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EMDB EMD-12037 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2021-02-10 2 'Structure model' 1 1 2021-02-17 3 'Structure model' 1 2 2021-03-10 4 'Structure model' 1 3 2024-10-23 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' 3 4 'Structure model' 'Data collection' 4 4 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' citation 4 4 'Structure model' chem_comp_atom 5 4 'Structure model' chem_comp_bond 6 4 'Structure model' database_2 7 4 'Structure model' em_admin 8 4 'Structure model' pdbx_entry_details 9 4 'Structure model' pdbx_modification_feature # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 2 2 'Structure model' '_citation.title' 3 2 'Structure model' '_citation_author.name' 4 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 5 3 'Structure model' '_citation.page_first' 6 3 'Structure model' '_citation.page_last' 7 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 8 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 9 4 'Structure model' '_em_admin.last_update' 10 4 'Structure model' '_pdbx_entry_details.has_protein_modification' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7B5L _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-12-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB . EMD-12004 'other EM volume' EMDB . EMD-12005 'other EM volume' EMDB . EMD-12006 'other EM volume' EMDB . EMD-12007 'other EM volume' EMDB ;Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 ; EMD-12037 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Horn-Ghetko, D.' 1 0000-0003-2290-2147 'Prabu, J.R.' 2 0000-0002-7726-9310 'Schulman, B.A.' 3 0000-0002-3083-1126 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 590 _citation.language ? _citation.page_first 671 _citation.page_last 676 _citation.title 'Ubiquitin ligation to F-box protein targets by SCF-RBR E3-E3 super-assembly.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-021-03197-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33536622 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Horn-Ghetko, D.' 1 ? primary 'Krist, D.T.' 2 ? primary 'Prabu, J.R.' 3 ? primary 'Baek, K.' 4 ? primary 'Mulder, M.P.C.' 5 ? primary 'Klugel, M.' 6 ? primary 'Scott, D.C.' 7 ? primary 'Ovaa, H.' 8 ? primary 'Kleiger, G.' 9 ? primary 'Schulman, B.A.' 10 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man Cullin-1 89800.367 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase ARIH1' 64197.777 1 2.3.2.31 ? ? ? 3 polymer man 'S-phase kinase-associated protein 2' 47817.785 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1' 8968.261 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'S-phase kinase-associated protein 1' 18679.965 1 ? ? ? ? 6 polymer man Polyubiquitin-C 8519.778 1 ? ? ? ? 7 polymer man NEDD8 8573.978 1 ? ? ? ? 8 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase RBX1' 12289.977 1 2.3.2.27,2.3.2.32 ? ? ? 9 polymer man 'Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3' 17825.459 1 2.3.2.23 'C17A, C137A' ? ? 10 polymer man 'Cyclin-dependent kinase 2' 34056.469 1 2.7.11.22 ? ? ? 11 polymer man Cyclin-A2 48609.574 1 ? ? ? ? 12 polymer man 'Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B' 22188.303 1 ? ? ? 'misaligned sequence' 13 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 9 ? ? ? ? 14 non-polymer syn 5-azanylpentan-2-one 101.147 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 CUL-1 2 ;H7-AP2,HHARI,Monocyte protein 6,MOP-6,Protein ariadne-1 homolog,ARI-1,UbcH7-binding protein,UbcM4-interacting protein,Ubiquitin-conjugating enzyme E2-binding protein 1 ; 3 'Cyclin-A/CDK2-associated protein p45,F-box protein Skp2,F-box/LRR-repeat protein 1,p45skp2' 4 CKS-1 5 ;Cyclin-A/CDK2-associated protein p19,p19A,Organ of Corti protein 2,OCP-2,Organ of Corti protein II,OCP-II,RNA polymerase II elongation factor-like protein,SIII,Transcription elongation factor B polypeptide 1-like,p19skp1 ; 7 