data_7AQO # _entry.id 7AQO # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.391 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7AQO pdb_00007aqo 10.2210/pdb7aqo/pdb WWPDB D_1292111933 ? ? EMDB EMD-11871 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-12-02 2 'Structure model' 1 1 2024-05-01 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 2 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal 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_pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-10-22 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'yeast THO-Sub2 complex dimer' _pdbx_database_related.db_id EMD-11871 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Schuller, S.K.' 1 0000-0002-1800-8014 'Schuller, J.M.' 2 0000-0002-9121-1764 'Prabu, R.J.' 3 0000-0002-7726-9310 'Baumgartner, M.' 4 0000-0002-6195-5121 'Bonneau, F.' 5 0000-0001-8787-7662 'basquin, J.' 6 0000-0003-2151-3991 'Conti, E.' 7 0000-0003-1254-5588 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Elife _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2050-084X _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 9 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structural insights into the nucleic acid remodeling mechanisms of the yeast THO-Sub2 complex.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.7554/eLife.61467 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33191913 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Schuller, S.K.' 1 0000-0002-1800-8014 primary 'Schuller, J.M.' 2 0000-0002-9121-1764 primary 'Prabu, J.R.' 3 ? primary 'Baumgartner, M.' 4 ? primary 'Bonneau, F.' 5 0000-0001-8787-7662 primary 'Basquin, J.' 6 ? primary 'Conti, E.' 7 0000-0003-1254-5588 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'THO complex subunit 2' 184450.016 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'THO complex subunit HPR1' 84544.047 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'TEX1 isoform 1' 42315.168 2 ? ? ? ? 4 polymer man EM14S01-3B_G0007820.mRNA.1.CDS.1 45521.004 2 ? ? ? ? 5 polymer man BJ4_G0025130.mRNA.1.CDS.1 30340.264 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'THO complex subunit MFT1' 45055.012 2 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 2 'Hyperrecombination protein 1' 3 Y55_G0044670.mRNA.1.CDS.1 4 'HN1_G0007890.mRNA.1.CDS.1,JXXY16.1_G0007900.mRNA.1.CDS.1,SUB2 isoform 1,SX2_G0007910.mRNA.1.CDS.1,XXYS1_G0007860.mRNA.1.CDS.1' 5 'HLJ1_G0025020.mRNA.1.CDS.1,THP2 isoform 1,Y55_G0025210.mRNA.1.CDS.1' 6 'Mitochondrial