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_entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 570 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Nudaurelia capensis omega virus' 12541 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Nicotiana benthamiana' 4100 ? ? ? ? leaf ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 74 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Nudaurelia capensis omega virus' 12541 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Nicotiana benthamiana' 4100 ? ? ? ? leaf ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q4TVS9_9VIRU Q4TVS9 ? 1 ;MDSNSASGKRRSRNVRIAANTVNVAPKQRQARGRRAHSRANNIDNVTAAAQELGQSLDANVITFPTNVATMPEFRSWARG KLDIDQDSIGWYFKYLDPAGATESARAVGEYSKIPDGLVKFSVDAEIREIYNEECPTVSDASIPLDGAQWSLSIISYPMF RTAYFAVANVDNKEISLDVTNDLIVWLNNLASWRDVVDSGQWFAFSDDPTWFVRIRVLHPTYDLPDPTEGLLRTVSDYRL TYKSITCEANMPTLVDQGFWIGGHYALTPIATTQNAVEGSGFVHPFNVTRPGIAAGVTLTWASMPPGGSAPSGDPAWIPD STTQFQWRHGGFDAPTGVITYTIPRGYTMQYFDTTTNEWNGFANPDDVVTFGQTGGAAGTNATITITAPTVTLTILATTT SAANVINFRNLDAETTAASNRSEVPLPPLTFGQTAPNNPKIEQTLVKDTLGSYLVHSKMRNPVFQLTPASSFGAISFTNP GFDRNLDLPGFGGIRDSLDVNMSTAVCHFRSLSKSCSIVTKTYQGWEGVTNVNTPFGQFAHSGLLKNDEILCLADDLATR LTGVYGATDN ; 1 2 UNP Q4TVS9_9VIRU Q4TVS9 ? 2 FAAAVSAFAANMLTSVLKSEATTSVIKELGNQATGLANQGLARLPGLLASIPGKIAARVRARRDRRRAARMNNN 571 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7ATA A 1 ? 570 ? 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ALA dd 626 ASN dd 642 1 ? 17 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? A ASN 570 C ? ? ? 1_555 B PHE 1 N ? ? A ASN 570 aa PHE 571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? ? covale2 covale both ? C ASN 570 C ? ? ? 1_555 D PHE 1 N ? ? B ASN 570 bb PHE 571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? ? covale3 covale both ? E ASN 570 C ? ? ? 1_555 F PHE 1 N ? ? C ASN 570 cc PHE 571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? ? covale4 covale both ? G ASN 570 C ? ? ? 1_555 H PHE 1 N ? ? D ASN 570 dd PHE 571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? ? # _struct_conn_type.id covale _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 314 A . ? ASP 314 A PRO 315 A ? PRO 315 A 1 -0.73 2 ASP 314 C . ? ASP 314 B PRO 315 C ? PRO 315 B 1 -0.70 3 ASP 314 E . ? ASP 314 C PRO 315 E ? PRO 315 C 1 -0.72 4 ASP 314 G . ? ASP 314 D PRO 315 G ? PRO 315 D 1 -0.81 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 5 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 6 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 5 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 6 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 128 ? GLU A 133 ? ARG A 128 GLU A 133 AA1 2 SER A 517 ? VAL A 529 ? SER A 517 VAL A 529 AA1 3 ASP A 237 ? ASN A 250 ? ASP A 237 ASN A 250 AA1 4 PHE A 121 ? ASP A 124 ? PHE A 121 ASP A 124 AA1 5 HIS A 541 ? SER A 542 ? HIS A 541 