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'X-RAY DIFFRACTION' 4.75 4.94 . . 157 2981 99.34 . . . 0.2163 . 0.1776 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 4.94 5.16 . . 182 3054 99.54 . . . 0.2502 . 0.1851 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 5.16 5.44 . . 153 3055 99.63 . . . 0.2548 . 0.1981 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 5.44 5.78 . . 143 3052 99.81 . . . 0.2457 . 0.1993 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 5.78 6.22 . . 152 3056 99.78 . . . 0.2643 . 0.1938 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 6.22 6.85 . . 155 3075 99.51 . . . 0.2629 . 0.1920 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 6.85 7.83 . . 131 3039 99.00 . . . 0.2507 . 0.2043 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 7.83 9.86 . . 165 3070 99.17 . . . 0.2068 . 0.1849 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 9.86 49.81 . . 160 3111 98.76 . . . 0.2431 . 0.2084 . . . . . . . . . . . # loop_ _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.details 1 1 ? 2 1 ? 3 1 ? 4 1 ? 1 2 ? 2 2 ? 3 2 ? 4 2 ? # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details 1 1 1 E ALA 10 . E PRO 772 . A ALA 10 A PRO 772 ? ;(chain 'A' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 1 2 E GLU 797 . E LEU 1024 . A GLU 797 A LEU 1024 ? ;(chain 'A' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 1 3 I ATP . . I ATP . . A ATP 1101 A ATP 1101 ? ;(chain 'A' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 2 4 G ALA 10 . G PRO 772 . C ALA 10 C PRO 772 ? ;(chain 'C' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 2 5 G GLU 797 . G LEU 1024 . C GLU 797 C LEU 1024 ? ;(chain 'C' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 2 6 M ATP . . M ATP . . C ATP 1101 C ATP 1101 ? ;(chain 'C' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 3 7 F ALA 10 . F PRO 772 . E ALA 10 E PRO 772 ? ;(chain 'E' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 3 8 F GLU 797 . F LEU 1024 . E GLU 797 E LEU 1024 ? ;(chain 'E' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 3 9 K ATP . . K ATP . . E ATP 1101 E ATP 1101 ? ;(chain 'E' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 4 10 H ALA 10 . H PRO 772 . G ALA 10 G PRO 772 ? ;(chain 'G' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 4 11 H GLU 797 . H LEU 1024 . G GLU 797 G LEU 1024 ? ;(chain 'G' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 1 4 12 O ATP . . O ATP . . G ATP 1101 G ATP 1101 ? ;(chain 'G' and (resid 10 through 772 or resid 797 through 1024 or resid 1101 through 1102)) ; 2 1 13 A SER 6 . A PRO 178 . B SER 6 B PRO 178 ? ;(chain 'B' and resid 6 through 178) ; 2 2 14 C SER 6 . C PRO 178 . D SER 6 D PRO 178 ? ;chain 'D' ; 2 3 15 B SER 6 . B PRO 178 . F SER 6 F PRO 178 ? ;(chain 'F' and resid 6 through 178) ; 2 4 16 D SER 6 . D PRO 178 . H SER 6 H PRO 178 ? ;(chain 'H' and resid 6 through 178) ; # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 ? 2 ? # _struct.entry_id 6ZHU _struct.title 'Yeast Uba1 in complex with Ubc3 and ATP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6ZHU _struct_keywords.text 'Ubiquitin, E1, Ubc3, Cdc34, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 3 ? N N N 4 ? O N N 3 ? P N N 4 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP UBC3_YEAST P14682 ? 1 ;MSSRKSTASSLLLRQYRELTDPKKAIPSFHIELEDDSNIFTWNIGVMVLNEDSIYHGGFFKAQMRFPEDFPFSPPQFRFT PAIYHPNVYRDGRLCISILHQSGDPMTDEPDAETWSPVQTVESVLISIVSLLEDPNINSPANVDAAVDYRKNPEQYKQRV KMEVERSKQDIPKGFIMPTSESAYISQSKLDEPESNKDMADNFWYDSDLDDDENGSVILQDDDYDDGNNHIPFEDDDVYN YNDNDDDDERIEFEDDDDDDDDSIDNDSVMDRKQPHKAEDESEDVEDVERVSKKI ; 1 2 UNP UBA1_YEAST P22515 ? 