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'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP HDA1_YEAST P53973 ? 1 ;RQVIVPVCMPKIHYSPLKTGLCYDVRMRYHAKIFTSYFEYIDPHPEDPRRIYRIYKILAENGLINDPTLSGVDDLGDLML KIPVRAATSEEILEVHTKEHLEFIESTEKMSREELLKETEKGDSVYFNNDSYASARLPCGGAIEACKAVVEGRVKNSLAV VRPPGHHAEPQAAGGFCLFSNVAVAAKNILKNYPESVRRIMILDWDIHHGNGTQKSFYQDDQVLYVSLHRFEMGKYYPGT IQGQYDQTGEGKGEGFNCNITWPVGGVGDAEYMWAFEQVVMPMGREFKPDLVIISSGFDAADGDTIGQCHVTPSCYGHMT HMLKSLARGNLCVVLEGGYNLDAIARSALSVAKVLIGEPPDELPDPLSDPKPEVIEMIDKVIRLQSKYWNCFRRRHANSG CNFNEPINDSIISKNFPLQKAIRQQQQHYLSDEFNFVTLPLVSMDLPDNTVLCTPNISESNTIIIVVHDTSDIWAKRNVI SGTIDLSSSVIIDNSLDFIKWGLDRKYGIIDVNIPLTLFEPDNYSGMITSQEVLIYLWDNYIKYFPSVAKIAFIGIGDSY SGIVHLLGHRDTRAVTKTVINFLGDKQLKPLVPLVDETLSEWYFKNSLIFSNNSHQCWKENESRKPRKKFGRVLRCDTDG LNNIIEERFEEATDFILDSFE ; 40 2 UNP HDA1_YEAST P53973 ? 2 ;ENSLSTTSKSKRQVIVPVCMPKIHYSPLKTGLCYDVRMRYHAKIFTSYFEYIDPHPEDPRRIYRIYKILAENGLINDPTL SGVDDLGDLMLKIPVRAATSEEILEVHTKEHLEFIESTEKMSREELLKETEKGDSVYFNNDSYASARLPCGGAIEACKAV VEGRVKNSLAVVRPPGHHAEPQAAGGFCLFSNVAVAAKNILKNYPESVRRIMILDWDIHHGNGTQKSFYQDDQVLYVSLH RFEMGKYYPGTIQGQYDQTGEGKGEGFNCNITWPVGGVGDAEYMWAFEQVVMPMGREFKPDLVIISSGFDAADGDTIGQC HVTPSCYGHMTHMLKSLARGNLCVVLEGGYNLDAIARSALSVAKVLIGEPPDELPDPLSDPKPEVIEMIDKVIRLQSKYW NCFRRRHANSGCNFNEPINDSIISKNFPLQKAIRQQQQHYLSDEFNFVTLPLVSMDLPDNTVLCTPNISESNTIIIVVHD TSDIWAKRNVISGTIDLSSSVIIDNSLDFIKWGLDRKYGIIDVNIPLTLFEPDNYSGMITSQEVLIYLWDNYIKYFPSVA KIAFIGIGDSYSGIVHLLGHRDTRAVTKTVINFLGDKQLKPLVPLVDETLSEWYFKNSLIFSNNSHQCWKENESRKPRKK FGRVLRCDTDGLNNIIEERFEEATDFILDSFE ; 29 3 UNP HDA2_YEAST Q06629 ? 3 ;KVYYLPVTLTQFQKDLSEILISLHAKSFKASIIGEPQADAVNKPSGLPAGPETHPYPTLSQRQLTYIFDSNIRAIANHPS LLVDHYMPRQLLRMEPTESSIAGSHKFQVLNQLINSICFRDREGSPNEVIKCAIIAHSIKELDLLEGLILGKKFRTKRLS GTSLYNEKHKFPNLPTVDSTINKDGTPNSVSSTSSNSNSTSYTGYSKDDYDYSVKRNLKKRKINTDDWLFLATTKHLKHD QYLLANYDIDMIISFDPMLEVELPALQVLRNNANKDIPIIKLLVQNSPDHYLLDSEIKNSSVKSSHLSNNGHVDDSQEYE EIKSSLLYFLQARNAPVNNCEIDYIKLVKCCLEGKDCNNILPVLDLITLDEASKDSSDSGFWQPQLTKLQYSSTELPLWD GPLDIKTYQTELMHRAVIRLRDIQDEYAKGTVPLYEKRLNETQRQNQLDEIKNSVGLTFKKKQEVEKSINDSEKRLKHAM TESTKLQNKINHLLKNRQELENFNKLPSNTISSENHLEEGSALADKLKEYIDKNATLFNKLKELQQANAEKSKLNDELRS KYQIESSKAAESAQTLKILQESMKSLENEVNGPLTKFSTESLKKELERLQNDFQSLKARNKFLKNYITL ; 10 4 UNP HDA3_YEAST Q06623 ? 4 ;SGDYWLPTTMSLYQKELTDQIVSLHYSDILRYFETSHYKEDVILESMKTMCLNGSLVATHPYLLIDHYMPKSLITRDVPA HLAENSGKFSVLRDLINLVQEYETETAIVCRPGRTMDLLEALLLGNKVHIKRYDGHSIKSKQKANDFSCTVHLFSSEGIN FTKYPIKSKARFDMLICLDTTVDTSQKDIQYLLQYKRERKGLERYAPIVRLVAINSIDHCRLFFGKKFDKNSREYLENVT AAMVILRDRLGTLPPDLRPIYSQKLHYLVEWLENPTVPWPLPDIYPLKQYTSMDVERSLLTEVHFK ; 28 5 UNP HDA3_YEAST Q06623 ? 4 ;NSSNVNYHLSSGIITHKLIQSMGEVYMDICVQKQELDDYSCLDDLQNDHLKFFSNEDEKIIKEYETVLRTNNENLNRSHE LEVENNLKFSQIETLEKDIETLKGSLMAQGETLSKLKDAFVKTDNVQDEIEKEERVSVSRDTEKKYMEQEIKRAVDAIRE NEEETHKLNEKQNGLESELKLKFEKSEISTKELNEKIGFLKKELKLENDLNEELVGQLSKTMDNLENLTIPRVRTQ ; 404 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6Z6O A 1 ? 661 ? 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Q06623 404 ? 639 ? 404 639 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6Z6O LEU A 407 ? UNP P53973 ILE 446 conflict 446 1 6 6Z6O LEU E 407 ? UNP P53973 ILE 446 conflict 446 2 11 6Z6O LEU I 407 ? UNP P53973 ILE 446 conflict 446 3 16 6Z6O LEU M 407 ? UNP P53973 ILE 446 conflict 446 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.9229 ? 106940 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0546 ? 11928 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0073 ? 13768 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.1575 ? 29916 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6Z6O _struct.title HDAC-TC _struct.pdbx_descriptor 'Histone deacetylase HDA1 (E.C.3.5.1.98), HDA1 complex subunit 2, HDA1 complex subunit 3,HDA1 complex subunit 3' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6Z6O _struct_keywords.text 'Protein complex, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 1 ? N N N 2 ? 