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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 3868 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7AD1 _struct.title 'Cryo-EM structure of a prefusion stabilized SARS-CoV-2 Spike (D614N, R682S, R685G, A892P, A942P and V987P)(One up trimer)' _struct.pdbx_descriptor 'Spike glycoprotein,Envelope glycoprotein,SARS-CoV-2 S protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7AD1 _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, virology, COVID-19, class I fusion proteins, S glycoprotein, cryo-EM, VIRAL PROTEIN, prefusion, corona' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 2 ? J N N 2 ? K N N 2 ? L N N 2 ? M N N 2 ? N N N 3 ? O N N 3 ? P N N 3 ? Q N N 3 ? R N N 3 ? 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LEU C 1141 SER C 1147 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf10 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf18 disulf ? ? 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C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? ? covale1 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 717 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 801 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 1098 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 1134 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.389 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? B ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? B ASN 717 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 801 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 1098 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.484 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 1134 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.386 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? C ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 331 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? C ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 343 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? C ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 709 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? C ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 717 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 801 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 1074 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 1098 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? N-Glycosylation covale21 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale22 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale23 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale24 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale25 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale26 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale27 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale28 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale29 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale30 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? 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C THR 1254 1019 1 Y 1 C GLY 1255 ? C GLY 1255 1020 1 Y 1 C GLY 1256 ? C GLY 1256 1021 1 Y 1 C GLY 1257 ? C GLY 1257 1022 1 Y 1 C SER 1258 ? C SER 1258 1023 1 Y 1 C ASP 1259 ? C ASP 1259 1024 1 Y 1 C TYR 1260 ? C TYR 1260 1025 1 Y 1 C LYS 1261 ? C LYS 1261 1026 1 Y 1 C ASP 1262 ? C ASP 1262 1027 1 Y 1 C ASP 1263 ? C ASP 1263 1028 1 Y 1 C ASP 1264 ? C ASP 1264 1029 1 Y 1 C ASP 1265 ? C ASP 1265 1030 1 Y 1 C LYS 1266 ? C LYS 1266 1031 1 Y 1 C GLY 1267 ? C GLY 1267 1032 1 Y 1 C GLY 1268 ? C GLY 1268 1033 1 Y 1 C GLY 1269 ? C GLY 1269 1034 1 Y 1 C GLY 1270 ? C GLY 1270 1035 1 Y 1 C SER 1271 ? C SER 1271 1036 1 Y 1 C GLY 1272 ? C GLY 1272 1037 1 Y 1 C GLY 1273 ? C GLY 1273 1038 1 Y 1 C GLY 1274 ? C GLY 1274 1039 1 Y 1 C GLY 1275 ? C GLY 1275 1040 1 Y 1 C SER 1276 ? C SER 1276 1041 1 Y 1 C GLY 1277 ? C GLY 1277 1042 1 Y 1 C GLY 1278 ? C GLY 1278 1043 1 Y 1 C GLY 1279 ? C GLY 1279 1044 1 Y 1 C GLY 1280 ? C GLY 1280 1045 1 Y 1 C SER 1281 ? C SER 1281 1046 1 Y 1 C GLY 1282 ? C GLY 1282 1047 1 Y 1 C GLY 1283 ? C GLY 1283 1048 1 Y 1 C GLY 1284 ? C GLY 1284 1049 1 Y 1 C GLY 1285 ? C GLY 1285 1050 1 Y 1 C SER 1286 ? C SER 1286 1051 1 Y 1 C GLY 1287 ? C GLY 1287 1052 1 Y 1 C GLY 1288 ? C GLY 1288 1053 1 Y 1 C GLY 1289 ? C GLY 1289 1054 1 Y 1 C GLY 1290 ? C GLY 1290 1055 1 Y 1 C SER 1291 ? C SER 1291 1056 1 Y 1 C HIS 1292 ? C HIS 1292 1057 1 Y 1 C HIS 1293 ? C HIS 1293 1058 1 Y 1 C HIS 1294 ? C HIS 1294 1059 1 Y 1 C HIS 1295 ? C HIS 1295 1060 1 Y 1 C HIS 1296 ? C HIS 1296 1061 1 Y 1 C HIS 1297 ? C HIS 1297 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM Tris trisaminomethane 1 2 150 mM NaCL 'Sodium Chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 1 ? ? 2697049 ? ? 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