SER A 542 AA2 1 THR A 467 ? PRO A 468 ? THR A 467 PRO A 468 AA2 2 ASP A 237 ? ASN A 250 ? ASP A 237 ASN A 250 AA2 3 SER A 517 ? VAL A 529 ? SER A 517 VAL A 529 AA2 4 GLY A 451 ? LEU A 454 ? GLY A 451 LEU A 454 AA2 5 VAL A 564 ? GLY A 566 ? VAL A 564 GLY A 566 AA3 1 TRP A 211 ? VAL A 217 ? TRP A 211 VAL A 217 AA3 2 THR A 162 ? ASN A 169 ? THR A 162 ASN A 169 AA3 3 TRP A 150 ? SER A 156 ? TRP A 150 SER A 156 AA3 4 THR A 504 ? LEU A 512 ? THR A 504 LEU A 512 AA3 5 PHE A 259 ? TYR A 265 ? PHE A 259 TYR A 265 AA3 6 THR A 444 ? LEU A 445 ? THR A 444 LEU A 445 AA4 1 THR A 272 ? GLN A 274 ? THR A 272 GLN A 274 AA4 2 SER A 419 ? PRO A 425 ? SER A 419 PRO A 425 AA4 3 GLY A 473 ? THR A 478 ? GLY A 473 THR A 478 AA4 4 ARG A 495 ? ASP A 496 ? ARG A 495 ASP A 496 AA5 1 VAL A 277 ? GLY A 279 ? VAL A 277 GLY A 279 AA5 2 GLU A 414 ? THR A 416 ? GLU A 414 THR A 416 AA6 1 PHE A 282 ? VAL A 283 ? PHE A 282 VAL A 283 AA6 2 PHE A 408 ? ASN A 410 ? PHE A 408 ASN A 410 AA6 3 MET A 349 ? ASP A 353 ? MET A 349 ASP A 353 AA6 4 GLU A 358 ? ALA A 363 ? GLU A 358 ALA A 363 AA7 1 THR A 298 ? THR A 300 ? THR A 298 THR A 300 AA7 2 PHE A 286 ? THR A 289 ? PHE A 286 THR A 289 AA7 3 ASN A 404 ? ILE A 406 ? ASN A 404 ILE A 406 AA8 1 ILE A 318 ? SER A 321 ? ILE A 318 SER A 321 AA8 2 GLN A 326 ? ARG A 328 ? GLN A 326 ARG A 328 AA9 1 ILE A 339 ? THR A 342 ? ILE A 339 THR A 342 AA9 2 VAL A 368 ? PHE A 371 ? VAL A 368 PHE A 371 AA9 3 ALA A 382 ? THR A 387 ? ALA A 382 THR A 387 AA9 4 THR A 392 ? ALA A 397 ? THR A 392 ALA A 397 AB1 1 ARG C 128 ? GLU C 133 ? ARG B 128 GLU B 133 AB1 2 SER C 517 ? VAL C 529 ? SER B 517 VAL B 529 AB1 3 ASP C 237 ? ASN C 250 ? ASP B 237 ASN B 250 AB1 4 PHE C 121 ? ASP C 124 ? PHE B 121 ASP B 124 AB1 5 HIS C 541 ? SER C 542 ? HIS B 541 SER B 542 AB2 1 THR C 467 ? PRO C 468 ? THR B 467 PRO B 468 AB2 2 ASP C 237 ? ASN C 250 ? ASP B 237 ASN B 250 AB2 3 SER C 517 ? VAL C 529 ? SER B 517 VAL B 529 AB2 4 GLY C 451 ? LEU C 454 ? GLY B 451 LEU B 454 AB2 5 VAL C 564 ? GLY C 566 ? VAL B 564 GLY B 566 AB3 1 TRP C 211 ? VAL C 217 ? TRP B 211 VAL B 217 AB3 2 THR C 162 ? ASN C 169 ? THR B 162 ASN B 169 AB3 3 TRP C 150 ? SER C 156 ? TRP B 150 SER B 156 AB3 4 MET C 502 ? LEU C 512 ? MET B 502 LEU B 512 AB3 5 PHE C 259 ? TYR C 265 ? PHE B 259 TYR B 265 AB3 6 THR C 444 ? LEU C 445 ? THR B 444 LEU B 445 AB4 1 TRP C 211 ? VAL C 217 ? TRP B 211 VAL B 217 AB4 2 THR C 162 ? ASN C 169 ? THR B 162 ASN B 169 AB4 3 TRP C 150 ? SER C 156 ? TRP B 150 SER B 156 AB4 4 MET C 502 ? LEU C 512 ? MET B 502 LEU B 512 AB4 5 SER C 457 ? LYS C 458 ? SER B 457 LYS B 458 AB5 1 THR C 272 ? GLN C 274 ? THR B 272 GLN B 274 AB5 2 SER C 419 ? PRO C 425 ? SER B 419 PRO B 425 AB5 3 GLY C 473 ? THR C 478 ? GLY B 473 THR B 478 AB5 4 ARG C 495 ? ASP C 496 ? ARG B 495 ASP B 496 AB6 1 VAL C 277 ? GLY C 279 ? VAL B 277 GLY B 279 AB6 2 GLU C 414 ? THR C 416 ? GLU B 414 THR