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ASP P 104 SER P 113 1 ? 10 HELX_P HELX_P313 BI7 SER P 86 ? GLN P 100 ? SER P 113 GLN P 127 1 ? 15 HELX_P HELX_P314 BI8 GLY P 113 ? LEU P 124 ? GLY P 140 LEU P 151 1 ? 12 HELX_P HELX_P315 BI9 GLN P 186 ? GLN P 194 ? GLN P 213 GLN P 221 1 ? 9 HELX_P HELX_P316 BJ1 SER P 216 ? GLY P 225 ? SER P 243 GLY P 252 1 ? 10 HELX_P HELX_P317 BJ2 SER P 232 ? LEU P 246 ? SER P 259 LEU P 273 1 ? 15 HELX_P HELX_P318 BJ3 LEU P 257 ? GLN P 263 ? LEU P 284 GLN P 290 1 ? 7 HELX_P HELX_P319 BJ4 LEU P 265 ? TYR P 267 ? LEU P 292 TYR P 294 5 ? 3 HELX_P HELX_P320 BJ5 LEU P 268 ? ASN P 274 ? LEU P 295 ASN P 301 1 ? 7 HELX_P HELX_P321 BJ6 THR P 291 ? LEU P 300 ? THR P 318 LEU P 327 1 ? 10 HELX_P HELX_P322 BJ7 SER P 308 ? ASP P 343 ? SER P 405 ASP P 440 1 ? 36 HELX_P HELX_P323 BJ8 LEU P 351 ? THR P 418 ? LEU P 448 THR P 515 1 ? 68 HELX_P HELX_P324 BJ9 ASP P 424 ? GLN P 542 ? ASP P 521 GLN P 639 1 ? 119 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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B HIS 219 ND1 ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? B HIS 247 B ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.210 ? ? metalc7 metalc ? ? B ASP 310 OD2 ? ? ? 1_555 R ZN . ZN ? ? B ASP 338 B ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? ? metalc8 metalc ? ? E ASP 206 OD1 ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? E ASP 245 E ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.420 ? ? metalc9 metalc ? ? E ASP 206 OD2 ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? E ASP 245 E ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? ? metalc10 metalc ? ? E HIS 208 ND1 ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? E HIS 247 E ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? ? metalc11 metalc ? ? F ASP 217 OD1 ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? F ASP 245 F ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? ? metalc12 metalc ? ? F ASP 217 OD2 ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? F ASP 245 F ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? ? metalc13 metalc ? ? F HIS 219 ND1 ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? F HIS 247 F ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? ? metalc14 metalc ? ? F ASP 310 OD2 ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? F ASP 338 F ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? ? metalc15 metalc ? ? 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N ASP 338 N ZN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ARG 162 A . ? ARG 201 A PRO 163 A ? PRO 202 A 1 -3.88 2 TYR 237 A . ? TYR 276 A PRO 238 A ? PRO 277 A 1 -10.67 3 ARG 173 B . ? ARG 201 B PRO 174 B ? 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PRO 277 M 1 -10.68 21 ARG 173 N . ? ARG 201 N PRO 174 N ? PRO 202 N 1 -6.14 22 TYR 248 N . ? TYR 276 N PRO 249 N ? PRO 277 N 1 -10.97 23 ASN 611 O . ? ASN 620 O ASP 612 O ? ASP 621 O 1 10.20 24 LYS 139 P . ? LYS 166 P SER 140 P ? SER 167 P 1 1.75 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 8 ? AA5 ? 8 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 8 ? AB1 ? 7 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 8 ? AB4 ? 8 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 6 ? AB8 ? 8 ? AB9 ? 7 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 8 ? AC3 ? 8 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 8 ? AC8 ? 7 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 8 ? AD2 ? 8 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 3 ? 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