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F LYS 385 NZ # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6ZML _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZML _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6ZML _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6ZML _struct.title 'CryoEM Structure of Merkel Cell Polyomavirus Virus-like Particle' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6ZML _struct_keywords.text 'polyomavirus, capsid, Merkel cell carcinoma, jelly roll fold, VIRUS LIKE PARTICLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRUS LIKE PARTICLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? 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B0G0W3 1 ? 423 ? 1 423 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 360-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 360 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression ;1,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,2,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,3,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,4,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,5,50,51,52,53,54,55,56,57,58,59,6,60,7,8,9 ; _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'light scattering' 'Measured particle size of ~ 50 nm in diameter' 2 1 microscopy 'Negativ stain transmission electron microscopy shows ~ 50 nm particles in diameter with pentameric subunits' # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? -0.809350 0.499983 -0.308171 449.83037 -0.499443 -0.309802 0.809061 277.98519 0.309045 0.808727 0.500451 -171.78742 3 'point symmetry operation' ? ? -0.808624 -0.500603 0.309069 555.98643 0.500509 -0.309237 0.808618 -0.07620 -0.309221 0.808560 0.500612 0.10736 4 'point symmetry operation' ? ? 0.309486 -0.809071 0.499622 277.89236 0.808891 0.500223 0.308984 -171.81303 -0.499913 0.308513 0.809263 106.23472 5 'point symmetry operation' ? ? 0.308593 0.809361 -0.499706 106.22264 -0.809179 0.499525 0.309361 278.11222 0.500000 0.308885 0.809067 -171.78413 6 'point symmetry operation' ? ? 0.309295 -0.808555 -0.500576 555.85254 0.808660 0.500612 -0.308961 -0.01667 0.500406 -0.309235 0.808682 -0.05198 7 'point symmetry operation' ? ? -0.000363 0.000500 -1.000000 555.98691 -1.000000 -0.000396 0.000363 556.03002 -0.000395 1.000000 0.000501 0.07484 8 'point symmetry operation' ? ? -0.500089 -0.308786 -0.809050 727.76925 -0.308566 -0.809405 0.499651 449.76954 -0.809134 0.499515 0.309494 278.09173 9 'point symmetry operation' ? ? -0.309012 -0.808757 -0.500424 727.76364 0.809319 -0.499972 0.308271 106.15412 -0.499514 -0.309743 0.809040 277.99815 10 'point symmetry operation' ? ? 0.499884 -0.308489 -0.809290 449.75293 -0.309528 0.809071 -0.499596 278.10213 0.808893 0.500238 0.308955 -171.81254 11 'point symmetry operation' ? ? 0.809308 -0.499954 0.308328 106.14951 0.499548 0.309711 -0.809031 277.98042 0.308986 0.808780 0.500402 -171.77276 12 'point symmetry operation' ? ? 0.808679 0.500525 -0.309053 -0.00147 -0.500387 0.309086 -0.808751 556.06480 -0.309276 0.808666 0.500407 0.11895 13 'point symmetry operation' ? ? -1.000000 -0.000415 0.000174 556.04664 0.000415 -1.000000 -0.000486 555.89999 0.000175 -0.000486 1.000000 0.05065 14 'point symmetry operation' ? ? -0.308542 -0.809405 0.499665 449.76051 0.809152 -0.499495 -0.309479 277.88322 0.500074 0.308818 0.809047 -171.79010 15 'point symmetry operation' ? ? -0.309487 0.809107 -0.499564 278.07993 -0.808952 -0.500164 -0.308922 727.79887 -0.499815 0.308516 0.809323 106.20724 16 'point symmetry operation' ? 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THR E 196 GLY E 202 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO E 207 ? GLY E 211 ? PRO E 207 GLY E 211 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 CYS E 277 ? GLY E 281 ? CYS E 277 GLY E 281 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 PRO E 323 ? SER E 333 ? PRO E 323 SER E 333 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY F 39 ? LEU F 43 ? GLY F 39 LEU F 43 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY F 134 ? ILE F 139 ? GLY F 134 ILE F 139 5 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 THR F 196 ? GLY F 202 ? THR F 196 GLY F 202 1 ? 7 HELX_P HELX_P36 AD9 THR F 206 ? GLY F 211 ? THR F 206 GLY F 211 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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D CYS 25 E CYS 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS B 25 ? CYS C 117 ? CYS B 25 ? 1_555 CYS C 117 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS B 117 ? CYS F 25 ? CYS B 117 ? 1_555 CYS F 25 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS C 25 ? CYS D 117 ? CYS C 25 ? 1_555 CYS D 117 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS D 25 ? CYS E 117 ? CYS D 25 ? 1_555 CYS E 117 ? 1_555 SG SG . . . 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GLY B 169 ? ASN B 162 GLY B 169 H 4 SER B 241 ? GLN B 248 ? SER B 241 GLN B 248 I 1 LYS B 217 ? LYS B 219 ? LYS B 217 LYS B 219 I 2 ASP B 174 ? GLY B 177 ? ASP B 174 GLY B 177 I 3 TRP B 231 ? PRO B 233 ? TRP B 231 PRO B 233 J 1 GLY B 291 ? PHE B 294 ? GLY B 291 PHE B 294 J 2 MET B 300 ? HIS B 303 ? MET B 300 HIS B 303 K 1 GLU C 56 ? LEU C 59 ? GLU C 56 LEU C 59 K 2 ARG C 307 ? ASN C 310 ? ARG C 307 ASN C 310 L 1 ARG C 242 ? GLN C 248 ? ARG C 242 GLN C 248 L 2 ASN C 162 ? ILE C 168 ? ASN C 162 ILE C 168 L 3 SER C 285 ? VAL C 290 ? SER C 285 VAL C 290 M 1 THR C 119 ? VAL C 128 ? THR C 119 VAL C 128 M 2 VAL C 311 ? LYS C 319 ? VAL C 311 LYS C 319 N 1 ILE D 52 ? ILE D 55 ? ILE D 52 ILE D 55 N 2 VAL D 311 ? LYS D 319 ? VAL D 311 LYS D 319 N 3 THR D 119 ? SER D 127 ? THR D 119 SER D 127 O 1 ARG D 242 ? GLN D 248 ? ARG D 242 GLN D 248 O 2 ASN D 162 ? ILE D 168 ? ASN D 162 ILE D 168 O 3 SER D 285 ? PHE D 294 ? SER D 285 PHE D 294 O 4 MET D 300 ? HIS D 303 ? MET D 300 HIS D 303 P 1 LEU D 175 ? 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