'Neddylin,Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8,NEDD-8,Ubiquitin-like protein Nedd8' 8 'E3 ubiquitin-protein transferase RBX1,Protein ZYP,RING finger protein 75,RING-box protein 1,Rbx1,Regulator of cullins 1,ROC1' 9 ;E2 ubiquitin-conjugating enzyme L3,L-UBC,UbcH7,Ubiquitin carrier protein L3,Ubiquitin-conjugating enzyme E2-F1,Ubiquitin-protein ligase L3 ; 10 'Cell division protein kinase 2,p33 protein kinase' 11 'Cyclin-A,Cyclin A' 12 'Cyclin-dependent kinase inhibitor p27,p27Kip1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSSTRSQNPHGLKQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGG AQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIY SLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADT ERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLG RMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACG RFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSA 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QILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMK MRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA ; C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MDSDEGYNYEFDEDEECSEEDSGAEEEEDEDDDEPDDDTLDLGEVELVEPGLGVGGERDGLLCGETGGGGGSALGPGGGG GGGGGGGGGGPGHEQEEDYRYEVLTAEQILQHMVECIREVNEVIQNPATITRILLSHFNWDKEKLMERYFDGNLEKLFAE CHVINPSKKSRTRQMNTRSSAQDMPCQICYLNYPNSYFTGLECGHKFCMQCWSEYLTTKIMEEGMGQTISCPAHGCDILV DDNTVMRLITDSKVKLKYQHLITNSFVECNRLLKWCPAPDCHHVVKVQYPDAKPVRCKCGRQFCFNCGENWHDPVKCKWL KKWIKKCDDDSETSNWIAANTKECPKCHVTIEKDGGCNHMVCRNQNCKAEFCWVCLGPWEPHGSAWYNCNRYNEDDAKAA RDAQERSRAALQRYLFYCNRYMNHMQSLRFEHKLYAQVKQKMEEMQQHNMSWIEVQFLKKAVDVLCQCRATLMYTYVFAF YLKKNNQSIIFENNQADLENATEVLSGYLERDISQDSLQDIKQKVQDKYRYCESRRRVLLQHVHEGYEKDLWEYIED ; ;MDSDEGYNYEFDEDEECSEEDSGAEEEEDEDDDEPDDDTLDLGEVELVEPGLGVGGERDGLLCGETGGGGGSALGPGGGG GGGGGGGGGGPGHEQEEDYRYEVLTAEQILQHMVECIREVNEVIQNPATITRILLSHFNWDKEKLMERYFDGNLEKLFAE CHVINPSKKSRTRQMNTRSSAQDMPCQICYLNYPNSYFTGLECGHKFCMQCWSEYLTTKIMEEGMGQTISCPAHGCDILV 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IAFRCPRSFMDQPLAEHFSPFRVQHMDLSNSVIEVSTLHGILSQCSKLQNLSLEGLRLSDPIVNTLAKNSNLVRLNLSGC SGFSEFALQTLLSSCSRLDELNLSWCFDFTEKHVQVAVAHVSETITQLNLSGYRKNLQKSDLSTLVRRCPNLVHLDLSDS VMLKNDCFQEFFQLNYLQHLSLSRCYDIIPETLLELGEIPTLKTLQVFGIVPDGTLQLLKEALPHLQINCSHFTTIARPT IGNKKNQEIWGIKCRLTLQKPSCL ; T ? 4 'polypeptide(L)' no no MSHKQIYYSDKYDDEEFEYRHVMLPKDIAKLVPKTHLMSESEWRNLGVQQSQGWVHYMIHEPEPHILLFRRPL MSHKQIYYSDKYDDEEFEYRHVMLPKDIAKLVPKTHLMSESEWRNLGVQQSQGWVHYMIHEPEPHILLFRRPL K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEK RTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWC EEK ; ;MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEK RTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWC EEK ; S ? 6 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG U ? 7 'polypeptide(L)' no no MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG MLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG N ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFH FHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH ; ;MAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFH FHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH ; R ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MAASRRLMKELEEIRKAGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNID EKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFAKNAEEFTKKYGEKRPVD ; ;MAASRRLMKELEEIRKAGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNID EKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFAKNAEEFTKKYGEKRPVD ; D ? 