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_entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 70 ;Baker's yeast ; ? 'SMC1, CHL10, YFL008W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 2 sample 'Biological sequence' 71 179 ;Baker's yeast ; ? 'SMC1, CHL10, YFL008W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 3 sample 'Biological sequence' 180 360 ;Baker's yeast ; ? 'SMC1, CHL10, YFL008W' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 229 ;Baker's yeast ; ? 'SMC3, YJL074C, J1049' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 2 sample 'Biological sequence' 230 304 ;Baker's yeast ; ? 'SMC3, YJL074C, J1049' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 3 sample 'Biological sequence' 305 423 ;Baker's yeast ; ? 'SMC3, YJL074C, J1049' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 37 ;Baker's yeast ; ? 'MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 2 sample 'Biological sequence' 38 46 ;Baker's yeast ; ? 'MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 3 sample 'Biological sequence' 47 83 ;Baker's yeast ; ? 'MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 1493 ;Baker's yeast ; ? 'SCC2, YDR180W, YD9395.14' ? 'ATCC 204508 / S288c' ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Spodoptera frugiperda' 7108 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 34 'synthetic construct' ? 32630 ? 6 1 sample 1 34 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SMC1_YEAST P32908 ? 1 GRLVGLELSNFKSYRGVTKVGFGESNFTSIIGPNGSGKSNMMDAISFVLGVRSNHLRSNILKDLIYRGVL 2 2 UNP SMC1_YEAST P32908 ? 1 ;SNPQSAYVKAFYQKGNKLVELMRIISRNGDTSYKIDGKTVSYKDYSIFLENENILIKAKNFLVFQGDVEQIAAQSPVELS RMFEEVSGSIQYKKEYEELKEKIEKLSKS ; 87 3 UNP SMC1_YEAST P32908 ? 1 ;AEEKKILNQFLKIKKKRKELFEKTFDYVSDHLDAIYRELTKNPNSNVELAGGNASLTIEDEDEPFNAGIKYHATPPLKRF KDMEYLSGGEKTVAALALLFAINSYQPSPFFVLDEVDAALDITNVQRIAAYIRRHRNPDLQFIVISLKNTMFEKSDALVG VYRQQQENSSKIITLDLSNYA ; 1044 4 UNP SMC3_YEAST P47037 ? 2 ;YIKRVIIKGFKTYRNETIIDNFSPHQNVIIGSNGSGKSNFFAAIRFVLSDDYSNLKREERQGLIHQGSGGSVMSASVEIV FHDPDHSMILPSGVLSRGDDEVTIRRTVGLKKDDYQLNDRNVTKGDIVRMLETAGFSMNNPYNIVPQGKIVALTNAKDKE RLQLLEDVVGAKSFEVKLKASLKKMEETEQKKIQINKEMGELNSKLSEMEQERKELEKYNELERNRK ; 2 5 UNP SMC3_YEAST P47037 ? 2 RAFENFKKFNERRKDLAERASELDESKDSIQDLIVKLKQQKVNAVDSTFQKVSENFEAVFERLVPRGTAKLIIHR 997 6 UNP SMC3_YEAST P47037 ? 2 ;YTGVSISVSFNSKQNEQLHVEQLSGGQKTVCAIALILAIQMVDPASFYLFDEIDAALDKQYRTAVATLLKELSKNAQFIC TTFRTDMLQVADKFFRVKYENKISTVIEVNREEAIGFIR ; 1104 7 UNP SCC1_YEAST Q12158 ? 3 TLRTSGELLQGIVRVYSKQATFLLTDIKDTLTKISML 67 8 UNP SCC1_YEAST Q12158 ? 3 VIFTDVLKS 502 9 UNP SCC1_YEAST Q12158 ? 3 ITKREASRGFFDILSLATEGCIGLSQTEAFGNIKIDA 519 10 UNP SCC2_YEAST Q04002 ? 