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'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 KGN non-polymer . 'D-chiro inositol hexakisphosphate' ? 'C6 H18 O24 P6' 660.035 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7AAV _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7AAV _struct.title 'Human pre-Bact-2 spliceosome core structure' _struct.pdbx_descriptor ;116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, Protein BUD31 homolog, Cell division cycle 5-like protein, Spliceosome-associated protein CWC15 homolog, Microfibrillar-associated protein 1, Pleiotropic regulator 1, Pre-mRNA-processing factor 17, Pre-mRNA-splicing factor 38A, Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, Pre-mRNA-splicing factor RBM22, SNW domain-containing protein 1, Zinc finger matrin-type protein 2, Ubiquitin-like protein 5/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7AAV _struct_keywords.text 'Complex, spliceosome, catalytic activation, splicing' _struct_keywords.pdbx_keywords SPLICING # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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P C 79 4017 1 Y 1 6 G 80 ? P G 80 4018 1 Y 1 6 C 81 ? P C 81 4019 1 Y 1 6 A 82 ? P A 82 4020 1 Y 1 6 A 83 ? P A 83 4021 1 Y 1 6 A 84 ? P A 84 4022 1 Y 1 6 U 85 ? P U 85 4023 1 Y 1 6 U 86 ? P U 86 4024 1 Y 1 6 C 87 ? P C 87 4025 1 Y 1 6 G 88 ? P G 88 4026 1 Y 1 6 U 89 ? P U 89 4027 1 Y 1 6 G 90 ? P G 90 4028 1 Y 1 6 A 91 ? P A 91 4029 1 Y 1 6 A 92 ? P A 92 4030 1 Y 1 6 G 93 ? P G 93 4031 1 Y 1 6 C 94 ? P C 94 4032 1 Y 1 6 G 95 ? P G 95 4033 1 Y 1 6 U 96 ? P U 96 4034 1 Y 1 6 U 97 ? P U 97 4035 1 Y 1 6 C 98 ? P C 98 4036 1 Y 1 6 C 99 ? P C 99 4037 1 Y 1 6 A 100 ? P A 100 4038 1 Y 1 6 U 101 ? P U 101 4039 1 Y 1 6 A 102 ? P A 102 4040 1 Y 1 6 U 103 ? P U 103 4041 1 Y 1 6 U 104 ? P U 104 4042 1 Y 1 6 U 105 ? P U 105 4043 1 Y 1 6 U 106 ? 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'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7AAV 'double helix' 7AAV 'a-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 G G 54 1_555 O A 44 1_555 -1.683 4.843 -1.136 -4.495 7.186 -78.627 1 Z_G54:A44_5 Z 54 ? 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