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'Berninghausen, O.' 3 ? 'Becker, T.' 4 0000-0001-8458-2738 'Cheng, J.' 5 ? 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'The residue numbering in chain G is based on the transmembrane helix prediction of Sec62.' 8 polymer man 'Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1' 19766.402 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Sec61 complex subunit SEC61,Sec61 complex subunit alpha' 2 'Sec61 complex subunit SBH1,Sec61 complex subunit beta' 3 'Sec61 complex subunit SSS1,Sec61 complex subunit gamma,Ssh1 complex subunit SSS1,Ssh1 complex subunit gamma' 4 'Protein NPL1,Sec62/63 complex 73 kDa subunit' 5 'Protein HSS1,Sec62/63 complex 31.5 kDa subunit' 6 'Sec62/63 complex 23 kDa subunit,p23' 7 'Sec62/63 complex 30 kDa subunit,Sec62/63 complex 30 kDa subunit' 8 'Alpha-1 mating pheromone,Alpha-1 mating pheromone' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSSNRVLDLFKPFESFLPEVIAPERKVPYNQKLIWTGVSLLIFLILGQIPLYGIVSSETSDPLYWLRAMLASNRGTLLEL GVSPIITSSMIFQFLQGTQLLQIRPESKQDRELFQIAQKVCAIILILGQALVVVMTGNYGAPSDLGLPICLLLIFQLMFA SLIVMLLDELLSKGYGLGSGISLFTATNIAEQIFWRAFAPTTVNSGRGKEFEGAVIAFFHLLAVRKDKKRALVEAFYRTN LPNMFQVLMTVAIFLFVLYLQGFRYELPIRSTKVRGQIGIYPIKLFYTSNTPIMLQSALTSNIFLISQILFQKYPTNPLI RLIGVWGIRPGTQGPQMALSGLAYYIQPLMSLSEALLDPIKTIVYITFVLGSCAVFSKTWIEISGTSPRDIAKQFKDQGM VINGKRETSIYRELKKIIPTAAAFGGATIGALSVGSDLLGTLGSGASILMATTTIYGYYEAAAKEGGFTKNLVPGFSDLM ; ;MSSNRVLDLFKPFESFLPEVIAPERKVPYNQKLIWTGVSLLIFLILGQIPLYGIVSSETSDPLYWLRAMLASNRGTLLEL GVSPIITSSMIFQFLQGTQLLQIRPESKQDRELFQIAQKVCAIILILGQALVVVMTGNYGAPSDLGLPICLLLIFQLMFA SLIVMLLDELLSKGYGLGSGISLFTATNIAEQIFWRAFAPTTVNSGRGKEFEGAVIAFFHLLAVRKDKKRALVEAFYRTN LPNMFQVLMTVAIFLFVLYLQGFRYELPIRSTKVRGQIGIYPIKLFYTSNTPIMLQSALTSNIFLISQILFQKYPTNPLI RLIGVWGIRPGTQGPQMALSGLAYYIQPLMSLSEALLDPIKTIVYITFVLGSCAVFSKTWIEISGTSPRDIAKQFKDQGM VINGKRETSIYRELKKIIPTAAAFGGATIGALSVGSDLLGTLGSGASILMATTTIYGYYEAAAKEGGFTKNLVPGFSDLM ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSSPTPPGGQRTLQKRKQGSSQKVAASAPKKNTNSNNSILKIYSDEATGLRVDPLVVLFLAVGFIFSVVALHVISKVAGK LF ; ;MSSPTPPGGQRTLQKRKQGSSQKVAASAPKKNTNSNNSILKIYSDEATGLRVDPLVVLFLAVGFIFSVVALHVISKVAGK LF ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no MARASEKGEEKKQSNNQVEKLVEAPVEFVREGTQFLAKCKKPDLKEYTKIVKAVGIGFIAVGIIGYAIKLIHIPIRYVIV MARASEKGEEKKQSNNQVEKLVEAPVEFVREGTQFLAKCKKPDLKEYTKIVKAVGIGFIAVGIIGYAIKLIHIPIRYVIV C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPTNYEYDEASETWPSFILTGLLMVVGPMTLLQIYQIFFGANAEDGNSGKSKEFNEEVFKNLNEEYTSDEIKQFRRKFDK NSNKKSKIWSRRNIIIIVGWILVAILLQRINSNDAIKDAATKLFDPYEILGISTSASDRDIKSAYRKLSVKFHPDKLAKG LTPDEKSVMEETYVQITKAYESLTDELVRQNYLKYGHPDGPQSTSHGIALPRFLVDGSASPLLVVCYVALLGLILPYFVS RWWARTQSYTKKGIHNVTASNFVSNLVNYKPSEIVTTDLILHWLSFAHEFKQFFPDLQPTDFEKLLQDHINRRDSGKLNN AKFRIVAKCHSLLHGLLDIACGFRNLDIALGAINTFKCIVQAVPLTPNCQILQLPNVDKEHFITKTGDIHTLGKLFTLED AKIGEVLGIKDQAKLNETLRVASHIPNLKIIKADFLVPGENQVTPSSTPYISLKVLVRSAKQPLIPTSLIPEENLTEPQD FESQRDPFAMMSKQPLVPYSFAPFFPTKRRGSWCCLVSSQKDGKILQTPIIIEKLSYKNLNDDKDFFDKRIKMDLTKHEK FDINDWEIGTIKIPLGQPAPETVGDFFFRVIVKSTDYFTTDLDITMNMKVRDSPAVEQVEVYSEEDDEYSTDDDETESDD ESDASDYTDIDTDTEAEDDESPE ; ;MPTNYEYDEASETWPSFILTGLLMVVGPMTLLQIYQIFFGANAEDGNSGKSKEFNEEVFKNLNEEYTSDEIKQFRRKFDK NSNKKSKIWSRRNIIIIVGWILVAILLQRINSNDAIKDAATKLFDPYEILGISTSASDRDIKSAYRKLSVKFHPDKLAKG LTPDEKSVMEETYVQITKAYESLTDELVRQNYLKYGHPDGPQSTSHGIALPRFLVDGSASPLLVVCYVALLGLILPYFVS RWWARTQSYTKKGIHNVTASNFVSNLVNYKPSEIVTTDLILHWLSFAHEFKQFFPDLQPTDFEKLLQDHINRRDSGKLNN AKFRIVAKCHSLLHGLLDIACGFRNLDIALGAINTFKCIVQAVPLTPNCQILQLPNVDKEHFITKTGDIHTLGKLFTLED AKIGEVLGIKDQAKLNETLRVASHIPNLKIIKADFLVPGENQVTPSSTPYISLKVLVRSAKQPLIPTSLIPEENLTEPQD FESQRDPFAMMSKQPLVPYSFAPFFPTKRRGSWCCLVSSQKDGKILQTPIIIEKLSYKNLNDDKDFFDKRIKMDLTKHEK