HEADER HYDROLASE 20-APR-20 6YRA TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF ATP-DEPENDENT CAPROLACTAMASE FROM PSEUDOMONAS TITLE 2 JESSENII COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: HYDANTOINASE; COMPND 3 CHAIN: B, D; COMPND 4 ENGINEERED: YES; COMPND 5 MOL_ID: 2; COMPND 6 MOLECULE: 5-OXOPROLINASE; COMPND 7 CHAIN: A, C; COMPND 8 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: PSEUDOMONAS JESSENII; SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 77298; SOURCE 4 GENE: CRX42_01180; SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3); SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 469008; SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_VARIANT: C41; SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PET; SOURCE 9 MOL_ID: 2; SOURCE 10 ORGANISM_SCIENTIFIC: PSEUDOMONAS JESSENII; SOURCE 11 ORGANISM_TAXID: 77298; SOURCE 12 GENE: CRX42_01175; SOURCE 13 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3); SOURCE 14 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 469008; SOURCE 15 EXPRESSION_SYSTEM_VARIANT: C41; SOURCE 16 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PET KEYWDS CAPROLACTAM HYDROLASE, NYLON 6 MONOMER, 6-AMINOCAPROIC ACID, 5- KEYWDS 2 OXOPROLINE, PHOSPHOCAPROLACTAM, CARBOXYPHOSPHATE, HYDROLASE EXPDTA X-RAY DIFFRACTION AUTHOR H.J.ROZEBOOM,D.B.JANSSEN REVDAT 4 06-NOV-24 6YRA 1 REMARK REVDAT 3 24-JAN-24 6YRA 1 REMARK REVDAT 2 18-AUG-21 6YRA 1 JRNL REVDAT 1 21-APR-21 6YRA 0 JRNL AUTH A.MARJANOVIC,H.J.ROZEBOOM,M.S.DE VRIES,C.MAYER,M.OTZEN, JRNL AUTH 2 H.J.WIJMA,D.B.JANSSEN JRNL TITL CATALYTIC AND STRUCTURAL PROPERTIES OF ATP-DEPENDENT JRNL TITL 2 CAPROLACTAMASE FROM PSEUDOMONAS JESSENII. JRNL REF PROTEINS V. 89 1079 2021 JRNL REFN ESSN 1097-0134 JRNL PMID 33826169 JRNL DOI 10.1002/PROT.26082 REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. 4.00 ANGSTROMS. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 PROGRAM : PHENIX 1.17.1_3660 REMARK 3 AUTHORS : PAUL ADAMS,PAVEL AFONINE,VINCENT CHEN,IAN REMARK 3 : DAVIS,KRESHNA GOPAL,RALF GROSSE-KUNSTLEVE, REMARK 3 : LI-WEI HUNG,ROBERT IMMORMINO,TOM IOERGER, REMARK 3 : AIRLIE MCCOY,ERIK MCKEE,NIGEL MORIARTY, REMARK 3 : REETAL PAI,RANDY READ,JANE RICHARDSON, REMARK 3 : DAVID RICHARDSON,TOD ROMO,JIM SACCHETTINI, REMARK 3 : NICHOLAS SAUTER,JACOB SMITH,LAURENT REMARK 3 : STORONI,TOM TERWILLIGER,PETER ZWART REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT TARGET : NULL REMARK 3 REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 4.00 REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 48.84 REMARK 3 MIN(FOBS/SIGMA_FOBS) : 1.330 REMARK 3 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 98.2 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 24622 REMARK 3 REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.246 REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.239 REMARK 3 FREE R VALUE : 0.381 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : 4.690 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT : 1155 REMARK 3 REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT (IN BINS). REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE COMPL. NWORK NFREE RWORK RFREE REMARK 3 1 48.8400 - 7.9900 0.97 3035 171 0.1818 0.3196 REMARK 3 2 7.9900 - 6.3500 0.98 2997 116 0.2472 0.4128 REMARK 3 3 6.3500 - 5.5500 0.99 2937 153 0.2712 0.4088 REMARK 3 4 5.5500 - 5.0400 0.99 2939 131 0.2670 0.3861 REMARK 3 5 5.0400 - 4.6800 0.99 2883 173 0.2392 0.3917 REMARK 3 6 4.6800 - 4.4000 0.99 2924 149 0.2399 0.3875 REMARK 3 7 4.4000 - 4.1800 0.99 2925 122 0.2461 0.4082 REMARK 3 8 4.1800 - 4.0000 0.96 2827 140 0.2634 0.3928 REMARK 3 REMARK 3 BULK SOLVENT MODELLING. REMARK 3 METHOD USED : NULL REMARK 3 SOLVENT RADIUS : 1.11 REMARK 3 SHRINKAGE RADIUS : 0.90 REMARK 3 K_SOL : NULL REMARK 3 B_SOL : NULL REMARK 3 REMARK 3 ERROR ESTIMATES. REMARK 3 COORDINATE ERROR (MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED) : 0.890 REMARK 3 PHASE ERROR (DEGREES, MAXIMUM-LIKELIHOOD BASED) : 40.060 REMARK 3 REMARK 3 B VALUES. REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2) : NULL REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL, A**2) : 55.88 REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE. REMARK 3 B11 (A**2) : NULL REMARK 3 B22 (A**2) : NULL REMARK 3 B33 (A**2) : NULL REMARK 3 B12 (A**2) : NULL REMARK 3 B13 (A**2) : NULL REMARK 3 B23 (A**2) : NULL REMARK 3 REMARK 3 TWINNING INFORMATION. REMARK 3 FRACTION: NULL REMARK 3 OPERATOR: NULL REMARK 3 REMARK 3 DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES. REMARK 3 RMSD COUNT REMARK 3 BOND : NULL NULL REMARK 3 ANGLE : NULL NULL REMARK 3 CHIRALITY : NULL NULL REMARK 3 PLANARITY : NULL NULL REMARK 3 DIHEDRAL : NULL NULL REMARK 3 REMARK 3 TLS DETAILS REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS : 4 REMARK 3 TLS GROUP : 1 REMARK 3 SELECTION: (CHAIN 'B' AND RESID 2 THROUGH 580) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -55.1350 9.3584 -23.4111 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.1986 T22: 0.2573 REMARK 3 T33: 0.2699 T12: -0.0104 REMARK 3 T13: 0.0742 T23: -0.0193 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.2667 L22: 0.7138 REMARK 3 L33: 0.8889 L12: 0.3830 REMARK 3 L13: 0.4493 L23: 0.0670 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0091 S12: 0.1403 S13: 0.1126 REMARK 3 S21: -0.0869 S22: -0.1146 S23: 0.2145 REMARK 3 S31: 0.0910 S32: -0.0289 S33: 0.0840 REMARK 3 TLS GROUP : 2 REMARK 3 SELECTION: (CHAIN 'A' AND RESID 6 THROUGH 696) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -63.5379 3.6124 11.4579 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.3926 T22: 0.4423 REMARK 3 T33: 0.3326 T12: -0.0046 REMARK 3 T13: 0.0718 T23: 0.0106 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.2358 L22: 1.7591 REMARK 3 L33: 0.2684 L12: -0.3177 REMARK 3 L13: 0.0234 L23: -0.4981 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0550 S12: -0.3006 S13: 0.0197 REMARK 3 S21: 0.2879 S22: -0.0248 S23: 0.3966 REMARK 3 S31: -0.0695 S32: -0.1725 S33: -0.0251 REMARK 3 TLS GROUP : 3 REMARK 3 SELECTION: (CHAIN 'D' AND RESID 2 THROUGH 580) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -18.0142 