10 'polypeptide(L)' no yes ;MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVF EFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTY (TPO)HEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPD YKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL ; ;MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVF EFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYT HEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSF PKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL ; L ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MLGNSAPGPATREAGSALLALQQTALQEDQENINPEKAAPVQQPRTRAALAVLKSGNPRGLAQQQRPKTRRVAPLKDLPV NDEHVTVPPWKANSKQPAFTIHVDEAEKEAQKKPAESQKIEREDALAFNSAISLPGPRKPLVPLDYPMDGSFESPHTMDM SIILEDEKPVSVNEVPDYHEDIHTYLREMEVKCKPKVGYMKKQPDITNSMRAILVDWLVEVGEEYKLQNETLHLAVNYID RFLSSMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKFEEIYPPEVAEFVYITDDTYTKKQVLRMEHLVLKVLTFDLAAPTVNQFLTQYFL HQQPANCKVESLAMFLGELSLIDADPYLKYLPSVIAGAAFHLALYTVTGQSWPESLIRKTGYTLESLKPCLMDLHQTYLK APQHAQQSIREKYKNSKYHGVSLLNPPETLNL ; ;MLGNSAPGPATREAGSALLALQQTALQEDQENINPEKAAPVQQPRTRAALAVLKSGNPRGLAQQQRPKTRRVAPLKDLPV NDEHVTVPPWKANSKQPAFTIHVDEAEKEAQKKPAESQKIEREDALAFNSAISLPGPRKPLVPLDYPMDGSFESPHTMDM SIILEDEKPVSVNEVPDYHEDIHTYLREMEVKCKPKVGYMKKQPDITNSMRAILVDWLVEVGEEYKLQNETLHLAVNYID RFLSSMSVLRGKLQLVGTAAMLLASKFEEIYPPEVAEFVYITDDTYTKKQVLRMEHLVLKVLTFDLAAPTVNQFLTQYFL HQQPANCKVESLAMFLGELSLIDADPYLKYLPSVIAGAAFHLALYTVTGQSWPESLIRKTGYTLESLKPCLMDLHQTYLK APQHAQQSIREKYKNSKYHGVSLLNPPETLNL ; Y ? 12 'polypeptide(L)' no yes ;MSNVRVSNGSPSLERMDARQAEHPKPSACRNLFGPVDHEELTRDLEKHCRDMEEASQRKWNFDFQNHKPLEGKYEWQEVE KGSLPEFYYRPPRPPKGACKVPAQESQDVSGSRPAAPLIGAPANSEDTHLVDPKTDPSDSQTGLAEQCAGIRKRPATDDS STQNKRANRTEENVSDGSPNAGSVEQ(TPO)PKKPGLRRRQT ; ;MSNVRVSNGSPSLERMDARQAEHPKPSACRNLFGPVDHEELTRDLEKHCRDMEEASQRKWNFDFQNHKPLEGKYEWQEVE KGSLPEFYYRPPRPPKGACKVPAQESQDVSGSRPAAPLIGAPANSEDTHLVDPKTDPSDSQTGLAEQCAGIRKRPATDDS STQNKRANRTEENVSDGSPNAGSVEQTPKKPGLRRRQT ; P ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 13 'ZINC ION' ZN 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J GLU 162 OE2 # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.18.2_3874: _software.pdbx_ordinal 1 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7B5L _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7B5L _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7B5L _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7B5L _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 21972 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.719 ? 29701 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.721 ? 2871 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 3303 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 3781 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7B5L _struct.title ;Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7B5L _struct_keywords.text ;ubiquitin, ubiquitin ligase, E3 ligase, F-box protein, RBR ligase, Cullin-RING-Ligase, CRL, SCF, NEDD8, Post-translational modification, ubiquitylation, LIGASE ; _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP P68036 CYS 137 'engineered mutation' 137 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 29360 ? 1 MORE -146 ? 1 'SSA (A^2)' 125860 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 18 ? 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ASP L 145 ALA L 149 5 ? 5 HELX_P HELX_P86 AJ5 THR J 165 ? ARG J 169 ? THR L 165 ARG L 169 5 ? 5 HELX_P HELX_P87 AJ6 ALA J 170 ? LEU J 175 ? ALA L 170 LEU L 175 1 ? 6 HELX_P HELX_P88 AJ7 ALA J 183 ? ARG J 199 ? ALA L 183 ARG L 199 1 ? 17 HELX_P HELX_P89 AJ8 SER J 207 ? GLY J 220 ? SER L 207 GLY L 220 1 ? 14 HELX_P HELX_P90 AJ9 ASP J 247 ? VAL J 252 ? ASP L 247 VAL L 252 1 ? 6 HELX_P HELX_P91 AK1 ASP J 256 ? GLN J 265 ? ASP L 256 GLN L 265 1 ? 10 HELX_P HELX_P92 AK2 SER J 276 ? ALA J 282 ? SER L 276 ALA L 282 1 ? 7 HELX_P HELX_P93 AK3 HIS J 283 ? ASP J 288 ? HIS L 283 ASP L 288 1 ? 6 HELX_P HELX_P94 AK4 TYR K 178 ? CYS K 193 ? TYR Y 178 CYS Y 193 1 ? 16 HELX_P HELX_P95 AK5 GLY K 198 ? GLN K 203 ? GLY Y 198 GLN Y 203 1 ? 6 HELX_P HELX_P96 AK6 THR K 207 ? TYR K 225 ? THR Y 207 TYR Y 225 1 ? 19 HELX_P HELX_P97 AK7 GLN K 228 ? SER K 244 ? GLN Y 228 SER Y 244 1 ? 17 HELX_P HELX_P98 AK8 LEU K 249 ? GLY K 251 ? LEU Y 249 GLY Y 251 5 ? 3 HELX_P HELX_P99 AK9 LYS K 252 ? GLU K 269 ? 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GLU P 53 ASN P 61 1 ? 