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Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MED1_HUMAN Q15648 ? 1 ;MKAQGETEESEKLSKMSSLLERLHAKFNQNRPWSETIKLVRQVMEKRVVMSSGGHQHLVSCLETLQKALKVTSLPAMTDR LESIARQNGLGSHLSASGTECYITSDMFYVEVQLDPAGQLCDVKVAHHGENPVSCPELVQQLREKNFDEFSKHLKGLVNL YNLPGDNKLKTKMYLALQSLEQDLSKMAIMYWKATNAGPLDKILHGSVGYLTPRSGGHLMNLKYYVSPSDLLDDKTASPI ILHENNVSRSLGMNASVTIEGTSAVYKLPIAPLIMGSHPVDNKWTPSFSSITSANSVDLPACFFLKFPQPIPVSRAFVQK LQNCTGIPLFETQPTYAPLYELITQFELSKDPDPIPLNHNMRFYAALPGQQHCYFLNKDAPLPDGRSLQGTLVSKITFQH PGRVPLILNLIRHQVAYNTLIGSCVKRTILKEDSPGLLQFEVCPLSESRFSVSFQHPVNDSLVCVVMDVQDSTHVSCKLY KGLSDALICTDDFIAKVVQRCMSIPVTMRAIRRKAETIQADTPALSLIAETVEDMVKKNLPPASSPGYGMTTGNNPMSGT TTPTNTFPGGPITTLFNMSMSIKDRHESVGHGEDFSKVSQNPILTSLLQITGNGGSTIGSSPTPPHHTPPPVSSMAGNTK NHPMLMNLLKDNPAQDFSTLYGSSPLERQNSSSGSPRMEICSGSNKTKKKKSSRLPPEKPKHQTEDDFQRELFSMDVDSQ NPIFDVNMTADTLDTPHITPAPSQCSTPPTTYPQPVPHPQPSIQRMVRLSSSDSIGPDVTDILSDIAEEASKLPSTSDDC PAIGTPLRDSSSSGHSQSTLFDSDVFQTNNNENPYTDPADLIADAAGSPSSDSPTNHFFHDGVDFNPDLLNSQSQSGFGE EYFDESSQSGDNDDFKGFASQALNTLGVPMLGGDNGETKFKGNNQADTVDFSIISVAGKALAPADLMEHHSGSQGPLLTT GDLGKEKTQKRVKEGNGTSNSTLSGPGLDSKPGKRSRTPSNDGKSKDKPPKRKKADTEGKSPSHSSSNRPFTPPTSTGGS KSPGSAGRSQTPPGVATPPIPKITIQIPKGTVMVGKPSSHSQYTSSGSVSSSGSKSHHSHSSSSSSSASTSGKMKSSKSE GSSSSKLSSSMYSSQGSSGSSQSKNSSQSGGKPGSSPITKHGLSSGSSSTKMKPQGKPSSLMNPSLSKPNISPSHSRPPG GSDKLASPMKPVPGTPPSSKAKSPISSGSGGSHMSGTSSSSGMKSSSGLGSSGSLSQKTPPSSNSCTASSSSFSSSGSSM SSSQNQHGSSKGKSPSRNKKPSLTAVIDKLKHGVVTSGPGGEDPLDGQMGVSTNSSSHPMSSKHNMSGGEFQGKREKSDK DKSKVSTSGSSVDSSKKTSESKNVGSTGVAKIIISKHDGGSPSIKAKVTLQKPGESSGEGLRPQMASSKNYGSPLISGST PKHERGSPSHSKSPAYTPQNLDSESESGSSIAEKSYQNSPSSDDGIRPLPEYSTEKHKKHKKEKKKVKDKDRDRDRDKDR DKKKSHSIKPESWSKSPISSDQSLSMTSNTILSADRPSRLSPDFMIGEEDDDLMDVALIGN ; 1 2 PDB 7EMF 7EMF ? 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23 ;MADVINVSVNLEAFSQAISAIQALRSSVSRVFDCLKDGMRNKETLEGREKAFIAHFQDNLHSVNRDLNELERLSNLVGKP SENHPLHNSGLLSLDPVQDKTPLYSQLLQAYKWSNKLQYHAGLASGLLNQQSLKRSANQMGVSAKRRPKAQPTTLVLPPQ YVDDVISRIDRMFPEMSIHLSRPNGTSAMLLVTLGKVLKVIVVMRSLFIDRTIVKGYNENVYTEDGKLDIWSKSNYQVFQ KVTDHATTALLHYQLPQMPDVVVRSFMTWLRSYIKLFQAPCQRCGKFLQDGLPPTWRDFRTLEAFHDTCRQ ; 1 24 UNP MED28_HUMAN Q9H204 ? 24 ;MAAPLGGMFSGQPPGPPQAPPGLPGQASLLQAAPGAPRPSSSTLVDELESSFEACFASLVSQDYVNGTDQEEIRTGVDQC IQKFLDIARQTECFFLQKRLQLSVQKPEQVIKEDVSELRNELQRKDALVQKHLTKLRHWQQVLEDINVQHKKPADIPQGS LAYLEQASANIPAPLKPT ; 1 25 UNP MED29_HUMAN Q9NX70 ? 25 ;MAASQQQASAASSAAGVSGPSSAGGPGPQQQPQPPAQLVGPAQSGLLQQQQQDFDPVQRYKMLIPQLKESLQTLMKVAAQ NLIQNTNIDNGQKSSDGPIQRFDKCLEEFYALCDQLELCLRLAHECLSQSCDSAKHSPTLVPTATKPDAVQPDSLPYPQY LAVIKAQISCAKDIHTALLDCANKVTGKTPAPPAGPGGTL ; 1 26 UNP MED30_HUMAN Q96HR3 ? 26 ;MSTPPLAASGMAPGPFAGPQAQQAAREVNTASLCRIGQETVQDIVYRTMEIFQLLRNMQLPNGVTYHTGTYQDRLTKLQD NLRQLSVLFRKLRLVYDKCNENCGGMDPIPVEQLIPYVEEDGSKNDDRAGPPRFASEERREIAEVNKKLKQKNQQLKQIM DQLRNLIWDINAMLAMRN ; 1 27 UNP MED31_HUMAN Q9Y3C7 ? 