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EMDB EMD-30552 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2021-02-10 2 'Structure model' 1 1 2021-03-03 3 'Structure model' 1 2 2024-03-27 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' database_2 # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 3 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 4 2 'Structure model' '_citation_author.name' 5 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 6 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7D20 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-09-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'SET8-nucleosome complex' EMD-30551 'other EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of SET8-CENP-A-nucleosome complex' EMD-30552 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ho, C.-H.' 1 0000-0002-7350-6200 'Takizawa, Y.' 2 0000-0002-6265-4830 'Kobayashi, W.' 3 0000-0001-9738-0289 'Arimura, Y.' 4 0000-0002-1903-6076 'Kurumizaka, H.' 5 0000-0001-7412-3722 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Life Sci Alliance' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2575-1077 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 4 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structural basis of nucleosomal histone H4 lysine 20 methylation by SET8 methyltransferase.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.26508/lsa.202000919 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33574035 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ho, C.H.' 1 ? primary 'Takizawa, Y.' 2 ? primary 'Kobayashi, W.' 3 ? primary 'Arimura, Y.' 4 ? primary 'Kimura, H.' 5 ? primary 'Kurumizaka, H.' 6 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3-like centromeric protein A' 16305.906 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14447.825 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 14217.516 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (145-MER)' 44520.383 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (145-MER)' 44991.660 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Isoform 2 of N-lysine methyltransferase KMT5A' 39295.793 1 2.1.1.-,2.1.1.361 ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Centromere autoantigen A,Centromere protein A,CENP-A' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' 7 ;H4-K20-HMTase KMT5A,Histone-lysine N-methyltransferase KMT5A,Lysine N-methyltransferase 5A,Lysine-specific methylase 5A,PR/SET domain-containing protein 07,PR/SET07,SET domain-containing protein 8 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMGPRRRSRKPEAPRRRSPSPTPTPGPSRRGPSLGASSHQHSRRRQGWLKEIRKLQKSTHLLIRKLPFSRLAREICVK FTRGVDFNWQAQALLALQEAAEAFLVHLFEDAYLLTLHAGRVTLFPKDVQLARRIRGLEEGLG ; ;GSHMGPRRRSRKPEAPRRRSPSPTPTPGPSRRGPSLGASSHQHSRRRQGWLKEIRKLQKSTHLLIRKLPFSRLAREICVK FTRGVDFNWQAQALLALQEAAEAFLVHLFEDAYLLTLHAGRVTLFPKDVQLARRIRGLEEGLG ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MARGRKMSKPRAVEAAAAAAAVAATAPGPEMVERRGPGRPRTDGENVFTGQSKIYSYMSPNKCSGMRFPLQEENSVTHHE VKCQGKPLAGIYRKREEKRNAGNAVRSAMKSEEQKIKDARKGPLVPFPNQKSEAAEPPKTPPSSCDSTNAAIAKQALKKP IKGKQAPRKKAQGKTQQNRKLTDFYPVRRSSRKSKAELQSEERKRIDELIESGKEEGMKIDLIDGKGRGVIATKQFSRGD FVVEYHGDLIEITDAKKREALYAQDPSTGCYMYYFQYLSKTYCVDATRETNRLGRLINHSKCGNCQTKLHDIDGVPHLIL IASRDIAAGEELLYDYGDRSKASIEAHPWLKH ; ;MARGRKMSKPRAVEAAAAAAAVAATAPGPEMVERRGPGRPRTDGENVFTGQSKIYSYMSPNKCSGMRFPLQEENSVTHHE VKCQGKPLAGIYRKREEKRNAGNAVRSAMKSEEQKIKDARKGPLVPFPNQKSEAAEPPKTPPSSCDSTNAAIAKQALKKP