38.3696 -36.4475 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.3360 T22: 0.2047 REMARK 3 T33: 0.4207 T12: -0.0397 REMARK 3 T13: 0.0392 T23: 0.0042 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.8671 L22: 0.7957 REMARK 3 L33: 0.4936 L12: -0.2036 REMARK 3 L13: -0.0176 L23: -0.4810 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0157 S12: 0.1205 S13: 0.1183 REMARK 3 S21: -0.1833 S22: -0.0981 S23: -0.1709 REMARK 3 S31: 0.0187 S32: 0.0846 S33: 0.0928 REMARK 3 TLS GROUP : 4 REMARK 3 SELECTION: (CHAIN 'C' AND RESID 6 THROUGH 696) REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 9.0242 25.7909 -57.3327 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.5051 T22: 0.3951 REMARK 3 T33: 0.6294 T12: -0.0038 REMARK 3 T13: 0.2056 T23: 0.0013 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.7997 L22: 0.2039 REMARK 3 L33: 1.3795 L12: -0.0564 REMARK 3 L13: 0.6501 L23: -0.0195 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.0141 S12: 0.0511 S13: 0.0978 REMARK 3 S21: -0.0670 S22: -0.0483 S23: -0.0986 REMARK 3 S31: 0.1790 S32: 0.2205 S33: 0.0668 REMARK 3 REMARK 3 NCS DETAILS REMARK 3 NUMBER OF NCS GROUPS : 2 REMARK 3 NCS GROUP : 1 REMARK 3 NCS OPERATOR : 1 REMARK 3 REFERENCE SELECTION: CHAIN A REMARK 3 SELECTION : CHAIN C REMARK 3 ATOM PAIRS NUMBER : 4234 REMARK 3 RMSD : NULL REMARK 3 NCS GROUP : 2 REMARK 3 NCS OPERATOR : 1 REMARK 3 REFERENCE SELECTION: (CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 281 OR REMARK 3 RESID 283 THROUGH 580 OR RESID 600)) REMARK 3 SELECTION : (CHAIN D AND (RESID 2 THROUGH 281 OR REMARK 3 RESID 283 THROUGH 580 OR RESID 600)) REMARK 3 ATOM PAIRS NUMBER : 3500 REMARK 3 RMSD : NULL REMARK 3 REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL REMARK 4 REMARK 4 6YRA COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY PDBE ON 20-APR-20. REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1292108114. REMARK 200 REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 200 EXPERIMENT TYPE : X-RAY DIFFRACTION REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION : 30-AUG-18 REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN) : 110 REMARK 200 PH : 7.5 REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED : 1 REMARK 200 REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N) : N REMARK 200 RADIATION SOURCE : ROTATING ANODE REMARK 200 BEAMLINE : NULL REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL : BRUKER AXS MICROSTAR-H REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE (M/L) : M REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A) : 1.5418 REMARK 200 MONOCHROMATOR : HELIOSMX MIRRORS REMARK 200 OPTICS : NULL REMARK 200 REMARK 200 DETECTOR TYPE : IMAGE PLATE REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER : MARRESEARCH REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : XDS REMARK 200 DATA SCALING SOFTWARE : AIMLESS 0.7.4 REMARK 200 REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS : 24725 REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 4.000 REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A) : 