FDINDWEIGTIKIPLGQPAPETVGDFFFRVIVKSTDYFTTDLDITMNMKVRDSPAVEQVEVYSEEDDEYSTDDDETESDD ESDASDYTDIDTDTEAEDDESPE ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSEFNETKFSNNGTFFETEEPIVETKSISVYTPLIYVFILVVSLVMFASSYRKKQAKKISEQPSIFDENDAHDLYFQIKE MSENEKIHEKVLKAALLNRGAESVRRSLKLKELAPQINLLYKNGSIGEDYWKRFETEVKLIELEFKDTLQEAERLQPGWV 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? pET28a ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 480 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7AFT _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7AFT _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 10431 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.757 ? 14156 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 22.152 ? 1421 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 1704 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 1761 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7AFT _struct.title 'Cryo-EM structure of the signal sequence-engaged post-translational Sec translocon' _struct.pdbx_descriptor ;Protein transport protein SEC61, Protein transport protein SBH1, Protein transport protein SSS1, Protein translocation protein SEC63, Translocation protein SEC66, Translocation protein SEC72, Translocation protein SEC62,Translocation protein SEC62, Mating factor alpha-1,Mating factor alpha-1 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7AFT _struct_keywords.text 'Post-translational translocation, Protein translocation, Sec complex, Signal sequence, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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TRP F 156 ALA F 168 1 ? 13 HELX_P HELX_P48 AF3 MET F 174 ? GLY F 192 ? MET F 174 GLY F 192 1 ? 19 HELX_P HELX_P49 AF4 UNK G 276 ? UNK G 297 ? UNK G 151 UNK G 172 1 ? 22 HELX_P HELX_P50 AF5 UNK G 299 ? UNK G 324 ? UNK G 184 UNK G 209 1 ? 26 HELX_P HELX_P51 AF6 UNK H 167 ? UNK H 175 ? UNK H 2 UNK H 10 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 3 ? 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N VAL A 203 O GLU A 210 ? O GLU A 210 AA2 1 2 O GLY A 279 ? O GLY A 279 N ILE A 269 ? N ILE A 269 AA2 2 3 N ARG A 270 ? N ARG A 270 O VAL A 401 ? O VAL A 401 AA3 1 2 N LYS D 429 ? N LYS D 429 O LEU D 456 ? O LEU D 456 AA3 2 3 O SER D 452 ? O SER D 452 N ASP D 434 ? N ASP D 434 AA4 1 2 N LYS D 429 ? N LYS D 429 O LEU D 456 ? O LEU D 456 AA4 2 3 N VAL D 455 ? N VAL D 455 O GLY D 569 ? O GLY D 569 AA5 1 2 O ILE D 530 ? O ILE D 530 N CYS D 515 ? N CYS D 515 AA5 2 3 N SER D 518 ? N SER D 518 O ARG D 589 ? O ARG D 589 AA5 3 4 N VAL D 590 ? N VAL D 590 O ILE D 604 ? 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'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 3 1 4932 'Saccharomyces cerevisiae' ? ? ? 4 2 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # loop_ _em_image_processing.id _em_image_processing.image_recording_id _em_image_processing.details 1 1 ? 2 2 ? # loop_ _em_image_recording.id _em_image_recording.imaging_id _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image _em_image_recording.average_exposure_time _em_image_recording.details _em_image_recording.detector_mode _em_image_recording.film_or_detector_model _em_image_recording.num_diffraction_images _em_image_recording.num_grids_imaged _em_image_recording.num_real_images 1 1 36 ? ? COUNTING 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' ? 1 ? 2 1 48 ? ? 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RELION 3.1 2 ? ? 19 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 5 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support immunoprecipitation _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #