data_7BXT # _entry.id 7BXT # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7BXT pdb_00007bxt 10.2210/pdb7bxt/pdb WWPDB D_1300016679 ? ? EMDB EMD-30237 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2021-02-10 2 'Structure model' 1 1 2021-03-10 3 'Structure model' 1 2 2024-03-27 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 3 'Structure model' chem_comp_atom 3 3 'Structure model' chem_comp_bond 4 3 'Structure model' database_2 # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 3 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7BXT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-04-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'The cryo-EM structure of CENP-A nucleosome in complex with CENP-C peptide and CENP-N N-terminal domain' _pdbx_database_related.db_id EMD-30237 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ariyoshi, M.' 1 0000-0002-1361-2642 'Makino, F.' 2 0000-0001-9512-7087 'Fukagawa, T.' 3 0000-0001-8564-6852 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Embo J.' _citation.journal_id_ASTM EMJODG _citation.journal_id_CSD 0897 _citation.journal_id_ISSN 1460-2075 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 40 _citation.language ? _citation.page_first e105671 _citation.page_last e105671 _citation.title 'Cryo-EM structure of the CENP-A nucleosome in complex with phosphorylated CENP-C.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.15252/embj.2020105671 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33463726 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ariyoshi, M.' 1 0000-0002-1361-2642 primary 'Makino, F.' 2 0000-0001-9512-7087 primary 'Watanabe, R.' 3 ? primary 'Nakagawa, R.' 4 0000-0002-6178-2945 primary 'Kato, T.' 5 0000-0002-8879-6685 primary 'Namba, K.' 6 0000-0003-2911-5875 primary 'Arimura, Y.' 7 0000-0002-1903-6076 primary 'Fujita, R.' 8 ? primary 'Kurumizaka, H.' 9 0000-0001-7412-3722 primary 'Okumura, E.I.' 10 ? primary 'Hara, M.' 11 0000-0001-8433-1111 primary 'Fukagawa, T.' 12 0000-0001-8564-6852 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3,Histone H3-like centromeric protein A' 16372.217 2 ? ? ? 'chimeric protein, chicken histone H3 (aa 1-64)-chicken CENP-A (aa 52-131)' 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14447.825 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 2-E' 14233.518 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (145-mer)' 44529.398 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (145-mer)' 44982.648 1 ? ? ? ? 7 polymer syn CENP-C 4932.840 2 ? ? ? ? 8 polymer man 'Maltodextrin-binding protein,Centromere protein N' 71519.625 2 ? ? ? 'The fusion protein of N-terminal MBP, N-terminal domain of chicken CENP-N and C-terminal histidine tags' # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Centromere protein A,GgCENP-A' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'H2B-clustered histone 21,Histone H2B-GL105,Histone H2B.q,H2B/q' 7 'Centromere protein CENP-C' 8 CENP-N # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRRQPFARVVREICL LFTRGVDYRWQAMALLALQEAAEAFLVHLLEDAYLCSLHARRVTLYPKDLQLARRLRGLQGEGF ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRRQPFARVVREICL LFTRGVDYRWQAMALLALQEAAEAFLVHLLEDAYLCSLHARRVTLYPKDLQLARRLRGLQGEGF ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGAGTCAGATATATACATCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGATGTATATATCTGACTCGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no QKIVLPSNTPNVRRTKRIRLKPLEYWRGERVTYTLKPSGRL QKIVLPSNTPNVRRTKRIRLKPLEYWRGERVTYTLKPSGRL K,L ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEI TPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWP LIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSK VNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAA TMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSNNNNNNNNNNLGIEGRENLYFQGRENLYF QGENLYFQGRIMDEVIVEYIRRTVLKIPRDEIMAVLQKWGFLSEAQLQTINFRQTKEGISHSVAQLCEESSADLKQAALL DIIYNHIYPNKRVWSVYHMNKTGEETDFFDFRDFKKKFRRQIQSALINVTINFREYEDNAIWIRIAWGTPYTKPNQYKTS YVVYHSQTPYVFISASVLRSNLPLLCQAMVVASNYHDIHEMELRSHCLNSLKDIVFKRYSQNDPHHHHHH ; ;MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEI TPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWP LIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSK VNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAA TMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSNNNNNNNNNNLGIEGRENLYFQGRENLYF QGENLYFQGRIMDEVIVEYIRRTVLKIPRDEIMAVLQKWGFLSEAQLQTINFRQTKEGISHSVAQLCEESSADLKQAALL DIIYNHIYPNKRVWSVYHMNKTGEETDFFDFRDFKKKFRRQIQSALINVTINFREYEDNAIWIRIAWGTPYTKPNQYKTS YVVYHSQTPYVFISASVLRSNLPLLCQAMVVASNYHDIHEMELRSHCLNSLKDIVFKRYSQNDPHHHHHH ; M,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 ALA n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 LYS n 1 41 LYS n 1 42 PRO n 1 43 HIS n 1 44 ARG n 1 45 TYR n 1 46 ARG n 1 47 PRO n 1 48 GLY n 1 49 THR n 1 50 VAL n 1 51 ALA n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 GLU n 1 55 ILE n 1 56 ARG n 1 57 ARG n 1 58 TYR n 1 59 GLN n 1 60 LYS n 1 61 SER n 1 62 THR n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 ARG n 1 69 GLN n 1 70 PRO n 1 71 PHE n 1 72 ALA n 1 73 ARG n 1 74 VAL n 1 75 VAL n 1 76 ARG n 1 77 GLU n 1 78 ILE n 1 79 CYS n 1 80 LEU n 1 81 LEU n 1 82 PHE n 1 83 THR n 1 84 ARG n 1 85 GLY n 1 86 VAL n 1 87 ASP n 1 88 TYR n 1 89 ARG n 1 90 TRP n 1 91 GLN n 1 92 ALA n 1 93 MET n 1 94 ALA n 1 95 LEU n 1 96 LEU n 1 97 ALA n 1 98 LEU n 1 99 GLN n 1 100 GLU n 1 101 ALA n 1 102 ALA n 1 103 GLU n 1 104 ALA n 1 105 PHE n 1 106 LEU n 1 107 VAL n 1 108 HIS n 1 109 LEU n 1 110 LEU n 1 111 GLU n 1 112 ASP n 1 113 ALA n 1 114 TYR n 1 115 LEU n 1 116 CYS n 1 117 SER n 1 118 LEU n 1 119 HIS n 1 120 ALA n 1 121 ARG n 1 122 ARG n 1 123 VAL n 1 124 THR n 1 125 LEU n 1 126 TYR n 1 127 PRO n 1 128 LYS n 1 129 ASP n 1 130 LEU n 1 131 GLN n 1 132 LEU n 1 133 ALA n 1 134 ARG n 1 135 ARG n 1 136 LEU n 1 137 ARG n 1 138 GLY n 1 139 LEU n 1 140 GLN n 1 141 GLY n 1 142 GLU n 1 143 GLY n 1 144 PHE n 2 1 GLY n 2 2 SER n 2 3 HIS n 2 4 MET n 2 5 SER n 2 6 GLY n 2 7 ARG n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 LEU n 2 15 GLY n 2 16 LYS n 2 17 GLY n 2 18 GLY n 2 19 ALA n 2 20 LYS n 2 21 ARG n 2 22 HIS n 2 23 ARG n 2 24 LYS n 2 25 VAL n 2 26 LEU n 2 27 ARG n 2 28 ASP n 2 29 ASN n 2 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