48.840 REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I)) : NULL REMARK 200 REMARK 200 OVERALL. REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 98.8 REMARK 200 DATA REDUNDANCY : 3.700 REMARK 200 R MERGE (I) : 0.63200 REMARK 200 R SYM (I) : NULL REMARK 200 FOR THE DATA SET : 2.3000 REMARK 200 REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL. REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 4.00 REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW (A) : 4.28 REMARK 200 COMPLETENESS FOR SHELL (%) : 98.7 REMARK 200 DATA REDUNDANCY IN SHELL : 3.60 REMARK 200 R MERGE FOR SHELL (I) : 1.25200 REMARK 200 R SYM FOR SHELL (I) : NULL REMARK 200 FOR SHELL : NULL REMARK 200 REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: MOLECULAR REPLACEMENT REMARK 200 SOFTWARE USED: PHASER 2.8.2 REMARK 200 STARTING MODEL: 5L9W, 5M45, 5SVB REMARK 200 REMARK 200 REMARK: NULL REMARK 280 REMARK 280 CRYSTAL REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS (%): 52.00 REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.60 REMARK 280 REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.02 M NA/K PHOSPHATE, 0.1 M BIS-TRIS REMARK 280 PROPANE, PH 7.5, AND 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, REMARK 280 TEMPERATURE 294K REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 21 21 2 REMARK 290 REMARK 290 SYMOP SYMMETRY REMARK 290 NNNMMM OPERATOR REMARK 290 1555 X,Y,Z REMARK 290 2555 -X,-Y,Z REMARK 290 3555 -X+1/2,Y+1/2,-Z REMARK 290 4555 X+1/2,-Y+1/2,-Z REMARK 290 REMARK 290 WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER REMARK 290 MMM -> TRANSLATION VECTOR REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY REMARK 290 RELATED MOLECULES. REMARK 290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 97.68850 REMARK 290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 83.68350 REMARK 290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 4 1.000000 0.000000 0.000000 97.68850 REMARK 290 SMTRY2 4 0.000000 -1.000000 0.000000 83.68350 REMARK 290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 290 REMARK 290 REMARK: NULL REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1, 2 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 5690 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 48820 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -66.0 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B, A REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 2 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 5780 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 49910 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -24.0 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: D, C REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 465 REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 MET B 1 REMARK 465 HIS B 581 REMARK 465 MET A 1 REMARK 465 SER A 2 REMARK 465 LYS A 3 REMARK 465 GLN A 4 REMARK 465 GLN A 5 REMARK 465 MET D 1 REMARK 465 HIS D 581 REMARK 465 MET C 1 REMARK 465 SER C 2 REMARK 465 LYS C 3 REMARK 465 GLN C 4 