27 ;MAAAVAMETDDAGNRLRFQLELEFVQCLANPNYLNFLAQRGYFKDKAFVNYLKYLLYWKDPEYAKYLKYPQCLHMLELLQ YEHFRKELVNAQCAKFIDEQQILHWQHYSRKRMRLQQALAEQQQQNNTSGK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7EMF A 1 ? 1581 ? Q15648 1 ? 1581 ? 1 1581 2 2 7EMF B 1 ? 20 ? 7EMF 1 ? 20 ? 1 20 3 3 7EMF D 1 ? 270 ? Q9NPJ6 1 ? 270 ? 1 270 4 4 7EMF F 1 ? 246 ? O75586 1 ? 246 ? 1 246 5 5 7EMF G 1 ? 233 ? O43513 1 ? 233 ? 1 233 6 6 7EMF H 1 ? 268 ? Q96G25 1 ? 268 ? 1 268 7 7 7EMF I 1 ? 146 ? Q9NWA0 1 ? 146 ? 1 146 8 8 7EMF J 1 ? 135 ? Q9BTT4 1 ? 135 ? 1 135 9 9 7EMF K 1 ? 117 ? Q9P086 1 ? 117 ? 1 117 10 10 7EMF N 1 ? 1454 ? O60244 1 ? 1454 ? 1 1454 11 11 7EMF O 1 ? 788 ? Q96RN5 1 ? 788 ? 1 788 12 12 7EMF P 1 ? 841 ? Q9Y2X0 1 ? 841 ? 1 841 13 13 7EMF Q 1 ? 651 ? Q9NVC6 1 ? 651 ? 1 651 14 14 7EMF R 1 ? 208 ? Q9BUE0 1 ? 208 ? 1 208 15 15 7EMF S 1 ? 244 ? A0JLT2 1 ? 244 ? 1 244 16 16 7EMF T 1 ? 212 ? Q9H944 1 ? 212 ? 1 212 17 17 7EMF U 1 ? 144 ? Q13503 1 ? 144 ? 1 144 18 18 7EMF V 1 ? 200 ? Q15528 1 ? 200 ? 1 200 19 19 7EMF W 1 ? 1368 ? Q9ULK4 1 ? 1368 ? 1 1368 20 20 7EMF X 1 ? 989 ? O75448 1 ? 989 ? 1 989 21 21 7EMF Y 1 ? 747 ? Q71SY5 1 ? 747 ? 1 747 22 22 7EMF Z 1 ? 600 ? O95402 1 ? 600 ? 1 600 23 23 7EMF 0 1 ? 311 ? Q6P2C8 1 ? 311 ? 1 311 24 24 7EMF 1 1 ? 178 ? Q9H204 1 ? 178 ? 1 178 25 25 7EMF 2 1 ? 200 ? Q9NX70 1 ? 200 ? 1 200 26 26 7EMF 3 1 ? 178 ? Q96HR3 1 ? 178 ? 1 178 27 27 7EMF 4 1 ? 131 ? Q9Y3C7 1 ? 131 ? 1 131 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7EMF _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7EMF _struct.title 'Human Mediator (deletion of MED1-IDR) in a Tail-extended conformation' _struct.pdbx_descriptor ;Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1, Unknown Chain (poly A), Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7, Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15, Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 29, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 30, Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7EMF _struct_keywords.text 'Mediator complex, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 17 ? R N N 18 ? S N N 19 ? T N N 20 ? U N N 21 ? V N N 22 ? W N N 23 ? X N N 24 ? Y N N 25 ? Z N N 26 ? AA N N 27 ? BA N N 28 ? CA N N 28 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LEU A 13 ? PHE A 27 ? LEU A 13 PHE A 27 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 34 ? LYS A 46 ? SER A 34 LYS A 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P3 AA3 HIS A 57 ? LYS A 67 ? HIS A 57 LYS A 67 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA A 68 ? LYS A 70 ? ALA A 68 LYS A 70 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 73 ? GLY A 89 ? SER A 73 GLY A 89 1 ? 17 HELX_P HELX_P6 AA6 CYS A 135 ? GLU A 144 ? CYS A 135 GLU A 144 1 ? 10 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN A 146 ? TYR A 161 ? ASN A 146 TYR A 161 1 ? 16 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 167 ? THR A 195 ? ASN A 167 THR A 195 1 ? 