2 ;MSSNNSGLSAAGEIDESLYSRQLYVLGKEAMLKMQTSNVLILGLKGLGVEIAKNVVLAGVKSMTVFDPEPVQLADLSTQF FLTEKDIGQKRGDVTRAKLAELNAYVPVNVLDSLDDVTQLSQFQVVVATDTVSLEDKVKINEFCHSSGIRFISSETRGLF GNTFVDLGDEFTVLDPTGEEPRTGMVSDIEPDGTVTMLDDNRHGLEDGNFVRFSEVEGLDKLNDGTLFKVEVLGPFAFRI GSVKEYGEYKKGGIFTEVKVPRKISFKSLKQQLSNPEFVFSDFAKFDRAAQLHLGFQALHQFAVRHNGELPRTMNDEDAN ELIKLVTDLSVQQPEVLGEGVDVNEDLIKELSYQARGDIPGVVAFFGGLVAQEVLKACSGKFTPLKQFMYFDSLESLPDP KNFPRNEKTTQPVNSRYDNQIAVFGLDFQKKIANSKVFLVGSGAIGCEMLKNWALLGLGSGSDGYIVVTDNDSIEKSNLN RQFLFRPKDVGKNKSEVAAEAVCAMNPDLKGKINAKIDKVGPETEEIFNDSFWESLDFVTNALDNVDARTYVDRRCVFYR KPLLESGTLGTKGNTQVIIPRLTESYSSSRDPPEKSIPLCTLRSFPNKIDHTIAWAKSLFQGYFTDSAENVNMYLTQPNF VEQTLKQSGDVKGVLESISDSLSSKPHNFEDCIKWARLEFEKKFNHDIKQLLFNFPKDAKTSNGEPFWSGAKRAPTPLEF DIYNNDHFHFVVAGASLRAYNYGIKSDDSNSKPNVDEYKSVIDHMIIPEFTPNANLKIQVNDDDPDPNANAANGSDEIDQ LVSSLPDPSTLAGFKLEPVDFEKDDDTNHHIEFITACSNCRAQNYFIETADRQKTKFIAGRIIPAIATTTSLVTGLVNLE LYKLIDNKTDIEQYKNGFVNLALPFFGFSEPIASPKGEYNNKKYDKIWDRFDIKGDIKLSDLIEHFEKDEGLEITMLSYG VSLLYASFFPPKKLKERLNLPITQLVKLVTKKDIPAHVSTMILEICADDKEGEDVEVPFITIHL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6ZHU B 1 ? 295 ? P14682 1 ? 295 ? 1 295 2 1 6ZHU F 1 ? 295 ? P14682 1 ? 295 ? 1 295 3 1 6ZHU D 1 ? 295 ? P14682 1 ? 295 ? 1 295 4 1 6ZHU H 1 ? 295 ? P14682 1 ? 295 ? 1 295 5 2 6ZHU A 1 ? 1024 ? P22515 1 ? 1024 ? 1 1024 6 2 6ZHU E 1 ? 1024 ? P22515 1 ? 1024 ? 1 1024 7 2 6ZHU C 1 ? 1024 ? P22515 1 ? 1024 ? 1 1024 8 2 6ZHU G 1 ? 1024 ? P22515 1 ? 1024 ? 1 1024 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 2 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 3 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 4 author_and_software_defined_assembly PISA dimeric 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 5060 ? 1 MORE -24 ? 1 'SSA (A^2)' 51010 ? 2 'ABSA (A^2)' 5180 ? 2 MORE -28 ? 2 'SSA (A^2)' 51570 ? 3 'ABSA (A^2)' 4800 ? 3 MORE -23 ? 3 'SSA (A^2)' 51110 ? 4 'ABSA (A^2)' 5250 ? 4 MORE -25 ? 4 'SSA (A^2)' 52140 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,E,I,J,Q 2 1 B,F,K,L,R 3 1 C,G,M,N,S 4 1 D,H,O,P,T # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'native gel electrophoresis' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 7 ? ASP A 21 ? THR B 7 ASP B 21 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 35 ? SER A 37 ? ASP B 35 SER B 37 5 ? 3 HELX_P HELX_P3 AA3 ILE A 96 ? HIS A 100 ? ILE B 96 HIS B 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 120 ? ASP A 134 ? THR B 120 ASP B 134 1 ? 15 HELX_P HELX_P5 AA5 VAL A 143 ? ASN A 152 ? VAL B 143 ASN B 152 1 ? 10 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 154 ? GLN A 169 ? GLU B 154 GLN B 169 1 ? 16 HELX_P HELX_P7 AA7 THR B 7 ? THR B 20 ? THR F 7 THR F 20 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP B 35 ? SER B 37 ? ASP F 35 SER F 37 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 AA9 THR B 120 ? ASP B 134 ? THR F 120 ASP F 134 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN B 142 ? ASN B 152 ? ASN F 142 ASN F 152 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 PRO B 153 ? GLN B 169 ? PRO F 153 GLN F 169 1 ? 17 HELX_P HELX_P12 AB3 THR C 7 ? ASP C 21 ? THR D 7 ASP D 21 1 ? 15 HELX_P HELX_P13 AB4 ILE C 96 ? HIS C 100 ? ILE D 96 HIS D 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 THR C 120 ? ASP C 134 ? THR D 120 ASP D 134 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 AB6 VAL C 143 ? ASN C 152 ? 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P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O2A ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 92.8 ? 46 O2B ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O2A ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 66.7 ? 47 OD2 ? H ASP 544 ? G ASP 544 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1201 ? 1_555 94.1 ? 48 O1G ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1201 ? 1_555 56.6 ? 49 O2B ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1201 ? 1_555 42.9 ? 50 O2A ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1201 ? 1_555 106.4 ? 51 OD2 ? H ASP 544 ? G ASP 544 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1202 ? 1_555 85.1 ? 52 O1G ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1202 ? 1_555 105.8 ? 53 O2B ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1202 ? 1_555 130.8 ? 54 O2A ? O ATP . ? G ATP 1101 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1202 ? 1_555 156.8 ? 55 O ? T HOH . ? G HOH 1201 ? 1_555 MG ? P MG . ? G MG 1102 ? 1_555 O ? T HOH . ? G HOH 1202 ? 1_555 95.6 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 70 A . ? PHE 70 B PRO 71 A ? PRO 71 B 1 -6.45 2 PHE 70 B . ? PHE 70 F PRO 71 B ? PRO 71 F 1 -8.65 3 PHE 70 C . ? PHE 70 D PRO 71 C ? 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