B 416 AB7 1 PHE C 282 ? VAL C 283 ? PHE B 282 VAL B 283 AB7 2 PHE C 408 ? ASN C 410 ? PHE B 408 ASN B 410 AB7 3 MET C 349 ? ASP C 353 ? MET B 349 ASP B 353 AB7 4 GLU C 358 ? ALA C 363 ? GLU B 358 ALA B 363 AB8 1 THR C 298 ? THR C 300 ? THR B 298 THR B 300 AB8 2 PHE C 286 ? THR C 289 ? PHE B 286 THR B 289 AB8 3 ASN C 404 ? ILE C 406 ? ASN B 404 ILE B 406 AB9 1 ILE C 318 ? SER C 321 ? ILE B 318 SER B 321 AB9 2 GLN C 326 ? ARG C 328 ? GLN B 326 ARG B 328 AC1 1 ILE C 339 ? THR C 342 ? ILE B 339 THR B 342 AC1 2 VAL C 368 ? PHE C 371 ? VAL B 368 PHE B 371 AC1 3 ALA C 382 ? THR C 387 ? ALA B 382 THR B 387 AC1 4 THR C 392 ? ALA C 397 ? THR B 392 ALA B 397 AC2 1 ARG E 128 ? GLU E 133 ? ARG C 128 GLU C 133 AC2 2 SER E 517 ? VAL E 529 ? SER C 517 VAL C 529 AC2 3 ASP E 237 ? ASN E 250 ? ASP C 237 ASN C 250 AC2 4 PHE E 121 ? ASP E 124 ? PHE C 121 ASP C 124 AC2 5 HIS E 541 ? SER E 542 ? HIS C 541 SER C 542 AC3 1 THR E 467 ? 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GLY E 279 ? VAL C 277 GLY C 279 AC7 2 GLU E 414 ? THR E 416 ? GLU C 414 THR C 416 AC8 1 PHE E 282 ? VAL E 283 ? PHE C 282 VAL C 283 AC8 2 PHE E 408 ? ASN E 410 ? PHE C 408 ASN C 410 AC8 3 MET E 349 ? ASP E 353 ? MET C 349 ASP C 353 AC8 4 GLU E 358 ? ALA E 363 ? GLU C 358 ALA C 363 AC9 1 THR E 298 ? THR E 300 ? THR C 298 THR C 300 AC9 2 PHE E 286 ? THR E 289 ? PHE C 286 THR C 289 AC9 3 ASN E 404 ? ILE E 406 ? ASN C 404 ILE C 406 AD1 1 ILE E 318 ? SER E 321 ? ILE C 318 SER C 321 AD1 2 GLN E 326 ? ARG E 328 ? GLN C 326 ARG C 328 AD2 1 ILE E 339 ? THR E 342 ? ILE C 339 THR C 342 AD2 2 VAL E 368 ? PHE E 371 ? VAL C 368 PHE C 371 AD2 3 ALA E 382 ? THR E 387 ? ALA C 382 THR C 387 AD2 4 THR E 392 ? ALA E 397 ? THR C 392 ALA C 397 AD3 1 ARG G 128 ? GLU G 133 ? ARG D 128 GLU D 133 AD3 2 SER G 517 ? VAL G 529 ? SER D 517 VAL D 529 AD3 3 ASP G 237 ? ASN G 250 ? ASP D 237 ASN D 250 AD3 4 PHE G 121 ? ASP G 124 ? PHE D 121 ASP D 124 AD3 5 HIS G 541 ? SER G 542 ? HIS D 541 SER D 542 AD4 1 THR G 467 ? 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496 ASP ASP D . n G 1 497 SER 497 497 497 SER SER D . n G 1 498 LEU 498 498 498 LEU LEU D . n G 1 499 ASP 499 499 499 ASP ASP D . n G 1 500 VAL 500 500 500 VAL VAL D . n G 1 501 ASN 501 501 501 ASN ASN D . n G 1 502 MET 502 502 502 MET MET D . n G 1 503 SER 503 503 503 SER SER D . n G 1 504 THR 504 504 504 THR THR D . n G 1 505 ALA 505 505 505 ALA ALA D . n G 1 506 VAL 506 506 506 VAL VAL D . n G 1 507 CYS 507 507 507 CYS CYS D . n G 1 508 HIS 508 508 508 HIS HIS D . n G 1 509 PHE 509 509 509 PHE PHE D . n G 1 510 ARG 510 510 510 ARG ARG D . n G 1 511 SER 511 511 511 SER SER D . n G 1 512 LEU 512 512 512 LEU LEU D . n G 1 513 SER 513 513 513 SER SER D . n G 1 514 LYS 514 514 514 LYS LYS D . n G 1 515 SER 515 515 515 SER SER D . n G 1 516 CYS 516 516 516 CYS CYS D . n G 1 517 SER 517 517 517 SER SER D . n G 1 518 