REMARK 465 GLN C 5 REMARK 470 REMARK 470 MISSING ATOM REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS (M=MODEL NUMBER; REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; REMARK 470 I=INSERTION CODE): REMARK 470 M RES CSSEQI ATOMS REMARK 470 TYR D 282 CG CD1 CD2 CE1 CE2 CZ OH REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: CLOSE CONTACTS IN SAME ASYMMETRIC UNIT REMARK 500 REMARK 500 THE FOLLOWING ATOMS ARE IN CLOSE CONTACT. REMARK 500 REMARK 500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SSEQI DISTANCE REMARK 500 OD2 ASP B 41 ND1 HIS B 124 1.28 REMARK 500 OD2 ASP D 41 ND1 HIS D 124 1.76 REMARK 500 O GLY A 252 OG SER A 493 2.11 REMARK 500 O GLU B 142 N TYR B 144 2.11 REMARK 500 OG SER C 590 OE2 GLU C 593 2.13 REMARK 500 O HIS A 121 OH TYR A 322 2.16 REMARK 500 N LEU D 430 O GLU D 457 2.17 REMARK 500 OE1 GLN A 330 NH1 ARG A 444 2.18 REMARK 500 OD2 ASP B 41 CE1 HIS B 124 2.18 REMARK 500 O PRO C 244 NH1 ARG C 246 2.19 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND ANGLES REMARK 500 REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,3(1X,A4,2X),12X,F5.1) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999 REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3 REMARK 500 ASP B 41 CB - CG - OD1 ANGL. DEV. = 6.7 DEGREES REMARK 500 ASP B 41 CB - CG - OD2 ANGL. DEV. = -5.9 DEGREES REMARK 500 LEU B 64 CA - CB - CG ANGL. DEV. = 16.9 DEGREES REMARK 500 ASP D 41 CB - CG - OD1 ANGL. DEV. = 6.7 DEGREES REMARK 500 ILE D 143 CG1 - CB - CG2 ANGL. DEV. = 14.0 DEGREES REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES REMARK 500 REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI- REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI PSI PHI REMARK 500 SER B 33 38.92 -97.14 REMARK 500 PRO B 51 75.87 -67.27 REMARK 500 GLN B 58 99.46 -67.52 REMARK 500 PRO B 69 34.26 -86.55 REMARK 500 GLU B 81 55.97 -95.82 REMARK 500 ASN B 91 -2.15 -141.34 REMARK 500 MET B 96 -164.63 -162.97 REMARK 500 ILE B 143 -10.11 -41.63 REMARK 500 TYR B 144 -0.93 -57.42 REMARK 500 TYR B 282 -167.80 -126.07 REMARK 500 GLN B 299 134.19 -171.33 REMARK 500 GLN B 326 -161.59 -115.47 REMARK 500 PRO B 328 -1.28 -57.50 REMARK 500 PRO B 330 2.05 -48.53 REMARK 500 HIS B 364 -27.10 72.19 REMARK 500 SER B 366 -28.28 37.75 REMARK 500 HIS B 373 -166.08 -176.32 REMARK 500 PRO B 404 45.11 -83.06 REMARK 500 LEU B 409 -10.47 72.64 REMARK 500 PRO B 428 49.54 -82.59 REMARK 500 LYS B 460 -55.15 -121.20 REMARK 500 VAL B 466 -71.49 -124.52 REMARK 500 GLU B 470 72.86 62.83 REMARK 500 PRO B 475 46.89 -82.38 REMARK 500 GLN B 568 -80.59 -95.69 REMARK 500 LEU B 569 3.64 -158.10 REMARK 500 ASP B 570 82.54 63.10 REMARK 500 GLU B 571 -43.96 -26.34 REMARK 500 ARG B 578 39.11 -95.68 REMARK 500 PHE A 16 -169.08 -111.48 REMARK 500 ALA A 33 78.24 -164.08 REMARK 500 GLU A 82 3.02 -66.85 REMARK 500 PRO A 118 67.11 -100.85 REMARK 500 ARG A 126 -9.54 72.08 REMARK 500 ARG A 207 70.54 67.37 REMARK 500 ARG A 310 39.84 70.10 REMARK 500 LYS A 315 -162.97 -117.08 REMARK 500 ASP A 316 93.62 -67.32 REMARK 500 LEU A 320 -39.99 66.18 REMARK 500 ARG A 321 5.55 -164.74 REMARK 500 LEU A 334 -61.30 -109.42 REMARK 500 ASP A 346 31.40 -88.53 REMARK 500 GLN A 351 50.40 -93.78 REMARK 500 ALA A 389 46.82 -143.64 REMARK 500 ARG A 396 64.34 60.62 REMARK 500 ILE A 410 -56.14 -122.23 REMARK 500 LEU A 503 85.53 -158.14 REMARK 500 PHE A 589 -50.36 -125.03 REMARK 500 ASN A 595 -36.67 -132.26 REMARK 500 SER A 596 80.59 -160.47 REMARK 500 REMARK 500 THIS ENTRY HAS 111 RAMACHANDRAN OUTLIERS. REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: NON-CIS, NON-TRANS REMARK 500 REMARK 500 THE FOLLOWING PEPTIDE BONDS DEVIATE SIGNIFICANTLY FROM BOTH REMARK 500 CIS AND TRANS CONFORMATION. CIS BONDS, IF ANY, ARE LISTED REMARK 500 ON CISPEP RECORDS. TRANS IS DEFINED AS 180 +/- 30 AND REMARK 500 CIS IS DEFINED AS 0 +/- 30 DEGREES. 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ILE LEU GLN GLY GLN ASP ILE PRO ILE HIS LEU GLY SEQRES 6 D 581 SER LEU ILE PRO ALA MET LYS CYS VAL ALA GLY PHE PHE SEQRES 7 D 581 GLY ASP GLU ILE ALA GLU GLY ASP VAL ILE TYR HIS ASN SEQRES 8 D 581 ASP PRO ALA TYR MET GLY SER HIS ILE LEU ASP CYS CYS SEQRES 9 D 581 MET TYR LYS PRO VAL PHE TYR LYS GLY GLU LEU VAL PHE SEQRES 10 D 581 TRP THR VAL CYS LYS GLY HIS LEU THR ASP ILE GLY GLY SEQRES 11 D 581 PRO VAL PRO ALA GLY TYR ASN PRO ASP ALA LYS GLU ILE SEQRES 12 D 581 TYR ALA GLU GLY LEU ARG ILE PRO PRO VAL LYS LEU TRP SEQRES 13 D 581 ALA GLN GLY GLN ARG ARG GLU ASP VAL ILE ASN LEU LEU SEQRES 14 D 581 LEU THR ASN MET ARG ALA ARG ALA TYR GLN GLU GLY ASP SEQRES 15 D 581 LEU ASN ALA GLN TYR GLY ALA CYS SER VAL GLY GLU ARG SEQRES 16 D 581 HIS LEU ILE GLU LEU LEU ASP ARG TYR GLY VAL ASP GLN SEQRES 17 D 581 VAL ARG ALA CYS ILE THR GLU LEU LYS ASP MET ALA ASP SEQRES 18 D 581 ARG HIS MET ARG ALA LEU LEU ARG ASP VAL PRO ASP GLY SEQRES 19 D 581 PHE TYR SER GLY THR ALA ILE LEU GLU ASP SER GLY HIS 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GLY B 65 7269 7449 6933 99 800 -279 N ANISOU 495 CA GLY B 65 6859 7036 6397 167 798 -276 C ANISOU 496 C GLY B 65 5969 6258 5537 209 825 -221 C ANISOU 497 O GLY B 65 6368 6690 5851 267 832 -214 O ANISOU 498 N SER B 66 4824 5175 4513 177 841 -183 N ANISOU 499 CA SER B 66 3465 3923 3186 205 863 -125 C ANISOU 500 C SER B 66 2702 3145 2383 240 895 -122 C ANISOU 501 O SER B 66 2467 3006 2151 275 914 -79 O ANISOU 502 CB SER B 66 3559 4075 3415 156 862 -83 C ANISOU 503 OG SER B 66 2362 2945 2250 148 832 -54 O ANISOU 504 N LEU B 67 3318 3646 2963 228 896 -165 N ANISOU 505 CA LEU B 67 4661 4958 4270 259 914 -164 C ANISOU 506 C LEU B 67 5210 5452 4689 330 907 -203 C ANISOU 507 O LEU B 67 5845 6102 5303 378 921 -194 O ANISOU 508 CB LEU B 67 5132 5320 4764 200 915 -184 C ANISOU 509 CG LEU B 67 5004 5242 4750 152 935 -138 C ANISOU 510 CD1 LEU B 67 5447 5720 5285 98 929 -135 C ANISOU 511 CD2 LEU B 67 4313 4440 4041 113 941 -154 C ANISOU 512 N ILE B 68 3942 4117 3335 339 883 -247 N ANISOU 513 CA ILE B 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ANISOU 1421 CD2 LEU B 183 3495 4165 3776 -192 964 587 C ANISOU 1422 N ASN B 184 2712 2914 2879 -375 910 555 N ANISOU 1423 CA ASN B 184 1921 2001 2036 -411 