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'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.8526 ? 58428 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0606 ? 6696 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0060 ? 7416 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.0356 ? 35484 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6Z0V _struct.title 'CryoEM structure of the Chikungunya virus nsP1 complex' _struct.pdbx_descriptor 'Polyprotein P1234 (E.C.2.1.1.-,2.7.7.-,3.1.3.33,3.4.22.-,3.6.1.15,3.6.4.13,3.1.3.84,2.7.7.19,2.7.7.48)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6Z0V _struct_keywords.text ;Capping enzyme, monotopic membrane complex, membrane bending, membrane pore, replication complex, scaffold, Spherule formation, viral factory., VIRAL PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? 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SER A 461 TRP A 470 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 AB9 ALA B 13 ? TYR B 22 ? ALA C 13 TYR C 22 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 AC1 HIS B 37 ? ILE B 55 ? HIS C 37 ILE C 55 1 ? 19 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA B 67 ? MET B 72 ? ALA C 67 MET C 72 5 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 ALA B 87 ? ALA B 101 ? ALA C 87 ALA C 101 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN B 111 ? VAL B 125 ? ASN C 111 VAL C 125 1 ? 15 HELX_P HELX_P23 AC5 HIS B 157 ? ILE B 167 ? HIS C 157 ILE C 167 1 ? 11 HELX_P HELX_P24 AC6 THR B 180 ? TYR B 185 ? THR C 180 TYR C 185 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 PRO B 193 ? TYR B 195 ? PRO C 193 TYR C 195 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 GLN B 203 ? LEU B 205 ? GLN C 203 LEU C 205 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 AC9 ARG B 252 ? TRP B 258 ? ARG C 252 TRP C 258 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO B 335 ? MET B 342 ? PRO C 335 MET C 342 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 THR B 343 ? THR B 348 ? THR C 343 THR C 348 5 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 THR B 351 ? ASN B 363 ? THR C 351 ASN C 363 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 LYS B 380 ? TYR B 382 ? LYS C 380 TYR C 382 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 MET B 383 ? ASP B 404 ? MET C 383 ASP C 404 1 ? 22 HELX_P HELX_P33 AD6 SER B 461 ? TRP B 470 ? SER C 461 TRP C 470 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 ALA C 13 ? TYR C 22 ? ALA E 13 TYR E 22 1 ? 10 HELX_P HELX_P35 AD8 HIS C 37 ? ILE C 55 ? HIS E 37 ILE E 55 1 ? 19 HELX_P HELX_P36 AD9 ALA C 67 ? MET C 72 ? ALA E 67 MET E 72 5 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA C 87 ? ALA C 101 ? ALA E 87 ALA E 101 1 ? 15 HELX_P HELX_P38 AE2 SER C 102 ? ALA C 104 ? SER E 102 ALA E 104 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 AE3 ASN C 111 ? VAL C 125 ? ASN E 111 VAL E 125 1 ? 15 HELX_P HELX_P40 AE4 HIS C 157 ? ILE C 167 ? HIS E 157 ILE E 167 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 THR C 180 ? TYR C 185 ? THR E 180 TYR E 185 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO C 193 ? TYR C 195 ? PRO E 193 TYR E 195 5 ? 3 HELX_P HELX_P43 AE7 GLN C 203 ? LEU C 205 ? GLN E 203 LEU E 205 5 ? 3 HELX_P HELX_P44 AE8 ARG C 252 ? TRP C 258 ? ARG E 252 TRP E 258 1 ? 7 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO C 335 ? MET C 342 ? 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Per particle CTF correction was also performed with polished particles. ; # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.72 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 371094 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Chikungunya virus strain S27-African prototype' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 274590 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Baculovirus expression vector pFastBac1-HM' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 38.5 _em_image_recording.average_exposure_time 5 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 5148 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Autopicking following generation of templates from 2D class averages' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 263415 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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RELION 3.0.8 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.25 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization ATIP-Avenir _pdbx_audit_support.country France _pdbx_audit_support.grant_number ? _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 2 'ZINC ION' ZN 3 water HOH # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z #