ILE 518 518 518 ILE ILE D . n G 1 519 VAL 519 519 519 VAL VAL D . n G 1 520 THR 520 520 520 THR THR D . n G 1 521 LYS 521 521 521 LYS LYS D . n G 1 522 THR 522 522 522 THR THR D . n G 1 523 TYR 523 523 523 TYR TYR D . n G 1 524 GLN 524 524 524 GLN GLN D . n G 1 525 GLY 525 525 525 GLY GLY D . n G 1 526 TRP 526 526 526 TRP TRP D . n G 1 527 GLU 527 527 527 GLU GLU D . n G 1 528 GLY 528 528 528 GLY GLY D . n G 1 529 VAL 529 529 529 VAL VAL D . n G 1 530 THR 530 530 530 THR THR D . n G 1 531 ASN 531 531 531 ASN ASN D . n G 1 532 VAL 532 532 532 VAL VAL D . n G 1 533 ASN 533 533 533 ASN ASN D . n G 1 534 THR 534 534 534 THR THR D . n G 1 535 PRO 535 535 535 PRO PRO D . n G 1 536 PHE 536 536 536 PHE PHE D . n G 1 537 GLY 537 537 537 GLY GLY D . n G 1 538 GLN 538 538 538 GLN GLN D . n G 1 539 PHE 539 539 539 PHE PHE D . n G 1 540 ALA 540 540 540 ALA ALA D . n G 1 541 HIS 541 541 541 HIS HIS D . n G 1 542 SER 542 542 542 SER SER D . n G 1 543 GLY 543 543 543 GLY GLY D . n G 1 544 LEU 544 544 544 LEU LEU D . n G 1 545 LEU 545 545 545 LEU LEU D . n G 1 546 LYS 546 546 546 LYS LYS D . n G 1 547 ASN 547 547 547 ASN ASN D . n G 1 548 ASP 548 548 548 ASP ASP D . n G 1 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dd . n H 2 6 LEU 6 576 576 LEU LEU dd . n H 2 7 ALA 7 577 577 ALA ALA dd . n H 2 8 PHE 8 578 578 PHE PHE dd . n H 2 9 ALA 9 579 579 ALA ALA dd . n H 2 10 ALA 10 580 580 ALA ALA dd . n H 2 11 ASN 11 581 581 ASN ASN dd . n H 2 12 MET 12 582 582 MET MET dd . n H 2 13 LEU 13 583 583 LEU LEU dd . n H 2 14 THR 14 584 584 THR THR dd . n H 2 15 SER 15 585 585 SER SER dd . n H 2 16 VAL 16 586 586 VAL VAL dd . n H 2 17 LEU 17 587 587 LEU LEU dd . n H 2 18 LYS 18 588 588 LYS LYS dd . n H 2 19 SER 19 589 589 SER SER dd . n H 2 20 GLU 20 590 590 GLU GLU dd . n H 2 21 ALA 21 591 591 ALA ALA dd . n H 2 22 THR 22 592 592 THR THR dd . n H 2 23 THR 23 593 593 THR THR dd . n H 2 24 SER 24 594 594 SER SER dd . n H 2 25 VAL 25 595 595 VAL VAL dd . n H 2 26 ILE 26 596 596 ILE ILE dd . n H 2 27 LYS 27 597 597 LYS LYS dd . n H 2 28 GLU 28 598 598 GLU GLU dd . n H 2 29 LEU 29 599 599 LEU LEU dd . n H 2 30 GLY 30 600 600 GLY GLY dd . n H 2 31 ASN 31 601 601 ASN ASN dd . n H 2 32 GLN 32 602 602 GLN GLN dd . n H 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60 ARG 60 630 630 ARG ARG dd . n H 2 61 ALA 61 631 631 ALA ALA dd . n H 2 62 ARG 62 632 632 ARG ARG dd . n H 2 63 ARG 63 633 633 ARG ARG dd . n H 2 64 ASP 64 634 634 ASP ASP dd . n H 2 65 ARG 65 635 635 ARG ARG dd . n H 2 66 ARG 66 636 636 ARG ARG dd . n H 2 67 ARG 67 637 637 ARG ARG dd . n H 2 68 ALA 68 638 638 ALA ALA dd . n H 2 69 ALA 69 639 639 ALA ALA dd . n H 2 70 ARG 70 640 640 ARG ARG dd . n H 2 71 MET 71 641 641 MET MET dd . n H 2 72 ASN 72 642 642 ASN ASN dd . n H 2 73 ASN 73 643 ? ? ? dd . n H 2 74 ASN 74 644 ? ? ? dd . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 480-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 480 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression ;1,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,2,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,3,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,4,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,5,50,51,52,53,54,55,56,57,58,59,6,60,7,8,9 ; _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 17180 ? 1 MORE -67 ? 1 'SSA (A^2)' 95440 ? # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' ? ? 1.000000 -0.000000 0.000000 -0.00000 -0.000000 1.000000 -0.000000 0.00000 0.000000 -0.000000 1.000000 0.00000 2 'point symmetry operation' ? ? -0.809017 -0.500000 0.309017 639.00000 -0.500000 0.309017 -0.809017 639.00000 0.309017 -0.809017 -0.500000 639.00000 3 'point symmetry operation' ? ? -0.000000 1.000000 0.000000 -0.00000 0.000000 0.000000 -1.000000 639.00000 -1.000000 0.000000 0.000000 639.00000 4 'point symmetry operation' ? ? 0.809017 -0.500000 -0.309017 319.50000 -0.500000 -0.309017 -0.809017 836.46186 0.309017 0.809017 -0.500000 122.03814 5 'point symmetry operation' ? ? 0.500000 0.309017 -0.809017 319.50000 -0.309017 -0.809017 -0.500000 836.46186 -0.809017 0.500000 -0.309017 516.96186 6 'point symmetry operation' ? ? -0.309017 -0.809017 -0.500000 836.46186 -0.809017 0.500000 -0.309017 516.96186 0.500000 0.309017 -0.809017 319.50000 7 'point symmetry operation' ? ? -0.809017 0.500000 -0.309017 516.96186 0.500000 0.309017 -0.809017 319.50000 -0.309017 -0.809017 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This used the Relion half maps as inputs and improved the resolution to 6.6 Angstrom. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 105.8 _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 7ANM # _em_3d_reconstruction.entry_id 7ATA _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 5426 _em_3d_reconstruction.resolution 6.63 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details NULL _em_buffer.pH 7.6 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'The codon-optimized sequence was transiently expressed in Nicotiana benthamiana' _em_entity_assembly.name 'Nudaurelia capensis omega virus' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7ATA _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2700 _em_imaging.nominal_defocus_min 700 _em_imaging.nominal_magnification 75000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.virus_isolate OTHER _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7ATA _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7ATA _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7ATA _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry I # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 ND2 D ASN 461 ? ? 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