898 542 C ANISOU 1424 C ASN B 184 3733 3709 3827 -417 937 465 C ANISOU 1425 O ASN B 184 3780 3682 3827 -421 951 450 O ANISOU 1426 CB ASN B 184 8684 8695 8774 -470 843 560 C ANISOU 1427 CG ASN B 184 8027 8108 8107 -484 799 628 C ANISOU 1428 OD1 ASN B 184 8307 8365 8370 -521 762 644 O ANISOU 1429 ND2 ASN B 184 7169 7329 7255 -451 808 664 N ANISOU 1430 N ALA B 185 3297 3260 3422 -422 956 413 N ANISOU 1431 CA ALA B 185 2596 2468 2699 -437 991 331 C ANISOU 1432 C ALA B 185 1980 1888 2071 -393 1036 311 C ANISOU 1433 O ALA B 185 2037 1848 2070 -411 1051 260 O ANISOU 1434 CB ALA B 185 2642 2515 2798 -451 1003 282 C ANISOU 1435 N GLN B 186 2730 2777 2861 -329 1033 341 N ANISOU 1436 CA GLN B 186 2476 2571 2581 -263 1026 311 C ANISOU 1437 C GLN B 186 2901 2950 2949 -248 1010 327 C ANISOU 1438 O GLN B 186 3636 3613 3626 -229 1005 274 O ANISOU 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ANISOU 1548 CG LEU B 200 4133 1695 2283 -388 349 -392 C ANISOU 1549 CD1 LEU B 200 4210 1638 2249 -553 357 -420 C ANISOU 1550 CD2 LEU B 200 3989 1772 2260 -295 409 -402 C ANISOU 1551 N LEU B 201 4185 1741 2441 -166 225 -291 N ANISOU 1552 CA LEU B 201 4305 1809 2532 -30 145 -307 C ANISOU 1553 C LEU B 201 4483 1751 2598 -74 44 -292 C ANISOU 1554 O LEU B 201 4670 1775 2674 -6 -50 -326 O ANISOU 1555 CB LEU B 201 4145 1918 2562 108 192 -275 C ANISOU 1556 CG LEU B 201 4015 1995 2515 173 270 -298 C ANISOU 1557 CD1 LEU B 201 3881 2120 2551 305 312 -268 C ANISOU 1558 CD2 LEU B 201 4171 2019 2529 215 226 -368 C ANISOU 1559 N ASP B 202 5628 2866 3764 -184 57 -241 N ANISOU 1560 CA ASP B 202 4619 1617 2636 -241 -43 -223 C ANISOU 1561 C ASP B 202 4837 1546 2624 -355 -109 -269 C ANISOU 1562 O ASP B 202 5052 1536 2702 -337 -223 -284 O ANISOU 1563 CB ASP B 202 4526 1556 2610 -341 -10 -157 C ANISOU 1564 CG ASP B 202 4381 1629 2657 -231 9 -102 C ANISOU 1565 OD1 ASP B 202 4373 1733 2724 -75 -12 -118 O 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ALA B 396 2906 4508 5358 -627 421 -969 C ANISOU 3016 C ALA B 396 2831 4346 5088 -702 405 -957 C ANISOU 3017 O ALA B 396 2680 4098 4802 -682 328 -904 O ANISOU 3018 CB ALA B 396 2699 4457 5417 -597 349 -996 C ANISOU 3019 N ASN B 397 3482 5023 5711 -792 473 -1006 N ANISOU 3020 CA ASN B 397 4559 6000 6585 -872 459 -997 C ANISOU 3021 C ASN B 397 4423 6004 6589 -957 441 -1048 C ANISOU 3022 O ASN B 397 4427 6197 6859 -955 451 -1097 O ANISOU 3023 CB ASN B 397 5879 7196 7701 -918 543 -1002 C ANISOU 3024 CG ASN B 397 6852 7997 8467 -846 535 -939 C ANISOU 3025 OD1 ASN B 397 6923 7972 8408 -810 466 -891 O ANISOU 3026 ND2 ASN B 397 7296 8404 8880 -825 608 -940 N ANISOU 3027 N LYS B 398 6084 7569 8065 -1031 410 -1035 N ANISOU 3028 CA LYS B 398 4812 6411 6881 -1135 398 -1079 C ANISOU 3029 C LYS B 398 3584 5347 5827 -1199 495 -1154 C ANISOU 3030 O LYS B 398 3576 5525 6024 -1253 491 -1203 O ANISOU 3031 CB LYS B 398 5165 6593 6950 -1217 372 -1055 C ANISOU 3032 CG LYS B 398 5339 6621 6906 -1255 450 -1060 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ANISOU 3570 N GLY B 471 6682 7336 8317 16 -472 4 N ANISOU 3571 CA GLY B 471 5339 