVASQSIIAYTMSLGA ENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEV FAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVL PPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSST 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