fusion target protein 1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GAASMAEQTLLSKLNALSQKVIPPASPSQASILTEEVIRNWPERSKTLCSDFTALESNDEKEDWLRTLFIELFDFINKND ENSPLKLSDVASFTNELVNHERQVSQASIVGKMFIAVSSTVPNINDLTTISLCKLIPSLHEELFKFSWISSKLLNKEQTT LLRHLLKKSKYELKKYNLLVENSVGYGQLVALLILAYYDPDNFSKVSAYLKEIYHIMGKYSLDSIRTLDVILNVSSQFIT EGYKFFIALLRKSDSWPSSHVANNSNYSSLNEGGNMIAANIISFNLSQYNEEVDKENYERYMDMCCILLKNGFVNFYSIW DNVKPEMEFLQEYIQNLETELEEESTKGVENPLAMAAALSTENETDEDNALVVNDDVNMKDKISEETNADIESKGKQKTQ QDILLFGKIKLLERLLIHGCVIPVIHVLKQYPKVLYVSESLSRYLGRVFEYLLNPLYTSMTSSGESKDMATALMITRIDN GILAHKPRLIHKYKTHEPFESLELNSSYVFYYSEWNSNLTPFASVNDLFENSHIYLSIIGPYLGRIPTLLSKISRIGVAD IQKNHGSESLHVTIDKWIDYVRKFIFPATSLLQNNPIATSEVYELMKFFPFEKRYFIYNEMMTKLSQDILPLKVSFNKAE 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;GAASMAEQTLLSKLNALSQKVIPPASPSQASILTEEVIRNWPERSKTLCSDFTALESNDEKEDWLRTLFIELFDFINKND ENSPLKLSDVASFTNELVNHERQVSQASIVGKMFIAVSSTVPNINDLTTISLCKLIPSLHEELFKFSWISSKLLNKEQTT LLRHLLKKSKYELKKYNLLVENSVGYGQLVALLILAYYDPDNFSKVSAYLKEIYHIMGKYSLDSIRTLDVILNVSSQFIT EGYKFFIALLRKSDSWPSSHVANNSNYSSLNEGGNMIAANIISFNLSQYNEEVDKENYERYMDMCCILLKNGFVNFYSIW DNVKPEMEFLQEYIQNLETELEEESTKGVENPLAMAAALSTENETDEDNALVVNDDVNMKDKISEETNADIESKGKQKTQ QDILLFGKIKLLERLLIHGCVIPVIHVLKQYPKVLYVSESLSRYLGRVFEYLLNPLYTSMTSSGESKDMATALMITRIDN GILAHKPRLIHKYKTHEPFESLELNSSYVFYYSEWNSNLTPFASVNDLFENSHIYLSIIGPYLGRIPTLLSKISRIGVAD IQKNHGSESLHVTIDKWIDYVRKFIFPATSLLQNNPIATSEVYELMKFFPFEKRYFIYNEMMTKLSQDILPLKVSFNKAE REAKSILKALSIDTIAKESRRFAKLISTNPLASLVPAVKQIENYDKVSELVVYTTKYFNDFAYDVLQFVLLLRLTYNRPA VQFDGVNQAMWVQRLSIFIAGLAKNCPNMDISNIITYILKTLHNGNIIAVSILKELIITVGGIRDLNEVNMKQLLMLNSG SPLKQYARHLIYDFRDDNSVISSRLTSFFTDQSAISEIILLLYTLNLKANTQNSHYKILSTRCDEMNTLLWSFIELIKHC LKGKAFEENVLPFVELNNRFHLSTPWTFHIWRDYLDNQLNSNENFSIDELIEGAEFSDVDLTKISKDLFTTFWRLSLYDI 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SARERESNRSSDVIFAADYNFVFYHLIICPIEFAFSDLEYKNDVDRSLSPLLDAILEIEENFYSKIKMNNRTRYSLEEAL NTEYYANYDVMTPKLPVYMKHSNAMKMDRNEFWANLQNIKESDDYTLRPTIMDISLSNTTCLYKQLTQEDDDYYRKQFIL QLCFTTNLIRNLISSDETRNFYKSCYLRENPLSDIDFENLDEVNKKRGLNLCSYICDNRVLKFYKIKDPDFYRVIRKLMS SDEKFTTAKIDGFKEFQNFRISKEKIPPPAFDETFKKFTFIKMGNKLINNVWKIPTGLDKIEQEVKKPEGVYEAAQAKWE SKISSETSGGEAKDEIIRQWQTLRFLRSRYLFDFDKVNEKTGVDGLFEEPRKVEALDDSFKEKLLYKINQEHRKKLQDAR EYKIGKERKKRALEEEASFPEREQKIKSQRINSASQTEGDELKSEQTQPKGEISEENTKIKSSEVSSQDPDSGVAGEFAP ; ;MSNTEELIQNSIGFLQKTFKALPVSFDSIRHEPLPSSMLHASVLNFEWEPLEKNISAIHDRDSLIDIILKRFIIDSMTNA IEDEEENNLEKGLLNSCIGLDFVYNSRFNRSNPASWGNTFFELFSTIIDLLNSPSTFLKFWPYAESRIEWFKMNTSVEPV SLGESNLISYKQPLYEKLRHWNDILAKLENNDILNTVKHYNMKYKLENFLSELLPINEESNFNRSASISALQESDNEWNR