9 HELX_P HELX_P114 AM6 PRO L 85 ? ARG L 90 ? PRO P 85 ARG P 90 5 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale none ? B CYS 357 SG ? ? ? 1_555 S SY8 . C3 ? ? H CYS 357 U SY8 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.681 ? ? covale2 covale one ? F GLY 75 C ? ? ? 1_555 S SY8 . N ? ? U GLY 75 U SY8 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.311 ? ? covale3 covale none ? S SY8 . C ? ? ? 1_555 I CYS 86 SG ? ? U SY8 101 D CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.709 ? ? covale4 covale both ? J TYR 159 C ? ? ? 1_555 J TPO 160 N ? ? L TYR 159 L TPO 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale5 covale both ? J TPO 160 C ? ? ? 1_555 J HIS 161 N ? ? L TPO 160 L HIS 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? ? covale6 covale both ? L GLN 186 C ? ? ? 1_555 L TPO 187 N ? ? P GLN 186 P TPO 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? ? covale7 covale both ? L TPO 187 C ? ? ? 1_555 L PRO 188 N ? ? P TPO 187 P PRO 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? metalc1 metalc ? ? B CYS 186 SG ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? H CYS 186 H ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc2 metalc ? ? B CYS 189 SG ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? H CYS 189 H ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc3 metalc ? ? 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ZN ? ? H CYS 299 H ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? ? metalc13 metalc ? ? B CYS 304 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? H CYS 304 H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? ? metalc14 metalc ? ? B CYS 307 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? H CYS 307 H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc15 metalc ? ? B HIS 312 NE2 ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? H HIS 312 H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? metalc16 metalc ? ? B CYS 317 SG ? ? ? 1_555 P ZN . ZN ? ? H CYS 317 H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc17 metalc ? ? B CYS 344 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? H CYS 344 H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc18 metalc ? ? B CYS 347 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? H CYS 347 H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc19 metalc ? ? B CYS 362 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? H CYS 362 H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc20 metalc ? ? B CYS 367 SG ? ? ? 1_555 M ZN . ZN ? ? H CYS 367 H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc21 metalc ? ? B CYS 372 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? H CYS 372 H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc22 metalc ? ? B CYS 375 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? H CYS 375 H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? ? metalc23 metalc ? ? B HIS 382 NE2 ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? H HIS 382 H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? ? metalc24 metalc ? ? B CYS 389 SG ? ? ? 1_555 N ZN . ZN ? ? H CYS 389 H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? ? metalc25 metalc ? ? H CYS 42 SG ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? R CYS 42 R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? ? metalc26 metalc ? ? H CYS 45 SG ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? R CYS 45 R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? ? metalc27 metalc ? ? H CYS 53 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? R CYS 53 R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? ? metalc28 metalc ? ? H CYS 56 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? R CYS 56 R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? ? metalc29 metalc ? ? H CYS 68 SG ? ? ? 1_555 V ZN . ZN ? ? R CYS 68 R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? ? metalc30 metalc ? ? H CYS 75 SG ? ? ? 1_555 U ZN . ZN ? ? 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