29 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 198 ? HIS A 205 ? GLY A 198 HIS A 205 1 ? 8 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 227 ? LEU A 232 ? SER A 227 LEU A 232 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 ARG A 315 ? GLY A 326 ? ARG A 315 GLY A 326 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU A 339 ? SER A 349 ? LEU A 339 SER A 349 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 HIS A 400 ? GLY A 402 ? HIS A 400 GLY A 402 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 AB5 ARG A 403 ? SER A 423 ? ARG A 403 SER A 423 1 ? 21 HELX_P HELX_P15 AB6 THR A 490 ? MET A 502 ? 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ILE G 18 ILE G 26 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP E 73 ? SER E 99 ? ASP G 73 SER G 99 1 ? 27 HELX_P HELX_P31 AD4 ILE E 103 ? GLU E 125 ? ILE G 103 GLU G 125 1 ? 23 HELX_P HELX_P32 AD5 GLU E 125 ? LEU E 175 ? GLU G 125 LEU G 175 1 ? 51 HELX_P HELX_P33 AD6 GLU F 4 ? GLU F 36 ? GLU H 4 GLU H 36 1 ? 33 HELX_P HELX_P34 AD7 THR F 41 ? GLU F 66 ? THR H 41 GLU H 66 1 ? 26 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP F 86 ? GLU F 94 ? ASP H 86 GLU H 94 1 ? 9 HELX_P HELX_P36 AD9 GLU F 103 ? LEU F 109 ? GLU H 103 LEU H 109 1 ? 7 HELX_P HELX_P37 AE1 ASP F 114 ? ALA F 129 ? ASP H 114 ALA H 129 1 ? 16 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP F 134 ? GLU F 158 ? ASP H 134 GLU H 158 1 ? 25 HELX_P HELX_P39 AE3 ASN F 174 ? PHE F 187 ? ASN H 174 PHE H 187 1 ? 14 HELX_P HELX_P40 AE4 LEU G 66 ? ASP G 79 ? LEU I 66 ASP I 79 1 ? 14 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP G 86 ? SER G 102 ? ASP I 86 SER I 102 1 ? 17 HELX_P HELX_P42 AE6 SER G 110 ? LEU G 138 ? SER I 110 LEU I 138 1 ? 29 HELX_P HELX_P43 AE7 LEU H 8 ? PHE H 29 ? 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ASP X 358 GLN X 370 1 ? 13 HELX_P HELX_P237 BA3 SER T 374 ? HIS T 391 ? SER X 374 HIS X 391 1 ? 18 HELX_P HELX_P238 BA4 PRO T 405 ? MET T 424 ? PRO X 405 MET X 424 1 ? 20 HELX_P HELX_P239 BA5 ALA T 426 ? SER T 431 ? ALA X 426 SER X 431 1 ? 6 HELX_P HELX_P240 BA6 SER T 431 ? SER T 444 ? SER X 431 SER X 444 1 ? 14 HELX_P HELX_P241 BA7 LYS T 446 ? THR T 458 ? LYS X 446 THR X 458 1 ? 13 HELX_P HELX_P242 BA8 LYS T 460 ? GLY T 478 ? LYS X 460 GLY X 478 1 ? 19 HELX_P HELX_P243 BA9 SER T 482 ? TYR T 507 ? SER X 482 TYR X 507 1 ? 26 HELX_P HELX_P244 BB1 PRO T 523 ? MET T 533 ? PRO X 523 MET X 533 1 ? 11 HELX_P HELX_P245 BB2 HIS T 544 ? ARG T 548 ? HIS X 544 ARG X 548 5 ? 5 HELX_P HELX_P246 BB3 SER T 551 ? ASN T 562 ? SER X 551 ASN X 562 1 ? 12 HELX_P HELX_P247 BB4 LYS T 573 ? GLY T 595 ? LYS X 573 GLY X 595 1 ? 23 HELX_P HELX_P248 BB5 ALA T 598 ? GLY T 611 ? ALA X 598 GLY X 611 1 ? 14 HELX_P HELX_P249 BB6 CYS T 614 ? LEU T 631 ? CYS X 614 LEU X 631 1 ? 18 HELX_P HELX_P250 BB7 ARG T 636 ? 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