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N VAL D 519 O THR D 549 ? O THR D 532 AB4 2 3 N TRP D 546 ? N TRP D 529 O ILE D 596 ? O ILE D 579 AB4 3 4 O SER D 597 ? O SER D 580 N VAL D 572 ? N VAL D 555 AB5 1 2 N PHE D 744 ? N PHE D 727 O VAL D 756 ? O VAL D 739 AB5 2 3 N LEU D 761 ? N LEU D 744 O GLU D 777 ? O GLU D 760 AB5 3 4 N VAL D 780 ? N VAL D 763 O GLY D 787 ? O GLY D 770 AB5 4 5 N VAL D 788 ? N VAL D 771 O GLY D 835 ? O GLY D 818 AB6 1 2 N GLY D 798 ? N GLY D 781 O VAL D 901 ? O VAL D 884 AB7 1 2 O PHE D 1005 ? O PHE D 988 N ALA D 998 ? N ALA D 981 AB7 2 3 O ALA D 997 ? O ALA D 980 N VAL D 972 ? N VAL D 955 AB7 3 4 N VAL D 973 ? N VAL D 956 O TRP D 1089 ? O TRP D 1072 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLN A 512 ? ? 57.46 76.25 2 1 ALA A 588 ? ? 53.31 76.04 3 1 ALA A 645 ? ? -92.15 49.14 4 1 PRO A 746 ? ? -84.41 44.76 5 1 GLU A 751 ? ? -143.19 -14.97 6 1 ARG A 767 ? ? 79.22 -8.56 7 1 ASP A 888 ? ? -120.66 -54.90 8 1 LYS A 889 ? ? -102.27 -61.47 9 1 THR A 893 ? ? -97.28 30.29 10 1 ASP A 911 ? ? -93.32 52.20 11 1 GLN A 949 ? ? -103.17 -61.53 12 1 LYS A 974 ? ? 61.22 70.43 13 1 HIS A 975 ? ? 63.90 72.04 14 1 ASP A 990 ? ? -160.78 79.82 15 1 PRO A 1057 ? ? -64.84 4.86 16 1 GLN A 1104 ? ? 67.90 -1.79 17 1 ARG A 1222 ? ? 64.58 64.78 18 1 LEU A 1224 ? ? -95.28 -62.62 19 1 GLU A 1330 ? ? -91.68 -65.20 20 1 TYR A 1393 ? ? -90.91 -61.82 21 1 ASP A 1470 ? ? 62.13 62.89 22 1 GLN B 512 ? ? 57.51 76.24 23 1 ALA B 588 ? ? 53.34 76.01 24 1 ALA B 645 ? ? -92.17 49.16 25 1 PRO B 746 ? ? -84.39 44.79 26 1 GLU B 751 ? ? -143.23 -14.99 27 1 ARG B 767 ? ? 79.20 -8.49 28 1 ASP B 888 ? ? -120.65 -54.88 29 1 LYS B 889 ? ? -102.26 -61.43 30 1 THR B 893 ? ? -97.27 30.28 31 1 ASP B 911 ? ? -93.31 52.24 32 1 GLN B 949 ? ? -103.18 -61.53 33 1 LYS B 974 ? ? 61.15 70.52 34 1 HIS B 975 ? ? 63.86 72.02 35 1 ASP B 990 ? ? -160.79 79.85 36 1 PRO B 1057 ? ? -64.85 4.78 37 1 GLN B 1104 ? ? 67.92 -1.79 38 1 ARG B 1222 ? ? 64.63 64.64 39 1 LEU B 1224 ? ? -95.36 -62.66 40 1 GLU B 1330 ? ? -91.66 -65.26 41 1 TYR B 1393 ? ? -90.92 -61.86 42 1 ASP B 1470 ? ? 62.04 62.93 43 1 GLN C 512 ? ? 57.48 76.23 44 1 ALA C 588 ? ? 53.37 76.03 45 1 ALA C 645 ? ? -92.19 49.17 46 1 PRO C 746 ? ? -84.48 44.80 47 1 GLU C 751 ? ? -143.23 -14.96 48 1 ARG C 767 ? ? 79.22 -8.53 49 1 ASP C 888 ? ? -120.65 -54.92 50 1 LYS C 889 ? ? -102.26 -61.52 51 1 THR C 893 ? ? -97.24 30.33 52 1 ASP C 911 ? ? -93.34 52.20 53 1 GLN C 949 ? ? -103.18 -61.59 54 1 LYS C 974 ? ? 61.11 70.47 55 1 HIS C 975 ? ? 63.90 72.08 56 1 ASP C 990 ? ? -160.70 79.86 57 1 SER C 1011 ? ? -160.02 110.56 58 1 PRO C 1057 ? ? -64.86 4.79 59 1 GLN C 1104 ? ? 67.92 -1.71 60 1 ARG C 1222 ? ? 64.54 64.76 61 1 LEU C 1224 ? ? -95.30 -62.64 62 1 GLU C 1330 ? ? -91.67 -65.22 63 1 TYR C 1393 ? ? -90.91 -61.85 64 1 ASP C 1470 ? ? 62.06 62.97 65 1 GLN D 512 ? ? 57.48 76.30 66 1 ALA D 588 ? ? 53.28 76.06 67 1 ALA D 645 ? ? -92.17 49.17 68 1 PRO D 746 ? ? -84.37 44.78 69 1 GLU D 751 ? ? -143.24 -14.94 70 1 ARG D 767 ? ? 79.25 -8.51 71 1 ASP D 888 ? ? -120.63 -54.92 72 1 LYS D 889 ? ? -102.30 -61.50 73 1 THR D 893 ? ? -97.27 30.31 74 1 ASP D 911 ? ? -93.27 52.22 75 1 GLN D 949 ? ? -103.18 -61.60 76 1 LYS D 974 ? ? 61.15 70.46 77 1 HIS D 975 ? ? 63.89 72.06 78 1 ASP D 990 ? ? -160.71 79.81 79 1 SER D 1011 ? ? -160.02 110.58 80 1 PRO D 1057 ? ? -64.85 4.79 81 1 GLN D 1104 ? ? 67.92 -1.83 82 1 ARG D 1222 ? ? 64.58 64.75 83 1 LEU D 1224 ? ? -95.32 -62.66 84 1 GLU D 1330 ? ? -91.67 -65.21 85 1 TYR D 1393 ? ? -90.87 -61.86 86 1 ASP D 1470 ? ? 62.13 62.95 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.entry_id 7A1D _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Model fitting into the cryo-EM map was performed using the programs UCSF Chimera (Pettersen et al., 2004), Namdinator (Kidmose et al., 2019), phenix.real_space_refine (Afonine et al., 2018) and Coot (Emsley, Lohkamp, Scott, & Cowtan, 2010). Residues 500-1588 from the crystal structure of Se-Met mL-GDH180 (PDB code 7JSR) were fitted into the cryo-EM map. Se-methionine residues were replaced by methionine residues using Coot (Emsley et al., 2010) and the model was finally refined employing phenix.real_space_refine (Afonine et al., 2018) with NCS and secondary structure restraints. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7A1D _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 63715 _em_3d_reconstruction.resolution 4.19 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 6.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Cryo-EM map of the large glutamate dehydrogenase composed of 180 kDa subunits from Mycobacterium smegmatis (open conformation)' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7A1D _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 20 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-20 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7A1D _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max 3260 _em_imaging.calibrated_defocus_min 670 _em_imaging.calibrated_magnification 47170 _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type Quantifoil _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 7A1D _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7A1D _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7A1D _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry D2 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -16 ? 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