IKGKQAPRKKAQGKTQQNRKLTDFYPVRRSSRKSKAELQSEERKRIDELIESGKEEGMKIDLIDGKGRGVIATKQFSRGD FVVEYHGDLIEITDAKKREALYAQDPSTGCYMYYFQYLSKTYCVDATRETNRLGRLINHSKCGNCQTKLHDIDGVPHLIL IASRDIAAGEELLYDYGDRSKASIEAHPWLKH ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 GLY n 1 6 PRO n 1 7 ARG n 1 8 ARG n 1 9 ARG n 1 10 SER n 1 11 ARG n 1 12 LYS n 1 13 PRO n 1 14 GLU n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 ARG n 1 19 ARG n 1 20 SER n 1 21 PRO n 1 22 SER n 1 23 PRO n 1 24 THR n 1 25 PRO n 1 26 THR n 1 27 PRO n 1 28 GLY n 1 29 PRO n 1 30 SER n 1 31 ARG n 1 32 ARG n 1 33 GLY n 1 34 PRO n 1 35 SER n 1 36 LEU n 1 37 GLY n 1 38 ALA n 1 39 SER n 1 40 SER n 1 41 HIS n 1 42 GLN n 1 43 HIS n 1 44 SER n 1 45 ARG n 1 46 ARG n 1 47 ARG n 1 48 GLN n 1 49 GLY n 1 50 TRP n 1 51 LEU n 1 52 LYS n 1 53 GLU n 1 54 ILE n 1 55 ARG n 1 56 LYS n 1 57 LEU n 1 58 GLN n 1 59 LYS n 1 60 SER n 1 61 THR n 1 62 HIS n 1 63 LEU n 1 64 LEU n 1 65 ILE n 1 66 ARG n 1 67 LYS n 1 68 LEU n 1 69 PRO n 1 70 PHE n 1 71 SER n 1 72 ARG n 1 73 LEU n 1 74 ALA n 1 75 ARG n 1 76 GLU n 1 77 ILE n 1 78 CYS n 1 79 VAL n 1 80 LYS n 1 81 PHE n 1 82 THR n 1 83 ARG n 1 84 GLY n 1 85 VAL n 1 86 ASP n 1 87 PHE n 1 88 ASN n 1 89 TRP n 1 90 GLN n 1 91 ALA n 1 92 GLN n 1 93 ALA n 1 94 LEU n 1 95 LEU n 1 96 ALA n 1 97 LEU n 1 98 GLN n 1 99 GLU n 1 100 ALA n 1 101 ALA n 1 102 GLU n 1 103 ALA n 1 104 PHE n 1 105 LEU n 1 106 VAL n 1 107 HIS n 1 108 LEU n 1 109 PHE n 1 110 GLU n 1 111 ASP n 1 112 ALA n 1 113 TYR n 1 114 LEU n 1 115 LEU n 1 116 THR n 1 117 LEU n 1 118 HIS n 1 119 ALA n 1 120 GLY n 1 121 ARG n 1 122 VAL n 1 123 THR n 1 124 LEU n 1 125 PHE n 1 126 PRO n 1 127 LYS n 1 128 ASP n 1 129 VAL n 1 130 GLN n 1 131 LEU n 1 132 ALA n 1 133 ARG n 1 134 ARG n 1 135 ILE n 1 136 ARG n 1 137 GLY n 1 138 LEU n 1 139 GLU n 1 140 GLU n 1 141 GLY n 1 142 LEU n 1 143 GLY n 2 1 GLY n 2 2 SER n 2 3 HIS n 2 4 MET n 2 5 SER n 2 6 GLY n 2 7 ARG n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 LEU n 2 15 GLY n 2 16 LYS n 2 17 GLY n 2 18 GLY n 2 19 ALA n 2 20 LYS n 2 21 ARG n 2 22 HIS n 2 23 ARG n 2 24 LYS n 2 25 VAL n 2 26 LEU n 2 27 ARG n 2 28 ASP n 2 29 ASN n 2 30 ILE n 2 31 GLN n 2 32 GLY n 2 33 ILE n 2 34 THR n 2 35 LYS n 2 36 PRO n 2 37 ALA n 2 38 ILE n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 LEU n 2 42 ALA n 2 43 ARG n 2 44 ARG n 2 45 GLY n 2 46 GLY n 2 47 VAL n 2 48 LYS n 2 49 ARG n 2 50 ILE n 2 51 SER n 2 52 GLY n 2 53 LEU n 2 54 ILE n 2 55 TYR n 2 56 GLU n 2 57 GLU n 2 58 THR n 2 59 ARG n 2 60 GLY n 2 61 VAL n 2 62 LEU n 2 63 LYS n 2 64 VAL n 2 65 PHE n 2 66 LEU n 2 67 GLU n 2 68 ASN n 2 69 VAL n 2 70 ILE n 2 71 ARG n 2 72 ASP n 2 73 ALA n 2 74 VAL n 2 75 THR n 2 76 TYR n 2 77 THR n 2 78 GLU n 2 79 HIS n 2 80 ALA n 2 81 LYS n 2 82 ARG n 2 83 LYS n 2 84 THR n 2 85 VAL n 2 86 THR n 2 87 ALA n 2 88 MET n 2 89 ASP n 2 90 VAL n 2 91 VAL n 2 92 TYR n 2 93 ALA n 2 94 LEU n 2 95 LYS n 2 96 ARG n 2 97 GLN n 2 98 GLY n 2 99 ARG n 2 100 THR n 2 101 LEU n 2 102 TYR n 2 103 GLY n 2 104 PHE n 2 105 GLY n 2 106 GLY n 3 1 GLY n 3 2 SER n 3 3 HIS n 3 4 MET n 3 5 SER n 3 6 GLY n 3 7 ARG n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 GLN n 3 11 GLY n 3 12 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PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7D20 'double helix' 7D20 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 H DA 7 1_555 I DT 139 1_555 0.094 -0.378 -1.129 0.676 -4.099 2.010 1 I_DA-66:DT66_J I -66 ? 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