6037 7210 53 -492 -60 C ANISOU 3572 C GLY B 471 4735 5439 6752 70 -618 -83 C ANISOU 3573 O GLY B 471 4571 5344 6805 101 -620 -155 O ANISOU 3574 N ARG B 472 4948 5584 6856 47 -724 -24 N ANISOU 3575 CA ARG B 472 5951 6589 7993 58 -850 -44 C ANISOU 3576 C ARG B 472 6473 7139 8471 27 -843 -62 C ANISOU 3577 O ARG B 472 4858 5601 7039 41 -858 -126 O ANISOU 3578 CB ARG B 472 6212 6740 8178 51 -999 31 C ANISOU 3579 CG ARG B 472 5984 6511 8113 69 -1140 8 C ANISOU 3580 CD ARG B 472 5829 6229 7854 48 -1301 86 C ANISOU 3581 NE ARG B 472 6087 6482 8335 95 -1437 55 N ANISOU 3582 CZ ARG B 472 6527 6961 8912 102 -1516 19 C ANISOU 3583 NH1 ARG B 472 6292 6762 8601 61 -1471 13 N ANISOU 3584 NH2 ARG B 472 7140 7573 9738 151 -1642 -12 N ANISOU 3585 N GLN B 473 9679 10289 11440 -16 -821 -8 N ANISOU 3586 CA GLN B 473 11649 12268 13343 -46 -813 -25 C ANISOU 3587 C GLN B 473 12015 12701 13696 -48 -662 -76 C ANISOU 3588 O GLN B 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-595 720 1344 C ANISOU12651 C ASN D 397 7026 5990 10055 -639 707 1435 C ANISOU12652 O ASN D 397 5602 4550 8624 -614 740 1503 O ANISOU12653 CB ASN D 397 10369 9449 13190 -560 797 1417 C ANISOU12654 CG ASN D 397 10777 9898 13773 -615 758 1408 C ANISOU12655 OD1 ASN D 397 11466 10536 14493 -669 668 1310 O ANISOU12656 ND2 ASN D 397 10011 9231 13125 -599 825 1517 N ANISOU12657 N LYS D 398 4137 3107 7373 -706 653 1435 N ANISOU12658 CA LYS D 398 3981 2941 7459 -754 639 1528 C ANISOU12659 C LYS D 398 4042 3086 7587 -709 742 1693 C ANISOU12660 O LYS D 398 4103 3131 7756 -715 749 1770 O ANISOU12661 CB LYS D 398 3958 2944 7631 -825 571 1512 C ANISOU12662 CG LYS D 398 3910 2819 7522 -870 471 1357 C ANISOU12663 CD LYS D 398 3896 2870 7642 -919 408 1338 C ANISOU12664 CE LYS D 398 3970 3006 7917 -939 399 1434 C ANISOU12665 NZ LYS D 398 3960 3084 8049 -979 354 1446 N ANISOU12666 N ALA D 399 6045 5184 9513 -655 822 1743 N ANISOU12667 CA ALA D 399 8251 7479 11764 -601 930 1900 C ANISOU12668 C ALA D 399 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ANISOU12686 OD2 ASP D 401 4577 3772 6601 -147 1234 1959 O ANISOU12687 N GLY D 402 6401 5390 8230 -285 960 1410 N ANISOU12688 CA GLY D 402 5376 4326 7036 -280 921 1280 C ANISOU12689 C GLY D 402 5522 4499 6990 -216 989 1276 C ANISOU12690 O GLY D 402 4344 3330 5659 -161 1036 1321 O ANISOU12691 N TRP D 403 6229 5218 7703 -220 993 1224 N ANISOU12692 CA TRP D 403 7256 6256 8552 -160 1054 1204 C ANISOU12693 C TRP D 403 6372 5300 7444 -150 1001 1093 C ANISOU12694 O TRP D 403 7033 5920 8121 -194 923 998 O ANISOU12695 CB TRP D 403 8366 7397 9768 -177 1061 1178 C ANISOU12696 CG TRP D 403 9168 8219 10455 -118 1137 1175 C ANISOU12697 CD1 TRP D 403 9415 8477 10541 -42 1225 1222 C ANISOU12698 CD2 TRP D 403 9067 8134 10409 -129 1135 1128 C ANISOU12699 NE1 TRP D 403 8851 7923 9922 -3 1279 1199 N ANISOU12700 CE2 TRP D 403 8109 7188 9319 -56 1224 1146 C ANISOU12701 CE3 TRP D 403 9319 8390 10802 -191 1065 1072 C ANISOU12702 CZ2 TRP D 403 6981 6076 8208 -43 1248 1112 C ANISOU12703 CZ3 TRP D 403 8601 7696 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