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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6XCM _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 6XCM _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 27358 ? f_bond_d ? ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 4714 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6XCM _struct.title 'Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the C105 neutralizing antibody Fab fragment (state 1)' _struct.pdbx_descriptor 'Spike glycoprotein, C105 Fab Heavy Chain, C105 Fab Light Chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6XCM _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, Spike glycoprotein, COVID-19, monoclonal neutralizing antibody, Fabs, nsEMPEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 6 ? N N N 4 ? O N N 4 ? P N N 4 ? 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B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? ? disulf27 disulf ? ? 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T NAG 1 T FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 2 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 3 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 5 ? AF2 ? 5 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 2 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 2 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 3 ? AF9 ? 5 ? AG1 ? 2 ? AG2 ? 4 ? AG3 ? 2 ? AG4 ? 4 ? AG5 ? 4 ? AG6 ? 2 ? AG7 ? 3 ? AG8 ? 2 ? AG9 ? 3 ? AH1 ? 4 ? AH2 ? 3 ? 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PHENIX 1.17 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1.5 _em_specimen.details 'Monodisperse sample taken after size-exclusion chromatography' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' _pdbx_audit_support.country 'United States' _pdbx_audit_support.grant_number P01-AI138398-S1 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero H 4 NAG 1 D NAG 1 A NAG 1151 n H 4 NAG 2 D NAG 2 A NAG 1152 n I 4 NAG 1 E NAG 1 A NAG 1159 n I 4 NAG 2 E NAG 2 A NAG 1160 n J 5 NAG 1 F NAG 1 A NAG 1161 n J 5 FUC 2 F FUC 2 A FUC 1162 n K 4 NAG 1 G NAG 1 A NAG 1164 n K 4 NAG 2 G NAG 2 A NAG 1165 n L 4 NAG 1 I NAG 1 B NAG 1148 n L 4 NAG 2 I NAG 2 B NAG 1149 n M 6 NAG 1 J NAG 1 B NAG 1151 n M 6 NAG 2 J NAG 2 B NAG 1152 n M 6 FUC 3 J FUC 3 B FUC 1153 n N 4 NAG 1 K NAG 1 B NAG 1162 n N 4 NAG 2 K NAG 2 B NAG 1163 n O 4 NAG 1 M NAG 1 B NAG 1164 n O 4 NAG 2 M NAG 2 B NAG 1165 n P 4 NAG 1 O NAG 1 C NAG 1148 n P 4 NAG 2 O NAG 2 C NAG 1149 n Q 4 NAG 1 P NAG 1 C NAG 1150 n Q 4 NAG 2 P NAG 2 C NAG 1151 n R 7 NAG 1 Q NAG 1 C NAG 1160 n R 7 NAG 2 Q NAG 2 C NAG 1161 n R 7 BMA 3 Q BMA 3 C BMA 1162 n S 4 NAG 1 R NAG 1 C NAG 1163 n S 4 NAG 2 R NAG 2 C NAG 1164 n T 6 NAG 1 T NAG 1 C NAG 1165 n T 6 NAG 2 T NAG 2 C NAG 1166 n T 6 FUC 3 T FUC 3 C FUC 1167 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man FUC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 LFucpa FUC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-L-fucopyranose FUC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-L-Fucp FUC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Fuc NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 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