4 ;MSYPGKDKNIPGRIIEALEDLPLSYLVPKDGLAALVNAPMRVSLPFDKTIFTSADDGRDVNINVLGTANSTTSSIKNEAE KERLVFKRPSNFTSSANSVDYVPTNFLEGLSPLAQSVLSTHKGLNDSINIEKKSEIVSRPEAKHKLESVTSNAGNLSFND NSSNKKTKTSTGVTMTQANLAEQYLNDLKNILDIVGFDQNSAEIGNIEYWLQLPNKKFVLTTNCLTKLQMTIKNITDNPQ LSNSIEITWLLRLLDVMVCNIKFSKSSLKMGLDDSMLRYIALLSTIVLFNIFLLGKNDSNLHRESYIMEPVNFLSDLIES LKILTIEYGSLKIEFDTFQEALELLPKYIRNGPFLDDNVTAKLVYIFSDLLMNNDIEATTNIQFQSFWDNVKRISSDILV SLFGSFDQQRGFIIEELLSHIEKLPTKRIQKKLRKVGNQNIYITDFTFTLMSMLENINCYSFCNQMKDIAPENIDLLKNE YKKQEEFLFNIVEHINDTILERFFKNPSALRYVIDNFVQDLLLLISSPQWPVTEKILSSLLKRLLSVYSPSMQVSANIET ICLQLIGNIGSTIFDIKCSTRDHEDNNLIKMINYPETLPHFFKSFEECIAYNETIKCRRSATRFLWNLRLGTILILEEYT KDAKEQIITVDNELKKILEQIKDGGLGPELENREADFSTIKLDYFSILHAFELLNLYDPYLKLILSLLAKDKIKLRSTAI KCLSMLASKDKVILSNPMVKETIHRRLNDSSASVKDAILDLVSINSSYFEFYQQINNNYNDDSIMVRKHVLRINEKMYDE TNDIVTKVYVIARILMKIEDEEDNIIDMARLILLNRWILKVHEVLDQPEKLKEISSSVLLVMSRVAIMNEKCSQLFDLFL NFYLLNKEAHSKEAYDKITHVLTILTDFLVQKIVELNSDDTNEKNSIVDKQNFLNLLAKFADSTVSFLTKDHITALYPYM VSDEKSDFHYYILQVFRCTFEKLANFKQKFLYDLETTLLSRLPKMNVREIDEAMPLIWSVATHRHDTARVAKACSSCLSH LHPYINKANNEEAAIVVDGKLQRLIYLSTGFARFCFPKPSNDKIAFLQEGETLYEHITKCLLVLSKDKITHVIRRVAVKN LTKLCGNHPKLFNSRHVLHLLDKEFQSDQLDIKLVILESLYDLFLLEERKSVRNTGVNSTLSSNSILKKKLLKTNRVEFA NDGVCSALATRFLDNILQLCLLRDLKNSLVAIRLLKLILKFGYTNPSHSIPTVIALFASTSQYIRHVAYELLEDLFEKYE TLVFSSLSRGVTKAIHYSIHTDEKYYYKHDHFLSLLEKLCGTGKKNGPKFFKVLKRIMQSYLDDITDLTSTNSSVQKSIF VLCTNISNITFVSQYDLVSLLKTIDLTTDRLKEVIMDEIGDNVSSLSVSEEKLSGIILIQLSLQDLGTYLLHLYGLRDDV LLLDIVEESELKNKQLPAKKPDISKFSAQLENIEQYSSNGKLLTYFRKHVKDT ; 1 11 PDB 6ZZ6 6ZZ6 ? 5 ? 1 12 PDB 6ZZ6 6ZZ6 ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6ZZ6 A 1 ? 70 ? 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Q04002 1 ? 1493 ? 1 1493 11 11 6ZZ6 F 1 ? 34 ? 6ZZ6 1 ? 34 ? 1 34 12 12 6ZZ6 G 1 ? 34 ? 6ZZ6 1 ? 34 ? 1 34 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 6ZZ6 GLN A 294 ? UNP P32908 GLU 1158 conflict 1158 1 4 6ZZ6 GLY B 1 ? UNP P47037 ? ? 'expression tag' 0 2 4 6ZZ6 PRO B 2 ? UNP P47037 ? ? 'expression tag' 1 3 6 6ZZ6 GLN B 356 ? UNP P47037 GLU 1155 conflict 1155 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6ZZ6 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6ZZ6 _struct.title 'Cryo-EM structure of S.cerevisiae cohesin-Scc2-DNA complex' _struct.pdbx_descriptor ;Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1, Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3, Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1, Sister chromatid cohesion protein 2/DNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6ZZ6 _struct_keywords.text 'SMC, cohesin, DNA, CELL CYCLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL CYCLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 7 ? J N N 8 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 37 ? LEU A 49 ? GLY A 38 LEU A 50 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 53 ? ARG A 57 ? SER A 54 ARG A 58 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 111 ? GLU A 122 ? SER A 127 GLU A 138 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 AA4 GLU A 139 ? GLN A 144 ? GLU A 155 GLN A 160 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 145 ? 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EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6ZZ6 'double helix' 6ZZ6 'a-form double helix' 6ZZ6 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 E DA 1 1_555 F DT 34 1_555 0.074 -0.130 -0.037 0.281 -0.428 2.110 1 F_DA1:DT34_G F 1 ? 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