SARERESNRSSDVIFAADYNFVFYHLIICPIEFAFSDLEYKNDVDRSLSPLLDAILEIEENFYSKIKMNNRTRYSLEEAL NTEYYANYDVMTPKLPVYMKHSNAMKMDRNEFWANLQNIKESDDYTLRPTIMDISLSNTTCLYKQLTQEDDDYYRKQFIL QLCFTTNLIRNLISSDETRNFYKSCYLRENPLSDIDFENLDEVNKKRGLNLCSYICDNRVLKFYKIKDPDFYRVIRKLMS SDEKFTTAKIDGFKEFQNFRISKEKIPPPAFDETFKKFTFIKMGNKLINNVWKIPTGLDKIEQEVKKPEGVYEAAQAKWE SKISSETSGGEAKDEIIRQWQTLRFLRSRYLFDFDKVNEKTGVDGLFEEPRKVEALDDSFKEKLLYKINQEHRKKLQDAR EYKIGKERKKRALEEEASFPEREQKIKSQRINSASQTEGDELKSEQTQPKGEISEENTKIKSSEVSSQDPDSGVAGEFAP ; H,B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSTIGAVDILNQKTITSEVAASVTSKYLQSTFSKGNTSHIEDKRFIHVSSRSHSRFTSTPITPNEILSLKFHVSGSSMAY SRMDGSLTVWFIKDASFDKSVEVYIPDCCGSDKLATDLSWNPTSLNQIAVVSNSSEISLLLINEKSLTASKLRTLSLGSK TKVNTCLYDPLGNWLLAATKSEKIYLFDVKKDHSSVCSLNISDISQEDNDVVYSLAWSNGGSHIFIGFKSGYLAILKAKH GILEVCTKIKAHTGPITEIKMDPWGRNFITGSIDGNCYVWNMKSLCCELIINDLNSAVTTLDVCHLGKILGICTEDEMVY FYDLNSGNLLHSKSLANYKTDPVLKFYPDKSWYIMSGKNDTLSNHFVKNEKNLITYWKDM ; ;MSTIGAVDILNQKTITSEVAASVTSKYLQSTFSKGNTSHIEDKRFIHVSSRSHSRFTSTPITPNEILSLKFHVSGSSMAY SRMDGSLTVWFIKDASFDKSVEVYIPDCCGSDKLATDLSWNPTSLNQIAVVSNSSEISLLLINEKSLTASKLRTLSLGSK TKVNTCLYDPLGNWLLAATKSEKIYLFDVKKDHSSVCSLNISDISQEDNDVVYSLAWSNGGSHIFIGFKSGYLAILKAKH GILEVCTKIKAHTGPITEIKMDPWGRNFITGSIDGNCYVWNMKSLCCELIINDLNSAVTTLDVCHLGKILGICTEDEMVY FYDLNSGNLLHSKSLANYKTDPVLKFYPDKSWYIMSGKNDTLSNHFVKNEKNLITYWKDM ; K,E ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GAASDKKGSYVGIHSTGFKDFLLKPELSRAIIDCGFEHPSEVQQHTIPQSIHGTDVLCQAKSGLGKTAVFVLSTLQQLDP VPGEVAVVVICNARELAYQIRNEYLRFSKYMPDVKTAVFYGGTPISKDAELLKNKDTAPHIVVATPGRLKALVREKYIDL SHVKNFVIDECDKVLEELDMRRDVQEIFRATPRDKQVMMFSATLSQEIRPICRRFLQNPLEIFVDDEAKLTLHGLQQYYI KLEEREKNRKLAQLLDDLEFNQVIIFVKSTTRANELTKLLNASNFPAITVHGHMKQEERIARYKAFKDFEKRICVSTDVF GRGIDIERINLAINYDLTNEADQYLHRVGRAGRFGTKGLAISFVSSKEDEEVLAKIQERFDVKIAEFPEEGIDPSTYLNN ; ;GAASDKKGSYVGIHSTGFKDFLLKPELSRAIIDCGFEHPSEVQQHTIPQSIHGTDVLCQAKSGLGKTAVFVLSTLQQLDP VPGEVAVVVICNARELAYQIRNEYLRFSKYMPDVKTAVFYGGTPISKDAELLKNKDTAPHIVVATPGRLKALVREKYIDL SHVKNFVIDECDKVLEELDMRRDVQEIFRATPRDKQVMMFSATLSQEIRPICRRFLQNPLEIFVDDEAKLTLHGLQQYYI KLEEREKNRKLAQLLDDLEFNQVIIFVKSTTRANELTKLLNASNFPAITVHGHMKQEERIARYKAFKDFEKRICVSTDVF GRGIDIERINLAINYDLTNEADQYLHRVGRAGRFGTKGLAISFVSSKEDEEVLAKIQERFDVKIAEFPEEGIDPSTYLNN ; L,F ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MTKEEGRTYFESLCEEEQSLQESQTHLLNILDILSVLADPRSSDDLLTESLKKLPDLHRELINSSIRLRYDKYQTREAQL LEDTKTGRDVAAGVQNPKSISEYYSTFEHLNRDTLRYINLLKRLSVDLAKQVEVSDPSVTVYEMDKWVPSEKLQGILEQY CAPDTDIRGVDAQIKNYLDQIKMARAKFGLENKYSLKERLSTLTKELNHWRKEWDDIEMLMFGDDAHSMKKMIQKIDSLK SEINAPSESYPVDKEGDIVLE ; ;MTKEEGRTYFESLCEEEQSLQESQTHLLNILDILSVLADPRSSDDLLTESLKKLPDLHRELINSSIRLRYDKYQTREAQL LEDTKTGRDVAAGVQNPKSISEYYSTFEHLNRDTLRYINLLKRLSVDLAKQVEVSDPSVTVYEMDKWVPSEKLQGILEQY CAPDTDIRGVDAQIKNYLDQIKMARAKFGLENKYSLKERLSTLTKELNHWRKEWDDIEMLMFGDDAHSMKKMIQKIDSLK SEINAPSESYPVDKEGDIVLE ; J,C ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MPLSQKQIDQVRTKVHYSEVDTPFNKYLDILGKVTKLTGSIINGTLSNDDSKIEKLTEQNISQLKESAHLRFLDLQSSID TKKVADENWETCQQETLAKLENLKDKLPDIKSIHSKLLLRIGKLQGLYDSVQVINREVEGLSEGRTSLVVTRAEWEKELG TDLVKFLIEKNYLKLVDPGLKKDSSEERYRIYDDFSKGPKELESINASMKSDIENVRQEVSSYKEKWLRDAEIFGKITSI FKEELLKRDGLLNEAEGDNIDEDYESDEDEERKERFKRQRSMVEVNTIENVDEKEESDHEYDDQEDEENEEEDDMEVDVE DIKEDNEVDGESSQQEDNSRQGNNEETDKETGVIEEPDAVNDAEEADSDHSSRKLGGTTSDFSASSSVEEVK ; ;MPLSQKQIDQVRTKVHYSEVDTPFNKYLDILGKVTKLTGSIINGTLSNDDSKIEKLTEQNISQLKESAHLRFLDLQSSID TKKVADENWETCQQETLAKLENLKDKLPDIKSIHSKLLLRIGKLQGLYDSVQVINREVEGLSEGRTSLVVTRAEWEKELG TDLVKFLIEKNYLKLVDPGLKKDSSEERYRIYDDFSKGPKELESINASMKSDIENVRQEVSSYKEKWLRDAEIFGKITSI FKEELLKRDGLLNEAEGDNIDEDYESDEDEERKERFKRQRSMVEVNTIENVDEKEESDHEYDDQEDEENEEEDDMEVDVE DIKEDNEVDGESSQQEDNSRQGNNEETDKETGVIEEPDAVNDAEEADSDHSSRKLGGTTSDFSASSSVEEVK ; I,D ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 ALA n 1 3 ALA n 1 4 SER n 1 5 MET n 1 6 ALA n 1 7 GLU n 1 8 GLN n 1 9 THR n 1 10 LEU n 1 11 LEU n 1 12 SER n 1 13 LYS n 1 14 LEU n 1 15 ASN n 1 16 ALA n 1 17 LEU n 1 18 SER n 1 19 GLN n 1 20 LYS n 1 21 VAL n 1 22 ILE n 1 23 PRO n 1 24 PRO n 1 25 ALA n 1 26 SER n 1 27 PRO n 1 28 SER n 1 29 GLN n 1 30 ALA n 1 31 SER n 1 32 ILE n 1 33 LEU n 1 34 THR n 1 35 GLU n 1 36 GLU n 1 37 VAL n 1 38 ILE n 1 39 ARG n 1 40 ASN n 1 41 TRP n 1 42 PRO n 1 43 GLU n 1 44 ARG n 1 45 SER n 1 46 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P33441 1 ? 392 ? 1 392 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7AQO GLY G 1 ? UNP A0A6A5Q535 ? ? 'expression tag' -3 1 1 7AQO ALA G 2 ? UNP A0A6A5Q535 ? ? 'expression tag' -2 2 1 7AQO ALA G 3 ? UNP A0A6A5Q535 ? ? 'expression tag' -1 3 1 7AQO SER G 4 ? UNP A0A6A5Q535 ? ? 'expression tag' 0 4 4 7AQO GLY L 1 ? UNP A0A6A5Q316 ? ? 'expression tag' 47 5 4 7AQO ALA L 2 ? UNP A0A6A5Q316 ? ? 'expression tag' 48 6 4 7AQO ALA L 3 ? UNP A0A6A5Q316 ? ? 'expression tag' 49 7 4 7AQO SER L 4 ? UNP A0A6A5Q316 ? ? 'expression tag' 50 8 5 7AQO GLY A 1 ? UNP A0A6A5Q535 ? ? 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'expression tag' 50 16 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 77460 ? 1 MORE -594 ? 1 'SSA (A^2)' 245670 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 40 ? 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